GgaINT0132816 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000002225 | RFFL
Description
E3 ubiquitin-protein ligase rififylin [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001025882]
Coordinates
chr19:4478902-4492528:+
Coord C1 exon
chr19:4478902-4478932
Coord A exon
chr19:4478933-4492343
Coord C2 exon
chr19:4492344-4492528
Length
13411 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTGAGA
5' ss Score
4.74
3' ss Seq
ACTTGCTTTTCCCCTTTCAGTTA
3' ss Score
11.7
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGAGGAGACGGCAGCGGGGCCCGGAGCGGG
Seq A exon
GTGAGAGGCTGCGGGGGACCGGCGCGTGGGTCTCGGAGCGGTGGCCCGGCTTCCCTGCCCGGGGCTGAGGGGCGCGGATCCCCCTCGGTGTGGTCCCCTGAGGGCTGCGGGCTCGGCGGGCCGCGCTGGCGGCGTGCGGGACGGTGCGGTTTGGGCTCTGCGGCACGGGGAGGTCCGAAACCGGGAGCTGCCGGCCCGCCGGGGGCAGCGCCTTCCTGAGAACCGTTCGCGGCGTTTCCTGGGGGGGTGAGGGCGGCTCTCGGCTCCTTCCCGGCGGCTCTGCCCGCGCGGTGACACCTGTCGGCCCTCCCTCGGGATGTGAGCGGCAGCGCGCCGAGGGCTTCCAGCAGCGCTGCGCGGGTAGCTGTGCCGTTAACGCGGTGTTGTAGCGTTACGGCTCTTTGGTTAAGGTACGTTCGGGGCAACGTGTGCCTGGCCGGGACGTAGGAGCGTTTTCTTTGTGTGTCTCCTCCTCTCGGCCCGGCTGTGGTGCTGTGGGAGGCAGCGCGGGGCTTCGCAGCGCTTCCCCCTTTTCCCACGCCGTGGTACCTCTGCGGAACTTCCAACGCAGCCCTTTGCAGCGCCGGGGTTGGGCTCAGTGTTGGTTATGGGGCCCTTCCAGCTCAGGTTGTGCCATCACTGTGTGTTTCTTTCTCGGTTCTCCTTTGGTTGGGATGGGTGACGGCAGGTGCTGCAGGAGCTGCCGTGTTTTGTGTGTCACAATGTAGCGGGTTGTGCTTAAAAGCTGTGACCCCTATATGTGAAATTAAGGGACAGTTAAGGCGTGTAGGTGACGATGTGGGAAAAGAAATAGCATTTACCCCTTGTTGTCACCTCCACTGCTTTGTGCAGAGCTGGGAAGGGGAACGTGGAGCTGTTGGCTCTGAATGCTCGTTCTTATCCTGTTTGGATCCTGTCGTGCCCCATTGCACAATGCTATCTCTTTAACCCATTTTGCATTCCCAGTGGTTGGGAGGAAGGTCTCTTCGTTCTCAGGGACCTTTGCTTCTGTAAGCGTAATTATGTTCAGTAGAACAATTGGGTCTAATGAAACCTAATGACTTGCTCAGGCTATTGTTGTGTTTTCTATTAGGGGCAATTCTCTCTGCTTGCGTGAGCCCTGCTGCAGCTCCCCAGCTGTAGCCCTCTGTGGTGCAGCCGTCCCCCCGGCTGGTAGCAATTGGGCTTAATTAAAAGCTGATTGCCATCGCGTTGGTGCTCATGGATAAGTGCTTAACAGCTCAAGTTTCTGTTGAATTGGAATAGCTTTAAAGCCATAATTTAGATGCAAACTCTTCAGTCGGGCTAGAGCATGAAACTCCAGTGCTACACATAGAAGGGTTATTAAAAGTGGTGCTTCAGACTCTGCAGCAGCTTGGGCAGGCTGTCAGGTGCTCATCAGTTGCAGTGATCCGTTCGTGCTGCCCTTGCTGACTCACCTGGGGCTGCACCTGATGCACAGCTGTGGTCTGCATCCTCACCTCCAGCTGGGGGAGATGCCGTCCCTGTGCTGTGCCCATTGGTGTTGCTGGAATATGTGGAGGAAAAGACACCTTTTGTTAGGTGTAGGTTACCTTTCCATCTCTTAGAGTGCACTGTTGTATGCATGTAGGGTGTCTTGCAGTGTCTGCTCTCTGAAGCCTTTCAAAGGCCCTGAGGAATATGGAGCCTGATCCAAAGATAAGAAACAAGCAACTCCTGTGCCTTTGAACCGGTGCTTAGGGGTGGAAGGGGGAGAGAGATTAATGTCTGATGAAAGAGAGACAGCGAGATGTGTGCCCATCTTAGGGTGAATGGGGCAGTAACTGCCCTTTAGCTGGATGAGAGGAGCTGCAGCTGTGTGGTAATGAGCATGGGGGAACCTGGTGCTTCTCTGTAGTCTGAGCTGGGATGGGAGCATGGCATGAATTTGCTTCATGCAACCCCCCCCTTCCCCTGTACCCCAGCACCTGTCTGTATCCCCCATGCTCTGCTGGTTTTCCTCTGCTTCCCGGTGAAGGTCATGGCAAGAAGGCAGAGATTAGTGCTTTGAGCTCACACCAGCTGGCACTGAGGAGCCAGAAGGCTCTGCAGGATGAGTAACTGTGGTCTCCATCTCACAGGTGGGGGGGAGAGCCGGAGTGGGAGAGTTGCAGTGCCCTGAATTGATGTCAGAAGCAGCTCTTGTCTGCAGGCTGGGCTCTGTCACCAGATGGTGCATCCCTCTGAAGGTGGTTATTCAGTCTCCAGACAGCACTGCCAGGTTGAAAAACCACAGTTTTCTGTAAGAGACAGAGTATGGCTGTCAAATGGGGATCTTACATCTTTATTTTCTCTTCTTTCTCAGCCAGTTTCTCAGAGCTGAGATAGAGCTCGTTCCAACTTAGAGCCTTTCTTGGCTTTTTAGATCTATGTTCCCATGAGGTACCACTTGCTTTAAAAAGAGCTGTTGCTTCCTGAGGGGCTGTTTGTTCTTCTCTCTATCATCTCTGAGTTCTTCCCATTAGTGGTCCTCGAGGTTCTCACTTCAGCCTCAAGTAGGCTTTGTGCTCCAGCAAAAAAACCCCTTACAGTAAGATCGTTTGCATTGTATTTCCATGTGGGCTCAACTATTAATATCAACTTTCTTTTCCTCTTGACACCTTTTCATATTCAGAATGTTGTGGGAAGTGCTTTGAAGAACATAGATAAGCAGTGCCTTTGTGGTAGCTCTTCCTTCAGTCTCCATGCTAAGGGGGCACATGGGGCTGGGGCTGCTGCTGTGCTGCACGGAGATCCCCCCCATAGGACCACCGGGCTGCGTTTCTAAAAGCTCCATTTTAGAGTATATTCATCGGCTGGATTGCTTTCCTTTCTAGATCATTGCATATGATAACTCTGAGGACAAACAGGCCCTTGGTCTCCAGAACACATTTAAAAATGGCAAATGATCCCCCTAAAGAAACGCTTCCTCTGTTTAGATTACCAAAATCATTTTCCTTCTTGGATCCTCGAACCTCTTCCTATGCACGCCTGGCCTGCCGGGGCGGCTGAGATGTCAGGCATGATAGATGGTCAGAGCTGTTTTTCAGTAGTTAAACAATAATGGAGCTGTAGTGCTGCGGCGGGGGAACACTGCGCTCTGTGTGCGGACTTCGTCCTGCAGAAAGTTTCAATTGTTCCCGGCAGGGCTGCTCTGAAACACAGCTTCTATGGCTGCTCGCACAGCTGTCCAAACTGCGGGCTGCCTTGCGGCCGTCACACAAGCATTACCAAATAGTTGGGAAACAGTTTATTTTTCAGCTTCCATGGAAAGTGTGGATTTCCCGGTCCCTTCTGAGTGTATAGCCCAAAAAATGGGAGTTGAAGGAGGTGTTTATGGAGGTGCTCAGGGCTCGGGTTTCTCCCAGCTGACGCTTGCGTAGCTCACGCTGGCTGTTTCTCAGCACTGGGCTTATTGGTCGCTGCGTGTATTTCTGTGTGGGTTACTCAGATGTGGTCTCTGGTTGCGTATCTCTCCATGCACAGCCTCCCAGGTGAGACGTGTCATGTCCTGTGCAGGAGAAATGTGAGAAGGAGGTGATGCACCGTCACTGAAAATAGACTCAAAGCCCCCAACCTTCTTTTCAATGGCCTTCTTGCTCTTTCTTTTCTTGGTGCTTACCATAGCATCACAGAATGGTTTGAGTTCTAAGGGACTCCTTGAGGCCATCTCATCCCACTGCCTGCAGTGCACAGGGACACCCACAGCTCCGTCAGTGCTCACAGCCCTCCAGCCTGACCCTGGGGCTCTGCAGGGATGGGTGCCATCACTCAGAGCAGCCCGTGCAGTGCCTCAGTGCCCTTACCATTGCTGGTTCTAGCTCCTCTGAGCTGAACGCAGCTCCCAGCCCGATTTTTTTGCAATTGAAATTCTCATTTCAGTTATTTCCTACTTCACTCGGGATGACATTCCTGAAAAGAATTGAGATGTTGTTTAGCTTGCTGCTGGCGTCTCCACGCTGAATTGCAGTGCCTACAAAATGTGCATAGGAAATGCAGCTGGAATTCAAAGCGCCAGTAAATGACTGCTTGTACACAGCAAAGCCGTGCAGTTAAAGCAAAGCGCTTGCAGCATTTCTTGTCTGCCCTGGGAGACAGCTTCAACCTGCAGAGCTTCATCTGATAGCGGCGCTGATAGCATCTCTGAACCTTTCCTCGGTGAAAACCTATTTAAAGAGTTTCAGGCTGCATATTCTAGAGATACAACCATATTAAGCTGTTATTTTGTATGGGTTTTAGTTTCAGTTCACCTTTTTGCTATGTTAGATGTTGTTTCTGTCAGACTTTTAAACAGTGTGTTCAGAAAGGACAGCGAAGCCTTTTCACATCACAAAACATAGGCCAAACCCAAGCCTGGTTCATGAAAGACCTGGCTTTGTGCAGCAAGGTAAGGGGATCGTCCTCAGAACAAACCCTGTCTCCTCGCTGGGTTTTCAGGCTGTGTAACTTGGGAGGGTAACACTATGGGAGCCTGAGCTTGTTCCTTAGTTTGGGATGGGACTCTTAACAATACGAGGTAAGGCTTTTATTGCTCTGCCTGAGTAACAGATGTGAGCTTGAAATTAGATCTGGAATGCGTGGTTGTAGGTCCTAAATTTCTGCTGATTGGAAACAAGCCTGAAGAAAAGGATACCAGCTCTTCCTGTCTGCGTGGTCCATCAGCTGAGTCCTCGTTATGGAGGAAATAGCATGCAAGTATTTAGCAAACCTTCTGAACTTTAAACTGTAAGGAGGTCCTAACTATGTATTCACTGCCAGCATTTCTTCCCAGCAGTGCCTTACTTCTGCAAGCTGTGGTGTTTCTCTGAAAGTATCTAACTCCACTGTGGACGTAGCACTGTCTTGAAGAGATAACGTGAACTTGGTTCTGTTATATGCATTGTGTTGGGGAAACTGAGGCACGAAGCAATGAAGTGACCGCATGCAAAGGTCATCTGCAGTGGAGCTGGAAACTGAAACCAGGAATCCTCACCCCTAATCGTCCCTTGTTGTTTATTCAG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Seq C2 exon
TTACTATGTGGGCAAGCTGCTGTAACTGGTTCTGCCTGGATGGCTCACCCGAGGAGATGCAGGCACCGCAGGGAGCCCGTGCCCAAGCCTACTCCAACCCCGGGTACAGCTCCTTCCCATCACCCACAGCTTCGGAGCAGAGCTGCAAAGCGTGTGGGCTGCACTTCGACAGCTCCTCGAGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000002225:ENSGALT00000003484:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.083
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF054587=Siva=PU(52.1=81.7),PF0231811=FYVE_2=PU(32.8=36.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]