DreINT0151599 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000073952 | slc4a7
Description
solute carrier family 4, sodium bicarbonate cotransporter, member 7 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-140106-104]
Coordinates
chr16:42792235-42796758:-
Coord C1 exon
chr16:42796664-42796758
Coord A exon
chr16:42792340-42796663
Coord C2 exon
chr16:42792235-42792339
Length
4324 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTGGT
5' ss Score
8.08
3' ss Seq
CTGATGTGTGTTTTCTGCAGCAC
3' ss Score
9.78
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGCACAGCGCATGATGGAGGCAGAAGAAGAAATAGAAATCCCCTTTGACGGTGGTGACCAGCTGGAAATTCCTGAGAAAACCATTCAAATCAG
Seq A exon
GTTGGTGACAATCTATAGTTCAGGCATAAAATGGTGGAGTTTTGCAGGATCTCATATGTATACTGCAGCTGAGACATTTATTTGTGCATGGTTTCAATTAAACATTGTGTTTTGGTAAGTCTGGACCTGTTTCTTTTGAGACAGATCTGACAGCGTAGTCTCCAGCACCTCATATTAGGAAGACACGAGCAGAGTGGTTGGTCTTTTGTTTATTAGCAAGCCTGCTAGTTAACGCATACAGCTTATGGTGTTAATCAGCACTTACTGATTAACGCAGAGTATTTTGCACATCAGGGCGTGACTGCATGCTTATGAGGGATAGTCTACCTCTGTCAGCTCTGCATTGGTTTACAGCGGTGGAAAACTACTGACCCACCTCATTCAGCTCAACCTTTCCTATTGCAAAATTGCTTCATTATTTCCCTCCAGTGCTTGGTAATGGGATATGCCATATGCATCGTCAACAGTAATATTATAATCGTTGTATAATTCAAGTTTTGTGAGCAAAAATATCCCATATGTTATAAGATATTTTTTCCAAATATCAGCACTATTACAAATGTGTTATTGCATGTTTATACAACCCAAAAATGAAAACAACTTCATTACGCACTTTTGATGGTACCTATTGACTATCATAGTGGGGAAAAAATACAATGAAAGTCAATTGGTGACAGCTACAGAACCAGCTTTCTTCATAACATATTCTTTTGTGGTCGACAGAGGAAAAAAAACTCAGGTGAATGTTGAGTAAATGATGGCAGAATCTTCATTTGGGTGAACTATCTTTTTAATAAATTAAGTAGTTTATAAAGGAAAAGTTTAGGCTGTGTTCTTTTTATATATTCAAATTATTAAATGATTGGTTCACTAAAACAGTCAGTTTTAGAGGTGTTCTTGGGTCCTGGCCTAATTTGAACTGAATCTTTTCCTACCTGTTTTTGACATGCCTAAATAATAATAATAATGATAATGATAATAATAATAATGGGCAATCCAGTGGCGCAGTGGATAGCACATTACAAAGAAGGTCGCTGGTTCAAGCCTCGGCTGGGTCAGCTGGCGTTTCTGTGGTGACCCCCGATTAATAAAGGGACTAAGCCAAAAAGAAAATGACTGATGAATGAATAATAATAATAATTAAGAATTATGATAAAATTAGACCTAAATTCAAGCTATTGGAAATTTATTTTGCCCGCCATGTTAATTTTTTTTGACATGTTAAATCTTGCTTTGAGGTTTTCATGCTGCCCACTGTGCCACCGTGAAACCTTTTAGAGATTTTTTTCAGATTTAAAAAAAAATGATATATTTTTCTAAATCTGAGCGTGCTTTCACACCTGTAGATCGATTGTTTTGTTCTGAGATGGGGATTAAAATTGTTACAGTGTTGCACTTTGTTCTTGGTGCTGTTCGCTTTCACACAGCAAAGTTTTAAACGGTCCATATCAGCTAAAACAAGTCACGTGTGACTAAACTCTCGTCATATTGCGAGTTCCACGATTTATTTTTCAATAAAAGTTCTTAACTGGTTAACAGCTCTCGTTAATAGTTCAGCATGCTTTCACTTTCGTATTTGACATGAAATGCACATTTACTGGTAGGAATGATGACATCCCGCCCTACTTGTAATTCTCTCTTCATATAGTCATATGAGCCTGTTACACAACCATAATACAAACTGTGATAAAGCCTAGTTCGTTAGTTTGTTGGATCATTTTGCTTTCTCACTACAATCCATCCGCTTCAGATTTCATTTCAATCAAGCCGAGACCAACTCACATGCGATCTCGGTTCAATTGTTTTGATGCGGATACAAGCGTGATTGATTGCCGGATTCACATAACCCAAACGAGCATTGCTAAAGGAGGAAACGCACCAGGTTACAAAACAAAACTCTTGGTGTGAAAGCACCCTGAGTTTATCTTGGCAAACTATGTATAGTATGCATATATCAACTATAATTTTCATGTGTGAGTTCCAAATGTAGTGTGATAGTTAAATGCATGATTCAATGACTCGCTTATTTTGACAGGGACTAACTGCTGCCTTTTTATATGCAATGTTCATTTATTTATTACAGACCTAAACCACTCAAGGTACCAGCACAATTCAGCTAAACGATTGTTTAATTTTATATATATATATATTTTTTTTTTTAAAGTCGCTAAATATTTTAAGAGATGTTTTTTGCACATCCCTACATGGTATTTAATATTTCATTTATAAATTAGTTCTCAGCATTAACGAGAAAGATTAACCAAGGCCATCTCATTGACAGACAGCTGCTAGACTATAAGCTTCACTAACAGCTTTCAGGAGCCTCATTTCACTCCATGGATGAGGAGCAACTCTCTTTACATTAACTTCACAAACATTTCTAAAATTTCTATCGTTTAAATGACTGTCCAGTCACTAATTCAATTCATCTTTATTTTTATAGCGCTTTTACAAAGTAGATTGTGTCAAAGAAGCTTAACATAGAATTTCTAGTCAATTAAAACCGTGTCAGTCAAGTTTTCAGAGTTGAAGTTCAGTTTAGTTCTGTTGATGGTGGTTTAAATTTTACTGCTTGAAGTCCAAACACTGAAGAGCAAATTCATCAATGTGCAGCTCCACAAGTCCTAAACCAAGCAAACCAGTGGTGACTGACTAATCTACCTTATTACATGGCTTCCTAGATTTCTGGGTTCTAATTGGTCAGTTGTTAAAATTGGTCTGATATTTTATCATATGCAAGTAACAGAATTAAAGTAATAATTCCCCTATGAAATTATTTCACTGGCTCTCTGGCAAAACAAAATAGTACCTGTGGATAATAATGATATATTTGGATCTGATGAAATGAAACTATAAATCTATGCAAGACACTATTTACATTATCACCTGGGATTTTGCTTTGAAATCCCAAGTAGGCTGTCACAATAATCAATATACCGAGTTACCGCACAACACATAAACATGACCTCAATCATTGTTGCAGTATATATCGCCCGTACATAACAACAACAAAAAAACAATTTTAGCAACATTTTAGACATCTCTACACTAACTGACAAAAGTTGTGACGTCTATCCAAGTTTTAGGAACAACAAATAATAACTTGACTTATAGTTGATCATTTGGTATCAGAAGTGGCTTATACTGTATGAAAGGCAAAATTCTCTAGATTACACTTATTTTACCAAAATAAAATATGATTATGCTTAGATTTTGAATTATTAAATAAGGACAGTAAGGTCTGACTTTGCTAAGACCAAAGTCTTGTCACTGTACAAAAATAATGTACAGTATAGAATATAAAGTCATGCTGCAGTGGAAAAAGAATGAATATTGTGTATGACTCCCATCAGTTTGGAGGACTGCATCCATACATCTCTGCAATGACTCAAATCACTTATTAATAAAGTCATCTAAAACAGCAAAGGAAGCCTTCATGCAGGACTCCCAGAATTCATCAAGATTCTTTGGATTTATCTTCAATGCTTCCTCCATCTTACCCCAGACATGCTCAATAATGTTCATGTCTGGTGACTGGGCTGGCCAATCCTGGAGCACTTTGACCTTCTTTGCTTTCAAGAACTTTGATGTGGAGACTGAAGTATGAGAAGAAGCGCTATCCTGCTGAATAATTTGCCCGCTCCTGTGATTTGTAATGTACTGTGCAACTAAAATGTCTTGATACCTCTGGCTGTTGATGTTGCCATCCACTCTGCAGATCTCTCGCATGCCCCCACAATGAATGTTACTCCAAACCATGATTGTTCCTTCACCAAACTTGACTGATTTTTGTGAGAATCTTGGGTTCATGTGGGTTCAACAGATGATTCATCTGAAAAATCTATCTTCTGCCACTTTTCCAAATGACCAACTAGAAGTCAAGTGTCAAGTGATCGATGACAAGGCTTTTGTCAGGTAGTGCATCGTACAACAAAAAAATAGATATCTTGACAGGCCTAATCCCAAAAAATGATTATGTCATTTAAGCAGATCTTAGACTTTTCTGTGTTCTTTTTATAGTTAATTAATCTTATCTACACCCAGTCTAATAACTTCTATCGAGTCTTGCATGAAAAAAGTTAGCTTCTAGAGTTTGATGTTTAACTTTCAATCTACTGGTGAAGTTGCTTTAATTACTAACATGACATACATGAACATCATTGCATCACAACATAAAATACAGACTGAAATAACATGCAGATTGGTGTTTGATTATCATTATCGTGCTTTATTAACGAATTGACCATCAGACACTGGTGAACAGATGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTTGAAGGCATAAGTGCTCTGATGTGTGTTTTCTGCAG
Seq C2 exon
CACTGACCCGTCTGTGGTTAACATTTCTGATGAGATGGCCAAAACCGCTGCGTGGAAAGGTGGCAACAGCTCTGAGTCTGCAACACTATTGAAAGCTAGTGCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000073952:ENSDART00000112879:23
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.189 A=NA C2=0.333
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]