DreINT0126236 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000042833 | rffl
Description
ring finger and FYVE-like domain containing E3 ubiquitin protein ligase [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2274]
Coordinates
chr15:4576742-4587803:-
Coord C1 exon
chr15:4587738-4587803
Coord A exon
chr15:4576931-4587737
Coord C2 exon
chr15:4576742-4576930
Length
10807 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACTG
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
TTTCCCTGTGTGTTTTCCAGTAG
3' ss Score
10.25
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGCAAAGGCTTGGACTTTATATCCTTGAACGTCACAGTTTACAAGACACTGAGTCACTGTCAAG
Seq A exon
GTACTGACATTGTTGTTGTTGCTTTTACTGTCTCCACGTAAGAAGTGTCATTCATGCATGCGTTTACCTAAGGAAAGTATTCTATGACAATTGTATCATAGAAGACTGAAAAATACTGAAAATAAGAGGATTTCAATTCAAATTTGACAACTTGTCATCCGTCAAATTGATAAATAAGATTTTCTTTTTAATTCAATTTAATTACAATTTAATTGCATTTATTTATTTAAAATTTTCATGTGGCTTTCCTCCAAGTGCTCTAGTTTCCCCTACAGACCAAAGACATGCACTATAGGGGAATTGGTTTAACTAAATTGGCCGTAGTGTATGTGTGTGAATGTTAGTGTGTTTGGGTGTTTCCCAGTGATAGGTTGGGACTGGAAGGGCATTCGCGTAAAACAAATGCTGTAATAGTTGGCGGTTCATTCTGCTGTGGCAACCCCTGATAAATAAGGGACTAAGCTGAAGGAAAATAAATAAATAAATGAATTATTAATTATTTTTCATGTGGGGTTCAAGATTTGAATGATATGAATGGTGGATGTTATTTCATTACTCATTGTGAATTTCTGATATGTTTTTGCACTATAAACATCCATTAATTATATATAAAAAATGTGTATATAAAATAAATAAAATAAAAATGTTGAAAAAATTTGTTGATGTGCTATTTCGTTTTCAAATTGGTCTCATAATTTGCATAGTTTTCTATGATGAAATTCTTTATCATTCATACATTCATTTTCTTTTCAGCTTAGTATCTTTATTAATCTACGGTTGCCACAGCGGAATGAACCGCCAACTTATCCAGCATATGTTTTACACAACGGATGCCCTTCCAGCTGGAACCCATTTCTGGGAAACACCCATACACTCTCATTCACACATGTACACAAACAATTTAGCTTACCCAATTCTCCTATAGCGCGCGTCTTTGGACTTGTAGGGGAAACCGGAGCACCTGGAGGAAACCCACTTGAACATGGGGAGAACATGCAAACTCCACACAGAAATGCCAACTGACCCAGCCGAGGCTTAAACCAGCGACCTTCTTGCTGTGAGGCGACCGTGCTACAAATTTTTTATCTGATTTGTATTTTTATTAGAAGATAGAATTGATTAATTTAAAATGGACAGCAAAAACCCTCCATATTTACCTGGAGGATGTACTTTTTATTGAAAATGGCCATGAAGATTTTATATGCGGTCACCGGCCACTTTATTAGGGACATCTTGCTAGTACCGGGTGTAACCTCCTCCTTTTTGCCTTCAGAACTGCCTTAATCCTTCGTAGCAAAGATTTAAAAAGGTACCAGAAATATTCCTCAGAGATTGTGATCCATTTTGACATGAAAGCATCATGCAGTTGCTGTAGATTTGTCGGCTGCACATCCATGATGCAAATCTCCACCACATCCCAAAGGTGCTCTATTGGATTGAGATCTGGTGACTGTGGAGGCCATTTGAGTAGAGTGAACTCATTGTCATGTTCAAGAAACCAGTCTGAGATGATACGTGATTTATGACATGGTGTGTCATCCTGCTGGAAGTAGCCATCAGAAGATGGGTACACTGTGATCATAAAAATGGAAATGGTCAGCAAGTAACAATACTCAGGTAGGCTGTGGCGTTGACACGATGCTCAATTAGTACTAATGGGCCCAAAGTGTGCCAAGAAAATATCCCCCACACCATTACTCCACCACCAGCCTGAATTGTTGATACAAGACAGGATGGATTCATGCTTTCATGTTGTTGATGCCAAGTTCTGACCCGACTATCGGAATGTTGCAGCAGAAATCGAGACTCATCAGAGCAGGCAACCTTTCTCCAATCTTCTATTGTCCAATTGTAGTGAGCCTGTGTGAATTGTAGCCTCAGTTTCCTGTTCTTAGCTGACAGGAGTGGCACCCGTTGTGGTCTTCTGCTGCTGTAGCCCATTCGTCTCAAGGTTCAACGTGTTGTGTGTTCAGAGATGCTCTTCTGCAGACCTCGGTTGTAACGAGTAGTTATTTGAGTTACTGTTGCCTTTCTATCAGCTCCAACCAGTCTGGTCATTCTAGTCCAGACCTCTAGTTAATATTTTCCACATCTCCCTTCTCGTTCAGTCAAAGCCCAAAATACTGCCAAACTGCAGAGGTTGTGTTCTTTTCGAGACCAGGTCACTTAGTGCGAGACTCGCCATCTTACCTAACCTCTCTCTCTCTCCTCCACACTGTCCCGTGATGACAATCACGCATACGCATATTTAGGCATTAAATGAATAATATTGAATACTTGTCTCCTATTTAGGTTCATTGTTTTCTATGACAGTATAACGGTATTGAAACTGACACCGCTGCTATTTCAGGCATACCAGATTACTGTATTACCGCCCAAGCCTAACTGGTGGCGATGTTCGGTACTGCGGCCAAACAAAATCTTACTGAAAGCTTTAAATTTGAAGTGTAATTTGATCAAATATTTAGCTTATATTTTCTGTCAACGTTGGACTAAAATAGGTTTTGTAAAATACATATTGTATATAAGATTTTCAAATAAACATTGTTTTATTATAATTTTTACAAACTTAAAGGCAAATAAATTTGTTTTATTTACCGTTTTTAGCTACAATCTGACAAGTGTCTTCATTAAAGTCAGAATAAGCTTAAACCTATTCAAGTGTTGAGGATTGGGGTTGAATTGAAGTTGAATTTTCGTGTCTATGTTCAAAAAGTGCGGGTGAAAGTTCTGGGCTTAAATGGTGTAGCAGTCAAAACCTAATGGGTCATTTATAATCGTCACTCTGCTCTTAACCGTATGACCTGTCAGCAGTAACTCCAGGCATCACATGTGTCCTCCTGCTGTCTCAGTGTGTGTAGCCACAGTGCTGCTATTGTTGGTGTGTTTCTAGGGAGCGTCCGGGTGTAGACACCACGGCAGGCCGGGGAAAAGGGGGCTGTGGATTTTATGACAGCCCAGCACTAACAATGTCCAGTCAGCTGGTCAGTTGGTGAAGGCTGTGAGAGCATTTGTTGTTTTGAACTTTGCACATGCTGCCATGTTTGCTGACTCCAGGTAATGGCAATTGTTTGTTTGGTTATGGGGATTGTTTTCCAATTTTGCAAAGTGAATGCAAGTTACGGGTTCCTCTTTAGATATGAAAGACATCCATATCATTTCTAGACACACATATGTGTATGTTTTGGAACTTTGTAATGCATGTGTAGATATAGTTGTGTTGTTGTTGTGGCCAATGGCAGATGTCAGAAAATGTGTGGAATGTAGTATATTAGGGTTGAGTTTACAGTATTGATTAACAATCTTTTTAATCTGATGAACTGTTATACGATCACGTTTCTAAGAATTTCGAGTTATGACAGACCCCTAGTTTTACATGTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTGATTTAAAAATGATTTTGTGTTGGTAATTATCCGAAATTTGCATAAAATCTTGGGATTAAAAATATGTAAATTTAAAAATTAAAAGTTTCAAATATATATGATATATTATTTACCATATTAGGTAACCTACCATGTTGGATGTGGAATCTTCATGACACAAATCCTAAAAATAAAGCTTCTTTATTTTGGTCTTAGACAAGATCTAAAACGGTAGGTTAGATTAAGCTGAATTAAGGTTGTACAACTATTTTTACCCATGATCTTAGTTTCTCTTTCTCAAATTTCACTCCCCGGAGCATCTGACATTATTTACCTCTCTCAGGACATGCTTTATGGCTTCCCCTACCGTAATACACCTAAAACACGGATTGCTGTTAAACTCGTCAATGGCAGGAAAGTGTTTTCTCTCGTCAACGGCAGGGAAAGTGTTACGCAAAATTATTTATCGATTTGGTGCCGATCATAATACCAGCCATACATGTAAAGCACAAATAATTTCCTTCAATTCGGTCATGTCCAGCAGCCGTTATCCTTGAGTCAATCTCCATGTTAGCTACGTAAAAAAATCGCATACTTATGCACTATTCTACGCCATTTTGTAGTATAAATAGTGTAAGTAGTGCGTTAACACTGAAAACTCTAAAAATAATAAGTACACTTTAATTACCCGGATGATGCACCGCAGTTTTGCTCGCGTAGCGGAAGGGGCGGAGCTATCGGGCGCACATGTTGGATAACTTTATTTATTTTGGATGGTGAAAGCAAAATTCTCCCATGAAAGTGATTATAGCGCCTCCCGATGGTGAATGCGGTTATACTCATGGCAGGTATCATTTGATAGTTTGGTCATATTTCACTGATTTAGCAACCGTCAAAGTCATCAGGGAAACGGTTTGAATTTCTGCTTAGTAAAAAAACAGTATGCCATTTGGGACAACACTACACTATAATGTTGAGTGTGTAAGTGCATAAGTACATAGTGTATGAGTGCATAGTGTATAGTGTGCCATTTGAGACGCAGCGATAGCCTGTTCCACTTCTTCATTTGTTAGATGTTTGCTCTCACTTTTATAGTCTGAAGCAGTTTGCACCACAGGATGTCTAATCGCGTCTTTGCATTGACTTCACATGTAAATCACTCCCGCTTGACGTCTCATCTGCGTCTGCTTACTGCATAGATGTATGTAACGTCTCTAACTCACGTAAAACAATTAATTTTATACTGAAATAAATAGAATATGGTTATATGGTATTAGATTATTTACATTTTTGCGATTATTTTGCGTTTAGGAATTTTGCAGGACCGCAAAAAAACTTATTGGTTTGTTTTATAATTGTATTAATTTTAGACATTTAGGCTAATTAATTTACCTAAAAACCAAAATAGAAATGTTTAGGAATTAAAAGTCAAGTTTAATAATCAGTTAATTATATTTCTTTAATAAGAGACAGTTTAATAAAACAAACAAAAAAACACAAAGTTTAGTTGCACTTTTGACCCGGTAATGAACTTTTTTTGTTTTGTTTCTTTTTCTTTTTTGTTTTGCTTTGACCCTGGGTAAACACACATTTCATGACAGTGATGTGAAAGTGATGCTAG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Seq C2 exon
TAGGTGTGGAGCATGTGGGCCAGCTGCTGCGGCTGGCTATGTCTGGATGATTCCAGTATGGAAGACACCAGAGGAAGCCAACAGCGCCAGGCCTTCACGAACTCAGGCTTCAGCAGTTACCCGTCTCCCACTGCACCAGAACACACATGCAAGTCCTGTGGAGGTCGCTTCGACAGTTTAACCAGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000042833:ENSDART00000008170:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.034
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0231811=FYVE_2=PU(37.1=44.1)
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]