DreINT0134419 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000010956 | sh3glb1b
Description
SH3-domain GRB2-like endophilin B1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-6851]
Coordinates
chr2:16520616-16522877:+
Coord C1 exon
chr2:16520616-16520705
Coord A exon
chr2:16520706-16522776
Coord C2 exon
chr2:16522777-16522877
Length
2071 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CATGTACGC
5' ss Score
4.06
3' ss Seq
ATATGTTCTCCTCTGCTCAGGCC
3' ss Score
8.24
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAGAGACGGAACTAAGGATAGCACAGAGTGAGTTTGACCGGCAGGCCGAGATCACCAGGCTTTTGCTGGAGGGCATCAGCAGCACTCAT
Seq A exon
GTACGCTCACACAGCTCTTCTGAAAATCAGTGTTTACTGCAGCATATGTAGCACACCACCAAAAACAAATGATGCTTCACTAAAGTGAACAGGATGGTTAACAAAAAAGCAACATGATGGCATCGTTTGCTCACCCTCATTTTATCCAATCATAGATGAGTTTTGCTGTAATCACAATATCTAGTAATTAGCATAATGTTGAGATTACAACAGATGATATTCTGCTCAGAGCTGTACATCTACTTGGGAGTTGTGCATTTATACAGTATTGCAACAATATGAAGGCCTAAGACAAAGTACTTAACTCGAAATAATTATTAAGTAATTATGCAATGAATCTTGTAATTATGACATGGTATAAAAAATATATTTATAATCTCCTGTTTCTTTCAATACAGTGGACAGAATGATATTTGTTATGGTTAGGATATTATAGACAGTAAGGGTGAGCAAATGGTGATTGTATTTTCTGTAAAGGTCAGGAGTGTTCTGTAATGTGGTTTACAGGTGTAAAGGTCATGTCCTGGCTGAAAACAAGTCCTTCGTACAAAGAAAAACAGTTTAAGGCTTTCATAGACATTTTAGTCATCAACAAGTCGGGGTGAGATGTCAGTTATTGAGTAATGTTAAATATTTTTAATAACTTTAAATAACATGAAGTGAAATCTAATAATAAAAAAAATCTATAAAAATCTATAAAATTTCCAGTGAAGGATTTCTCTGTTTACAATAGGTAATAAATACAACTACAGACATAAAAAAATAAACTTTGCTTTAATGAAAACAGCAAATGCAACTATAAATATTTACTAAATTAAGTTCTTCAACTTCAGTAGTTTCTTAGTGAGTAAAACAACACTTTACTGTTATTCAATATTTAATATTAATGCTTCATTTGATAAACTTTGCCCTCAGAATGCTAACATTTTAAACGATCCATAAATGAACAAGCACACTATAAAACTTAATGCTCAGTGCTATTAATGTGCAGTAAAAATGTAAATCCTAAGAACTCATTGGTAACTCTTTATTTGGATGGTCCATTTGAGTATTAGTAGACTGTCTGCTTAATATCTGTTGATACTGCTCCTTCAACAGACATTTAACTGACTATGAGAAACTTTGCAAGTACATGTCAACTTACACTAACCCTAACCTAACAATCTACTTATAATCTAATAGGAATTGGAAGTCTTTTAAACAAATTAGTCGTTTATGTATTAATTATCCTTTTAATTATTAATTATTTAAATTAGCCTTTGAATTAGATTATTCTTTCATTGTCTATTCAGCTTAGTCCAGGGATGTCAAACTGAATTCATGGAGATCCGCAGCCCTGCACATTTTAATTCCAACCATAATTAAACACACCTGATCAAACTAATTGAGTCCTTCAGGCTTGTTTGAAATCTACAGGTAAGTGTGTTGAAGCAGGGTTGAAACTAAACTATGCAGGGCTGCGGCCCTCCAGGAATTGAGTTTGACATCCCTGGCTTAGTCCCTTTATTAATCTGGGGTCACCACAGCAGAATGAACCGAAAACTTATCCAGCATATGTTTTGTGCAGCGGATGCCCTTCCAGTGGCAACCCATTTGAGCTGGTCAGTTGGCAGAAATGCCAACTGACCAGCTTGAACCAGCGACCCTCTTCCTGTGAGGTGAACATGCTACCTACTGCGCCACTGCGTTGCCTGAATTAGTCATTTAAATTAATCAGTCAGAATGGGCGTTTTTTATTTAGTTTAATAAATTATTCTTATGAGCCTGTTATGTTGCTAAATAAGTCGAAATGGTCATGAATAATTCTGTTAATAATTGTAATCAATAATTAATATGTGTCAATCAATAGTTAACACTTCAAACCCTCTTTTCAATAAAACCAGTCAATCAATGAACCGATCCAAAGACTGAATTGTTGTCTTGATTCATGACTCCTAATGAATCTTTTACCTTAATGAATTTGTCAGTTAGGATCCAAACACTTTAAATGCTATAGGAACGTAATATTTAGTTGTTTTCGTATGCATGTGGGAAGCACTGATGTATGTTTGATATGTTCTCCTCTGCTCAG
Seq C2 exon
GCCCATCACTTGCGGTGTCTGAATGATTTTGTGGACGCTCAGGCTGCGTATTACGCCCAGTGTTACCAGTATACAGTCAATCTGCAGAAACAGCTGGGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000010956:ENSDART00000045933:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0311413=BAR=FE(12.0=100)
A:
NA
C2:
PF0311413=BAR=FE(13.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]