DreINT0131422 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000086819 | scn1a
Description
sodium channel, voltage-gated, type I, alpha [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-751]
Coordinates
chr9:50225209-50227211:-
Coord C1 exon
chr9:50227057-50227211
Coord A exon
chr9:50225383-50227056
Coord C2 exon
chr9:50225209-50225382
Length
1674 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGG
5' ss Score
8.3
3' ss Seq
ATCTTCTATCTGTTTTTCAGGCT
3' ss Score
9.84
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTGTGTCCGGAGGTTTCGATGTTGTCAGGTGGACGAAGAAAAGGGCATATGGAAGAAATGGTGGCTGCTGAGACAGACCTGCTATAACATAGTGGAGCACAGCTGGTTCGAGACCTTCATCGTCTTCATGATCCTGCTGAGCAGTGGTGCTCTG
Seq A exon
GTGAGGAAAATCATGCACGTTGTGTTAAATTCGATTGAAGTGTGTATTTGTATAGCGCTTTTCACAATAATTATTGTTTCAAAGCAGCTTTACAAAGGGTGCCCATTATTGCATTAAAATCAATATCAGAAAAGTTAAGGTTATTAGTTATCATAACTTTATTAGTTATTTTTAGTAATATTTCTAACTAATTAATTAGTAACCAATAGCTTTTAACAGTTAAAGTTATTATATGTAAACCTAGTTATCATGTGGTTATATAGTATATACATGTTTATGCATAGATGTTTAATGAAATATATGTGTTGTCCTAAAAGTCTTTGATGGTTGGCATCATCTCTTCACTGGGCTTGGATCTCAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGACAGACAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAGAGGCATGCAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAATAGGTAGAGAGGCATGCAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAATAGGTAGAGAGGCATGCAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAATAGGTAGAGAGGCATGCAGACAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAATAGGTAGAGAGGCATGCAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAATAGGTAGAGAGGCATGCAGACAGACAGACAGACAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAGTTTTTTTCTTTCGTACACTATCTTGGATAGCTTTTTTTAATTTAGTTTGTTGCAATGACTTCTGCTTGTATTTCAGTTTATTGATCAGAGATCTTCATCTTCTATCTGTTTTTCAG
Seq C2 exon
GCTTTTGAGGACATTTATCTGGACACAAGGAAGAGCGTTAAGACCATACTGGAGTTTGCTGATAAAGTTTTCACCTACATCTTCATTCTTGAGATGCTGCTAAAATGGGTCGCATATGGATTCGCCAAATACTTCACCAATCTGTGGTGCTGGCTGGATTTTGTCATTGTTGAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000086819:ENSDART00000161648:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF065128=Na_trans_assoc=PD(21.2=84.6)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=PU(17.3=66.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
CGGAGGTTTCGATGTTGTCAGG
R:
AACAATGACAAAATCCAGCCAGC
Band lengths:
318-1992
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]