DreINT0127508 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000031269 | rnf123
Description
ring finger protein 123 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050208-529]
Coordinates
chr22:34378351-34416192:-
Coord C1 exon
chr22:34416098-34416192
Coord A exon
chr22:34378437-34416097
Coord C2 exon
chr22:34378351-34378436
Length
37661 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCGGTGAGT
5' ss Score
10.49
3' ss Seq
TCACTTTGTCTCCTTCACAGCCG
3' ss Score
9.38
Exon sequences
Seq C1 exon
ATACAGACTACATCAGCACGGAGGAGGAGCAGAAGGTTGAACAGATGCTAACTTTCCTGACGGAGGAGTCCAAGCAGGCGGCAGCCAGTACAGCG
Seq A exon
GTGAGTCCAAAAACACAACTAGTGTCTCTTCGCAGTTGTTTACCATGAGCTGAGTGAAACCCTGAAACAGGGAGGCTGTTCACACTGCAGGAACAAACACAAACCCATGTGAAATAAAAAGTTACAAGTTTATTTTAGCATCTATTGTTAGTTTGCGTCGTTCTTTTATTGGTGCTGATTTATGGTATATTTTGCTTTCAGTTTTTTTTTCCTAATTATTTTCAGTCATTTTTTTTCTGTTTGCGTTTGCTTGTTTTTGTCTTGTTTTTTCTTGTTTGTTTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTATTTGTATTTTTGGTTGAATGTACTTTGCTCTTATGTTTTTTTGCCTAAATTTTTCTATGCTCTGCTTTTAAATTGCCTAAATATTTGATTTTCTGTGTTTTTGTTTTTGTTTTATTTCAGTTTGTTAAGTTTTATTTTGTTTTGTTTTGTTTAAATTCATTTTGTTTTGTTTCATTTTGATTCGTTTTGATTTGTTTAGTTTAAGTTTCGATTTTAATCATTTAATTTCGTTTAGCTTAATTTTGTTTTGTTTCGATTCGTTTCGATTTCATTTGTTTCGATTTGTTTTGTGTCATTTCATTTCATTTTGTTTTGTCTTTTATTTGCTTTGAGTCCATTAGTTTTGTTTAATTTTGTTTCTTTGGATTCGTTTCATTTCTATTCATTTCGATTCATTTTGTTTTGTTTAGATTTGTTTCATTTTGTTTAATTTCAATTTATTTTGTTTCATTTTGTTAGTTTAGTTTTTGGTCATTTAATTTAATTTTGATTTGTTTCAGTTGGTTTCATTTCATTTCGTTTTAATTTGATTTACTTGGTTTTGATTGGTTTCCCTTAGTTTCGTTCATTTCATTTAATTTAGTTTCATTTTGATTTGATTCATTTTGCTTCATTTTGATTTCATTTTAATTCAATTTGATTTGTTTTGTTTTCATTTGCTTGTTTAAATTGACATGAATTGAACTTAAAACAAGTTGTCCCAACAAAAAGCTTTTATACACTCTCAGAAATAAAGGTACGCGAGCTGTCACTGGGGTGGTAGCTTTTCAAAAGGTACAAATTTGTACCTAAAAAGTCCATATTAATACCTCAAGGGTACATATTAGTACCTAAAAAACACAAAAGTGTTCCTCTTAAATTTTTTTAGGTACTAATACATGGTTTTGAGGTACCAATATGGACTCTTTAAGTACAAATGTGTACCTTTTGAAAAGGTACCACCCCTGTGCCAGCTCACGTCCCTTTATTTCTGAGAGTGTATTGTGTAGTTTCAGCCTAATTTAAGTAGTTTGACCACCAGCAAACATTTTTTATCAATTCAGAGAACATAAGCTCAATCTAATAAAACATAATATATTGCTCAAGAACATCTGCAGCAACAGTTTTTTCAGTAGATGATAGCTGTAACCATAACACAAACATTTAGGCTCTATTTTTAGCATTAAGGATGTGTCCGAATCCACTTTTGCTATTTTAGGGACGGAAAAATACGCTCTATGCCTCGGCTCATGGTCTAACAGTGTTGTGCTTATTCTCCTAATGAGTTCTGGGTGTATTTTAAGCATAATGTGCATTAAACCAATCAGAGTTTCATCTCTCATTCCCTTTAACAGTCAGTTGTGTCACGCCTTTGTGCATTTGCTATTTACACGTTGGACTTTGTTAGTGTAAAAACTGAACGCTTAACTACAGAGAAAACAGTTAAAAAGAGCATCTGCTGCGTGAGGATAAAGAACGAGCCAACTAGTGAAATTGGACACTTTGGGGGTGAGGGGTGGGGGGGGGGGGGTGTATTCATGCTAAAAGTTAAAAAACCCCTGCCTTAACATACCTCCATTATAGACCAGAACACCCATGAGTCCACAAAGTCACTTAAATGGATTTGCTATTTAAACAATGTGGTGCAAAACATGAAAATGACAGTTGCGTTGATCTCAAAATAGCAATAAATCACAGCATACAAGCCTTGCGCCTTTTTGCGCCGAGTGTATGATAAATATTTTTAAAAGCAAGCACAATACACTATCAAAAATACAGGGTTCCACACAATGTTTTCATGTTGTTCCAACAAAAACTAAGCTAACATAACCGTTTCTAAAAGTTTAAGTGGATTGAACATAAAAAAATAGGTTGTCCCCAAAAACACTTAATTAAAGGCAGGGCCGGAGTGGGACTCCTTTTAAGCCCTGGAGTTTCAAGCCTCAGACCGGCCCACCTCAGTTCACGACTGACTATATTAAAATAAAGTCATTTCCAAATCAGTTTCTAATGGCACTATCACGTCTTTTTCAAGAAAACAGCTGCTTTAGAACTTCAAATGTTCAACAACCGTACAGTATTATATGACTTAACGATGAAAATGAAAAAAATAAATATATTACTCAGGTGAGGTTCAAACTTGAGTCGACGGCGTTGTAACGCAACGCGCTGACCACTAGACCACAACAGCTTTTCTAATTGTAATGACTCATCTGTGTTACATCATCATTAACCTGCAGGCTGCATCTTGCTCACGAGGCTGCGAGAAAATAGATAAAAAGAGCAGAGCTGCGGCAAAATAATGAATAACAAGAGAGAGGCTGTGGTCAAATAAATAAATAACTAGGGATGTAGCGGTATCAGAATTTCACGGTACGGTAATACCTCGGTATGAATGTCACGGTACGGTATTTATTGAATCATTTACAGGAAAAAGCAAAACTTATGAAAATACTCCAAAAAAAGTGCCAAAAGTGTCAATGACATACAAATTAGCCATCTATCTGTAAGCTTTGAAACAGGAACTTGAATTTTAATAACAAAAAAATATTAAACCATGTAAAAAAAATAAAGTTTTAATTTAGTATTGTTGAAAACTCATCACATTCAACATTTAATCACTCACTCACTTAGATAGAGATGGGTTTAAAGGAAAATTATCATATAAATATAATCTGGTAAAAGCTGGTATCTCTGGGTATTTACAATGTCCCCTGCAACAGAAAAAACCCCCTCTCATTTGGGACTGAGGTTTCTGGGACAAGAGAGATATGACTTGGCCCAGGTCGACAGCAGTGGGTAACGTTGTGCATTGTCTTTCCCCCACTTGAGAGGACAAGCCATGAGTAAGATAGAGGTCTCATGTCTGCATCAATCTGAACAGTGTGCTGACAACACCGCTATTCAGTACGCGCGCGACAACACAGCTGATAAGAACTCGCGCAACAACACAGCTGATAAGAACTCGCGTGACAACACCGCTATTCAGTACGCGCGCGACAACACAGCTGATAAGAACTCCCGCGACAACACCGCTATTCAGTACTCGCGCGTCAACACAGCTGATAAGAACTCGCGCGACAACACAGCTGATAAGAACTCGCGCAACAACACAGCTGATAAGAACTCGCGTGACAACACCGCTATTCAGTACGCGCGCGACAACACAGCTGATAAGAACTCCCGCGACAACACCGCTATTCAGTACTCGAGCGACAACACAGCTGATAAGAACTCGCGCGACAACACAGCTGATAAGAACTCGCGCGACAACACCGCTATTGAGTACGCGCGCGACAACACAGCTGATAAGAACTCGCGCGACAACACAGCTGATAAGAACTCGCGCGACAACACAGCTGATAAGAACTCGCGCGACAACACCGCTATTCAGTACGCGCGCGACAACACAGCTGATAAGAACTCGCGCGACAACACCGCTATTCAGTACTCGCGCGTCAACACAGCTGATAAGAACTCGCGCGACAACACAGCTGATAAGAACTCGCGCAACAACACCGCTATTCAGTACGCGCGCGACAACACAGCTGATAAGAACTCGCGCGACAACACCGCTATTCAGTACTCGCGCGACAACACAGCTGATAAGAACTCGCGCGACAACACCGCTATTCAGTACGCGCGCGACAACACAGCTGATAAGAACTCGCGCGACAACACCGCTATTCAGTACGCGCGCGACAACACAGCTGATAAGAACTCGCGCGACAACACCGCTACTCAGTACGCGCGCGACAACACAGCTGATAAGAACTCGCGCGACAACACCGCTATTCAGTACGCGCGCGGCGACAACACCCGCTTTAGAGTTTTCCAGCTCTTTTTCATCCCCGCTTCTAGCAGCACACTCCATTTCCGCATTACTGGATGTGTAGCGACAACAGACCGCAAGGGATGATGGTCAAGCATGGGCTGATGGGAATTGTAGTTTTCGCTACCTTCCGTTCGCTTCATTCGCCTGAGCAAATTTTCTCAGAAGACCTATAGTTTTACCGAGTCATGCGACTTCGGTAATATCGAAAAAAATTTATATTGCGGTATGACGGTATTTACAATACCGTTACATCCCTATTAATAACTGAATGAAAATAGTACGACTGCTGAGAGCAACAGAGTCTGGAGCTAGGGACACCGGCCCTCGCGGCCAAAAAACTCAAACAATTCTCCCGGTCCTCCTGATTAGCCAGTATAGGCCTGATTAAGTAGATTGAACAAGCAACAAAAATCATGGAGTGTAGTAAAACAGCGCCTCATAACATTGTCTGAATTTGCGGAGGACCGACCTGTTCACTCAGACCAATGGTAGACAACTTCACTTTCACCTTCGCATCTTACAGTAATGTACAACTTTACGGTCCTTCAGCAATAAATCTGCTGCAGCTTTTAACAGCCTGACGGAGGGTGGCAATAAAAGCCTGTTAGTGATTTTTCTGAAGTGGATTCTCAATGTTCCCCGAGGTTTCTGCGGCGTGACAGTAATGTAATGGAAGCCCCATTCAGGTCTTTCCACAGCCGGTACTCTGAACAAAACCTCCCCTCGGTCCACCGCAGCATTAGACAGCAGAAAGTCCAGCTCTTTCTCCTCTGCGGAGAAATGTGATCGTCTTTCGCCATTTCCCACAATGCAGCAGTAGACCTCGGCAGACACAGAGCAGCCAATTCGATTTGAAGAGATAATTCTGCTCT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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
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C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]