MmuINT0133909 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000020696 | Rffl
Description
ring finger and FYVE like domain containing protein [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1914588]
Coordinates
chr11:82631918-82684712:-
Coord C1 exon
chr11:82684510-82684712
Coord A exon
chr11:82632106-82684509
Coord C2 exon
chr11:82631918-82632105
Length
52404 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGG
5' ss Score
10.07
3' ss Seq
CTCTCCCTCTCCTGTGCCAGATT
3' ss Score
9.5
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATTTTATCATGTGGGCATCCTGCTGCAACTGGTTCTGCTTGGATGGACAGCCTGAGGAGGCACCACCACCACAGGGAGCCAGGACACAAGCCTATTCCAACCCTGGGTACAGCTCCTTCCCTTCCCCCACAGGCTCGGAACCTAGCTGCAAGGCCTGCGGGGTCCATTTCGCAAGCACAACCCGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000020696-Rffl:NM_001164571:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0231811=FYVE_2=PU(31.8=33.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: