RnoINT0032613 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000002841 | Cdc42bpa
Description
CDC42 binding protein kinase alpha [Source:RGD Symbol;Acc:621406]
Coordinates
chr13:98408418-98419232:+
Coord C1 exon
chr13:98408418-98408456
Coord A exon
chr13:98408457-98419148
Coord C2 exon
chr13:98419149-98419232
Length
10692 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGTGTAAGA
5' ss Score
5.04
3' ss Seq
TCCTCTTTCCCGGGATTCAGATT
3' ss Score
6.73
Exon sequences
Seq C1 exon
CGCTCTCCGTCCTGTACTCCAGCTGGCAAAGGCAGACGT
Seq A exon
GTAAGAGACTCTCGCACTGTGTGCTGTCCCAATGCCTTCTGCCTGTCTCTTGTCCTTGTCCTTCGGCTGCAGAGCCCTGAGCATGCTCCATGTGTCATTGCACCACTGCATGCATGTGCTGCTGCTCTTGCCGCCACTCCTCCCCTCGCCTCTCTCCTCTCTCCTCCGTGTCTCTCTTTCCCTCCATTCTGGCTTTGGCAGCAGAGCTTTAGGAATGTTCTTCATATAAATTTATACAAATGAGCCACGAAAATAGTAAAATACCTTTTTAAAGTGTGCTTTCTACGTTATTCAAATACAAGATAAATTAATTTCTCAGAGAAAATCTGATACACACAAATTTGTGGAGTGTCCAGGCCATTTGTAGACCTTGTGGACTGGACTTTACATAGATCAGTTCTGGAGAAATTGTGAGGTAGGTTTTTAATGGATGTCAAAGGAATCTCCCTAAATATCTTACACAGTATAGATTTAGGAAAATAATTTTAATAACAATTTTTTGTAACCTAATTTCAAGGTTTAAAAAGATGTCTTTCTATACATTATTAACACAGAAAACATCTTCCATTACCAATGCTAGTTCCGTGCTTCTGGACCTCAAAGTGTTTGGCCACCTCTCAGGCCCTGTGTGGCTCTGATATGCCCCAGGTGGGGAATCAGAATGAAGCAGCCTCTGTCCCAGCACCTGCCACACGCACTACCAAGATGCTTAACTGGTTTTATGTGCAGTGTTAAATAGCACTAAAGGACATTTGTTGGGAGATAAAAATTGTAACTTTCACCTGTCAACTTGATGATTAGCAAACACCTTTTTTCCAAAGTTCCTAGAGATGGAAGGTTGGAGATGAAGTACTTCTTGTTGGACACGAGAGGTAGTAGGATGGCTGTTGGTTCTTGTGTTCTTTCTGAAGTAATGAAGGGTTGTTGTCACACAAGCATGAGTAGTGCTAGCGTTACAGATGATTTTAGACCACTGTCAATAATGAGCAAGACCCTTCAGCTGTCAGTGTTGTTCTCAGTGGGTCTAGGAGTTCATATGCCCTCTATTAGCAGAGGTTTATAAAAGATTTCTGCTTCTACAGATGTCCTGATTATTTTGAAATTTATAGCGTTAAACCATTAGATACTCATATCTATCAGCTTAGTCTTGATATATGGTAACCGTTTTGTAATGGGAAGGCTGGCATTTCTCTGCTCACCTGCACTAGATTTGAATTATCAGCCTGTGGAATGAATGAATTTATGACAGCTTGTTTTTAATAAGGTTATAATTCAGAAAGATTGTTGATTTTATTATTAGTTATATCTGATTAGTTAGCCGTGTACATTGTGAGAGATTTGGTCACCTAGAACATTTCCTTGACTCAAGAAATAAGAAAAAATATTGAGGGAAGTGACTGCTCTCTGGTTTCTACTCCTAATCCTGTATCTTTATATGACAGCATCTAAATAAGCTGCCATTATCCAGCACCTGTGAACCTGAACCACCTACAGTTATTTTCCTGCCACTATGGTAGTCTTGATTATCTCCTTTCCCAGATCCTTCAGTTCCTCCTTGGCTTAGTAGCTGACTTCTTTTCCCTTAATTTGTGAAGCAATATGTTCATAAGGACATAACTGGAGAAGTGTAAATCACCCAGTAGTTTCCTGGGAGCTTTTTGGTGGCTTTGTAAGGTAGTCTCTGGGACACGGTTGTAACATTGTTATTTCTGTAGGACACAAATGCTTACTGTTCCTAATTGTGGCTTTGAGTCTATTTGACATATGATTTCATATATATACACCATGTTTTTAGATTGTTAAATGCTTTTGTAAACTTAAAATTCTTTCCCGTGAAATATCACAGAAATAGGTAAACATCCTAGAGTTGGCTATTTCTATGCTGTTAAGCCTCATTTGCAGGTTGAAGACTTAAAGTTCTATCAAATAGTACATTAGGTGTACTATAAGAAAATGTTATAGATAGTATTGCTAGTGAATGGATGCAAATGACTGGAGAGAGTGCCATCTGATTCTTCTAATGCTGAAAGGAACAGACTGTCTCCTTTGAGATTGTTCCTTTAGAACTTGGAGCAGACCATAAAGAGCCCATGTAGAGCTTAGTTTCCTGTTACTTTTCCTAGTGTATAATTCTCTAGAGTCCACATTCACGTCAGTATACTGAAAATAACTGTAGGAGAGATTTCCATAAAGGATTTCCAAAAATAATGTAACTAACTAATAAGTAATTTTTACTTGTTAAATGATAATACAATATTAAATTTACTATTTTCCAAATAAGATAATAACTTCTATAATACTAGAGGTTGGTCATAATCTCAGTTAATGGAAATAACTATTTCACTAAAAGTTTTGTGTTTTGAACACTAGCTTCTTTATTTCAAGAACACTTTTAGCTAAAAACAAATTTGATTTTTAAAAAAATTTTATTTCAAATCATAGTTCCTGATGCAAGCAGTATATTAGATGCAAGCTGTTTTTACTAAATTATAATTGATTATCTATATTAAATATCAGCCTTTTTTTTTAACTTGAAAACAAGTTGCATGTACTGCAAGGACTGTTGCCCCAGTGACTGGCCATCTGGTGATGATGTCAAGATGCTGCAGTCACAGTGACTGTCCTAGTTCTTGCTTATTGCAGAGTTATGCTGTGTAGTGGGAGGAGTTCTTGGTGAAGTCATCTGAACGTCAGACAGTCGCCTGGTCCTGGAAGAAAATGCTTTTGTTTATTACAGTACTTTAAAAGTATATTGTGAGGATAATTTGCTAGAAAAATCTTAATACATTCAGGGACCATTGTGAACTCCTTGCATGACCCCGTCATTCATTATGAACAAAAATCACAATATTTGACTTTTTATTATACACACACACACACACACATATATATATATTTGAACTAGGAGAACATAAACAAAACTGGCAATATAGTAAATGTCTTAGTTCCTACTCATTAGAATAAGTCATTAAAATATGTTTCCTTAGAGAAAATGAGTTAACAAAAATAAAAAAATTATTTTTATAAAAGTACTCTTCCTCAGTGGATTATAATTTTTAAATATTGAGTAAATTTTTTACGATGTTAGATTAAGATTTGCTTCCAAGGTCTGTCTTTGAACAATATCAGAATACTCCACTCACTAATATTATGTGTTGCTTTTTAACTATTTACCTTTTTGTTGTGGTTTTTATAATTATCAAGATAACTATTAAATTGCTATAGCTCTGCTCGATTGTATATCGTATTTATTGGGTTTTACTACATTAGTAACTGGATTACCACTTAGACTTACTGCTATAGTATCTTCAGTAGTGTCCATGGGTTAAATACAGAAATGATGATTACATTTCTAAAAGTTTTTAGAGTGCTCTGTGTAAAATGTCATTCATGTTTATATATATGAATTATTATCAATTAATCATAGAATCAGTCATAGGCATCTTTAATTCAGGTCTAGTTAATCAATATCCTGAAATTTTAGTAAGTGCTTTAATAGCAAGAGTAAACCATTAATTACAAATACATGGTAAGGATTGGATATAACTGTATTAATTGTAATTTAAAAGGACAACCACAGTCTTGTTGGTGGTGATTAGTGCCCCAGTGAGGAGCGTTTGTGGCGTGTTTTCCTTGTGCCTTGTTAAGCTGTGTTTAGAGAATATTCATACTGGCACAGTCCCGAGATGGTGTGACAGTGCAGTGTCCGTATTTCCTTAGCTTCTGCTCTTAATAGAATCTCTTAAAGGACCTAGAACTTTGTTTTGAGTTTGATATTCAAAAATTTTTTGCCATGAGTGTTTTCATGTTTAATTATGTTTTTTGTTTCTTGCATTTATTAGAACTACACATAGAAAAGTAGAGTGGTAATTTTAAACTCTGTAGTTTTTTTTTTTAAATCAGAATGTTATTGAAAAGAATATAGTTGGAATTTTTAATATTCCTGCTTGATGCCAGTTCAGAATTCCACTGTAATGTAGCTACTTAGTTTCTTTGTGAAAGAAAACTAATTTGATTTTTTAGTGAAATTGAGTTTTAGTTTAAGAGCATACAGCTCTAAAAAGCACACACAGTGATTTTTGTTGTTCTGTTTTATTATAGCTAACACTGGTTTGTCATTCTAAAGTATTACTGTATTTTTCAATATAGCCTGGGTCTACGTGATACAGCTAAGAAAGTCATTTTTATTTTCTCATTTTTGTTCTCTTTTCATTGACACTAATTAGTGAAAGGTGTTAAGAAAGAACAAATTAATATGTGGCAGAAATTCTTCAAAAGGAAAAGATTTCTGTTAAAGGGTTCACAAGTTCTGAATTAGCGGTGGCAGATGGAGCTGATAGCGGCCTGTCTCTTCCCTGGTGGCTCACTCATGGCCGTGTCACATGGTATGGATCATAAACACGCTGACGGATGCTCTACCGCCTGACTCAGGTTTGGGCGATAGAACAGAGAACCCGCTTAGTAATCTGCCAGTGTTGTGATAGCAACTCCTGGTCACCCACACGTGCAGAAGGCGGTGCGGCTGCTCTGGTTGTGGGGCTGGACAGTATAGCACTGTGCTCACTTCCGTCAGCCCACGTTCCCTCAACTCAGAGAGTGGGCCTGCCCTAAAATTTGGTCAGTATTAGTGAAAAACACAAGCTATCTGCCCTTGACTGTAGAGATCGCTTGTAAAGTCACAAGACCTTGAGGTAAAAGTCATTTGAACTATTTATTCCTGTTCACAAAATTACCTTGTAACCAGGATTTTTTGTCTTAATGTTGAGTATTAGGGCTCCAGGCTTTCATAACAGCTCAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAACAAATGAACTTATTCTTAAAATAGTGCAGTTTTCAATGTGTAACAAATCTTCCACCTGGACACTCCATAACAACTTGTGTGATTGAGTCCATTTTAGGTTCTTATCGTAAAGTATCCTGAGCTGCCTCTTTACCTCGCAGTTTTT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Seq C2 exon
ATTGCAGACTCTGCTCCGCTTCCAGTTCACACACCAACTTTAAGGAAAAAGGGATGCCCAGCTTCAGCTGGTTTTCCACCTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000002841:ENSRNOT00000003837:22
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.477 A=NA C2=0.443
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]