BtaINT0035019 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000022777 | CDC42BPA
Description
Bos taurus CDC42 binding protein kinase alpha (DMPK-like) (CDC42BPA), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001192937]
Coordinates
chr16:30740872-30763893:-
Coord C1 exon
chr16:30763817-30763893
Coord A exon
chr16:30740956-30763816
Coord C2 exon
chr16:30740872-30740955
Length
22861 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTAAGT
5' ss Score
9.82
3' ss Seq
CTCTTTTCCCCTGGATTCAGACT
3' ss Score
6.98
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
GTAAGTATTAAACCTTTCAGATATCCCCTGTGGTCGATTTAAAATTTACTTTGTGATTTAAAATTTATTTGCAATAAAACTTTTATTGCATCCCATATAAGAGGACCTAGAATCTTATATAAACAAAAATGTATTATGAAAGAAATATATGTCCTGCAATATTATGGAAACTTTAATCATAAACTTTTCTTGTATTTAAGAGAAATCTAAGATCTAAATAAGAGGGTCATTGTAAGATTTAAAAGAAATTTCATCTCTTTCCCTGAGGAACACTAAGTTTAGAACAGATCCTAACTTTAAATAATTTTAACTTTTTATTCCTCCAAAGCAAAGAACCACAATAAAAAAAAGCAAGTGAAAACGTCAGAGCTCACAATAGGGCGATGCTGGTTCCAATTCCAAATCAATACAGTTGTTTAGAAGTATACCAAAGGAATGCTTTTTGTTCAAAGTATTGCATGTAGAGTTTATTTGGCACACTCCAGAATAGTGAGATAGTGACTGTATGACTGTCCTTCTTTGGTACTTAAATTTTTTGCTAGAAAAAAGCTTATGGTTGAACTTTTTAATCTCAGAAAAAATTTGTTAATAATTATATGTTAATCAACAGATAATTGTACATATCTGAGCAAGGCACTGTTGTAGTGCTGACAAAATCCACAAAGTCCTGCCCCTCAGGAACCTTACATTCTAGCGGGAACAGTTAGAAGGCAGAGATTCTGTTGTTTACCTTTAGTTATTACCTTTTAAAGTGCTTCCATTTAATTTAATTAGTAATGATTTGCCATGAGCTTCAATTTATTACACCTTGAGCACAGAATATGAATTGTATTTCGTTCTTTTGGGAAAGGGAAAAAAAGCACTCTTTAAAACGTACTTAATGAATTTCTAAGTTTCTTGAGAAACAATGACAATGACTGCTTTTCTCATTTATTTATTTGAATTAATGTCATTTGCCTTTCAATTGTTCTACAAAATTTTTGATTTATTATTTGTTCTTATTAAATTGCTTCATCCATATTTTCTATTTTTTTATTGCTGTATTCGTTAAATAGGATTCCTTTTCTTCTTCCTCATCTTCACTGATTGATTTTTTGGATGACGTAAGTCTTTGATTTTCAAACAAATGCATCCTTCAGTAAAAAAGATCAGTGAATTGATATGAAGAATTTACCTAGTAATGCAGTCAGTTTTAGAAATATCACACTTCATAATTTGTGAGCCAAAATGTGCTTCTTTCTTACCTTAAATACAACGAAGAGTTATCATTATTAAGTATAATAAAATAAAAATGTACTTTAAAAAAATGCATTGGCCATCAGAGAATCTCTGTAGTTCCATTCTTTGCAACAGTTCTGAAGACTGGAATGCTTATTTGATTATTGTCACTATATAGCTATATAGATATAAATAATTGCTCATTTTTGTTTTTCAAGGCAGTTTCTATTTCACATTTCCCTTTTCTTTCCAGCAGTTTGCTACTTGGTTTATATGTTAGTTAAAAGCAAGCCTCTGGTGGTATAATAAAAAGTGACATTTTATTAACTCTTCCAATAGAGTTTATCATACATAACACAATAGTTGAGTGCAAATCGGTTTTTAATGCTGACAGAATCTCTCTTCTAATGTGAAAATTGATTTAGTTAACATATGCACTGTAAATTGACTGCATTATCATATTCTCTCCTAAATTAATTCTATAGATTTAATAATTTAGATGTTCCTAATGTATATTGTTCTCTTACAGAAATACCTGACATATACATTCTCTATTCTGCTTTAAATGGCACAGTAATTCTTGTTGTAAAGCATTGTATTTTCCTATTGAGCATTCTGTCTTTACAGAAATTAGGAAATAAAATGGGTTCAGATGCAAATGCAGTGCATATAACTTTTTTAAATCAGGGGAAACTCTTTTAATGTTTTATTTTGTGTGTTTTGTTAAATATAATTCTTACATTGAAAAGAGTATTAAGCATAATTTTTTACTAAAGAAAAATCCTGATCTATAGTTTTGAGTGTTTCTTTATTTCTTGAAATATGTATACCAAAATGTGCACCTTTTCATTCCAAATGGAAACTGTTTTACTACTCTTAAGATACATAATTATACTAGTTATGGTTTTTTAAAGTGTGATTAAAAAGAAAACTTTCTTGATATATAATAATATTTGATATTATAACCTAATGTATATTTTACTAAAATATTCAGTATGGTATTTCCGTATAGGTAACATTCACCTTAAAAAGAATGGAAAGGAAATCTGAACAAATATTTTAATTGTTCTTTCTTCTAGAACACCATTTTCATTTTTCTTTCTAACAAACTCTTTTCTACATCCCTTTTTCTCTCACAAAAATCTCTGAATGTAAAGCGCAGGAGTAGTATGTATTTTGGTAAATAGATTAGCTCCTCTCAACAAAAGCACACTTCAGCCCCCTGCGGTCTCGTCTCTGCTCTCACATGCTGTCTGCCGCCACCACCCCGCTGCAATGTCTAAGCTTCCCACTGACACTCATGCTCCAGGAATATCCTTTCTTATCCTTCCCCCACTGTTACTCAGCATAGATTCATCGATTCAATTCAGTTCAATTCAGATCTAAATTGTAAAGCGTTACAAAGGAACTCCTATTATAAAGTAAGCAGGAGCTAAGTTCACAAAGACTGCCAAATCTTTTTGATTCAGGCTCCAGCTCTTTAAGGGCATGGTTTTTCCCTCATTTGCTTCCTAAGCACTTTCCTCTCCATTTATTGCTGAAGCACTTAAATTGATTCAAATCCTATCGCTGCCACTTTCTTGGTATATAATTTGGAGCAAGATATCTAACCTTTCTATGCATTGGTTTGCTTATTGGACAAACAGGGATAATAATAGTACTGATCTCATAAGCTTGTTTGCAAATTTAAAGTGACAATGTATTTAATGCCCTCAATGATATTGGTTATTATTTCATTACTCTTAATAGGCCAGTTCCCCTCCATTGCTGTGTTCTCTTTAGCTTCCTTTCATGTTCACAATTTCAGTTTCACTTGAGTACTTTCTAAGCTCTTTAACACTCAGCCTTCCAGTCACCACCAATATGAATCACTATACTTTCCTCCTGTTGAATCGCATTACTATTGGAAATGATTTTTCGTGTCAGGATGAAGACTATCCGTAAGCTGCCATTAAAAAAATTTTTTTGTATTCTTAATTCATATTTTATGGCATAAACCTCTTATTTCTCCTCGTAGTTTGTAACTATGACTACCCTTCCCATCGTTATCATCCATTTCATCCTCAAGGTCATAATAGAATAATGGTATTCAGTCTTTGGCATGCTTAGGTTCAGCATCGAAGGTATTTAGTATTAATATATAAAACTCAGGTTTCTTGACTTCCTTATTACTCTTAAATGCTTGGATTCTTACAGATGAATATAAATCTTGATTGTTCTGTGTGCCCAAACCAGTTAGGCTGTTGTGCATCTTGTTTATAATATGTGACTGCCCTCTGTTACTAGGTAGACTCTATTAACTAACCCATAGAAACATCCTCTGCTCATTCTTTTCTGTTTTCTGTCTCATTGCTATAGAAAAGAAAAATATTGTGCTGAAGACTTAAAATTGAATTGCAGCTGGAATTTGTAGGTATAGGAGGGAATATGGTTAGTTTTAAGCAAAATTATACAAGTGCTGTTTTCTTTTGTGCCCACACATCATGGACCTTCTCCTGGTAACCTGGTGCCCTCATGCTGCCCTCCGACTTTTCAGTGCTTTACTAGCAGTGCTTCCCCTCCTCCAAAATTGCCTTCTGGCTTTATCCTTCACCCCCCGACACACAGGCCTGTCAACACTATAATCATTTTACACAAAATAGTATGCCTAATCACTTTCCTATCTCTAGTTTTTCCTCAGTATGTTTTGTCTGTTATTCAAAATTCAGATAAATGCTGGAATTTGTGGCAGTCTTGGAAGACGTTTGGAACAAGTTGCTTACCTTTTAAGTTACACTGTTTAGACAGCTCTTAACAGAAGAGAAAGAGCATTTGTAACACCAGTCTTTCCTTCCCTCTGATTCAGACAAAGCAGAATACATTCTCCACACTTTACTTCTGAAACTCAAAGGAGCTTAGGCATTTGGACTTTTCTACATGTAGAATAACAGACTTTTGAAGGAGAAAAGAACCCTAGAAAATCTTGAGCCCACTGATTTTAATTGTTATATACCACAGCACTCTCACTAATAGATAGGTATGTTGGTATTGTTTAGTCGGTAGGTCGTGTCTGACTCTGCGATGCCAGGGACTATAGCCTGCCAGGCTCCTCTATCCATGGGATTTCCTAGGTAAGAATACTGGTGTGGTTTGTCATTTTCCTTTTCCAGGGGATCTTCTTGATTCAAAAATCAAACCTGCATCTCCTGCCTTATATTTTTTTAATTGGAGACTAATTACAGTATTGTAGTGGTTTTTGGTATACATTGACATGAATCAGCCATGGGTATACATGTGTTCCCCATCCTGAACCCTGCTCCCACCTCCCTCCCCATCCCATCCCTCAGGGTCATCCCAGTACACTGGCCCTGAGCACCCTGTCTCTTGCATCGAACCTGGACTGGCGATCAGTTTCACATATGATAGTATACGTGTTTCAGTGCTATTCTCTCAAATCATCCCACCCTTGCCTTCTCCCACAGAGTCCAGAAGTCTCTTCTTTACATCTGTGTCTCTTTTGCTGTCTCGCATATAGGGTCATCGTTGCCATCTTTCTAAATTCCATATATATGCATTAATATACTGTATTGGTGTTTTTCTTTCTGACTTACTTTACTCTGTATAACAGGCTCCAGTTTCATCCACCTCATTAGAACTGATTAAAATGCATTCTTTTTAACGGCTGAGTAATATTCCATTGTGTATATGTACCATAGCTTTCTTATCCATTCATCTACCAATGGAAATCTAGGTTGCTTCCATGTCCTAGCTATAGTAAACACTATATCAATACTATAACCTTT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Seq C2 exon
ACTGTAGACTCTACTCCACTTCCAGTTCATACACCAACCTTAAGGAAAAAGGGATGCCCTGGTTCAACTGGCTTTCCATCGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000022777:ENSBTAT00000029173:22
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.154 A=NA C2=0.521
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development