RnoINT0032612 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000002841 | Cdc42bpa
Description
CDC42 binding protein kinase alpha [Source:RGD Symbol;Acc:621406]
Coordinates
chr13:98403148-98408456:+
Coord C1 exon
chr13:98403148-98403224
Coord A exon
chr13:98403225-98408417
Coord C2 exon
chr13:98408418-98408456
Length
5193 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTAAGT
5' ss Score
9.82
3' ss Seq
GTGTTCTCTCTCTGTTGAAGCGC
3' ss Score
9.2
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTAGAGCACCGAGACTCACAGCACTCTTTCTTGGCATTTTTGAATACGCCTACCGATGCTCTGGATCAATTTGAA
Seq A exon
GTAAGTAACTGCTGAGGACCCTCTGGGTCTGCTACAGTTCACTCTGCAGCAATACCTTAGAGAACCTGGCATGATATAAATAGTGAATAGAAACATGCATGGGAGGGGTGTCTGCATTCTTATGGAAGCACGACCACATTTGTGTGTAATAAAAACACCCAAGAGTCTGAAACCAAAAGCTGTTATTACACTTAAAAGCAATTCCAACTTCAGCCTTCCCAAAGTGTGAAAGTGGGGCGAATCCAAGTTTCTGAGATAATTTTCCTTTTCTCCAAAGCTTGGAGACACAACAAAAATAAGTGAAAGCAAGAGCACTGACTTAGCGCACCGTGGCTCCTGTTCACGTCAGCTCCTAAGGAGTGTGCACTAAGACCGCTTTTGGTCAACGTGCTGATCTACACTGTTGGCTGTGTTCTGAAATGGTGACTGGATAGCACTTCGTCATTCTTTCCTTCTTATTTAAATACTTTGCTAAAACATCAATATAATGTCAAAGTATGTTTTATGTCAGGAAATATAAGTTACTGGTTGTGGCCTTGTGCAGCAGTTAGAAATCCTGGAATCTGTGTACAAGGCTTGGCTCTAAGTACTGGGAAGTGCAGTGACCACAGATGACGGAGTTCCCTCTCATCGCTTATACTCCGTCAGGAAGAGTCAGGAGCAGAGATCCTGGTACCCTGGTTCAGTTGTTATTTTCAAAACTGTACCATTCACTTAATTAGCGGTGATTTGCCATGCACTGTCATTTTATTACATTGGGGGCAGTAACTGAATTTCATTTCGTGGGGAAGGTAGGAAGAGTCACTCTTGGAGAAGTAATCCCTAAGTTCTTGACAGTGGTGACAGTGACTGCTTTTCTCATTTATTTATTTGAACAAATGCCATTTGCCTTTCAATTGTGTTTTACAAATTTTGATTTATTATTTGTTTGTATTAAATTGCTTCATCCATATTTTCTATTTTTTTTATTGCTGAATTCGTTAAATAGGATTCCTTTTCTTCTTCCTCATCTTCACTGATTGATTTTTTGGATGACGTAAGTCTTTGATTTTCAACCAATGCATCCTTCAGTAAAAAAATCAGTGAATTGATTTGAAGATTTTGTCTAGTAATGCAGTCAGTTTTAGAAATATCACTTGGAAATATATGTGAGCCAATGCTTCCTTCTTATAAATATAATGGTCTATCGATAAATGTAATATAGAAAAACACTTTTAAAAAATGCTTTGGCCTTTAGCAAATCTCTGTGTTTCCATTCTTTACAAGAAAGACTGGAATGCTTGCTTACATACCGTCTGTCCACGATAACGGCTCCTTTTGTCTTCATGGTTTGGCTTCACTCTCTCCTGTTCTTTTTAGCTCCTTTCTGTTTCTGTGTTGTTAGTTTAAAAGAAGCCTCCGATGGAGTAATTTTAAAAGTGACATTTTAAGAGTTAACTTCTCAGTTTTATCATTAAGAATATAAATAACATTTTAATGCAGACAGATTTCTAATGTGCAAAGTGATTTTAAGTAAGTATGTGCACTATGTGCCCCATTTGCTGCATTAACATATTGCCCCTGAGTTAACTGTAGGTTTAGCACTGTATATAGGTTTCCAGGAAGTGCGATGCATCTGTTCCCCACCTGCACTGCCTGTTACATTCATTTTCTGTTCCACTTTGGATGACTCAGAATCTTTGATATCCTGTTGAGCATGCAGACTCTGCAGAAATTAAAAGATGAAAAAGTTGATATACATGTAAACAATGTATATTAAAGTATTTTTAAATAAGGAGAAATTCATTAAATATTTTATTCCAGTACAATATTATATTCAGAAGATGATTTCAGCATAAATTTTCACTGGAAAATTTTTTATATATTTTTTCAAATTGCTAAACAATAAAGAGACTTTTTGGTGTGCATGAAAATATACCCAAATCTGTTTAAAATAGACTTTCTTGTTGAAAGATAACTGTCCTGAAAACATCACACTCCGTGTCGAAGTCTGCTTTTGTTATGCTAAAACAGAAGTGTATTTCATTATCACGTAAGAAAGCTTGAGTCAGTTACTGAGTTCTTTGTACCAATAAACTATTTTCACTTTTCCTAAACAAATTCTCCCCTCCATCCTCTGCTTTGCCATAAGCACTTGGGTTGTAAAACTGAACAACTCCATAGAGATCTGAGTGGCCCCCTGTGCAGACTCCTGCTGCAGGAGCGCTCTGGGATTGTTCCTCTAGATGTAATGAAAGTGCTCCCAAGGCAGACCCATTCCCAGCCGCACTCTCCCTCTCAGACCCCTCAGCAGCTGTTACACAGCACAAGCTCATCCCAGCATAGAGCTGAGTCTTCAGAGGGAGTCCTAGGACACAGTGGAAGTGAGCAGATGCACACACACTGCTGGGTCTCTGGGGGAGTTGTTTTGGTGTTTTTGGCTTGGTTTGGTTTGGTTTGGCTTCACACTTTTCCAAGGCATGTGTTGCTGTTGTTCCATTGTTCTGGTAAACCTTATAAGCTGCCTATCCCGCTTTCTAGCACAGAGTAAAAGAGATCACCTGCCTGCCTTTACCTAGGTTTGCTCAGCTGACATAGTTGGGGTTATGGTCCTAGTATAAACTATGGGGTTTACAGTCTCATAAACTGGTCTTCATATTTAAAGGAATTGTATTATGCCTTTAAGAATTTTAGTCAATTTCCTTACTGGGTTGGTTATCTTCTCTTCACCTTTAGCTCCGTCTCTTGTCTGCCCGTGTCATTTCACTGAGATGCTGCTGTCCCTGCTCCTTACGTCTTAGCCTTCCGCTCACTAGTGGTATGAACCACAACACCTTCTTTGGAATCGTCGAATCCCATTGTTGTTGGGAAATGATAGGTTTTTTCTATTAGAGGGAGAGCTAACAGTAAGCTCCCATTTAAAAACAGTTTTCTGTTCTTAATTTATAGTTTTCTATATTACCCTCTTGTTTCTTTTGTTCATTGTTTATAACTGTGACTATGTTTCCCAATGTTAACCATTCACTCCTTTGATTATTAAAGCCATAGTAAAATTATGTTTCAATAGTAGCATTAAATGTTTGATAGATTCATGTTTCATATCTATGATACGATACTATGAACACAAGTTCAGTAGCTCCTGTTGTTCTTTGGTATTTAGATTCTTCAGGAGTAATTGAGTCTTGATTATTCTTTATCCTCCGTCTGGTTATAGTCCACATCTCCCTGCAGTGCGTAGGCTCTGGTCCTTAACTAACCTCACACACCATCCTTCTATCACCCTCTTCTCTCTTCTGTTATTGCTACAAAAAAGAATGTCAAAGGACTGACGCTTAGTTGCAGCCGGACCCTTCACATTTAGGACAGAGGAATTACAGGTATAATTTGGTGTTGTGTCTACATGCCATCAGTCTTCTCAGTTCCTCCCTACATACATGTCCAGAGTTCCCTTCAGAGATCTCGGTTTTGCTACTGGAAGTCCTCCCTCCACGTTTACCTTCTGTGCTTCTCCTACTTTTATTCTTTGATTTGGGCTATTAAAATTATCATTTCATTGTTTAGAACATGGAACTAGTCTCCTATTCACCATTTTTCCTGAGATTGTTTTTTCTGTTTATTCACAATTCATATGAATGCTGGATTTTTTTTTGTCAGGATGGTGAGATGGGAAGAGCAGGGTGCCTTAAGTCAAGCTGTGTGGTTACTCTGTAGGAGTAGCTTTGGCACAGGGAAGGAGTTTATGTAATTCCCATCATTTTACTCCCCAGGAAGGAGAAGACTCAGGCAGGGTGTGCTCAGAGTTCTGTAGCTGTGATGGATGAGGATGGCTGTCTAAGCTGCTTGCACACAGTATGGACTTCAAAGAACCCTAGAAAACATCGAGTGCAGTGGTCTAAGCCTCTGTTTATCTCACCTTCCTGTTTGTAAGGATGGCCTTAGCAAGAGCGGCTTTTAGGGTTTTCATCTTTGGGGGAAAAATGGCAAGTATAGAGAAAGGATTTGTGTGGCATTCTTCAAGACACATAAAGAGAGGTTGGGTTCATTTTTAATGAAATAGAGGACACCATGACAAGAGCTGTAGGAAAGGCATTTCCCATATTAAATTGGAGTAGAAAAAAATAACAATCTCTTCTGTGTAAATCCATATTTCTTCTATCTTCCCGTTTCACTTAGCTCTATACATATCCCTGATCCTGGTGAGTTCACACGAGGCCCAGCCTCACTTTCTATGTAGCCAACCAGATGAGGACAAATAGAAATTAAAGTTCTAGTATCTGAATTTCAGACATGGAGAAAGGTTCTGGATCCATAATGCGGCTGTCTGTTTACCTCATACTGCTTTTCTTTCTCATATTCTCTCAAACAAGAAATGAGTTATTTCAGCAGAGTTTAAGCATAAATTTTAGCCTCAATCGAAATCTTACTGAAATGCTTCAGCATATTAAACTGAGTCGTGCTTCTTCCCTTCGCTAGTGTCTTGAATTCACCATCGTTCTCATAGCGATCTATGTGATCCAAGTCCTACACTTTCACATAGCCAACCTCAAGGTTTGAAAATGTTGTCTAGGTGGACAGTATAGAACAGTGCTTTTGTTTTACTCTGCTCGGTGCTGATGATTCCTAATCCAGCTCTGAGCATTTAAAAGTCACCTTTGAAGAGTAGGAGTTGGTGTGTTTATAAATGTTTAAACCAAAGCTGCTTAATTATATAATTATGGGTGTGTGTGTGTGTGGGTGAGTGGGTGTGTGTGTGTGAGAGTGTTTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGTGAATGTGTGTGTGAGTGTGTGAATTTGTGTGTGTGAATGTGTGTGAGTGTGTGAATGTGTGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTGAGAGTGCGTGTGAGAGTGCGTGTGTGTCTGTGTGTTTTACTATGGTTCAAAGAAGCTTTATTAAGTGATTGCAAACAGTAACTCAAAATTAAATAGACTTAACTGTTGTTCACGACTTGATGGGATGCCGCCATGTGGGTCACTGTGTGTATAATGTAAACTTCAGCCTTAGACCACATCTGAGCAGTTGTTTCCTTACTGTTTTTATCCTGCAGCTTTTCCTGGATGTAAGTGTACTTGAATGTATCTAAACAGTGGTGTTGTACATCTGTCTGTATGCTGTATGTTGGTTCAGAGGCCTGGAGCCTGTCCTATGAGTATGTAACGTGGTGTTCTCTCTCTGTTGAAG
Seq C2 exon
CGCTCTCCGTCCTGTACTCCAGCTGGCAAAGGCAGACGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000002841:ENSRNOT00000003837:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.146 A=NA C2=0.477
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]