DreINT0133583 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000079414 | sez6b
Description
seizure related 6 homolog b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-110628-3]
Coordinates
chr15:24600146-24605491:+
Coord C1 exon
chr15:24600146-24600245
Coord A exon
chr15:24600246-24605482
Coord C2 exon
chr15:24605483-24605491
Length
5237 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTGAGT
5' ss Score
11.45
3' ss Seq
GTCTTTTTGCATCCCTGAAGAAC
3' ss Score
6.01
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTGCAGGGAAAATCTCTCCGGATGTCCATGTCAACGTCGCCACAGTATGATCACATTAGAGGAGAGTCTGCTTTTGAAAACCCCATTTATGAGACCACG
Seq A exon
GTGAGTAAAGCAATCTCCTTCTCAATTATAATTAATGTTGTCAGTTGATTGAAAAATAACTTTTTAAATACAGCATTCAAATAAATGATGAAACAAAAAACACAGTATATTTGTAATATATGTTTATCTTTTTAAAGACTGAAGGCCAGCAGCACTGATACTAATAAAATCTCTAGGAAATCAATATTTCTAATATTTAACTGCAGTGACCATAGCTATTCAACATTATAGCAGAATTGAGAGCTATCAATTTTAACAACATTTTTTAGACTTAAATTAAAATAACAACAACTAATTCAAGTGAACTGTACACAATCTTGACAAAAACCCATTATAACAGGGGTATCCAAACTCGGTCCTGGAGGGCCGGAGTCCTGCATATTTTAGTTCCAACCCCAATTAAATACAGCTGAACCAACTCAAGCTCTTTTTTCTAGAAACTTTTAAGCAGGTGTGTTTAAGGAAGTTGGAGCTAAACCATGCAGGACACCGGCCCTCCAGGACCAAGTTTGGACACCCCTGCATTATAAGAAATCATATATTTAAATATCTGTGCCTTTCAGCAAGTAGAGCATATACAGAAATTAAAGGTTTTAAAAATGTGAGTCATACCAAATACGTATATGCGTGCGCAGTTTTAAAGCAGTTTTAACAAGTATGTAACTGACATACCAAAATTACTAGAATAATTTATAATAAATACCCTAGAATTTTATAGCATACTATAGTAAACTACTTGAATTAAAGATCCTGTGCAGTGCTTTGAAATTTGCATTATTATTGGATGTTTGACGTAATCTCAACTGAAACTTTAAAAACGGTTGGGCATAGAGTCGCCCCTCCCCTTTAAAAAACATCCAATAGCGTTTTGTTTTATCTGTAACGGGGAGACTGACACGGAGGGATCCATTATGCAGTTTTTATTGCTCAAGTTCTCATTTACACACACAATATGCACTAACGTGCAAACACACAACAACCACAGTCTATGATGACAAGAGACTGGCAATGGATAGATGCAGTGAGTATTACCAGGCATAGATCAAGGGCAGGCTGCTAGTATCAGAGTCTGTGAACCAGGCGTGGGTCGTGGGCAGATAGCAAACATCAGAGTCCGTATAACAGGCGTGATTCGTGGACAGGCAGTGAGTATCAGAGTCCGTGTACAAAGCGAGGGTCGTGGGCAGGCAGAAGGCGAAGCAGAGTCAAGAAACAGGCTGGAGTAATACACAGGGAATCAGACAGGAATAACGCTCAGAAATGCTGGCCGGGGATAAAACAAGACTTCGCCATGAATGAGCGTTTGGTGCTGGCTTATAAAGGGTACGTGGGTCATTAGCGGGATTGAGTTCAGCTGAGCATGATCAAGGTGAAAGGATGATGTAATGCTTAGAAGTCCGGAGATGGTGGCTTCTGCTGGCCAGCGAGGGGAATGACTGGGACCGAGTCGGTGACATTATCACAGCTCTGCCAGTTTTTTTTAGCTCAAGTGCATCAAATGAAAAACAATTGAGAAGTGTCTTAAAGGGGAGAGTATTTGATTGGTCAATATTTGATGAAAAAGATTAAATGAGAAACTCATGTATGAGACGTGAAAAGAAAAATCAGATCCATTTAGGTGGAAGTGACAAACTGCAAACTTTGGATTTTTATATCAGGTTTATATTTTCTAAACCAATGGTCTCAAACTCAGTTCTTGGAGGGCCACAGCTCTTCACAGTTTAGCTCCAACCACCTTTAGCTCACACCTGCTTAAATGTGTCTAGTAGTCTCGAACACCTTGATTAGTTGAATCAGCTGTGTTTGATTAGGGTTGAAGCAAAACTGTGCAGAGCTGCGGCCCTTCAGGAATCAAGTTTGAGACCTAGGTTCTAAACATAAATTTTGTCACTAGCTTATAGATATCTTTAAAACTAGCACACTGATGCTGACATCTAAAAAAAGTTCATATTTCACAGAATGGGATTATTTTATAGATGTCATTGTAGTGCAAAAACTATAGTAAAATAAACAAATCACCCTATACTGTATTAGCATTTCTACAAGCGTATATGTATTATGTAAAAGGATTAAGTACATCCAGGCAGTTGCTATCATAGAGTAGAGCCCAACAGGCTAATTATATAAGCTTATATTAAGCAAAATCAAACAACTGGATGTACTTTATCCTGTTTATTACACATCTACTTTCTATAAAACATAAAAATTAGACACCAATATTGTTTTGAGCCATGATAGTTTATTGACTCTTTAAACAAATGCTAAGCTGACAGAAAAGAAAACGGCTCAATGGAGCAAATACGCAGCAAATTAGTCATTCTTTGATCTAAAAGTCTTAATGGTTTGTTAATAGTGAGAATTTTACTTTAAAATTAAGTGTGATCAAAATAAATATGTAATTATCTTATAACAGAATCATATTCCCACCAATGGCATCCATTTGTGGTGATATTTCATGGCAGGACTGAGAGGTACTGATGTGTTCAGTCTTACAGGTGCACATCTGCACTTTGAGCACCATCTGCGCTGCCATATTGCGGGTTCATTTCTGTTATCTAATTAGCTGTAAAGTGGCATTCTGGAGTTGAAATGAAGTGGCGCACAGAGCCACGCCCTCATCATCTCATCATTAGCAATCACAGGATTAAAAACCAGAGAGGAATTGACATAGTTAACCTCATTATCGTAGAGTCTGCTGGAGTATCACCTGTACCGTGTCTGCTTCACCTGCACTCATTGTTCTATACTCACTTTCTACTCTTTTGAAGCAGAAGTGATGCTTTACTGACATCTTCATATTTGCTCATTTTCATGACTTTTTTTGGAGCAGAAAAGGGGGAAATAATAGTGCCAAGTGAATGTAGATGAGCTTTCAAAATTACTAGAAAATGTAATTTGGTCAAAAGACATTATAAAACTAGGCATTGTGAGTTTGTAATACAGATCTTGAAAGATATTATAGCTTTAAGTGATAATGATCAACTTAAATTTAAATTTGTAAGTTAGTAAAAAGTCTGTTTGCATCTATAATTCAGAAGATTGGGACATTTTTTTTACTTTGTATATTTATATATATGTATTTTTTTCTTTTATGAAATCTACAGTGCCCAGAACAAATGAATACATCCCTCACAAATCTCTCTGTTAAATTAATGTTTTTTATGGGATGCTCTTAGTGCAAATACTTTAGTTTTGTCAGTACCAACGCCAAAACTAGATCTAATCTACAAAACAACTTAAAGGGCATCTATGTAACCCTTTTTTCTAAGATTTAAGATTTAGTCTCCAGAAGTTTTAGCGCAAAAATACCCATCAGATTTGTTTTAGTATTACCTTTTTAGTTTTTGCAAAGCAAATGTGACAGGATACACGTTAATATCCACTGCTGTATGAATATCTGTTCTATTAATTAACAAAATTAAACCTGATTTAGGTCCACAAACCAGGATTGAAGCATCTTCTTTAATAATTGTACTGACACTATACGGCTGTGGTGATTAATTACATAGCAATTTTACCGTTTTTATTACAAACATTAACTCTTTTAAAAACATTTAAACTTGTAAAACTTGATCACATTTGATGAAGAATGATCATCACAGTAATATTTGATTGATGATCACAGTAAATATTGTTTTAATCCCAGTTGCTTTGTGCACATCGTGTTTTGTGGATATGATTATACCCATTTCTATTGGGGACATGTTAATACGCGTCTGTCAATCAATTCGGTGGACATGGAAACCACACTCCTACGTCATGTTGTGTCGACCTCAAAATAGGAGAGATTTGGATCCTATTTTAACGTCAGGAAATTTTTAAAAAGAGACTTATTGTGTTTCTATCACTCCAATATGACAGTGTACACACTATACTTATACACAGTTCTGTCCAAACAGCTTACTTAAATGATTTTCATCATACTGTAGGTGCCCTTTAAGATCAGGGGCAAAAAATTTGTACATTCAAATGAATATGTTGAGAGTAAAAAAATGTTAATAAACAGGAAAAATCCTTAAAATCTGACATTCTGTCATATATGTGTTATTTACTTTTCTTACTTTTTTTTTTTTTTACAAGTAAGCAGTTTCAAGGCAGCTTTTTGTATGTATTTATTAGGTCTATGTTTTTTTATTTTGTTTTTGTTTATTATTGAACAGTGCATTGTTAAGTTTATGTTTGACACATAACATAATTTTAATAAAATATTAATCATAATTTTTATTTAAATAAACAGGAAAATCAAGAGAAACATTAATATAACAAATTTAGTTACATTTTTTTGGTTTGTAATTTTTTTATTTTATTTGTATTAGTTTTTTGCAAATCCTTGTTTGAATTTAAATGTATTATATTTCTGTTCCTAAAGATGTTCTTATTTGAATGTATATAACTGTTAAAAAATTAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAATAAAATTGTTTTGTTTAAATGCACCAAAGATTGTGCTCTATATCAGAAATGCCCAAAGTAGGGCCCGTGGGCCAAAGTTGACCCATTGTAACCTTTGATTTGGCCTGCCATTCCCACCTGAGAAGAGAATGAGAAGGATGGAGAGGGTTGAGGCGAATGCCTTTAAAAGCCATTATTTCTAATTTGACTAAACCTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTATTGCTGAGCTACAAAAAAAGCAAACTGAAATTAAAATTTTAATTAAAAGTAAATGTAATTTTTTTTTAAATCACCAAACTGATCAAGCAAATCAAGACAAAACTAGTGCAACTCCATTCTGTTATAAATGAGATTGTTTTTTGTTTTAACTGTAATAAGTTCATTAAAAAAAAAATTTAAATGCTGTATTAGTTAATATAAATCAATGTTTTCTACTTTTTAAAAAATATTCTTAAATAAATTAAGACATTAGTCATGGCAAATATATATTTCCCTTCGGCCCACTAGCCTCAATCAAGTTTGGTTTCTGTCCCTTCATAA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Seq C2 exon
AACAATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000079414:ENSDART00000155502:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.333
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF086935=SKG6=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
NO
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]