HsaINT0139630 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000092871 | RFFL
Description
ring finger and FYVE-like domain containing E3 ubiquitin protein ligase [Source:HGNC Symbol;Acc:24821]
Coordinates
chr17:33353393-33416294:-
Coord C1 exon
chr17:33416124-33416294
Coord A exon
chr17:33353581-33416123
Coord C2 exon
chr17:33353393-33353580
Length
62543 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGG
5' ss Score
10.07
3' ss Seq
CCTTTCCTCCCTTGCACCAGATT
3' ss Score
7.93
Exon sequences
Seq C1 exon
TTCCTGGGGCCGCCCGTGAGGATGTCGCGACCGCCCCCGGGTGCCCCTCAGCCCCAGAGACGCCGCCGCGGCGGAGTCCGCAGCCTCCCTGCCTGAGGCGTCCGCGGCCGGGATCCGGCCCCTCCCCTCGCCTCCTCTCCTAGGTGCCGGCCGGGAGGGCGGCCGCAGCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATTTTATCATGTGGGCAACCTGCTGCAACTGGTTCTGCCTGGATGGACAGCCTGAGGAGGTCCCACCACCCCAGGGAGCCAGGATGCAGGCCTATTCCAACCCTGGGTACAGCTCCTTCCCTTCCCCAACAGGCTTGGAACCAAGCTGCAAGTCCTGTGGGGCTCACTTTGCAAACACGGCCAGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000092871-RFFL:NM_057178:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.100
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0231811=FYVE_2=PU(28.8=31.7)
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)