Special

HsaINT0139630 @ hg38

Intron Retention

Gene
Description
ring finger and FYVE like domain containing E3 ubiquitin protein ligase [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:24821]
Coordinates
chr17:35026374-35089319:-
Coord C1 exon
chr17:35089105-35089319
Coord A exon
chr17:35026562-35089104
Coord C2 exon
chr17:35026374-35026561
Length
62543 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGG
5' ss Score
10.07
3' ss Seq
CCTTTCCTCCCTTGCACCAGATT
3' ss Score
7.93
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCCGGGCCGGGCCGGCTGGGGATGGGTGGGAGGGGGGGCCGACTTCCTGGGGCCGCCCGTGAGGATGTCGCGACCGCCCCCGGGTGCCCCTCAGCCCCAGAGACGCCGCCGCGGCGGAGTCCGCAGCCTCCCTGCCTGAGGCGTCCGCGGCCGGGATCCGGCCCCTCCCCTCGCCTCCTCTCCTAGGTGCCGGCCGGGAGGGCGGCCGCAGCAG
Seq A exon
GTGAGGAGGCGGCGGCGGCGGCGCTGGGGGCCGCTGGGCGCCCGGCCTGGGGAAGGACGGGAAGGGGGACGGTCGGGTGCCGTCAGGCTGTGGTCTGGGGGCCCTTCCTCTGTGTGGGGCGCGGCCTGGGACTCTCCCTGCCCTACAGGGGTGGGGGGAAGCCCTTGGCTGGCTGGAAGTCCCCGCCTTCAGGGCAGCCCACACCTGTCCTTTGAAAAGTCCCCTCAAAGAAAGCGTTTCACCTGTGGGGGCAGTAACAGGAGACGTGCGTCCTCGATTATCCCCAAGCGCCCTGCAGACCGGCAGGTCTAGTTGGCTTGTGGGGAAAAGATACCTCTTTGTACGTCAGAAGAAACTGAGGCAGGTCCGCGGCGGCCTGCTTACCCCTTTAAAGGAACCAGCCCGTCCCTATCTCCGTCTTAGAGGAGGCGGCTGGAGGAGGGAGGTTTGGAGTTTGGAGGTTTGATGGAGAAGTTTGGGAATGCGGTTCTCCCCGCAGGGTCCACTGTTCCCTCGCTTGGGAGTTGTCCTCTGTTCGCGATGTGTGTGAGGTCGCCACTGTGCGGCAGCGGTCAAGACCGAGAGGGAAATGGGGCCTCTCTTCAGCCGGCTGCCCAGGAGACAGTTGACCAGACATGGGGAAGTCTGGCGAACCAGGGGAGCCAGAGCCTCCGCTGGCACGTCTGCTCAGAGCTTGAGTTCAGGCTGGCAGAAGAGATAAACAACAGCATATCATTTTCTCCTTTTTGTTGGTCTGTCATTTGTTCTAGGGGGGAAGAAGACTGCTTGTGTAATCAAGAGTGTACCGTGCACCCCCCAGTCTACCATAAGGAAGGATAATTGTTAGCTTGGAAATAGGGTTTTACCCACAACTGTCTCTTTGCTCCCTGGTTAAAGGCCAGAGTGACGTGATGAGCAAACATCCCGGGGTGCATGTGGCCTTCTAAGAAAGCAGTGAGTTCCTTATGTATCCCTTTGATTATTGGTTTGGAGGACAGAGAGACTTCCTGTTAACCACTGTCGCTGCAACTGTTTGGGGTGCCTTATTCTCCCCGTGACAGTTCAATTTACTGAAATGTGGGCCGGGCTGCCCGTTTATTATACCATTCTTCTAGGAATGGGAGTAGGCAGGGGACAAGGTACTGGGCTGAATTTGTGTACAGAGTTCTAGGGCTGCAGCCTAGCCGTGGCAGCTCCTTTCTGTTCAGGGGATTTCAGGTTTGACAACTTCTTTATCCTTTTCTCTGATTACATTCTCTTTCACATTCAAGGAAGTAGATGATGGCAAAGGTTTCCGAACTTTTATTGTATATTTCCTAATTCTGAATTTTAGAGTACAATTCAGAAGTTACAGTTTATTTAGAGGTATTCTTAAGTTTGAAAATATTTGGGTATATTTTCATAACAATTGCAGATTGATGTGGCAGGGCTAATATCTTGATTGTGATTGAAGAAAATGTTCATGTAATCTAGGACGCACTCATTTTAATGCCCGTCTAATTACAAAGACCAGCCTGTTAAAAACTTTCATATTGATCAGGTAGACAGTTGTGATTTCTTGTTTACATTGGGATCAAGGGTTGTAAATATTTAAATCGACCAGTTTAACCAGCCTCCAAAATAACATGCACAAAAAAAGAAAGCTCTTCTCAGAAACCTTAAAAATCAATTTCTTTCAAACCTTCTCTCATGACCAAGCCAGTTGACATAACTCTGCTTGGTACCATCTAATAGGAACACCTTTTTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACTCAGACTGGCGTGCAGTGGCGTAATCATGGCTCACTGCAGCCTTGACCTCCTAGGCTTAGGTGACTCTCCCTTCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACCTCAGGCATGTGCAACCACACCCAGCTAGTTTTTGTATTTTCTGTAGAGATGAGGTTTTGCCATGTTGTTCGTCATGAACTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGGCTTCCCCAAGTTCTGAGATTACAGATGTGAGCCACCGCGCCAGGCCGGAACACCTCTTAAGGGTTGTGGAAAAGGCGTTTTTAGTGACCAGCATTTAAGAAGACAAAACAAACAGCAACAATAACAAAAAAGGGCACAATTTCTTTTCTAATTACATGTGCATTGTTATTTAAATACAGTCACACCCATCTCTATGAGCGTCATGCCTAAGACTTTCTGAGAACACCTCTGTAAACCTAAGAAGTTGTTAGGGGGACTAATTCCACCTTGATTTTTTATTCTTGTCATAGAACCTTTAATACTGCCATGGTTTTAATGATAGAGGCTTTTATACCAAACTTGTACTAGTCATAGTGTTTATGTTTTTGGAGGAAAGATTTAACCTCTATACCTTAGAATCTCATAACTTGTTAATACAATAACAGAATTAAGGTATTAGAGTTTAATGAGAACGCATAGTTTAAATTACTATTGGTGAAGTCTCAAGTGAGGAGCTGCTTCATTGTTGTTTGGTAATGGTTACTGGTTTAATGATGATTACTGGTTATTTTTGTTTCACTTCTGGTTATTGGTAATGGTTATTTGGTGTTTGTGTAAGAAAGATTTTGGCAATTGTAAAGATAGTCTTTTTTTTTTTTTTTAATTGAGATGGGGGTCTCACTCTTGTCAACCATGCTGGAGTGCCATGGAATGATTTCAGCTCGATGCAACCTTGCCTCCTGGGCTCACGCAATCCTCGCCTCCCAAGTACCTGGGACCACAGATGTGCGTCACTACGCCCAGCTAATTTTTGTGTTTTTGGTGGAGACAGGGTTTTGCCATGTTGCCCAGGCTGATCTCAAATGCCTTGAGCTCAAGCGATCCTCTGGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATGGGTGTGAGCCACTGTGCCCAGCCTAAAGACAAGCTTTTCATATAGAAACAGACTCCCGGGTCTTTCGTAAGGAAATATCTGATTAACTTCTTATTTTGTGACTTTATATTAGTTAAGCAGTTTTAAAATAGTAAAACTAATTTGGCTCTTAGTAGGATATCCTATTATATCTCACATAAAAGCCATCTCAGATAGGTAGGAATTGGCCTCATGTATTTAAAGACCTCTGCCCTCCCTGTTTCCAAGATTTAACAGCTGCCATCAGGACAGCGGTCATAGCTAATCCTGTTATGCCAGTCTTAGTTTAAACCCATTATCCTTTCTCTTCGTTAAGACTGTCATGAAGTTCTTCCTTTACTTTTCTTATGCAGGGTGAATATTCCACATTTTTAATGTATTTGGGCCTGTTAACATTCTGCAGTGAAGCCAAGCAGTTGGTTAAAAGAGTCCTGCATGTTTTTAAACAGTTTCCTTTTTAAAGCATAAAATCTGCATCTTGGCTGGGCGCAGTGGCTCACTCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCAGAGGCGGGTGATTACCTGAGATCAGGAGTTAGAGACCAGCCTGACCAATATGGTGAAACCCTGTTTCTACTGAAAACACAAAATTAGCCGGGCATGGTGGTGCATGCCTGTAATTCCAGCTACTTGAGAGACTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGACGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCACCACTGCGCTACAGCCTGGGCAACAAGAGCGAAACTCCATCTCAAAAACAACAACAAAAAACTGCATTTCCTCTGGAGTAAAACCAGCTTTTTGAATCTGATAATAAAACAAAAGCTGTTTTTTCCTGCTCTCTACTAATAGAAAGTCTTTATTAACTTTACCTTACTGGTTTTGTTAGTACAGTGACTAGTGACTGGTAGTAAATGATAACCTAGTGGTAATGGGAGATCCTGAAGTCTCCTGAATCATCAATGACAGGTCACATTGGGTTCAGTGCAGCTTTAGCCTTTTGAGTATGTTTTATTGTAAGGAGTTCCAAACGCCAGCCACTCCTTGAAAGATGAGGTACCTGGTGATTTGCTGCTGAGTCACTGACCGAGATATTCTTTAAAAATGCAGATTTCCCAGCCCCACTTCCTGGAGATTTTGACTGAGTGGGTAAGTGATGACCAGAGAATTACCTTTTATTTTTTCAATTTTATAATTTATTATTACTACTATGAGGCCATACCATGTAGACGCTACCTTTTATTTTTATTAATTATTTTTATTTTATTTCATTTTATTTTGAGATGGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGGGATCTCGGTTCACTGCAACCTCTGGATCTCGGTTCACTGCAACCTCTGTCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCGAGCGGCTGGGATTACAGGCACCCACCACCACACCCAGCTAATTTTTGCATTTTTTTTTTTAGTAGAGACGGGTTTTCACTACATTGGCCAGGCTGATCTTGAACTCCTGACCTCATGTGATCTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGTGTGAGCCACCACACCCAGCCTATTTATTTATTTTTGAGACAGTCTCAGCTCTGTCATCCAGGCTGGAGTGCAGTGAGGTGATCTCGGCTCACTGTAACCTCCACCTCCCAGGTTCAAGTGATGTGCCTGCCTCAGCCACCCAAGTAGCTGGGACCACAGATGTGTGTCACCACACCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTTACTATATTGACCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCCGCCTTGGCCTCCCAATGTTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGCGTCCAGCAGGAAGCTAGCTTTAAAAAATCTCCCTTGCATCTTTATTTTCAAAAAGCTCCCCAAGTGGTTTTTATTTATTTATTTTTTTGAGATGGAGTCTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGCGTGGCATGATCTCGGCTCACCGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCCGTCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCACGCGCC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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
NA
Protein Impact

5' UTR

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=0.110
Domain overlap (PFAM):

C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0231811=FYVE_2=PU(27.7=30.0)


Main Inclusion Isoform:


Main Skipping Isoform:
NA


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development