MmuINT0032839 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026490 | Cdc42bpa
Description
CDC42 binding protein kinase alpha [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2441841]
Coordinates
chr1:182054055-182064511:+
Coord C1 exon
chr1:182054055-182054093
Coord A exon
chr1:182054094-182064427
Coord C2 exon
chr1:182064428-182064511
Length
10334 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGTGTAAGA
5' ss Score
5.04
3' ss Seq
CTCTTTTGCCTGGGATTCAGATT
3' ss Score
5.36
Exon sequences
Seq C1 exon
CGCTCTCCGTCCTGTACTCCAGCTAGCAAAGGCAGACGT
Seq A exon
GTAAGAGACTCCCGCACTGTGTGCTGTCCCAATGCCTTCTGCCTGTGTCTCGCCCCTGGCCTTTGGCTGCAGAGCCCTTGAGCATGCTCCATGTGTCATGGCCCCTCTCATGCATGTGCTGCTGCTCGTGCACCACTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCCCTGTCTCTCTCTCTAGCCCTCCATTTAGGCTTTGGCCGCAGAGCTTTAGGAATGTTCTTTATGTAAATTTATACAACTAAGCCACGAAAATAGTAAGATACCTTTTTAAAGTGTGCTTTCTAAGTTATTCAAATACAGGGTAAATGAGTTTCTCATAGAAAATCTGATACATACAATTATGTAGAGTGTTCAGGCCATTTATAGACCTCGTTGACTGGATTTTATATAAATCAGTTCTGAAGAAGTTGTATTTAATGGATGTCAAAGAAATTTGCCTAAATATTTTACACACTATAGATTTAGAAAAATAATTTTAATAATAATTTTTTGTAATCTAATTTCAAGATTTAAACAGATTCTATATGTTATTAATACTGGAAACATCTTCCATTGCCAGTGCTAGCTCCAGGCTTGTGTCTGGCCGCTTCACAGGCTCTGTGTGGCTCTGATATGCTCCAGGTGGGGAATCAGTGTGTGGAAAGGTCCCGGGCTTTTATAAGCCAGCCTGCCCCAGCACCTGCCACACACACCACTGAGACCTTTAACTGCATTTGCATTCAGTGTTAAATAGCACTAAAGGACAGTCATTGGGAGATAAAAAATTGTAACTTTGAGCTGTCAGCTTCATGACTGGCAAGCACCTTTATTCCAGAGTTCCTAGAGATGGAAAGTTGGAGATGAAGCACTTCTTGGTGAACACGAGAGGTAGTAGGATGGACGTTGATTCTTGTGTTCTTTCTGAACTGATAAAGGGTGTTGTCACACAAACATGAGTAACACTAGCATTACAGATAATTTGAACAGCCCCCTCAGCTGTCAGGGTTGGACTCAGTGGATCTGTGCGTTCATCTGCCCTCTGTTAGAAGTCTATTAAAAGATTTCTGCTCGTACAGATGTCTTGATTGTTTTGAAATTTATAGAGTTAAGCCAGTAGATACTTGTATCTATAAAATTATTAGTAACTATTTTGTAATGGGAAGGCTGGCATTTGTCTGCCCATCTGTACTAGATTTATCAGCCTGTGAATTCAGAAAGGTTTTGTTTTATTGATAATTTTATTAAGAATTAGTTATATCTGATTAGTAATCATGTACACTGAGAGATTTGGCCATGTAGAACATTTCATTGACTCAAGAAATAGGAAAAAAATTGAGGGAAGTGACTGCTCTTAGGATTTTTACTCCTAATCCTGTATCTTTTTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCAAATGCTGGGATTAACGGCGTGCGCCACCACCTGGCCCTGTATCTTTCTATGACAGCATCTAAAGAAGCTGCCATTAACCAGAACCTGTCAGTATGGCAGCCTTCATTGTCTCTTTTCCCATCGTCCTTCAGCTCCTCCTTGGCTTAGTAACTGACTTTTCCCCTTTAATTTGTAAAGAAATATGTTCATAAAAACATATGAAAAAGTGTAAATTACCCAGTAGTTAAGTGAGAACTTTGTAGTGGCATTGTAAAGTAGTCTCTGGGACAAGGTTGTAACATTGTTATTTCATACAACACAAATACTTACCATTTCTAATTGTGGCTTTGAGTCTAACATTGACATAGGGTTTCATATATACCATGTTTTCAGATGATTAAATGCTTTTGTAAACTTAAAAATCTTTCCCTTGAAATAGCACAGAAGTAAGGAAACATCCTAGAGTTGGCCATTTCTATGCTATTAAGCCTCATTTGCAGGCTGAAGACGTAAAGTTCTATTAAATAATAAATTAAGTATACTATAAGAAAAATGTTATAAATAGTATTGTTAATGTATGGATACAAATGACTGGGGAGAGTTTCATCTGAATCTTTTAATACTAAAAGGCACAGACTGTCTCATTTCAGATTGTTCCTTTAGAATTTGGATCAGAGACCACAAAGAGCCAACGTACAGCTTCATTTCCTGTTACTTTTCATAGAGTATAATCTCTAGAGTCCATATTCAAGACAAAACACTGTAAATAACTTTAGGAGAAATTTTCATAAAGAAATTTCCAAAATAATGTAACTAGTAAGACTATATCTGAGGCTATAAGATTAAGTAATTTTTACTTGTTACAGGATAATACAATATTTATATTTTCCAAATGAAATAATACTGCTATCATACTAGAGGTTGCTCATAAGCTCAGTTAACAGAAATAACTATTTCACTAAAAATTTTATGCTCTGAACACAAAACATTGGCTTCTTTATTTCATTTTAATACAGTACTTTAAATATATATTGTGAGGATAATTTGCTAGAAAAATCTTAATTTATTCAAGAACCATTGTGGACTTCTTGCGTGACCCTGTCATGCATTATGAACAAAAAAAAAATCACAACATTTGATTTTTTATTATATACACACATATTATATATTTGAACTAGGAGAACATAAACAAAACTGACAATATAGTAAATATCTTTTAGTTCCTACTCATTAGAATAAGTTATTAAAATAGGTTTCCTGCCGGGCCGTGGTGGCGCACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCAGGGCCAACCTGGTCTACAGTGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTGCACAGAGAAACCCTGCCTTGAAAATTATATATATTTTTCCTTAGAGAAAATGAATAAGAATAGAAAAGGTATTTTTATAAAAGTAATCTTTCTCAGTGGATTATAATTTTAAAATATTGAGTAAATTTTTTACACTGTTAGATTAAGATTTGCTTCTAAGGTTTGTCTTCGAACAATATCAAAATATTCCATCCATTAATATTATGTGTTACTTTTTAGCTATTTACCATTTTATTGTTTTTTATAATTATCAAGATAATATTAAATTGATGTAGCTCTGCTCTTATGTATATCATATTTATTGGCTTTTACTACATTACTAACTCAATTAACTACTTAGACTTAATGCTATAATATCTTTAGTCGTGTCCATGAGTTAAATACAGAAATGATGATTCCATTTTTAAAAGTTTTTAGAGTGCTCTGTGTAAAAATGTTATTCGTGTTTGTGTATATGAGTTATTGTCAGCTAATCTTAAAATCAGTCTTAGGCATCTTTAATTCTAGTGTATTTAATGAATATCCTGAAATTTTAGTTAATTGCTTTTAATGGTAAGAAGAAACCATTAATTACAAATACATGATAAGGATTAGCATGTAATTATAGTTAAAATGAACACCACAGTCATGTTGGTGATGATTAAAGGTCTGGTGAGAGGGTAAGTGACATGTTTTCCTCATCTGCCTTGTTAAGCTGCGTTTGAGAGAGTCTTCATAATGGCAGCAATCCCCAGATGATGTGACAGCGTAGTGGCTTTATTTCCTTAGCTTCTGCTTTTAATAGAATCTTATAAAAGATTTGAGTTTGATGTTCAAAAAATTTTTTTGCCAAGAGTGTTTTCATGTTTAATTATGCTTTTTGTTTCTTGCGTTTATTGGAATTACACATAGAAAAGTAGAGTTGTAATTTTCAAACTCCATAGTGGTTTTTTTTTCAAAAATCAGAATGTTATTGTAAATGATATAGTTGGATTTTTTTTAATATTCCCACTCAATACCATTTCAAAATACTACTGCTGTGTAGTTACTTAGTTTCTTTAAAAAGAAAAATAATTAGATTTTTTAATGAAATTGAGTTTTAGTTTAAGAGCATATAGCTCTAAATGCACAGATAGTGATTTTTGCTGTTCTATTTTATTGTAGGTAACACTAGTTGGTCTTTCTACAGTATTACTGTAGTTTTCAATATAGCCTGGGTTTACTTGTTGCAGCTAAGAAAATAATTTTTATTTCCTCATTTTTGTTCTCTTTCATTGACACTAATTAGTGAAAACTAGTTAAGAAGAAACAACAAATTAATACATGGCAGAAATTCTTCAAAAGAAAAAGATTTCTATTAAAGGGTTCAAGAATTCTGAAGTCAGCAATCACAAATTAAACTGATAGTGAGTCTTTTTCTTTCTCTAGTGGCTTACTCACTGCCATGTCATATCTTTATGGGACCATAAAACATGCTGATAAATGTTTTAACACCTGACTCTGGTCAATAAACTGCTAAATAAACTGCCAGTTTTGTGATAGAAACTCTTGTTCACCCACAGCCGAGAAGGTGGTGCGGCTGCATGCTTTAACTCTGGTGCTGGACACTGGACACTGTGCTCACCTCTGCTAGCTCACGGTCCCACTACTCAAGGAGTAGGCTTGCTCTAAAATGTGGGTCAGTATTAGTGAAAACACAAGCTATCTGCCCTTGACTGTAGACATATTGAAGCCACAAGACTTAGAGGTCAAAGTCATTGGAACTATTTATTCCTATTCACAGAATTACCTTGGATCCAGGGTTTATTGTCTTACTGTTGAGTATTAGGGCTTCAGGATCTCATGATAGCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAACTTATTCTTAAAATAGCGCAGTTTTCGATGTGTAACAAATCTTCCACTTGGACACTCTTATGACTGAGTCATTTTAGGTTCTTATTGTAAAACATTTCAGAGCTGCTTCATTACCTTGCAATTTATATAATTAAATAGACAAAAGAATAAAGAGAATGTAGGAAGTGAGAAACATTCCTGTTTTATATAGCTAAATATAATTTTATTACCTTCTTCTTAGCTGTCCCCAAATAAAGTTGTGAGTGGGGCAAATTTGTCTTGAGATCATTTGATTCTTTTATTTTTCT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Seq C2 exon
ATTGCAGACTGTGCTCCACTTCCAGCTCACACACCAACCTTAAGGAAAAAGGGATGCCCGGCTTCAACTGGCTTTCCACCTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026490-Cdc42bpa:NM_001033285:22
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.231 A=NA C2=0.278
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: