GgaINT0090273 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009158 | CDC42BPA
Description
serine/threonine-protein kinase MRCK alpha [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001186372]
Coordinates
chr3:11756160-11764460:+
Coord C1 exon
chr3:11756160-11756236
Coord A exon
chr3:11756237-11764340
Coord C2 exon
chr3:11764341-11764460
Length
8104 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTAAGT
5' ss Score
9.82
3' ss Seq
CTCTGGAATTATTCTCCTAGATT
3' ss Score
5.15
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTAAAGCACCAAGACTCACAGAATTCTTTCTTGGCATTTTTGAATGCGCCTACCTCTGCTCTGGATCAATTTGAA
Seq A exon
GTAAGTGTACAGCTGTTCTCTCTCTCAATTAGTCAATGAAACTTTTTACTATTGCTGTTTTATATAGAATACACTTTTGCTGAGAGTTTGTTACTGTTTTAATCATATTATCCCGTGTATACTTGCATATGACAGTATGTGAATATTGCTCGTTGTTTGCAGTGCTGGCTGTCTTCTCTTGAACACTTATAATCATAGCGAATTCTCCTTAAAATGTTGAATGCAGAAATTTTCCTAATATCATAGCAAACACATAATGCAGAGGTGCTCAGGTGACTTTGGTACGTGTTCAGAATAATGCTAAGTAATGTGAATGCTGGTTTGGTAAACATGAAAGTATGCAAATAATCCTTGATTGCATTCCATGAAGTCGTTGATACTGTGTATTTATTAGGTTGTTTTCATTGTTTGTTCATTTTCATTCACAGGTTTCTAAAACCCAGATAATTGCTATTCATTTCCTCTCCACAGAACCTATATTCCTAAAAAATAAATCTGTTTATTTCCTTTGTCACTTAGAATAAAGGCCTGTTTAGGTAGAAAGGATGTGGAAAATTAAAACAATACCATACATTTCTTATACTTTATTTTAATCAACAGCCAACAGTGCATCATTTTTCTTTTAAAAAAACAACTAGGCTGAAATACTGGTCAAACTAAATTCAGTGGGAACAACACATTTGTTGTAAAATCTGTGCTTGTTTTATTCCCGATACATATGCAAGATCATAACATTTAGCTTCAAAAGAGATCCCTGATGTTATTAATCTCCCAAAATAAACATGCTTTTTACTGTGTATTCATTATTGTCTCATGATTCATAATTAATACATTTTTTTTCATTTCTCTTTTAAATTATTTCTCTTATAAGTTACTTTTAAAATAAAATTCCTGTTGGAGTGTAGGAATCTTGTTTTACTGAGTCAATGCAGGAAAAACATTTGATTTTATGTGTTGATTATTAATTGTCTATGAAAGGCAATTAATGAAAACTTAGATAACATTTTGGCACTTGTCATTTATAGTTGCTTATTTTTGTATTTTTATTTATACTGAAGTTTTCTTCATCCATCTCTTTTTCTGTCTCTCTCCCTTCCTTTGTTTTTTTCTTCACTGCTGTTTTCATTAAAATAGGATTCCTTTTCCTCTTCTTCATCCTCATTGATTGATTTTATGGATGACGTAAGTCTTTGGCTTTCAAACCAGTAAATCCCTCAATAACAGAGATCAGTTGATTGATTTCAAGTATTTGAACAATAATGCAGTCATATAAATGCTGCAAGTGTGCTGGAGAGCTATATCTGTAATACTTACACCTGTCTATATAGATAAATGTGAGATTTTGAATTAAATGGTTTTCTTTATGTGAGTAATTCTATATTGGAGAAGATTGTTTCTAATGGGGAGAAGCTGCTATTGGGCCTTTACTTTAGCAAATGGTTTTAAAATTACTGGCATACTTCTATCACTAGGTTCTATTGTTTCATGTCATTACGTTTGTCATTAGTTGTTTCCAAAACTCTTCTGGTCACTTCAGTGAACATGTTTCCTTTTATGCCTGCATTGCAGGAAGTAATCTCTATTTCAGCTGTGAAGTGACCTTCTTGATTGATTTCTTCTTACTGCCATGTGAGATGCTAATTTTTAATCACAGCAGTGTTTAAAAATTTGCTCTGATTAGCTGCTTGCTAAGGAAATTAAATTACAAGCTGAAAATTGACTGCATTATATTTCTTCCAGGATGAAGTAATAAGCACATAATTGTAAATGCTAAGAGGCTTTAAATACTCTACATCATTTGTAGAAAACCACCCATTATCATTCTTTGTATACTGTGTGTACATCTGTGTGTTTTGTGTGTGTATGTAATATACACATACACAAATATGGAGTATTTAAAGTACAATAATATTTGCACTAAAAAGCAGAATGATTTATTTTATTCTAGAAATATTTGTTGTGAAGGATGTAAGAAAGAAAGTATCATATATAGATCTATTCTGTTGCTTGCACTTCCTTTTACCAACTCCGAAAGAACACTTTTCATCTTGGTGTTTTTTTTCTGTAAATCAAATATATGCCACAGACAAATTGTGAATGTACATTCTGCAGAAGTAGAACATTTTTGTCCTCATTTTTGTATAGAATATAGAAAACCTTGTCTTGTTGGAATTTTATTGCACCAAGAATATGACAGGTGTAGTTTCTTGTCTTGTTAAATGTATAACAGATGAATTTTTATGTCCTTTATTGGATTAAGGAAGTGTTCTGTATGTTGCCATAGCATTAGGAGCACTTAGTTTGTGTCAGCAGGCTCCTTCATACAAAGGTACTTCTAAAAGAAGTATCTACTACTCTCCTACAATGACCGATGAGGGAATTGGAGCATAGACATACAGAATCAAAATTCCGATGCTGTATCTTCAAGCTGAGCCCAGCAGCTGTTTTTTTCTCAATTGCTTTGGGCAGGAGTACATTTCTAGATTGCACTGGTGAGGGGCTAACCTCACTAACAGAGAGGCAGAATGCTTTCTCACAAATCTGCTAAAACTCCAGAACCAGAGACTTGACTATTCAAAGATGAGAGAAGTGCTCTGTAGACAAGTACAATGCCTGTTGAGTTACCTTTCTTTTTTGAAAGAGAAGTGTCTGATGACCTTGTTAGTAGTGGAAAGTGGTGTAATTAAATTGTGTTTGAAGTCAGTTCTGCGTCCTTCATTACTTGGACTATTATTTCATTCATTTGTGGATTCTTAATACCTCACCTCAATTGTCAAGATGATTGTTTTTATGTTTCAGCTAATTAAGTAGTTCAATGTCTGTATATTTGGCTGAACTTAAAATGAGGGGCTCCTCCTCTCTCCATCCACATCTGTCATCCTGACTCTCTTCCTTTCCCCCCAAATAAAAGAAAATAAAAGCAGCCTATTTGCTGGATATGACCTCCGTTCCCTTTTCAGTGTCTCTTTTTGACAGTAGTTACCTTGAATGGCGATGTTTCCTGTAGCATCTCAAGAAGAGTTAAACCTACGTTCAGTCATACCTGAGAAGTCGATGGGTTCCTTAAATTAAGTCTAGGGAAGAATTAGAAGTCCTTAGGTTAGGCTCAATATGGGATGGTTTTCAGGAAAGCCTCTTCTGTAATTGGGATCCTAAAGTAAATATTAACAATGGCCTGTAATGTTCCTCCACCCTCTGTGCTTCATTACAAAATGACAGGGTATAAGCAGTGCTGATTTTGACTTGCTGGTTATATTTGACATTTATTAGGGCGGGTAACGTATTCCTTGTCTGCCATCCAAATCATGTAATTGTTTATCACGCTGAGAATGATTGCAGTTAATTCTGATTGTGTCAGTGAGGAAAACAATAGCTGTGCGTTTCCTCTGGAGAGAATTAAAAAATAGCTATCTCACTGTCTCTGTAGCCTGCAGATGCCCAACAAGAAAACGAGTAGCTCAGTATTCCGAGTAACAGTCACTGCTGCTTCCAGCTATTCCTCCTTTAATCCTCAATACTTGGTCAGGTCTACAGAACTAGTGCTGAAATCTTCATGGTTGCAGGAGCTATTGTGTCCAGAAATGATCCTTGTTTCTGCTGTGTGCATGGGAGAGTGTGAAAAGGAGTAGGAATAGGCTTTGCTGTCTGCAGTTTCAGGTTTTGGTGGGAGGGCAGTCACCCTCGGTGACTCTGCTGTACTTTTGTCTAAATCTTCACCCCTGTTGCCTTGTGTGTTGCAGGCTGTTGTTAATGTCATGTAGGTCTGAAGTCTGCTGTGCTCCCTGAAAGTGTCTGATACTGACACTGTTGAGCAGTGGATTTTGAGCTGTTTTATTTTTTATAAAGACTGATCTTTGTGTATCTCACCAGCTAACAGAAGCGATCAAGTTATTTTGTTTAAAGTTGAGTCACTGATTATTTAGTAACAGTAAAATGGAATTCCATTTTCCCTTGACAAAATCTTTTTTTTTCACTTGCTGAAGAGATTATTTTTCTCCTGTTGTAACAAATTATGAATTAAAAATAGCTTTCTTAAATCTTCCTGTGGGCTTTAGTTAAACTAAACAAATCTTGGCTCTGTAAATAACAGCAGAATAAGTCATGTTCTCAATTTTCAATTTTAAGTAGTCCAGTTGAGTGCTCTGACTGTACCTGCACATTCATAATTAAGTTTAGAATAATCCTTAATAATACTTTAAATTGGATATATTGCACCTCCAAGAGATTACCTTACTCATCTTGTTCAGAACACAGAGATATACTGACTGCAAATCGTGCTTCTTTGGTGTAACGTAGTCTACAGTTTCACTGTTACTGTCCAGCGTAAAGCTGCAAACTTTAAAATAACTGTTCCTTTTTGTGATGTTTCTTTCCTCTTGTTGCCCCAGAATACTGTTTTGGAAATACTTTTAAAAATGAACATGTCTGTGTGTGTATAAAAACTACATCTGGAAACATACAGCAGTGAATACTGAGCTGATTTCCGTGTCATTGTTTGGTTTTGTAACATATTCTCCTCCTTTCTTTGTTAAAGCGCTCTCCTTCCTGTATTCCAGCTAACAAAGGCAGACGTGTAAGAGGCTGTCTTACTCTATGTGGCCCTTTATTTTTGCCTGTCGTGTACATGCCTTCGTTTAATGTATGGATCGTCTGCATGTCTTGTACTGCTGCTGCTCTTTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGTGCTTTTTGTTGTTTTACAGCCCTGGACTAAAAGCTTTTGGATAATTTGATTTGGTAATACTTCCATGAGTGGAATATCACTGTAGCTTCGTCTACTTTTTCATTTCAGTGTGAAAGTTCATTATGAGATGTCAAATAAGCAGGATGAGCACATGCCAAATGAGGGCCTGTTTGAAGAGGGTGTGTGTAGGATTATAGGAATTTCCTACAGAAGATAAATTTTGGCATTCAGGAGGCCTATCATAGCAAGTAATTGAAAATAGCACAGAGATAAATAGGAAGAGGGAAACTGAGTGTTGAAGAGGACAGGAAAAATTCATACAACGAAAACAGAGTTGTATGTCTTACAGTCTGTTATGCTGGAAAGCTCTATGATGTTTCAAAAAAAAAAGTGGAATTCGAAACATGGTGTTATCCAAGCTTTGTCAGACTGCTTTGGTACTAGGTATGCTGTGCCCATTTTGAACTCATCTTGCTTCTTTTGATTCTTCTATGTATAGAAGATAATAGGAACAGTAAAGTATAGAAAGCATTTATAATGAATTTTCAATAAACAATGATATCCGCAGCTCCAGTAGTTACCTTACCTATGTAGATCAAAGCATGAATCTCTGTGTTCAGGGCAGGCTTACAGTAACTGCTTGTTTTTGCCCACTGTGGCTCCAATTCACATGTGTTTGCACAGTGGCCAGCTTTGGCTCAGGCCTTCACAGGTGACATTGTGTAGACCACCAAACACAGAGTGGTGGAAGACAACAAGGCTATTACAATTTGATCTGAAATGTTGTTTTCCTAATCTAGTGGCTTAGTTTAAAACTAATTTTTGTGGCATTAATATGATCCACTTAAGTTGAGTTCAGTTGCTTTTGTACTTTCTTCTCCTTAAAGTAAGGAACCTGAAGATTACTGCAGCAATACAGCTTAGGGCTCTGTTTCTACAGTGAAGTTGGTGGTTAAATTCCCTTCAAATTCTGTAATGGTAGATCAGGTTCTGTCTGTTTTGTGGGCTTTTTATGTTCATAAGCAAAGTAAAAATAGGTTTGTAACTAGTTCAGCAGTTGTTTTTGCACCACAAAGGCTTTGTAGGACATTCCAGAACAATTCCATCATTTATATTATCCTTGTACCAAATAGACACCATGAAAATTCTTTGGTATGCAGATGCTACTTTGAAGGGAGAACCTTCTGAGTATGTGGAAATGTTTATGCAATTATAGATAAGATCTTTGGGCTTAACTTACAGAAGACAAGGAACATCTGCTTCTTGCTATGAAAAATTTTCCTGTGGTTACCCATTGGGTTTATTTTTTAAATAAGGCTGTTAAGTAGCAGCTAGATTTTTTGACGTTAAACAGTCTTCAAGTGCATGTCACGTTATCACATATTTAGGCTATATTTATTAAAAATAAGTTTAAAGTACTTAAAACAACTCAATGTCTCTGGGGATTTACACCTGTAAGGTGTAAGTGCTTCTGGGTAAAGCTTCCAATTGTAATTTGCTTCAGATAAATCTGAGTTCAGAATGTTTGCTTTACTGCTATTTTTTGCCTCAGTGCTTGGAATACATGATCTGTGTGTAGAAAACAGGTGTATTGCATGGTGAGAAAATCTGTTCTTATTACAGAAAGATGCATCTTAGTATGCCTATGTTGATTAAGCTGATGAGCCTTTTTTTTTTTTTTTTGAAGACTATGACAAAAAAGCCATTAAACTTAACTCACTACAATTGAAAACTAAACAAACAAAAAAAAGCGAACAAACAACAAGAGAGCTTCATCTGCACTTGTTCACTGCCATGACTAAATTTCCAGAGAACAGTATTTGCATGTATAGGATTGGCTTGCCATTTTGTTTTATACCCAAAAAGCAGTAAAGTTTGTGGAATTCCTATTGTGATGTCAATGACAAATGAGGAAAAAAAAATTGGAATATTCAAATATATTCTGTAAAAGTTGCTGCAGATTTTGTGTGCAAGGTAGCCAAATCCTTAGCAGTGAGGAACAGTTAATAATGTTGCTCCAGAAAAGCGCAACATGTAGTGTAGCCATCTGTAGGCCTCCAGCTTTTACTTTTATTAGTAGGAGAGAAAAGCATCCTCATCTCACTTAAATCTTAAAATTGAAATCAACAAAGAAAACTTTGATGTGGAGATGTCATATTTTCGATGAGGAATTTTCCGTTCTCTTGAAGATGACTTGTTATATAGGACATCAAATCATACCCACACGAAGGCTGCTCCAAAAGTAATGTCTCCTATTTTATTATGTTGGCCCACCACATCAGAGGCAGATGTTGGTGGGATGGCAGCTGAGGTTGAACCTTCCCACCAATATTCCATTACATTTTGTTGCTGTGCAACAGATGGCAGCAGAGGGGCAGTGTGACAAATCAGCATCTGACATGGAAGTGTGCATGGAGCAAAGGGGTGTCCTTGAATTCCACCGTGCAGAAAAAATGGCACCCATTGACATTCATCAATGCTTGCTGAATGCTTATGGAAACCCAACAATGGATGTGAGCACGGTGAGGCTGTGGGTGGTGGCGGCAGTGGCAGTAGAAGTCACCTCTGCCAGTGCAGATTTTTAAAAGCATGGCATGCAGAGTCTTGTGCATTGCTGGTAAAAATGCAGAGCTGATGGTGGTGACTGCTGAAAAAGGGTCTTTTGTAGCTGAGCATTTGCTCTGTCAAATAGTATTATTATACTCTTTGTATCTGTTGTGGCTTCCATGGAAATAAATAGGAGGCATTACTTTCAGAGGAAGGTGCATACTATGTTGTCCAGTATAATTCTGTGTTTGGCTTAGTTTCATTTTATATCAAAGTCTAGGAAAACAGCCCGTTGAAAAAACTATATTCCTAATTAAGTTATTTTCCTTTTTGGTAGTTCAGATGGAGTGCAAAAAACCTCAATTTCCTGTGAAGCGCTGATTTAAGGAGATGCATTATTTGCTTTACTTTTTCTCCTAGTTTTATTCTAAATACAGTTGCAGTGATTTTCATAGGCTATATGGGAATTCACTCCTAACAGATCTCTCGTACTGACTGACAAAAAAAAAAAAAAGCAAACAGTTGCAATTAGGAAATATTCACCCTTTAAAAGTGCTGAATTGCAAATCTCCTTGAGTATTGATCAGGCCCTTCAACTAGCAGTTCTTATGCATGTGCTCACCTCTCATCCAAAACCATAATGTATCCATAGTTAGTAATTTTTGTTGTGATTTTGTAACTTGATTAAGAAGTTGCTTAAAACTGAATTTTTCTTTCTCAGTTCTCTCTTAGGAATTCTACTGCTTCCTTATCTTATTTTGGTAAGAGTCAAGAATTCTATTTTAGTGATGTATTTGATTTATTTTTTGGTTGTTTTTTTTTCCCCCTCTGGAATTATTCTCCTAG
Seq C2 exon
ATTGATTCAGTTGAGAACTTTACATTATCCAATACACCATCACGGGATGAAGATACCAAGTCTCACCTCCATTCAAGATCAAGATCTCCTTCTACGGCTAGTGAAATTGAACCAATCGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009158:ENSGALT00000039364:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.218 A=NA C2=0.850
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]