HsaINT0031648 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000143776 | CDC42BPA
Description
CDC42 binding protein kinase alpha (DMPK-like) [Source:HGNC Symbol;Acc:1737]
Coordinates
chr1:227235628-227257554:-
Coord C1 exon
chr1:227257478-227257554
Coord A exon
chr1:227235712-227257477
Coord C2 exon
chr1:227235628-227235711
Length
21766 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTAAGT
5' ss Score
9.82
3' ss Seq
TTTTTTGCTCCTGGGTTCAGACT
3' ss Score
6.85
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATAGAGCACCAAGACTCACAGCATTCTTTCTTGGCATTTTTGAATACGCCTACCGATGCTCTGGATCAATTTGAA
Seq A exon
GTAAGTATTAAACATGTCACATATCCTCTGGGGTCAATTTAAAATTCACTTTGTAATTTAAAGTTCACTTATAATAAAACCATTTTATTGCTTCCCACATCAGAGGACCTAGAATCTTAAATAAACAAAAACATATTAGCAGAGGAATATGTTCTGCATTCTTATGGAGACTATAATCCCACCTCTGTTTAACAAAACATCTAAGAAAGATTTAATCATGAGAGTCATTATAAGATTTAAAAGCAATTTCATCTCCCTTAAGAAACATTAAGAGCAGAACAAATCCCAACTTTTGAAATAATTTGACAATTTTTTTATTCTCCAAAGCATAGTGCCACAATAAAAAGTGAGAAAATGTCAAAGCTGACAATAAGGTATTGCTGGTTCTTATTTCAAATCAATTCATCTTTTAAAAACTATACAGTAAGAAGTGCTTTTGTTAAAAGGTGTTACATAGACTCTGTTAGGCATATCACACAGTAATGAAATTGTGATTATGTAACTCTTGATCATTCGTTGGTATTTAAATTCTTTGCTTTAAAAAAATCAACTTACTGTTATCAAGTATATTTTTGTCTCAGTAAATTTAAGTGTGATTATATCTTTATTGAACAAATAATAATCATGTAGCTTTGTGCAAGGCACTGTTGTAAGTGCTGGAGATATAGTAGTGACCAAAATAGACAAAGTCCTTCCCACTAGAACTTACATTCCAGTGGGAAGAATTAGAAGCCTCAGGAATTCCATTGCTTACTTTTAGTTGTTACTTCAAAAGTACTTACATTTAATTTGATTATTAATTATTTGTCATGAGCTTCATTTTATTACATTTTGGGCACAGTATGTGAATTGTGTTTCGTTCCTTTAGGAAAAGGAAAAATAATCACTCTTTAAAAAGTAATTAATGAATCTCTTAAGTTTCTCAAGAACAATGATAGTGACTGCTTTTCTCATTTATTTATTTGAATTAATGTCATTTGCCTTTCAATTGTTTTACAAAGTTTTTGATTTATTATTCTTATTAAATTGCTTCATCCATATTTTCTATTTTTTTATTGCTGTATTCGTTAAATAGGATTCCTTTTCTTCTTCCTCATCTTCACTGATTGATTTTTTGGATGACGTAAGTCTTTGATTTTCAAACCAATGCATCCTTCAGTAAAAAAGATCAGTGAATTGATTTGAAGAATTTGCCTAGTAATGCAGTCAGTTTTAGAAATACCACATTTGAAAATTTATGTGAGCCAAAATATGCTTCTTTCTTATCTTAAATATAATGAAGGATTTATCAGTATTAAACATAATGAAGTAAAAATTTACTTTCAAAAATGCTTTGACTGTTGTAGAATCCCAGTATTTTCAGTCTTTGTAAGAATTCTAAAACTAGAATGCTTATTTAATTATTTTTTATATATATATAAATAATTGCTTATTTTTATTTTTCCTGGCGATTTCTATTTTACTTTTCCCTTTTCTTTTCAGCACTTTACTGTTTAATTTCTATGTTGGTTAAAAATAAACCTCTGGTGGTATAATAAAAAAAAATTACTTTTAATTAATTTCTCCAGTAGGTTTTATTGTATGACAATAATAGAGTACTGATTTTAAAATAAATCAATGTTTAATTGATTTATTTCTAATGCTGACAGAATTTCTCTTCTAATGTGCAAAGTGATTTTAGTTAACATATTCACTATATGCACTATAAATTGACTGCATTATCACTTTCTCTCCTGAATTCTATCAATTTAATAATTTAGAAGTTCCTGTTAAATGTGTATCATTCATTCTCTTTACTACCTGGCATAACATTCTCTCTATTCCACATTAAATGCACAGTAATTCTTGTCCTAAAGCATTTATTATCCTGTTGAATAGTCTTTACAGAAATGGGGAAATAAAATGGATTCAAATGCAAATATTGTGCATAGAATTGTTTTTTAAATCGGGAGATTTTTTAATGTTTTATTCTTTCTGTTTTGTTAGGATACTTATAGTCAGAAGAGTAGTTAGCATAATGTTCTGCTAAAGGAACTTCTTGATCTAGATGTTTAAAAATTATTGAACAAAAAAGTGATTTTGAATATGCTTGGAATATTTATACTGAAGTTTGCACATTTTCATTCTAAACAAAGTGTTTTGCTATTCTCAAAACAAATAATTACTCTGGTTAACTCTATAGTGTGATAAAAAGAGAACTCTCCTCGTGTACAGTGGTATTGCATGTTATAATCTGCTGCTCAGGATGTTAAAATATTCAATATGATATTTCCATACAGATATTATTCACCTTAAAAAAGAAAGGGAAGGAAGTTTGAGTAAATTATTTTGGTTGTTCTTTCCACTAGAAAACCTTTTTATTTCTAACAAACTTCTCTCCATCCCTTTTCCTGTCACAAAAAAAAAATGTACATATATTTGATTGTAAAACCTAAGAGCAGTATGTATTTTGGCAAATACATGAGGTCTTCTCAGCAGACCTTTCAGGAATGCACACCCCAGCCAGGTCCTCAGCTTGTTTCTGCTCTCACAGGCACTCTGCCACTGCTGCCACCCACCTGTAATGCCTGAGCACCCCGCAGCCATTTCCCAGTGTTACTTTTCCTCCAGGAATATCCTTTCTCATCTTCTACCCTCTATTAATGCAACATGAGCTCAGTATAAATATAAAAGTAAATTTTATTGCACTGCAAGGGAACTCCTAGTATGAAGTAAAAAGGAACTGAGTTCACAAGAGCTGCCAAATCTTTTATTTATATTCCACCTCCTAAAAGGCATGATTTCCCACTCATGTGCTTTCTAAGCTCCATTCTCCCAATTTATTGGTTAAGTGCATAAGCAGGCACAAATCCTGCCTGTACAACTTTCTAGGTGTATGGTTTGGAAGAAATTAACCTTTCTACACCCTAAATTTGCTCATCAGGCAAATAGTAATAATAATATAACTAATCTCATAATGTTGTTTGAAGATTTAAGGAAACAGTGTATGTAATGCCGTCAGTAATAATGCCCTTATTACTTTTAATAAGCTGGTTCCCTCCCTTTCTGTATTCTCTTTAGCTTCTTTTCTCATCCATCAGTTCAGTTTCACTTAAATGCTTTCTTAGCTCTTCATCACTCAGTCATCTATCCACCACCAATATTTTATGGCACAAACTTTGTGTTTCTCTTTAGAGTTTGTACCTATGATCTCCCTTCCCAGAGTTATCATTCATTCATTTGATCCTCAAAGTCATAGCAGAATGATGTTTTGAACAGCAGTATTCAATCTTTGACATACTTGAGTTCAGCATCCAAGATATTTCGCATAACGCTCAAGTTCTTCTGTAGCTCTTTTTCTGCTAGGAACTTGGATTCTTTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTTTCACCCTGTCACCAGGCTGGAGTGCGGTGACACGATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCGTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCCCCCGTGCCTAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGCTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGCTCTTGAACTCCTGACCTCATGATCCGCCCGTCTCAACCTCTCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCACGCCCGGCTGCACTTGGATTCTTAAGGAGCAAATCAGGTCTCTGTTGTTCTCTGTGCCAAATCTAGTTATATTGTGCTTGATGCTTATATGCCTGCCCTTTGCGGTAAGGCTCTAATGAGTAGTACACATCCTTCTGGACATTCTTTTTTGTTTTCTGTCTCGTTGCTATAGAGGAGATTATGTTGAAGACCTAAAGTTTGAATTGCAGCTGGAACTTGTACGTATAGAAGGGAATAAGACTAGTATTGACTAGAATTGCAGGAATCAAGTCCTTTGGTATCAACATATTATCATTCTTCTCCCTCTGTCTCTGGGAACCCAGTGTTCTCATGCTGCCCTCTGATTTGTTGGAGCTTTACCACCAGTGCCTCTCCTCCTCCAAAGTTACCTTCTTTACTCCTACTTTTACCCTTCCACACAGGCCTCTAAGTGTAGTTACTTTATTTAAAACAGTACGGTTTTAAGTTAAAATGTTCCCATCCCTATTTTTTCCTCCACATGTTTTGCCTGTTAACTCAAAATTCAAATGAATGCTGGAATTTTTGGCACAATGGGAAGATGTTCGGAGCAACATGCTTTCCTTTTTAAGTCACATTGTTTGGCCAATACTTGTATGTGTAAGAGTAGCTTTGAAGAGAAGAAATATATGTAATACCAGTCATTCCCTTCCCTCTGGGAAAATGAAAGGAGGCAACCAGGCAGAGCAGAGCATATTCTCAACACTCTCTGCTTCTCTAACTTGGGGGAATGTAGGCATTTGGGCTTTTCTACATGTAGAATCATAGAGTTTTGAAGGAGAAAACCTTAGAAAGTATTTAATCCAGTTGTTTTAACCATTACAGCACTCTTCTGTTATTAAGAGTGGATAGGTTACTCTCCCATTTTTAAGAGTGACTTTTTTAAAGTTCTCAATCTTTGGGGATTAGGACAGTGTGGTGATACATTGTTATGTAAAATATTCTTTAGGACAGATAAAGAAGGGTTTGAGTTAATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTGAGATGGAGTCTCGCTCTCTCACACAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCAGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACCACAGGTGCCCACCACCACGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTTGATCTCCTGACTTCGTGATCTGCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCATGCCTGACTGGGTTTGAGTTAATTTTAAAAGAAATTGAAACTACTTTG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Seq C2 exon
ACTGTAGACTCCACTCCACTTTCAGTTCACACACCAACCTTAAGGAAAAAAGGATGTCCTGGTTCAACTGGCTTTCCACCTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000143776-CDC42BPA:NM_003607:21
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.152 A=NA C2=0.583
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF041117=APG6=FE(19.7=100)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)