DreINT0139560 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000057681 | si:ch211-266o15.1
Description
si:ch211-266o15.1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-131127-116]
Coordinates
chr17:14723382-14726563:-
Coord C1 exon
chr17:14726440-14726563
Coord A exon
chr17:14723899-14726439
Coord C2 exon
chr17:14723382-14723898
Length
2541 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGAGT
5' ss Score
10.13
3' ss Seq
ATGTTCGTTCTCTCTCACAGCTC
3' ss Score
11.35
Exon sequences
Seq C1 exon
CACCAGCTGGGAAGAGGAAGAGAGATGAAGAGAGCGTGGAGGAGGAGTTTTTGGAGATGCCGGAGAATGTGGAAAATCCTTTACGCTGCCCTGTCAGACTCTATGAGTTCTATCTCTCCAAATG
Seq A exon
GTGAGTTATTTTAAAGCCGTTGAATATTGGAGAATGAAAATAGCCATTTTGTCTTAATCTGTATTCTTTGTAACACATTTTTCAATTTGACATAGTTTGTGAACTAACTCCTGTTATCTGACTTATGCAAGTTGTTTGTTTTATTGGAGTGACTTTTTTTGGAAAGTTTTGTGTCAATCATTCTTCTGTCTAGTGGTTTAATTAAATAGCAAAAGAAATTTGTCAAACAACATAAATGGTCAAATCAAGCTTTTGTTATACAATCACTGACCACTTTATTAGGTACACCTGTCTAACTGCAATTTAACACAAATTTCTAATCAGCCAATCACATGGCAGCAACTGACGATCTGCTGCAGTCCAAACTGAGCATCAGAATGGGAAAGAAAGGTGATTTAGGTGACTTTGAACATGACATGGTTGTTGGTGCCAGATGGGCTGGTCTGAGTATTTTAGGAAGTGCTGATCTACTGGGTTTTTCATGCAAAAATATCTCTAGGGTTCACAGAGAATCGTCTTAAGAAGAGAAAATATCCAGTGAGCGCCAGTTCTGTGTGTCCAAATGCCTTGTCAATGCCATAGGTCAGAGGAATATGGCCAGACTGGTTGGAGCTGATAGAAAGGCAACAGTACCTCAAAAAACCACTCGTTACAACCGAGGTATGCAGAAAGCAGCTCTGAACGCACAACATGTCCAACCTTGAAGAAGATGGGCTACAGCAGCAGAAAACCACATCAGGTGCCACTTCTGTCAGCTAAGAACAGGAAACTGAAGCTACAATTCGCACAGGCTCCCCAAAATTTGGTGTGACATTCGGATGGTAGGGTCAGAATTTTGCATCAACAACATGCAAGCATAGATCCATCCTGCCTTGTATCAACAGTTCAAGCTGGTGATGGTGTAATGGTGTGGGGGATATTTTCTTGGCCAATTTGGGCCCTTAAGTACTAATTGAGCATCGTGTCAACGCCACAGCCTACCTGAGTATTGTTGCTGATCATGTCAAGTTGTTCATCCCTTTATGACCACTGTGTACCCATCTTCTGATGGCTACGCCCAGCAGGATAACGCGCCATGTCACAAAGCACGAGTCATCTCAGATTGGTTTCTTGAACCAACCCTGTAATAGTGAGGTGTACCTAATAAAGTGGCCGGTGAGTGTATGTGCGTAATTATTCACAATTAACCGCACAAAAAGTTTTTTTTTTTTTTTTGGCTTAGCGTGATCAAAAATGTTAATATTAAGTGTATGGACAGTTCTCTCAAAGTTAAATAAAAAATCTGCCCAAAAATACCAAATTTAAAACTCTTAAAACAAACATATTTATAAATTACTATTTATGTACTATGCAAATAATAATTCAAATAACAAATCATTTTAAGTGTTTGTTAATTACAGACTTACAAAAGCTAAATTCCACCATTTATGTTGTAACACATTTATTTTGTCATCACTATCCAGCAATATAAAAAAAGAGCTTAAATTTACCACTTATGCTGTTTATTGTGTTTATTTTGTAATTGATATCCTGCAAAGTAGTGATGACACTGCTTTGTTGGATGTCAATGAAAAAAAAAAACTGTCAAAAATGTTCATATTAAATGAATGGACAGCTCTACTAAAATGAAATTAAAAATAGAACTGAATTTAATTCTCAAACTCTTAATACTAAGATGTTCATAAATAATTCTGTATGTAGTATGCAGATAAAAATTAAAATACATAATTGTAATCAATTTTAATTGTTATAAACTTGTAGCAAAAGCTTATTTTCACCATTTCTCTGCTAAAAGAAAAACTGCCTTAACCAGCCTAAGCTGCTTAGCTGGTTTTAGCTTGTCAACCAGCCTGGTTTTATAGGGGTTTTGACCATTTCTAGGCTGGTTTCAGTCATTTCTAGTCTGGTTGTAGTTGGTCAGTCTGGAAATGACCAGCTAAAACCAGCAATGTCCAGTTTAAACCAGGCTGGTCAAGCTGGTCATTTCCCAGCCTGACCAGCTAAGACCAGGCTGGAAATGGCTGGAAACCAGCCTGGTAGTGGCTAAACTCATAAAACTAGGATATTAATAACTACTATGTACTGTATGTGTAGTATGCAGGTAATAAAAAAAATATTAATCACATAATATGCTTATTGTAACTCAGGATGGAATCATAAGAAACAAAGCGCTAAATTAACAGCAGTTTTGATCATATAAAGCTTTTGTATGGATTTAGATACTCAGAATATAATGGCTTTGTGTATTAAAAAGAGCAGCTTGGATTTCTGCCTCATTTCTGTTTCACAAAAGAATTCAAATAGCATCACGAATTTGAGTGAATTATACCTGTCATGCATTTTAATATCACACTCAACAATTTTAGAGAGCATGATTTTGAAACTGCATTTGAATTACAGTAATACAGATATTTAAATCCTGCATCATAAGGCTTTTTTTTTCACAAATTGCACTTGCTTAGAGAAGCAGAATCACTTCAAGTCTTTTTCTGGTGCTTTTAGTGAAGCGACACCTTTTATGATGTTCGTTCTCTCTCACAG
Seq C2 exon
CTCAAACTCTGTAAAACAGCGTCCAGATCTTTTCTACCTGCAGCCTGAAGCATCCTGCCATCCCAGCAGCCCTGTGTGGTACTCAGCCCAGCCACTGGACAGCACCATGATGGAAAGCATGCTAACACGTATCCTAGCTATACAGGACATTCACCTGGACTCGAAACATCAGCAAAAATACCTGGACTCGTCAGACGAAGAGAGCTCTTAATGTGAATCTATAAACTAGACATTCAATGACATCTACTTATTATTTTTATTCAGACCGGGAATGGGATGCAAACAGAAGCGTATGAAATTGTGCACAAGCTCAACAGACATTCCTTAAGCCCATCTATCCTATCATGAATGTTACAGACAGTTCAAATGAACATTTTTGGAGGGAATCGTTTGGTTTTTAGTCACAGTAGACATTGTTTCTCAGTATTTAGTATTATTTAGTGAACGCATTTTAAGTTGAAACATTCATCATGTCATTGTTGGTAACCTTTCAAAAATATATATATGAATTCTCAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000057681:ENSDART00000154690:28
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.452 A=NA C2=0.214
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF120123=DUF3504=FE(23.8=100)
A:
NA
C2:
PF120123=DUF3504=PD(27.3=66.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]