DreINT0131788 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000011490 | scube3
Description
signal peptide, CUB domain, EGF-like 3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060717-1]
Coordinates
chr23:41454706-41485576:-
Coord C1 exon
chr23:41485454-41485576
Coord A exon
chr23:41454823-41485453
Coord C2 exon
chr23:41454706-41454822
Length
30631 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGC
5' ss Score
10.08
3' ss Seq
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3' ss Score
12.26
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATATAGACGAGTGTTCGTTTGACCGGGCCTGTGACCACACATGCATAAATTCACCCGGGAGTTTCCAATGCTACTGTCATAAAGGCTACGTCCTCTACGGCGTGGCTCACTGCGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000011490:ENSDART00000102879:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF146701=FXa_inhibition=WD(100=85.7),PF0764510=EGF_CA=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF0764510=EGF_CA=WD(100=95.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]