DreINT0139549 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000057681 | si:ch211-266o15.1
Description
si:ch211-266o15.1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-131127-116]
Coordinates
chr17:14743484-14745562:-
Coord C1 exon
chr17:14745519-14745562
Coord A exon
chr17:14743632-14745518
Coord C2 exon
chr17:14743484-14743631
Length
1887 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTAAGT
5' ss Score
9.82
3' ss Seq
ATTATTGCTCTTTCTTACAGGCT
3' ss Score
9.87
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGCTCTGCCTACCTCAAATGCCAGCTCAAAAAATATTGGCGAA
Seq A exon
GTAAGTACTGATGCACACATACATTGGGTTACAAAATGTTTAACAAAGTATTTAATAGGGCTTTAGAACAGACGTCACTAAACTTTTCAGCTCTTGGCCCCGAAATAGCAATGCAATCACTTGCAACCCCCAAATTCCTCAGTGGTGGTTATAGCTATACAAATGTTGCGCACACAACAATAGACCTATACACACACAAACATATTGGCAACACAAAAAAGTGCAACAGTCTAACAACCATATCATTTTTATAATCATTTATTAATTTGTTTAATTAATATTAACCTTGCCTAAAGAGACTGGGGGTCACAATGTTTTCAGCACAAGTCTATTCTTGGTTTAATTTTTGAGAACGCCACTCCGAGATCATCCTCAATGTTCAGTTGTGGTCTGCATTCATTTTTAATGTATTTGATTGCCATAAAGGTGTCAAAGTTTAACCTGGTGCTATAAAATCAATCTGCTGCAGCTGACAGTGTTGCTTGTGTTGGTAATCTAACGTAAACACACCAATACTATGAAAAAAAATCATTTGAAGGCTGATGGCTTTTCATTTGGAGGTTGTTGGTTTTTTTTTACTATTAAAAACTACAATTTTTGTCTTTGGTTTATGGTTAAAATATAGTAATTCTAATAGTTTAATAAAATGCATTTGATTTTGGAAATCGCCAAGCAACCCCCTGTCATTGGGGGTAGTTTAGAAGACACTGCCTTTCAGAGGTTTGAAAATAATTTAACTTTTTAAGTATACATTAAATAAAAAAAATTGACAATGTTTTTACAGTGGTCCCTCGTTAATCGCGGAAGTTACATTCTAAAAAATAGCCAGCAACAGGTGAAATCCGCAAAGTAGTCAGCTTTATTTTTTACAATTATTTTAGGCCTTTTAAGGCAATAAAACCCGTCACTACATGCTTTTCTCTCCTGTTTAAACACTTGCATAACATTGAACTTCCTTTAGCATGTGCAGAAGTCAAACTTTGTACGATGGTTAGCATCTTCCTCTGCCTTTTGGGTGCTACTATGGGTGCTATTAATGGTGGACTGTTTTGTCGATGTTAAGAGGTTTGTTGGGGAGAAAACTTTTAAACATACAGTACCTCACTTCAGAGTCGCACTGCTAGAGATCAAAGATTTATGTAAATTTGGCGAGCTGAACGCATTCTGTACTGTAACGGAAACACGGCATGGAGTAAATTGATTGACAATGGTTCACAGCCAATCAGGACACAGAACACAATGCGCTGTAAAAAAAAAATAGAAGCATGTCAAAATGCAAAAAAAACGCAAGACTGCGAGAACACAACACACGACTTATGAAAAATAATAATAATCAATAAAAAGTAAAGACAATATAAAAATACAGTTTAGTTTTTCAGCTATACCACATTACAATATGATAAAAACACATAGATTGAGAAAAAGATGATGAGGGACCACTGTATTTCTAATGGGATCTGTTAATTTGAACGTGCTAATGAGTCCAGGAAAACAAAATACATTTAGCTGCACAATAAGTAATAAAAATAATGTTTCTTGAGTGGCAAATCAACATATTGAACTTTTTAAAACTAAGTTTTGCTATTTTAAGTAATATTTGGAAACATTTTAACTACTTTTGACCTCAACAATAATGTATTAGCATTAAAAGTATTATCTAATTTATGTATTTGTTTGTTTGCGGTTTTTAATTGTATATTTATTATTGCTGTTTTTGCCATGAAAACAGGCCTTGTTGCTGACATGGCATTAAATAAAAACATATGAGTGTGATGATAATGACCTCAACTCTAGTACCTTTTAATATTTTGTAAAAATAAGAACGCCATTAATTACTGTTTTATAATGTTGATTTTAGCCCTCAAACATTATTGCTCTTTCTTACAG
Seq C2 exon
GCTAGCACACAAACGGATGCTGCAGTGGGTGCTATTCCACATCGAAGAATGTTGAAGAACAAAGCTCTTATGTGCAGACCTATTACGGAAGAGCAGGGTGTCCAGTGTCAGCCAGAGCCGCCAGTCCCTCCAAACATGTCTGAAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000057681:ENSDART00000154690:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.933 A=NA C2=0.680
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
GCTCTGCCTACCTCAAATGCC
R:
CTTTTTCAGACATGTTTGGAGGGAC
Band lengths:
190-2077
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]