MmuINT0032839 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026490 | Cdc42bpa
Description
CDC42 binding protein kinase alpha [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2441841]
Coordinates
chr1:180123924-180134380:+
Coord C1 exon
chr1:180123924-180123962
Coord A exon
chr1:180123963-180134296
Coord C2 exon
chr1:180134297-180134380
Length
10334 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGTGTAAGA
5' ss Score
5.04
3' ss Seq
CTCTTTTGCCTGGGATTCAGATT
3' ss Score
5.36
Exon sequences
Seq C1 exon
CGCTCTCCGTCCTGTACTCCAGCTAGCAAAGGCAGACGT
Seq A exon
GTAAGAGACTCCCGCACTGTGTGCTGTCCCAATGCCTTCTGCCTGTGTCTCGCCCCTGGCCTTTGGCTGCAGAGCCCTTGAGCATGCTCCATGTGTCATGGCCCCTCTCATGCATGTGCTGCTGCTCGTGCACCACTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCCCTGTCTCTCTCTCTAGCCCTCCATTTAGGCTTTGGCCGCAGAGCTTTAGGAATGTTCTTTATGTAAATTTATACAACTAAGCCACGAAAATAGTAAGATACCTTTTTAAAGTGTGCTTTCTAAGTTATTCAAATACAGGGTAAATGAGTTTCTCATAGAAAATCTGATACATACAATTATGTAGAGTGTTCAGGCCATTTATAGACCTCGTTGACTGGATTTTATATAAATCAGTTCTGAAGAAGTTGTATTTAATGGATGTCAAAGAAATTTGCCTAAATATTTTACACACTATAGATTTAGAAAAATAATTTTAATAATAATTTTTTGTAATCTAATTTCAAGATTTAAACAGATTCTATATGTTATTAATACTGGAAACATCTTCCATTGCCAGTGCTAGCTCCAGGCTTGTGTCTGGCCGCTTCACAGGCTCTGTGTGGCTCTGATATGCTCCAGGTGGGGAATCAGTGTGTGGAAAGGTCCCGGGCTTTTATAAGCCAGCCTGCCCCAGCACCTGCCACACACACCACTGAGACCTTTAACTGCATTTGCATTCAGTGTTAAATAGCACTAAAGGACAGTCATTGGGAGATAAAAAATTGTAACTTTGAGCTGTCAGCTTCATGACTGGCAAGCACCTTTATTCCAGAGTTCCTAGAGATGGAAAGTTGGAGATGAAGCACTTCTTGGTGAACACGAGAGGTAGTAGGATGGACGTTGATTCTTGTGTTCTTTCTGAACTGATAAAGGGTGTTGTCACACAAACATGAGTAACACTAGCATTACAGATAATTTGAACAGCCCCCTCAGCTGTCAGGGTTGGACTCAGTGGATCTGTGCGTTCATCTGCCCTCTGTTAGAAGTCTATTAAAAGATTTCTGCTCGTACAGATGTCTTGATTGTTTTGAAATTTATAGAGTTAAGCCAGTAGATACTTGTATCTATAAAATTATTAGTAACTATTTTGTAATGGGAAGGCTGGCATTTGTCTGCCCATCTGTACTAGATTTATCAGCCTGTGAATTCAGAAAGGTTTTGTTTTATTGATAATTTTATTAAGAATTAGTTATATCTGATTAGTAATCATGTACACTGAGAGATTTGGCCATGTAGAACATTTCATTGACTCAAGAAATAGGAAAAAAATTGAGGGAAGTGACTGCTCTTAGGATTTTTACTCCTAATCCTGTATCTTTTTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCAAATGCTGGGATTAACGGCGTGCGCCACCACCTGGCCCTGTATCTTTCTATGACAGCATCTAAAGAAGCTGCCATTAACCAGAACCTGTCAGTATGGCAGCCTTCATTGTCTCTTTTCCCATCGTCCTTCAGCTCCTCCTTGGCTTAGTAACTGACTTTTCCCCTTTAATTTGTAAAGAAATATGTTCATAAAAACATATGAAAAAGTGTAAATTACCCAGTAGTTAAGTGAGAACTTTGTAGTGGCATTGTAAAGTAGTCTCTGGGACAAGGTTGTAACATTGTTATTTCATACAACACAAATACTTACCATTTCTAATTGTGGCTTTGAGTCTAACATTGACATAGGGTTTCATATATACCATGTTTTCAGATGATTAAATGCTTTTGTAAACTTAAAAATCTTTCCCTTGAAATAGCACAGAAGTAAGGAAACATCCTAGAGTTGGCCATTTCTATGCTATTAAGCCTCATTTGCAGGCTGAAGACGTAAAGTTCTATTAAATAATAAATTAAGTATACTATAAGAAAAATGTTATAAATAGTATTGTTAATGTATGGATACAAATGACTGGGGAGAGTTTCATCTGAATCTTTTAATACTAAAAGGCACAGACTGTCTCATTTCAGATTGTTCCTTTAGAATTTGGATCAGAGACCACAAAGAGCCAACGTACAGCTTCATTTCCTGTTACTTTTCATAGAGTATAATCTCTAGAGTCCATATTCAAGACAAAACACTGTAAATAACTTTAGGAGAAATTTTCATAAAGAAATTTCCAAAATAATGTAACTAGTAAGACTATATCTGAGGCTATAAGATTAAGTAATTTTTACTTGTTACAGGATAATACAATATTTATATTTTCCAAATGAAATAATACTGCTATCATACTAGAGGTTGCTCATAAGCTCAGTTAACAGAAATAACTATTTCACTAAAAATTTTATGCTCTGAACACAAAACATTGGCTTCTTTATTTCATTTTAATACAGTACTTTAAATATATATTGTGAGGATAATTTGCTAGAAAAATCTTAATTTATTCAAGAACCATTGTGGACTTCTTGCGTGACCCTGTCATGCATTATGAACAAAAAAAAAATCACAACATTTGATTTTTTATTATATACACACATATTATATATTTGAACTAGGAGAACATAAACAAAACTGACAATATAGTAAATATCTTTTAGTTCCTACTCATTAGAATAAGTTATTAAAATAGGTTTCCTGCCGGGCCGTGGTGGCGCACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCAGGGCCAACCTGGTCTACAGTGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTGCACAGAGAAACCCTGCCTTGAAAATTATATATATTTTTCCTTAGAGAAAATGAATAAGAATAGAAAAGGTATTTTTATAAAAGTAATCTTTCTCAGTGGATTATAATTTTAAAATATTGAGTAAATTTTTTACACTGTTAGATTAAGATTTGCTTCTAAGGTTTGTCTTCGAACAATATCAAAATATTCCATCCATTAATATTATGTGTTACTTTTTAGCTATTTACCATTTTATTGTTTTTTATAATTATCAAGATAATATTAAATTGATGTAGCTCTGCTCTTATGTATATCATATTTATTGGCTTTTACTACATTACTAACTCAATTAACTACTTAGACTTAATGCTATAATATCTTTAGTCGTGTCCATGAGTTAAATACAGAAATGATGATTCCATTTTTAAAAGTTTTTAGAGTGCTCTGTGTAAAAATGTTATTCGTGTTTGTGTATATGAGTTATTGTCAGCTAATCTTAAAATCAGTCTTAGGCATCTTTAATTCTAGTGTATTTAATGAATATCCTGAAATTTTAGTTAATTGCTTTTAATGGTAAGAAGAAACCATTAATTACAAATACATGATAAGGATTAGCATGTAATTATAGTTAAAATGAACACCACAGTCATGTTGGTGATGATTAAAGGTCTGGTGAGAGGGTAAGTGACATGTTTTCCTCATCTGCCTTGTTAAGCTGCGTTTGAGAGAGTCTTCATAATGGCAGCAATCCCCAGATGATGTGACAGCGTAGTGGCTTTATTTCCTTAGCTTCTGCTTTTAATAGAATCTTATAAAAGATTTGAGTTTGATGTTCAAAAAATTTTTTTGCCAAGAGTGTTTTCATGTTTAATTATGCTTTTTGTTTCTTGCGTTTATTGGAATTACACATAGAAAAGTAGAGTTGTAATTTTCAAACTCCATAGTGGTTTTTTTTTCAAAAATCAGAATGTTATTGTAAATGATATAGTTGGATTTTTTTTAATATTCCCACTCAATACCATTTCAAAATACTACTGCTGTGTAGTTACTTAGTTTCTTTAAAAAGAAAAATAATTAGATTTTTTAATGAAATTGAGTTTTAGTTTAAGAGCATATAGCTCTAAATGCACAGATAGTGATTTTTGCTGTTCTATTTTATTGTAGGTAACACTAGTTGGTCTTTCTACAGTATTACTGTAGTTTTCAATATAGCCTGGGTTTACTTGTTGCAGCTAAGAAAATAATTTTTATTTCCTCATTTTTGTTCTCTTTCATTGACACTAATTAGTGAAAACTAGTTAAGAAGAAACAACAAATTAATACATGGCAGAAATTCTTCAAAAGAAAAAGATTTCTATTAAAGGGTTCAAGAATTCTGAAGTCAGCAATCACAAATTAAACTGATAGTGAGTCTTTTTCTTTCTCTAGTGGCTTACTCACTGCCATGTCATATCTTTATGGGACCATAAAACATGCTGATAAATGTTTTAACACCTGACTCTGGTCAATAAACTGCTAAATAAACTGCCAGTTTTGTGATAGAAACTCTTGTTCACCCACAGCCGAGAAGGTGGTGCGGCTGCATGCTTTAACTCTGGTGCTGGACACTGGACACTGTGCTCACCTCTGCTAGCTCACGGTCCCACTACTCAAGGAGTAGGCTTGCTCTAAAATGTGGGTCAGTATTAGTGAAAACACAAGCTATCTGCCCTTGACTGTAGACATATTGAAGCCACAAGACTTAGAGGTCAAAGTCATTGGAACTATTTATTCCTATTCACAGAATTACCTTGGATCCAGGGTTTATTGTCTTACTGTTGAGTATTAGGGCTTCAGGATCTCATGATAGCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAACTTATTCTTAAAATAGCGCAGTTTTCGATGTGTAACAAATCTTCCACTTGGACACTCTTATGACTGAGTCATTTTAGGTTCTTATTGTAAAACATTTCAGAGCTGCTTCATTACCTTGCAATTTATATAATTAAATAGACAAAAGAATAAAGAGAATGTAGGAAGTGAGAAACATTCCTGTTTTATATAGCTAAATATAATTTTATTACCTTCTTCTTAGCTGTCCCCAAATAAAGTTGTGAGTGGGGCAAATTTGTCTTGAGATCATTTGATTCTTTTATTTTTCT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Seq C2 exon
ATTGCAGACTGTGCTCCACTTCCAGCTCACACACCAACCTTAAGGAAAAAGGGATGCCCGGCTTCAACTGGCTTTCCACCTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026490:ENSMUST00000111117:22
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.058 A=NA C2=0.290
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
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Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types