DreINT0132875 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000000189 | sema6e
Description
sema domain, transmembrane domain (TM), and cytoplasmic domain, (semaphorin) 6E [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040724-119]
Coordinates
chr16:30291396-30296942:+
Coord C1 exon
chr16:30291396-30291533
Coord A exon
chr16:30291534-30296867
Coord C2 exon
chr16:30296868-30296942
Length
5334 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTGAGT
5' ss Score
8.4
3' ss Seq
GTGTGTGTGTTTTTTAGGAGCTG
3' ss Score
-6.99
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGTAATGTGCGTGGGGAGGACCGGAGGATTCTGGGATTGGAGCTGGATAAAGACCATCATGCCCTGTTTGTGGCCTTTACAGGTTGCGTAATCCGTGTTCCACTCAGTCGCTGTTCGGATTATGGAATCTGCAGAAA
Seq A exon
GTGAGTGATACATTGTACACAAAACCAATACCCACAATCCCATTAAATATACTGCATATTACATGTCAGATCACATAATACAGTGTATAGAATCCTACTCCTTTTAAGGGTTTTTTTTAGTGTCTATAGACCATTTTGGGGGATGTAAACAAATACAATAGTCCCAACGTATTTTCTGTTTTAATTCGGACTGCAAAAACAGCCTCACTGTTAACTACAGAAATTACTGTGGCCTAAATTTCCAATCACTGCATGTCAACTGGGTCAACTGGCAACGTTTTTGTATAAAGCAAATAGTCACACAAATGTAAAGGTCATGATGACTCTAATAACCAGCTTGCGCGTGCCTCTTGTCTGTGACTCGTACTGTATCAAAGTCACACAAGTTCGTTAATTAACAAACTGTGCGTTTTCTTTTTGTGTGAATACATCCATAATATCCGCATAGTTGTCCAAATTTATCGCCTGCGAATGTTTTATAACGAACGTGCGCCCATAGCTAGACTCTAAGGTGTTCCAGTAGCTGTTCACTTTTCCTATCAGTGAACTCCAATAATGTCCAGCTACAGATCGATATGTTACAATAGATTTAGAAGGTTTTTAAACTTTATTTAACATTTAGGGTCAGGGTTAGGTTTTTTATATTAATGGATATAGATCAATAGATGAATAGAAGTCAGCCTAATTCAAAGCAGCAGCGATTTTTTTTTTTTTCTCCCATCTGCTGTAGTCCTGTCAGGTTCCTTTATACTTTGCAGTTGTAAAGAATAACTGAAGAATTAAGGAGCTTTGAACCTGTCTGCGTTTAAAAAAAATTTAAATACACAATATTATATTTTATATAATATAAAAAAAGATATATAATGTTTTCTGCTACATTCATTTTTTGATTTCTTTGTTTATATATATGTACGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGCGTGTGCGTGTGTGTTTGTGTGTTTGTGTGTTTGTGTGTTTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTATGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCTTGCGTGCGTGTGTATAGTGTTACCTCTTGGTTGTTTTCCAGCTGTGGCGGTAGACCAATGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTAATAAAATTATGTACAAAAATAAGGGAATAATAGACGGTAAAAGAAATGTTTTGCTAATAAATAAAGCTTTAAAATAAGAATTTTCTCAAGACAATCAGTTTGGGTCTTCAAAAAATTTTGGAAAAAAAGGTTGAGAACCCCTGATCTATACTATTTTAATCAAGCAAATTCACAAGTGTTTCTGTCATAGCAGTTTCAAACATGAAGCTGGATCCAGTATGGTAAACTCTATTGACGATGCAGTGCAGCAGCTCAGCCCTGAGAGAAAAATTTATGACAGTTGTGCAAGAATCTTCTAAAAAGTCCTATGCGCCGGTTCTCTTTTGATCTATTATGGATACATTCTCCATAAGTGCGCTGAAAGTGGTGTGTGTTTCCAACGACATGCATTCTTAAACGCATTCAAATTTAAACACAGATGCATTTTAGAGGGCAAAAGGTTTTGGATTGTAGCTCAGTGATGGAAGATAACTCTGAAACGTGCCGCCGTTGATGTAGACGTGTTTCCTCCATCACATGCTCAGTCCTCCAGCCAGCATCACCACATGCTTTGACTACTCACACGCAAATTAGAGCCATCTGATTGGCCACAGGCCACGACAAAGCAACCGGTTTCTTTTTTCCACACAGCTGTAGCATGAGCTGTGTTTCCTTTTAAAATAAGATCTCCAAATCCTATCAGGGAATTTCAGTCTTTCCAAAAACAATCCCGATGTCTGATCCAGCCGTGCCTTAACTTTTTACCAATCTGTTAGCTCATGCCTGCTCAGCCTCAGGAGAAACACTCACATGGGATTCTCTGTGGACTTGTGAGAAAACATCTCTTTTTTTTCCCCCCTTAGATTTTTTTCACTGAATTGTTTTCGCTCATGTTGAGTGCTGGATGCAAAAGCAACAGTGTTTGTTTAAATTCAGACTGTTGTTTTTTTTTTTACTTTAAAAGAACAGAAAAAGTTTGCTGTGGTCAAAAAAACGTATCAAAGGTTTTCAAATGTACGTGCATCATCAAACAGAATTGCAGAAACAACAACAGTTGTTTTCAAAGGAGGTTTCCTGTCAAACAGATGCTGTTGGTTGAGCGGATTTTGCAACATCATGCTGGTCACAAGGTTTTATAAAACAACAAAGACACACTGTTTATACCAAAAAATCAAGTACATTAAGAGTGCAAAGATATTATCAATAAGAGAGTGTGAGTGTTAGAAAGACAGAATAGTGGTTTTGTATTTAGAAATAGATAGAAAAAAATAGAACAGGAAATGTTCATTTTTTAAGTACACAGAATAGAAAATAGTTAATGATAAAAGTTAAAGTGCTGTCTTGTTTAATGATAAGACATGGTTTTATATTTGAAAAAGTATATACTGTACTTTGGTTACAATAAATATCTTTGCTCAATGAAGCCCACATTTTTTGTATGTATAAATATTGTCATGTGTTTTGATCAAAACTATTTTGGAGTCAATTCAAGCAGTGTGTACTCCCCTCTATTCTTCGAAAGTCATAAAGAAAGTGGAAAAATTGTATCCATCCAATCTATTGCATTGAGTGGAAGGAGAGTTCACCTTATCATGAGCAGGATTAAACCGAAATTCAACATTTATTTCAGCAGATCAGTGGTGATTTGATGCTTTGCCTGTGATGCTGCAGCTACATAATGAAACTAATTTCTGTAAATAAAGTAACCCTGAGATACACTGTATAAAATACCTGTTAATTATCAGTTTATGTATTTTATGTTTTCCATCTATTTACGGTTGTGAATTGCATTTTAGGATGTTGATCTCTGCTCTGTCAACTTTGGATGTTGAAAATTCAACTCTACTACAGTTTAACAAAGTTACTTTTATTGACATTTTAGAAGCTTGAAATAATATAATGTATAAGAAATAATATGAAAAAAATAAATGAAAATGTAAAATAACAGAAAATCTACTGAAAGCTTATTACATGGTTTTTGCAGCATAAAATACAACACCAGCCCAGACAATATAGAACTTTAAACTATTAAAATTGTAATTTTTTTCCAACTTTTTAGGTTTAAAGTTGTCAGAAGAAAGATCAAAGTCTCATACTGGAATTCAAAAGCATAAGTAATAAAAAATAAATAAATCACAAAGTATGGAGAACTGTTAATTTACTGATATTTTTTACAGTGCACGCATGAAACATTGGCATGAAAAAAGGTGCGCAGCAGGCATTAGAACTAGCACACAATACAGCAGTGGTTAACCATCCACCACATTCTGTCTTTATATCACACTCTTTGTAATAAAGTGCTCTGCTCTCAGAGTGACAGCATTCTGGATTTTGGCTTTTGCTTGTATGGTGGCTCTGGATTGTCATACACCTTTAAAATGATTTCTACAAACATGAACACAGAAAAAAAAATGTAACCCGAAGTGCTCTCATGTTTATGATAAGACAAGGATTAAAGTTTCCAAAGTAGTGTATAAATGTGATTGACACGACGAAAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCAAAACATGCTAAACTTTTGATTAATATTTGTATTACACTACCTGACAAAGGCTTGTCGCCTATCCAATTTTTAGGAGCATCAAATAATAACTTGACGTCTTGTTGATCATTTGTCTTATGTGAAAGGCAAAGGCCTCTAGATTACACTTATTTTACCAAAAAAAATCTGATCATGCCTTAATTTTTAATTATTTAAATAGGACAAGAAGGTCTGACTTTGCTTAGACAAAAGTCTTGTCACTTAGCAGAAATAATGTAGAATATAGAATATAAAGTCATGTGGCAGTGGGAAAAAAAATATATTGTGTATTACTCCCATGAGCTTGTCCATTAATCTCTGCAATGACTCAAATAACGTATTAATAAAGTCATCTGGAATGCCAAAGGATGCGTTCTTGTAGGCCTCCCAGAGCTCATCAAGATTCTTTGGATTCATCTTCAATGCCTCCATCTTACCCCAGACATGCTCAATAATGTTCATGTCTGGTGAATGGGCTGGCCAGTTAGAGTACATTGACCTTTTTTTCTTTCCGGAACTTTGATGTGGAGGCTGAAATATGAGAAGGAGTGCTATCCTGCTGAGGAATTTTCCCTCTCCTATGGTTTGTAATGTAATGGGCAGCACAAATGTCTTGATTCCTCAGGCTGTTAAAGTTGCCATCCACTCTGCAAATCTCTCGCACACCCCCATACTGATTGTAACTCCAAACCATGATATTTCCTTCACCAAACTTGACTGATTTTCTGTGGGAATGCAGGTTCCCATAGGTCTTCTGCAGTATTTGTAATGATTGGAATGGCGTTAAACAGATATTTCATCTTTCTGATACTTTTCCAAATGATCAACTAAGTCAAGTTATTATTTGTTGCTCTTACAACCGAGATCGACAACTGTAATTTTGTCATGTAATGTATACTGTCAAGCTTAAAGCTAAGTAAGTTAAAAATTTAAAAGTAACATTTAAGTTAACATTAATGTTTAACATTATTGTTTAAAATGTCTTATGTTTAAAGTGTGAATATTATAGCAGAAATACAGTTTCAAAAGCCACCCAACCCTTATGTTTTGTTTTTATTTTTCCATTTAACTGGGAAAAGAGAAGGCATTTCATTATTTTCAACACATCTAACCTTTAACAATAGATAAACAATAGGTGAAAGGCCATAGCATGGTGAAATTAACAACCTGTGAAGAACAAAGAAATAACGGAAAGGCGGAAGTGACCTCACATATAGTCACCTCATGCATTTTGTCCTTTCTCCCACTTTCTTCCACTCGCTTTCCTTCTGTCTCACTATCCACTATCCTTGCCAGCTTCCCCATGTATTTG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Seq C2 exon
CTGCCTGTCCTCACGAGACCCCTATTGCATCTGGCTGAGCGCAGGGAACTGTGCCACGGTGGCGCCGGGATTCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000000189:ENSDART00000135723:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0140314=Sema=PD(1.2=10.6),PF0143720=PSI=PU(13.8=19.1)
A:
NA
C2:
PF0143720=PSI=FE(39.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]