DreINT0133543 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000099021 | setdb1b
Description
SET domain, bifurcated 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-061013-224]
Coordinates
chr16:22087559-22093651:-
Coord C1 exon
chr16:22093563-22093651
Coord A exon
chr16:22088214-22093562
Coord C2 exon
chr16:22087559-22088213
Length
5349 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTGAGC
5' ss Score
6.39
3' ss Seq
TTGCCTTTGTGTTTTTACAGGCG
3' ss Score
10.85
Exon sequences
Seq C1 exon
CATAGCTGCAGCCCCAATCTGTTTGTCCAGAATGTGTTTGTGGACACTCACGACCTGCGCTTTCCCTGGGTGGCCTTCTTTGCTAGCAA
Seq A exon
GTGAGCATGACATCAGTTTTTTTTTTTTTTTATCAGCCAATATTATACGACTATATTCACAGTTACAGTATGCTACCTTTGCCATCGTCAAACACCTAGTGTATAAAAATGCTACTTTTGTTAAACATAATCTTTAGCTTTTAGATCAGGGTTTCTGCAGGTTTCACCAAGTCAAATGTAAGACTTGTTAAGATCTTTTTAAGACCATCAAGAAGAAAATTTTAGACTTGTTTAAGACTTAACTAAGGATTTTTTTTTCACTTGCCCCATTAAAAAACAAATTTTAATTAGCTATTTCTTAGCATATTTAAAATAATGTGTCAAAACAAGTAGGGCTGCAACAACTAATCGATTAAATCGCTAAAAATCGATCACTAAAAGCGACAAAGTTCATTATCAATTTGTTGTGTCACGCAACATGAGGACGTTTGATTATAAAAAAAATTTAAAAAGACACTTAAGTTCAGCGCGGAGCAGAGTGAACACGGCCCCTCTTGCGCACTGATACAGAGTTCAGTACCTCAAAGATAGGGATGAGGAGGAAGCGAGTTTAAAAGCAGGGTAAATCACTACAGAATCCTACTTTTGTTCCATTTTGAAGTGAGGACTGTAAAGTCCCTGGTGCTGATATTTTACTCGTTATCCAGCTTGATAAGCATGATAAGTTAGCGTTAGTTCATTTACCCTTAAAGCGGCAACTGAAAAATTCAAACTAAGCTTTGGCGCTGAACCAGAGAAAGACGTATCATATTATCACAATTATGCAGTATTTTAACCGCCTAATGCTTAATGTGTGTTTTAGACTTGTAAATAAACACAAGTACTAGTAAAGCACTACATTAAGTGTTTGTAAAGCACACAAGGAAGTCTAACAATTTGCAGATATGTTTAATTCATATTAGATTCACATAGTGAACGTAACTATAAAGTTGAATCTATTCTTCTCTAAGTTCAACAGCCACTTATTTGCATGCATTTGGGGAGTAACTAATGAGTTTACGTGCTGAATCCTGCGTGTTCTACTTTTAATGAATGAGACAAACACGCAATATAGACCAGGATCACCAACACGCTTATGTGAATTAGAATATCAGGTAGTTGATGACATGAGCAAGCGTGTGAATTTGTTGAATTAAAGAAGAAAAAAAAAAACAAAATAAAAGGGATACATCGGTCATACAGCGCTGTTGTGGCTGCGGCGTGTCACATGACAATCATGATGCATCGCCACGGAAACATTAAGAGTAAACAGTCTAAAATAATGATTGCCTAATAAAGCTCACACCAGGACCATATAGAATCTTTTAAACTTACCAGTGAAAGAGTTAATAACAGAAAGAAAGCAGCGGTGTATACTTTGCATTGCAAGATTGGCATTTTTCCATCTGTTGTCATAGCTACACTGCATTTTCTCACTTAGTCATTTTGTCTAGTTTCCAGTTCAAATATCTAAAAAAATCTTAAATCAAGATTACTAGACAAGAAAAACGAAGAGAAAATGAAATAATGCCTAAAAGTTCTGTTTGCGATTATATCTCATTAAGATTATTTTTCTTACCCCATTGGCAAATAATTTAACTTAAAGCAAACAATCACTTCATTTTAAGTTTTTTTTTTTTCAGAAAACAAGACAATTTTTTATTCTATTTCATGCGTCTTGTATGTATCATGATTTAAGTTTTATTTTTTTTAGATATTTGGATTGAAAACAGGACAAAACTACTTTGTTTTTTAATTTATTATTACTATTATTATTATTATAATTACAGCTCAGGAATGAGCTTTTTTGAATAAAGAATGGGAAATGAAGGCTTTTCTTGTTTTTCTTTTTTAATCCGAATTATCAATTAATAAAAAAACTCAACAGATTAATCGATTCTCAAAATAATCGTTAGTTGCAGCTGTAAAAACAAGCAGACCCTAGTTGTATACATGCTTTAAAAAAAAAACTCTTTTTATTGAGATGTATTGTTGGTGATAGGATATATTCTGAATCAATTAGGTAGCTTTAGAAGTGTTATGAAAGGGGCAGGGCATGTCAGATACTAGAGAGCATTTGATTGGTCAAGATTTGTTGAGAAACAGAAGTATGAGGTGACATGAAAAAAATTGTTGATCCATTTAATGTGGAAGTGACAAACTGCAAACGTTGGATGTTTATATTAGGTTTATATTGTCTAAATATTAATTTTGTCAGCGGTTTGTAGCACACTAGCTTATAGATATCTTTAAGACTATTATACAGTTAATTACATCTAAAAACTTTTATTTTCATTTCATGGGACCTTTGAAAATTTTTTTTAAATAATTTCCATTGAATTGGTGATAAAAAAAAATCCTGGGCCAGTATGCAGAGAGTAGGTGGTGTTTGTGACTGTTTGAATATATTTAAATATATTAGCATCTATACTATTAACACAATCCAATTCTATTGCATTTTCGTCTGCCTCTGGAAGTGGTATAGGAACAAGCTCCCAATAGCTGTGTTTCCATCCACCTATTTCTATGTGCATAAAAAGTCAGTTGATGTAAACGCCAAGATGCACACTGAATAGGATAAACTTTTTATTAACCTCTGAAGGCACAAGGTGTTTTTTTAATGCATTTTTCTCTTTGTTATTTGGGCCTCTTAGAACCTAATTAGAATAAAAACTTTGGGTCTGAATTTACATAAAAAACTTTTTACCTGAATTTTTTTGAATGCCTATTTTACATTAGGCTTGGGCGGTATCCAAATTTTGATACCGTCAAACCGCCTCCATATTTTACCCCGGTATCCGGTATTACCGGCGTAATAAAAAAAAATTATGACGTAAGGCTCAGACAGCGTCACCAAACTGTTGGCTTAAGCCTAAACCATTCAGAAACTGAATACATTCTATGCGACCTTATGCTCGCGGTCAAAGAGAGAGAGACAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCGCAAAGCGACGCACAGCACCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTTTTACACACACACACACATCTCTCCCGCGAGATATTCAGAAATTTACTCCCACACCGTAAGAAATCTGGCCGGCTCCCGCGGAACAGCAGTTATACCTGATAGGTCCCGAGTCCGACAGGTACATTTTGATTGACAGCTTTATACAGCCCAAACCCGTTCACAGCCTACATTGAAATGTGCTCATGCACACAGCTCTAATGCATTTTTTTCAAGAATGAGTCATTTATATGTTTTAACATCATTTATTCATAACAAGCGTAGACTATAGGCCACTTGAAAGTTGGAACAAAGAAATAAAATAAGTCCTACAGCTGTAACATTGTAACATCTCAGCGCTCTATAGGTCTAGGTACATGCACTCAGCCTTTAAATTAGCCTACACACCAATGAAAAGTAATCTTGCTTAACAAATCAAATTAAAATAAACTCTAAATGATGACGGGTATTTTGGCAATAACGAAACTTCTCTTCACAATCTGGCATTAAGGCGGCGGTGAAGCTGAATAATAAAAGAATAATGCCACCATTAGCCTGTATACTCTGTCTACATTATGATTATATGGTTTAATTAATATTTATTTATAATTTAAAAACCCTTTACGCACCAAGATTAGGCTACGTTTGTTTGTGGAGGAACATTATTAAATCCACTGGCTTTAGCGCAGTCTCTCACTCATGGTGCGTCCAGCAGAACTGAACACCCTTTCCTGCGGCTACAGGTCGAGATGCAGAGTTCTGATCCGGCTGATTTTGCAAGTTTTTGGTAGGATTGTTTGTTCATCTTCTACCAGTCAGGAACATGCATTTAATTTTCCATGACAGCAGTTTCACTTTAGCGAATGGCCTCTTCTTTTTACCTGTCAGCTTGCGGTTTAGGGCTCTACCGTAATACGCAGTGTATGAGCGACCGCGAAATACCTGCGGCTGGAATAACCGCTCCTTCTGAGCTAGTGACTGACTTGACCGCCGTCAAAATTCTCTTTTTTTACTACTTCGTCATCATTTGTTTCACCTTTGCAGGGATGGATTTTAATGCAGGGATTTGGATTTTTTCGGGTCTCGCCGGGTTCGGTCAAAGATCTTTAGCTTTAATGCAGGCCTCTCGTTCATATTAACCACGTCTCCCTTCTGTTCAGTCGAAACTCCCAAACTGCAGGACACTTTGAAGCGCGACTCGTCACGTCACCTCTCCCCCTCCCTCTCCCCCTTCTCTCCCTCCCTCTCCCTCTTCCTCTCTCTCTCTCCTCCACACTGTCCCGTGATGACAACCACACATACGTTTTTGTAGGCATTAAATAAAGGATATTTAATATTTTATGACGGTATAACGGTATTGAAACTGACACCGTTGCTATTTTTAAATCCCGCGGTATACCATAATACCGTAATACCGCCCAAGCCTATTTTACATAGAATTTTTTTAACCTACTTTGACTATCAGAAAGTAAAAAACTATTTTTTCCCCCCATTTTGGACAGTTAAAAGTAGTGTTTGGGACATTTCATATGCTGCAAAACAGTTCCAAGATGACGCTGTATGTCTGCAATAAAATATAAAAACATTCAAGGTATTTTAAATAGCCGCTTAAAAGCTAAAATGTGCTGTCCACTTATGTGGAAAATTAAGCCCTAGGAGGTTAAACTACGATGGAAACACTTTTACCGAACAAATTCCAGTATGTGCATTAAAAAAAGTCACGTGAAGTTGTAAGTTGTGATTTTGTTGTAAGAGATGATAAAAATGTGTGTGAATGGACAAACCAGCACATTGTAAATCATCTGAAATGTTGTTTTGGTTATTATAAAATGCCTTAACCATTTCAGTATCAGTTTTATTATATTATTAATTACCTCCAGAACTGTCAAGAGCGTCTGTGCTCCGCATCTCAGACCTTCAAACACCACCACGCATTCATTGTGTGTCGGCATCATCTATTGAGGTGCAAAAAATTTATTAAATAAGGAAAAGCTTCACGCAGCGTCTCC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Seq C2 exon
GCGAATCCGAGCAGGGACGGAGCTGACGTGGGACTATAATTATGAGGTAGGCAGTGTGGAGGGCAAGGAACTTCTGTGCTGCTGTGGATCAACAGAATGCAGAGGACGACTGCTGTAACACACTCTTGAACACATGCACTAAAGGTATCTCCTGTTGGGCCACTGAACACTTACTTGGAGCTCCTGGAAGCTGAATTAGTACAGAGATGTCTGTGCTACTGATAAGAACTCTGCAGACACTGAATGAGGGGGAAATTGTTCAGGAACTTACTGAATTTGTAAAATAGGTGTACGTGAGCATGTCCTGCTTCACAGGGTTCCGCCTTAAACCCTAAATGGGCACATTGTGTCTATCACAATGTCTATCTGTGGTTTACGCAGTCCTTCCCATTAATATCCCTCTTTTTTCTTTTCTTTTTTACATGTATGCAATCATCAGTCTCAACACCCTTCTGTTTTGCTTAGTTATATTTGTCCTCTTTTACATCTGATGTAGTTTTGATAATGAGGACCCGAGTGTTTTCTTTTATCATTTTATTCATGGTTTTTTGTTATTGTATGCTAATGTGTAAATGTGCTTTTGTTGGTCAGTAAGTTTATGAAAACAGGCAAAATTGTACTTTTGTCACAATTTGAATTAAAGTTCTCCAAAGAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000099021:ENSDART00000165824:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0085623=SET=FE(33.0=100)
A:
NA
C2:
PF0085623=SET=PD(14.8=32.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]