GgaINT0090273 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009158 | CDC42BPA
Description
NA
Coordinates
chr3:13305697-13310346:+
Coord C1 exon
chr3:13305697-13305773
Coord A exon
chr3:13305774-13310307
Coord C2 exon
chr3:13310308-13310346
Length
4534 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTAAGT
5' ss Score
9.82
3' ss Seq
TCCTCCTTTCTTTGTTAAAGCGC
3' ss Score
7.81
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTAAAGCACCAAGACTCACAGAATTCTTTCTTGGCATTTTTGAATGCGCCTACCTCTGCTCTGGATCAATTTGAA
Seq A exon
GTAAGTGTACAGCTGTTCTCTCTCTCAATTAGTCAATGAAACTTTTTACTATTGCTGTTTTATATAGAATACACTTTTGCTGAGAGTTTGTTACTGTTTTAATCATATTATCCCGTGTATACTTGCATATGACAGTATGTGAATATTGCTCGTTGTTTGCAGTGCTGGCTGTCTTCTCTTGAACACTTATAATCATAGCGAATTCTCCTTAAAATGTTGAATGCAGAAATTTTCCTAATATCATAGCAAACACATAATGCAGAGGTGCTCAGGTGACTTTGGTACGTGTTCAGAATAATGCTAAGTAATGTGAATGCTGGTTTGGTAAACATGAAAGTATGCAAATAATCCTTGATTGCATTCCATGAAGTCGTTGATACTGTGTATTTATTAGGTTGTTTTCATTGTTTGTTCATTTTCATTCACAGGTTTCTAAAACCCAGATAATTGCTATTCATTTCCTCTCCACAGAACCTATATTCCTAAAAAATAAATCTGTTTATTTCCTTTGTCACTTAGAATAAAGGCCTGTTTAGGTAGAAAGGATGTGGAAAATTAAAACAATACCATACATTTCTTATACTTTATTTTAATCAACAGCCAACAGTGCATCATTTTTCTTTTAAAAAAACAACTAGGCTGAAATACTGGTCAAACTAAATTCAGTGGGAACAACACATTTGTTGTAAAATCTGTGCTTGTTTTATTCCCGATACATATGCAAGATCATAACATTTAGCTTCAAAAGAGATCCCTGATGTTATTAATCTCCCAAAATAAACATGCTTTTTACTGTGTATTCATTATTGTCTCATGATTCATAATTAATACATTTTTTTTCATTTCTCTTTTAAATTATTTCTCTTATAAGTTACTTTTAAAATAAAATTCCTGTTGGAGTGTAGGAATCTTGTTTTACTGAGTCAATGCAGGAAAAACATTTGATTTTATGTGTTGATTATTAATTGTCTATGAAAGGCAATTAATGAAAACTTAGATAACATTTTGGCACTTGTCATTTATAGTTGCTTATTTTTGTATTTTTATTTATACTGAAGTTTTCTTCATCCATCTCTTTTTCTGTCTCTCTCCCTTCCTTTGTTTTTTTCTTCACTGCTGTTTTCATTAAAATAGGATTCCTTTTCCTCTTCTTCATCCTCATTGATTGATTTTATGGATGACGTAAGTCTTTGGCTTTCAAACCAGTAAATCCCTCAATAACAGAGATCAGTTGATTGATTTCAAGTATTTGAACAATAATGCAGTCATATAAATGCTGCAAGTGTGCTGGAGAGCTATATCTGTAATACTTACACCTGTCTATATAGATAAATGTGAGATTTTGAATTAAATGGTTTTCTTTATGTGAGTAATTCTATATTGGAGAAGATTGTTTCTAATGGGGAGAAGCTGCTATTGGGCCTTTACTTTAGCAAATGGTTTTAAAATTACTGGCATACTTCTATCACTAGGTTCTATTGTTTCATGTCATTACGTTTGTCATTAGTTGTTTCCAAAACTCTTCTGGTCACTTCAGTGAACATGTTTCCTTTTATGCCTGCATTGCAGGAAGTAATCTCTATTTCAGCTGTGAAGTGACCTTCTTGATTGATTTCTTCTTACTGCCATGTGAGATGCTAATTTTTAATCACAGCAGTGTTTAAAAATTTGCTCTGATTAGCTGCTTGCTAAGGAAATTAAATTACAAGCTGAAAATTGACTGCATTATATTTCTTCCAGGATGAAGTAATAAGCACATAATTGTAAATGCTAAGAGGCTTTAAATACTCTACATCATTTGTAGAAAACCACCCATTATCATTCTTTGTATACTGTGTGTACATCTGTGTGTTTTGTGTGTGTATGTAATATACACATACACAAATATGGAGTATTTAAAGTACAATAATATTTGCACTAAAAAGCAGAATGATTTATTTTATTCTAGAAATATTTGTTGTGAAGGATGTAAGAAAGAAAGTATCATATATAGATCTATTCTGTTGCTTGCACTTCCTTTTACCAACTCCGAAAGAACACTTTTCATCTTGGTGTTTTTTTTCTGTAAATCAAATATATGCCACAGACAAATTGTGAATGTACATTCTGCAGAAGTAGAACATTTTTGTCCTCATTTTTGTATAGAATATAGAAAACCTTGTCTTGTTGGAATTTTATTGCACCAAGAATATGACAGGTGTAGTTTCTTGTCTTGTTAAATGTATAACAGATGAATTTTTATGTCCTTTATTGGATTAAGGAAGTGTTCTGTATGTTGCCATAGCATTAGGAGCACTTAGTTTGTGTCAGCAGGCTCCTTCATACAAAGGTACTTCTAAAAGAAGTATCTACTACTCTCCTACAATGACCGATGAGGGAATTGGAGCATAGACATACAGAATCAAAATTCCGATGCTGTATCTTCAAGCTGAGCCCAGCAGCTGTTTTTTTCTCAATTGCTTTGGGCAGGAGTACATTTCTAGATTGCACTGGTGAGGGGCTAACCTCACTAACAGAGAGGCAGAATGCTTTCTCACAAATCTGCTAAAACTCCAGAACCAGAGACTTGACTATTCAAAGATGAGAGAAGTGCTCTGTAGACAAGTACAATGCCTGTTGAGTTACCTTTCTTTTTTGAAAGAGAAGTGTCTGATGACCTTGTTAGTAGTGGAAAGTGGTGTAATTAAATTGTGTTTGAAGTCAGTTCTGCGTCCTTCATTACTTGGACTATTATTTCATTCATTTGTGGATTCTTAATACCTCACCTCAATTGTCAAGATGATTGTTTTTATGTTTCAGCTAATTAAGTAGTTCAATGTCTGTATATTTGGCTGAACTTAAAATGAGGGGCTCCTCCTCTCTCCATCCACATCTGTCATCCTGACTCTCTTCCTTTCCCCCCAAATAAAAGAAAATAAAAGCAGCCTATTTGCTGGATATGACCTCCGTTCCCTTTTCAGTGTCTCTTTTTGACAGTAGTTACCTTGAATGGCGATGTTTCCTGTAGCATCTCAAGAAGAGTTAAACCTACGTTCAGTCATACCTGAGAAGTCGATGGGTTCCTTAAATTAAGTCTAGGGAAGAATTAGAAGTCCTTAGGTTAGGCTCAATATGGGATGGTTTTCAGGAAAGCCTCTTCTGTAATTGGGATCCTAAAGTAAATATTAACAATGGCCTGTAATGTTCCTCCACCCTCTGTGCTTCATTACAAAATGACAGGGTATAAGCAGTGCTGATTTTGACTTGCTGGTTATATTTGACATTTATTAGGGCGGGTAACGTATTCCTTGTCTGCCATCCAAATCATGTAATTGTTTATCACGCTGAGAATGATTGCAGTTAATTCTGATTGTGTCAGTGAGGAAAACAATAGCTGTGCGTTTCCTCTGGAGAGAATTAAAAAATAGCTATCTCACTGTCTCTGTAGCCTGCAGATGCCCAACAAGAAAACGAGTAGCTCAGTATTCCGAGTAACAGTCACTGCTGCTTCCAGCTATTCCTCCTTTAATCCTCAATACTTGGTCAGGTCTACAGAACTAGTGCTGAAATCTTCATGGTTGCAGGAGCTATTGTGTCCAGAAATGATCCTTGTTTCTGCTGTGTGCATGGGAGAGTGTGAAAAGGAGTAGGAATAGGCTTTGCTGTCTGCAGTTTCAGGTTTTGGTGGGAGGGCAGTCACCCTCGGTGACTCTGCTGTACTTTTGTCTAAATCTTCACCCCTGTTGCCTTGTGTGTTGCAGGCTGTTGTTAATGTCATGTAGGTCTGAAGTCTGCTGTGCTCCCTGAAAGTGTCTGATACTGACACTGTTGAGCAGTGGATTTTGAGCTGTTTTATTTTTTATAAAGACTGATCTTTGTGTATCTCACCAGCTAACAGAAGCGATCAAGTTATTTTGTTTAAAGTTGAGTCACTGATTATTTAGTAACAGTAAAATGGAATTCCATTTTCCCTTGACAAAATCTTTTTTTTTCACTTGCTGAAGAGATTATTTTTCTCCTGTTGTAACAAATTATGAATTAAAAATAGCTTTCTTAAATCTTCCTGTGGGCTTTAGTTAAACTAAACAAATCTTGGCTCTGTAAATAACAGCAGAATAAGTCATGTTCTCAATTTTCAATTTTAAGTAGTCCAGTTGAGTGCTCTGACTGTACCTGCACATTCATAATTAAGTTTAGAATAATCCTTAATAATACTTTAAATTGGATATATTGCACCTCCAAGAGATTACCTTACTCATCTTGTTCAGAACACAGAGATATACTGACTGCAAATCGTGCTTCTTTGGTGTAACGTAGTCTACAGTTTCACTGTTACTGTCCAGCGTAAAGCTGCAAACTTTAAAATAACTGTTCCTTTTTGTGATGTTTCTTTCCTCTTGTTGCCCCAGAATACTGTTTTGGAAATACTTTTAAAAATGAACATGTCTGTGTGTGTATAAAAACTACATCTGGAAACATACAGCAGTGAATACTGAGCTGATTTCCGTGTCATTGTTTGGTTTTGTAACATATTCTCCTCCTTTCTTTGTTAAAG
Seq C2 exon
CGCTCTCCTTCCTGTATTCCAGCTAACAAAGGCAGACGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009158:ENSGALT00000014921:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.135 A=NA C2=0.513
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]