DreINT0140629 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000016464 | si:ch211-89p3.3
Description
si:ch211-89p3.3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041014-372]
Coordinates
chr20:35275507-35280593:+
Coord C1 exon
chr20:35275507-35275583
Coord A exon
chr20:35275584-35280512
Coord C2 exon
chr20:35280513-35280593
Length
4929 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTAAGT
5' ss Score
9.11
3' ss Seq
TTGGTGTGTCCTCCTTTTAGTTG
3' ss Score
9.22
Exon sequences
Seq C1 exon
GCGTGAAGCACCAGGATTCCCAAAATTCCTTTTTGGCTTTCCTCAATGCGCCCACTTCTGCACTGGATCAGTTTGAT
Seq A exon
GTAAGTTTGAGATGCCAGGTGTTGTTCATGAGCACATCTGCATAGAGGTTTAATCTTGTTTTATTTTCTTAATTTTTCTTCATGATTTTTTGACATATATTCTGTATTATTCTGATGCCTCCTGATCTGTTTTATTTGTTTCAGAATTTTGTCATAATGTGAATGGTCTTTTTTTTTTTCTTTCTTTATTCTGTTGTCTATCAGGACTCATTTTCTTCCTCTTCATCTTCTTTAGTTGAATTTTGGGAAGATGTAAGTTCTCCAGCCATGTTATTGCAGAAGTGTCTTTGATTTTATACATTTAAAAGCAGATGAGCAAAAACCAGATACTCCAGTAATGAAACTCTTCAAGGAAAAAAATCACCATACCAATGCAACTCACTTGCAATTGATTTGACATGTTGCTGAGCTAATAGCAAAAAATGTGACTTTCCAACGGGCGCTTTGATGTCAAAACAACATCAAATTGACATAAATAAATGCAAATCGATGTCAAAATCTTTTCGTAAATTAGACGTTCAAAATAACGCAGTGTTTCCCAACCCTGTTCCTGAAGACACACCAACAGTACACATTTTCAACCTCTTCCTAATCAAACACTCCTGAATCAACTCATCAGAACATTATAAGAGTCTCCAAAACCTTAAAACGTTTAAAGGTCAGATAAGGGAGACAATATAAAATATTAGTAGTGTTGGTGTGCCTGCAGGAATAGGCTTGGGAAAGATTTAATTAACGACACAAAAAGTAACATAATATAAAAAAAAGTTTTATTTATCGGAAAGCTTCAATTCCAAGTTGCTAATTTAATTCACTATTTTGTAATGTTACGTTGAATAGCCTGTGACGTGAAAATATTTTATTCAATATTCAAAACCAACACGAAATAACAGAAACATTTAAATACCAGCCACAGCACTCCCAATGAAAATCCCGAAAGGCTTTTAATCTAAATAATACATATTAAACCTCTAGTAATAGGCTACTTAGTGACTGATGTTGTTAGTTTGCACTCAATCACAGTTCTGAAATTCACTGCTAGTTATTTTATTTTATTTTATTCTCTGCTTTTAGTAGTATGGCAATAAATGTCACGTAAAAAGATGTTCAAATTCAGTTTAAGAGCATTTAACAGTGAATAAAGCACATAATCTGTACCTGCGGTGATCTTTGTTATAGTAGCATATGCTGTTGTGCTGTTCATAGCAGAAATAGAAAACATTTCTAAAGTCCAAATTTCGCTCATTGCCATCACAGATGGTTAGGATAAAAAATCTTTTTAGCATGAAAAAGATACCTTTTATATCATGTTGCGGTATCCTGTCGCGTGTAGTTATAACATGGTGTTATACGCACATAAAAAATGCATTGTTTCCAACATTGTCATCAAAAAACACCTCAGAAATGTGTTGCAGGACAGTCTTGTAATTGATTTTTAGGTGTTTTTAGGTGATTTTTAGATCGTTAGATGTCAGTTAAAGGTAGTCAATTGATATCAAATCGCTTTGACATGTTTTTTTTAAGTCATTTTGATATAAAGGTTAGCATAAAAACAGCGCAGACAAATCGGGTAAACTGCACTGATTTTCTTTATTGCTACATTTCAATTTTGGACTTAGCATTAAACTGATTTGAAGTTTCTACCGACAACATAGTTCAGTGTGCTATTTTTCTTTGTCTGATCCTTGTGATAGTGAGTTTTGAAGTTCTTTGATGTGAAGCGAATCCTTTGTGCGTGTAAACTATGCCCAGACATCCAACCCCATATTAGACGTGTTTTTACATGCCCTTGTTCCCTTCCCTCTGTTCTCCTACCTGCTGTCCCAGACCTTGATCCTATCCAGCTGACATTGGTCATCAAATCTGATTCTCCTCTCATCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCACATGAAGCGCTCACCCTCTTTTGGTCCCGGAAGCAAAACCAGACGTGTAAGAGACACTTCCCCCTCCCCGTGTCACACAAAAATTGCACTGGCATTTTTTTTTCCTGTGGTTGTGATGGGATGTTTTGCAAACTGCATGGGTGGCAGCTTTGATTTGTGGTGATTTCTGTATTGCATGAGATCTTTAAAGCTTAAATGCATCTGAAAAGTGTTTGGGAGCCTTCTTTCATCTATTTAAATGCATATGTATATATACCCTAAATGTGATTGAAGTGTTGTATATTAGTATACTTCAGAGAAACTGGGTTGGTTGGTTAATTAAATGTAGTAGTTTGTTTTCCATACCATGATCTTTTATGGTACATTTTAAAAGAACATTTATGAAAGGATAAAAGGGTAATTTCATCGTTTGCTCATGTTTAAAGATTCTAAATACAAAATAAGCTATATTAAGGTTGTTTATTGTAAATTAATTTTCTCATCATTTACTCACTCCAATGTCGATCTAAACCTGTATGTCTAAGTCTTAGAATTGTACATTTTTATGTACAAAGACTGTCCAAGTCCAAGCTCTTTTCTTCGTTTTTGGAGTTTGTAAGATTTTATTTTTCTTTCCAAAAGGACTATATTATATTTGGATAATAACTTAAGCATATTTTATGCTATAATGGATTTCTATTTAAAATAAATTCTGTTTTTTAAAACTGTTTTAAAGAATGCTAATCGTGCATCACTGTTTTTACAAAAAACCTATATTAAAAAACACCTGTTTTCAACATAATTGTAACAATTATCAGCTATCTAGGGATAGTAGATTGCTGCTGAACTACACACACATCACATGGACTACACACACACTATCGAAATACAAGTCCCGTTATGCACCTCACACACAGCTGTTCCAAATCGCCAGCGATTACACACACACAGCCGGAGGATTATCATGGATGGATTACGGGAACTATCTATTTCAGTTTGTTCCCCTGCCTGTGTGTTTTCTGATTTGTCTTGCCCTGTTTTAGTACTGTTTTGTTTGTTATAGTTTTTCATTAAATGTTTTCACTGCTGCGTTTGGATCCACACTTTGAACAGACATCGAGAGATGAACACAAACTGAAAAATATAGTTATCGTAATCAGTCCTTGATTATCCTCCGGTTGTGTGTATGTGTGTGTGTGGGTAATCACTGTCAATCTGGAACAGCTGTGTGGGAGGTGCATGACGGGACTAATAGTTCAATATGTGTGTGTAATTCACCAGTGATCTACAGTTCCTAGATCGCTGGTGATTGTTACAATAATACAAAATGTCATATTAGAATGATTTCTAAAGGGATCATGCGACACTTACAAATAGAGTAATAATGATGAAACTAGAATTGTACATTTCCTAAAGAAAATTACGGCTTTGCCTTACATTAAATTACATTAAATAATTAAGATACATTAAATAGTATGAATTACCTAGAAATTGTATGATAGAAATAAACAGCATATTTCTCAGTACTGCTGATTTAGTTGTATTTTAGAATGCAACATTGGTTTGAAAAAGATACTTTTTGTGATGAATTGTAAACTATTACAGAACCCAATTGCTGACAGAATTTTTACATTTGAGCAAACTAATTTGGAATTTACTGACCTCTGAAATTTAAGACTCTCGTAAATTGTGGATATGTTGCTTTACTGTTTTCCTTGTAGTTCACTGGGTTTGTGTTGATTTTCCATGCTGTTTCTGCTGTTTTGTCTTGCATGTGTAGTTGGTGTGTGGTCTCTGTGTAGTGGGTGCATTGGCATGAAGCCTGGATGCACTTGCTTTTTCCTGCTTAGCGGGTGTAATTCCAGTAAAAGTATTGTTGTCTTGATAAGCGCTATGGTCTTGATGTATTGCTTTGAATGCTGGCATGTTTTTTTTTCTGATTTCATAGTCATTTGAAATCTTAAAAAAAAATTGCTCTCTTTTTTTTCTTAGCTTGACTCTGCAGATTTCACCCCTTCCAACACTCCATCCAGAGATGAAGACGCAAGATCTCGCCGTATTTCACGCTCTCGCTCACCCTCCACCGCCAGTGACATGGAGCCTATAGAGGTATCTTTTGGAATCTTTTAAAGGGATGGTTCATCCTAAAAATAAAAAAAACTTATTATTGTTTGCTCACCCTAATGTCATTACAAACTGCTTAATCCTGGTGTTAACATGTGTTTTTGTTGTTCAGATCACAGCTGGACAACACGAACTATGTGTATAATGTGTAATGTAGAATGCAGTCTCATTTTTCAGGTTTCAATTTTCTTGGGTTTGCGCGTGCAACAATTGGGCGGGACTTAAGTTTCGTGTCGACGTCACACCGAAACAGCTAAAGACTCGTTATCATAACGATTCATTTGAAGTACTATGAGTCTTTTATAAATGAATCAATAGTTTTAAACACTTTGCACTTTCAGATTTAAGCCTGAGCTGGATATTTCACTTCACTTAGAGCTGTGTTACACACTCCATGGAAGGGCATTTTCAAAAACCCATAATAGGGATTCTTCTCAAGATTGGATGCTTTACAGCTGCTAGGATGATACTACGTAACTGGAAGTGTCCCAGAATGCCAGAAATGAAGGAGTGGATTAATGGGATGATTAAAATTGCATCATACGAATATATGCTGGGGAGATTGAACAATGAAGGAGAAGTACATATTAATTGGGATAATCTTTGGCAACATTTAAAATTAGGATAATTAAGTATGCACATTCAAAGGTACCACAACCTTAATTTCCAGATATGTTTGCTATACATTGTTATTCTTTGTTGAATTTTCTTGGTGTACGTGGCTGAATATGTAACATGTATCATATGTATGTGTAGGGTGAAGTGTGTTCTTTGTTCTTGGCTGTTGAACAATAAAAAAAAAATGAATTACAAAAAAAAAAAAAAACATAATAGGGGCATTTTAAGTGAACTCAAACTTATCGTGACTTGTGTTAATGTAATAAAATGCACTGATGATGTGTTGGTGTGTCCTCCTTTTAG
Seq C2 exon
TTGATTGACCACACATCACGTAGTCTTCAGACCCCAACAGGCAGATCAGGCTACGGGAGCTTGGGACACTCATCACCTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000016464:ENSDART00000040456:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.269 A=NA C2=0.867
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF059116=DUF869=PD(3.4=38.5)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]