MmuINT0133911 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000020696 | Rffl
Description
ring finger and FYVE like domain containing protein [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1914588]
Coordinates
chr11:82818416-82829043:-
Coord C1 exon
chr11:82828730-82829043
Coord A exon
chr11:82818604-82828729
Coord C2 exon
chr11:82818416-82818603
Length
10126 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
CTCTCCCTCTCCTGTGCCAGATT
3' ss Score
9.5
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTCTCAGATTCAGAGAGAACATGCTCCATTGCTGTACACCCAGCTCGTGAGGCCAGTTGGTAACATGGTTCACTCTGCAGCTTGCTCGCTGACGACTGCAACAGTCACCTAGTTGATGTTCATTGGGAGTGTCACCAGCATCTTAAATCTTCCAAGTCAGGGTTAAATGCCCCAGGCATTTTTGCTGGAAAATTCCAGTTTCAACCCTGAGATTCTAAGTCTAACCGCTTCAGGGAGTTCACGTTTCTTGCCTGGTCAACTTATTTTTAAAAGTGAGCAGTCTTCCAAGTTGAGAGATGATTTTAAATTTCAG
Seq A exon
GTGAGTTCTTAAGAAACAGGGCTTCTGGACTGGTGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTGAAATCCCAGCAACCACATGGGGGCTCACAACTACCTATAATGAAATCTGATGACCTATTCTGGTGCATCTAAAGACAGCTACAGTGTACTTATGTATAATAAATAAACAAATCTTAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAAGAAACAGGGTTTCTTTATCATGTGGGCTGAATAGTCATCCAGCTGTGTCCCAGCCCTGAAACACACGGGACCAGGTGACCAGGAAGACAAAGAGTCACTGAAAGGCAGGCCACTGCCATTTTAGAATCAAAGCACAGTTAGTAATGTCTGCCGTGTGCTGCCTGTCAGATGCGTCTCTCTTGGCCAGCTACTTCTGGATGTCACTTTTCATCCCTACGGTTATCTACCTCTGGGAAGTATACAGATTTAAAAAGTAAGTAGGGGCTGGGGAGACAGCTTAATTGTTGGTATAGTGCTTGCTTCAAATCCCAAGGGAGCTGAGGTAGTCAGCATCCTCTCCCAAAATGCCCCGGCAGAGCTGTATGCATCTCTAATCCCAGCCCTGGAGAGGCAGACTCAGGCGGATCTCCAGAGCTCACTTGCCAGACAGTGAAAATCAGAGAGCTCCAGGTTAAGTGAGAGAACTTGTCTCACAAAATCAGATAGAAGGTGATTGAGGAAGACCTGGATGTTGACCTCTGGCTGAAAGAACCTAGTGGGGAAACCCCCACTCAATTCCCGTTCGGCGAGCACCCAAGAATCACGAACAGACGACCATCTTGATGTAAAAGCATGAGGTACTTTAATGAGGGAGCTCCGGGCTGACACATATCTCCCGCAGGAGACAGAGGTGTTGACCACATGGTGGAGCCATAATGGCGGAGCTCCGGTTCGAAACACAGGAGACAGTAGTTTCGACCCCGAGGCTTGGAAGCTAGGGACTTTTATAGAAAAGGGGTGGGGCTGGGGGAGGAATTGGCGCGGTTTCACATGATTGGTCCATTTAAACATCAACAGACTGTCAGAAGGGTGGGAGATAGGGAGGCACTAGGCCAGTCAGGACATGTAAGACGGGCCTGCCTAGGCCATGTCCTGGCCTGTTCTGCTATGTTCTCAGCCCCAGGTTTCAAAGCTCACAAACAACTCTTTGGGCTATTTGACATAAATTACATGAATCACATGTCTCAAGTTTTATTTCCTTTCATGGCCTTTATACGTGTTAGTACCCATGTGCATATGCAGTCACCCACACTTGCACACATACCCATACAACAGAAACATCCAAAGCAGACACAAGCTTAAATTAGCCACCCTTCATTTTTCTCATGGAGGGTTTTTCTTTCTCAGTCACATTGTCGCTGTTAATATGGAGGGTGAGCTTTTTGGTTCTAAGGAGAAATAGAACTCGATGTCTCAGCCGTGCTGATAAAATATGATTGCTGTTTGACGACGTTCTATTCATCCCACAATTTGGGTGTCTGAGTCACATATTATGGAAACTGTGAAGGAAAGCAGGGACATGGGGGCAGGGAGCTTAAATGGGGAGAGCTTCCAGAGACAGGGTCCCAGTTGCAATCAGGGGAAGCTGTCCAGGCAGGTGACACACTGGAACCTGAAGAACCCAGGAGGAAGAGGGAAGTGGGACTAAAGAGCAGAATGGAGGGAGTGGAGGAAGTGCTAGTGGGCCTCTTCAGTAAGAGGTGTGGTGGGGAGTGCTGAGTGCCTGAGAGCCAGCAGGGAGCTCTGGAGGTGGGAGAAGAGTGGAGGTGCTGAGCCCCCTGGGAGGTGGTTGGAATGCTGGGAGCCTGAGGGATGAAGGTAGAGAGGTGTCAGTAAGATGTGGCTGCTTGCATTTGGCTTTGGTGATTTAGGAGAGATTATGTAGAACACCTGGGTCCAGGAGCTTGGAGAAGCTTGTTAGGGGACTGTAGGAAAATATCATCGAGAGGCGTTTTGATGTAGAGAAAATGAACTTTACAGGGGTGAGGGTCAAAGTGGTTTCTCTTTTGCTCTTACAAATTGTATATGTGTTACTAGATGCTTAAGAAATCCCATATAATGTGGTATTGAGGCACATGCCTTTAATCCTAGCACTCAGCAGGCAGAGGCAAGCAGATCTCTGAGTTCAAGGCCAGCCTGATTTACTGAGCAAATTCTAGGGAAAGCCAGAAAGACCTCATTTCAAAAAAAAAAAAACCTGAATAAAACCGTGCATGTGCAAGGTGGCACACGTTTTTAATCCCCACTTATGGAGGGGTAGAGGCAGGAAGATCACAAGTTCAAGGCTAGTCTGATGTGCAGTGAATTCCAGGATAGCCCAGGGCTACCTACACAGAGAAACCCTGTCTTGAAGAATTAAAAAACAAAGCAAAACAAAACAAACCAGTACATATCACAAGAGAAACACACAAACTATACATGTAATTGAATGGATTCTGGTACCTGTGTGATTTCTTAGATGTGGCAGCATTGAGGTTGGAGAGATTGATGGTTCAGAGGTTAGGAGCTCTTGCTGCCCTTATGGAAAACCTGGCTTCCAGTCCCAGCGCCTGTGTCCCGTGTCTGGCAGTTCTTAATGCCTGTGATCCTTGCCCCAAGAAATTTGATGCTCTCTTCTGGCCTCTGTGGGCATTGGGCTCATGGGCACTTACAGACAAGCAGGTACACATACTACACATAAATGAAAAAGTTAAAAAGAAACAGTATTAGCAGAAGATCCCATGCATCTTCCCTCCTGTTGTCCCCAAGTGCCACCTCTGTCCCTGCTTTAGCTGATTGATTGGTTCTGTCTGGCTGGGTTGTCCAAGCTGACCTTAGGCTCTTGGGCTCAAATGATTTAGTCTCCCAAGTAGGTAGGACTGTGGGATATGCCACCATGCAGGGATACACTATCCTAATTCCCACACTTTTTGAATGTGGCCATTTAGTTCATATACATTGGCACGTGTTTCTTTCAGCCAGCGTCAGATCTACGTGAGATCTGTCAGTGCTGTCGTGTATATCTCACTGCTGTCCAAACATAATTTCGTTCTCCATGTTGCCATTGATGGGCATTGGGCTGTTTCTAGCTCGCGGCTATTATAGCAGTGCGTCCATGGATATTGTGTACTTGCATTTGGTGAGTTTGTTATTCCTGGAAGCAGAATTTCAAAGCTATGGAAATAAATGTGTGTCACACACAAACTGTCACTTGTACACACACACACACCATTTCTGATGCACATTCCAGGTTCCTCCTCCTCCCATCAATGTTAGAATCCTACTTGGCTCTCCAGCCTTTACCAACATTTGTTAGACTTTCCTCCGTTTTTTGCTGTACCAGTGGGAATTTGGTGGCAACACTCTGGCCTGTAATTTGTACTTGCCTTATGATAAGGAAAAGTTTTTTTAAAACCTGGGGGGAATCCTGGAGCATGCCTGTACATTGCCAAAAAAGTTCTAATAGGTCAGAGCCAGGGTGCCAGGCTACAGGGTGGACTGACTTCTAAGTCTAGGGCCCTATGGTTAGGGTCTGACTTTCCTATCCATTTTCTGTGACTTTCAGCAACGTATTTCTCTGAACCTTGGGTTTCTTACCTGCACGTGAACGGATCTGCCTTGTTAGGCTCCCTGGAGCTGATGCTGGATGAAGCCCCTGGCTCCACGTCTGGCAGGTCTGGCAGGAAGGAAGGGATGACGGCGGCTCTCTCTTCACTTCGCTTCTCTTTTTTTTCTTTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAGCTCACTCTGTAGACCAAGCTGGCCTTGAACTCGGAAATCCACCTGCCTCTGCCTCTGCCTCTGCCTCTCAAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCACACCCAGCCCTTCACTTCTCAAATACATACATTGTTATCAGTTACTTCAGAGAACCTTGGCTGTGCCATATTGCTGGGCCTTCCTCAGCATTTCCCTCCAAAGCCTCTGCAGCTGTACTTTAATTGCTTTTTAAGGATAGCATACAAGATGAAACTCAACCCATCCTGTATTGACCATCTATAACACCAGATACTTTGCGTTATGCACTTAGAGCCTCGTTGCTGTCAACCATTCCAGGAATACATTAGTGGTCATAGGTGGACCACCCCTGGGTAAGTGAGATGATTCAGCCACTTGATAATTTGCTGTGTCAAAAGGTACCTCCCTGAGGCTGGAGGTGGGGGGCGCTCCAACTGGGTATTTTTTAAGGGCTCTTTATAAGGTCCTATACAGTGGGTTTACTATGAATGTGTTAATTCCTGGATATAGCTCTTTGCATCTGTGAAGCTCCCATTGCAGAGCCAGTGCACTGAACGTTTAATTAGAATCAGAACAGGTTGCATGCAAACCTTGGGGACATTAATGTCTGTGCAAGGGTGTCAGAGCCTCTAGAAATTGAGTTATAGGCAATTGTGAGCTGCCGTGTGGGTGCTGCGAATTGAACCTGGGTCCTTTGGAGGATCAGCCAGTGCTCGGAACTGTTGAGCCATCTTTCTAGCCACAGAACTCCCTTTCTAGCCCCACTCCTTTCAAGCCCAGGCCCTTAACAGCTACTGATCTACATTAAGTTGTTTATTTGCCTTGGGCAGGTGTTCAAAATGGAGGAATGTTTTAAAATTTCTTAGGAATGTACTTTGTTGTTGGTGGTAGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTAAAGAAACCATTATTATTTGCCTTCTTGCCTCTATGGTGGTGTACCAAACCCACCTGGAATAGGCAATATTTTGCTCTGTTGTTAACACCATAGTTTTCCTGTTCAGCATTAAATGCCAACATATCTCCCGAAGTTATAAAAATTCGTATGCTCGCTAGCTTTCCTGTAGGGAGCCTCCGAGAACAGTGTGGCTTTCTCATTCACTCCCCATCTTGCATC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Seq C2 exon
ATTTTATCATGTGGGCATCCTGCTGCAACTGGTTCTGCTTGGATGGACAGCCTGAGGAGGCACCACCACCACAGGGAGCCAGGACACAAGCCTATTCCAACCCTGGGTACAGCTCCTTCCCTTCCCCCACAGGCTCGGAACCTAGCTGCAAGGCCTGCGGGGTCCATTTCGCAAGCACAACCCGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000020696:ENSMUST00000074515:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.152
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0231811=FYVE_2=PU(29.9=31.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types