HsaINT0153490 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000033867 | SLC4A7
Description
solute carrier family 4, sodium bicarbonate cotransporter, member 7 [Source:HGNC Symbol;Acc:11033]
Coordinates
chr3:27414214-27424741:-
Coord C1 exon
chr3:27424644-27424741
Coord A exon
chr3:27418337-27424643
Coord C2 exon
chr3:27414214-27418336
Length
6307 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTGAGA
5' ss Score
6.95
3' ss Seq
TAATTCTTTGTTTTAAATAGTCC
3' ss Score
6.2
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGCTGAACGGATGCTTCAAGATGATGATGATACTGTGCACCTTCCATTTGAAGGGGGAAGTCTCTTGCAAATTCCAGTCAAGGCCCTAAAATATAG
Seq A exon
GTGAGATATGACTTTATGCTCTAAAACTTTTATATGCATGTCAAATGTATTAATAAGTCATATAATGCTTCTTTAAAGTGATGATTTCTATTTTATAAAAGATGATACAATCTGCATATGGTGTATCAACTAAAGGAGGGCTTCACACAATTTGAAAAGGAAGTCCCTTGCTCCTTTCCCACCCAAGCTGGACTTGGACTAACCCAAGCTGGACTTAAACTAACTTCCATGCCAAGCCAATAAAATTTGCTTGTCTTCTATCACTCCATCTATCTTAGTGAAGTTTAAAATCAGTACATGAGTCTGAGAATATTTCCATTTTCCCAGTAGTGTGGCTTTTTCCTTTGTGCCCTTCATTAGGGCTGGGGTCGGTGGGTGCTGGAAAATAAACGTTTTCAGTAATCTTTGTCAGTGTCCATTCAAATACCAGTAATTCATTTTCTGATAGCCTTCCAATATGTAACTATGTTTAGAGGCCCTAGAAGTCTCTTAGTTTTCAAAGATGTGATTTGATTATTGGCGGTGAGGGTTCATATGATGCAAGAATTAATATTTTATGTATAATTCATTATTCGTGATTTTGATGATTTATATTTAAATTTAAGAACTAAAGATATAGAGGTTGGGAAATGCAGACTTTTGTAGTTTTAAAAGATTAACCTATATTTGTGTACACACCTGATTTCTATTTCTACACATCTATTCCATTTCTGATTAGCTAGAGAAATCAGTCTTAGAGGCCTGGTGTGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCACGACCAGCCTGGCCAACATGGGGAAACCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGTGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGACAGTGAGGCAGGACAGTTGGTTGAACCCAGGAGGCAGAGATTGCAGTGAGCCAAGATCATACCAGTGCACTCCAGCCTAGGCAACAGAGCAAGACTCAGTCTCAAAAATAATGATAATAATAACAACTTACATTTGTGTACACACCTGATTTGTATTTTTTTTCTTTTTTTTTGAGATGAAGTCTCATTCTTGTTCCCCAGGCTGGAGTGGAATGGTGTGATCTCGGCTTACTGCAACTTCCACCTCCTGGGTTCTCCCGAGTAGTTGGGATTACAGGCGCCTGCCACCACGCCCAGCTACTTTCTGTACTTTCAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCACAATGGTCATCTCAAACTCCTGCCCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGTGCCTGGCCCTCCTATTTCTACACATCTATTCCATTTCTGATTAGTTAGCGAAATCAGTCTTAGAAAATATACAGGTTTCTTTCCTGACCAGTTGATAGAAAATGTTTTATTGGTATTTAGTTAACTTCCATTTCTTTCTCTTTTTTTTTAGCTATTTATAGCTTTTACAGGAGTAACATTTGACTTGTACATGTTGATTAGTTGTGATGAATGAATTCAACTAATTTTGCTCTATACGTTTTGCTATTAATTTTCACTATTGGTATTATTCTGTATTAATGTTTCCCTCAAATTTTTATATACTTTAAATGCCAAGCATAGAGGCATTTAATATGGATATTTAATATATCCAGCCACAGCGATCTGCTTTGCTGGGTTCTAGAAATACTTGTTAAAAGATTTAATATATTAGCTTCATTGATGTACTTCTAAAAAGAGTATAGGAACTACCATGATGGTTGTTAGTAATTATCACCAATTTGCCGAGAGTATTTGTGCTTAATTTTTATATCCTGCTTTATCACTTTTTCAGTGTAATTATATATGGACCTTGACAAATTTAAGTGGAGTCTATAGTCTGATAAAGAAAAAGATGGATATCTGTAGTTTTCCTTTTGTCTTTTAAGTGGTGTCATAAGCCATGATTAATGTGGCTGTGTTTAAAGTTTTTTCCATCAGGAATGCCAGGAAATGGCTAATGTGCTTATTTGCCAGAATTTTATATCTTAAATAGCTTTGGATTATTTGTGTGGAAGATCAAGTGAGATAGTATATGAAAGTATTTGGAAACTGTAAAGCCCTTATAAAAGATGAAAATAATTTATGTAATGCAGGCAAATTTTTTCCTATCTAATTTCATTTTGAGGGAAAAAAATATATACCTTCTTCATAGTGGAGGATATTTAGAAGCTAGAAGGTTTATCAGGAATTCCTTTCTTCACTTATTTGAAGTTGGCAACCAAGTGAATAAATGTTTACTCGGGGTAGGCAAAGTTTCAAGTTGGATGGCTATGCCATTATAAACTTGGGTATTCAGATTTTGTGTACTTTTAAAAATCTGACCTGGTGAAGGTAAAGAAGCCATTCATAGAGACTTTTCAGTGACCTCCTCACGCTTCTCTTCAATCTTAAATTTGTAAACAACATTCTGATTTTAAGTATGAACAGAGCACTTTCTAAATGACTGCTGTTTAGTCATTTGTAAACTAGTTGCCATCACACTGTTAATTTAACATTACCTAATTTGACATTTGTATTTGTATCTTGTTTGTCTGAATGTATTTTTTTAATCCAAGAAAAAGGACTTGCAAATGTATTTGTATTAACTTTATGATACTTTCCTATTACTTATGATGGACAATCTTGAGCCCCAAATTAATTATTTATGGATATTATTGGATTTGAGGTCTTGAAGTAATTTTCATAGAAATATAGAAACAGAAACATTTTTCTCTTATTGTAATAAATGGATAGTACTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATTCTGGAGATGGAGTCTTGCTCTGTCGCCTAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCTCGACTCACTACAACCTCTGCCCCCCGGGTTCAAGAGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGCCGAGTGCCACCGTACCCGGCTAATTTTTATATTTTTAGCAAAGACGGGGTTTCACTAGGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCGTGAGCCACCATGCCCGGCCTACTCTGTTCTTTTAATTTTGATAAACTTGATAAAATACCACCTTTATCACACTAAATATGTGAATAACAGGTAAAAGTGGTACTCATGAGGCTATTTTGTGTTAGCTGTTGAAATATTTTCAGAGCTTTGTTTTCAATTTCAGAGTGTTATCTTTCCAAGCATTCTTTATAATGATTTGTAAAAGCTATGAAAAATAAGATTTTAAAAATCATAATCTTAAGTTTTCCTTACATACTTTGAGTATTTATTTGATAAGATTAAATGTGTGCCAATTATAACCGTTTTCTAGTCGACTTGAGATTGTATTTTTTTTTGTATGTATAAGCACATTAACATAGTCGTATGTTATTTCAGTAACATATTTTCAGCCAAGGTGATCAGAGGGCATCATTGCTAGAGTGCTGCCGAAGTACTACTGAAACCCCAAATTGGATTCTGAAGCAAAGTTCCATAAATAAATCTTGCTAACTTACTTAATCTTAATCTTACTCCTAGTTTCGATTAGAAAGAAAGACGTAATTCTTCATAAGGACTTTGTAACAGAATTCAAATTCTGATATCTGGCAAAGGTTTTCTCAATTTAGTTGATGAAAGCAGATAATAAGAATGACAATATTAATGCTTTTGCAAGTACTGAATACTAACCAAAAAGTGTATTTGTTCTTCAGTGTTGATCCCTCAATTGTTAACATATCAGATGAAATGGCCAAAACTGCACAGTGGAAGGCACTTTCCATGAATACTGAGAATGCCAAAGTAACCAGATCTAACATGAGGTAGTTATAACTATTTGTGTGTTTTCTAACTGTAGCCAATTTTCATTTACTTATGATAGCTTCATTCCTTTCTTTCTTTCATCCATCATTTTAATGTATACTTGGAATAAGGTATAAATAATAATTATGTTTTTGTCTTTTAATTTACAGTTACCTATTTTAAAAAATAATTTGAGTCAGTCATGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAAGCGGGCAGATCATCTGAGGTCAGGATCATCTGAGGTCACTTGCAGTGAGCCCAGATCATGCCATTGCACTCCAGCCTGGGGGACAAGAGTGAAACTCTGTCTCAAAAAATAGTAATAATAATCTGAGCTATTTTATCATAAAAGTAAATTTCATATAGCAGTATGGAATAAACATAAAAAAGATCAGAAACCATATAAAGATTAGATAACTATTAGGGATTAAATACTGTAATTGAATACTATTTCAATCATGCTCTGTGATGGTCTAAGAAAAGAGAAAAACACAAGTTGTTTCCCTTCTTGTGTTTTGGTTTAGTATGCCATTTGTTCAGGTGAGGTAAACATTTTGCTTGGAGATATTTGGAAGAAATCAAATCCATTGACATAAAGACCATTCAGTTTTACAGTGGACCATGTATTGAAAGTATTTTGTAACCTCTTTCTTACATTTCTTGTTATGTAACCTTTTTTCTTTCTTTTGTTCTCACTTCAAGAACTAAGCCCTCAGGGATTCTGTTTGGTAATCATTAGTACTTTAATCCCTTAAGCCTCTGGAGAAATGAATTACTGTCTTCTAGGGTGCTCAGTCATTCATACTCAGAAAATTCTTCTTTTTTATGTACAGTTTGTGTGAGATGCTATGTTGGGTGTCTGTATATTCTGCTTGGGCATCAGATGAAAACTTTTCTAGGCCTTCAGTCATATAGCTGTTTTTGTTCACTTGCTGTCTTAGCTCTGTCTTCTGACAATAATTGATTAGCTTTTTCTCATTCTTTCACTACCCTCTTTTAGAACCTTTTTCCTACCTACTCTCTATCATATGTTTTTCTCTTCTGTCATCTGAGTTCTAATTTCTCAGCTGGCTGTTTCC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Seq C2 exon
TCCTGATAAACCTGTGAGTGTGAAAATAAGTTTTGAAGATGAACCAAGAAAGAAATACGTGGATGCTGAAACTTCATTATAGAATTGAACCAAGAGGCATTATACATATAGATATATACATATGTAATGTGTGCGTATCATGTCACTATATATAAGAATATTGTATGTCATGCTGTTTATGTGTGACTACCGGGTTTTTAAAAGTAGTGTCTGGAGTTTGTAATGAGCACCGTGGAGACTATGTATTTAATGAAATGCTCTCTTTGAAGTGAGGTACATGGTTCTTAACTATTCAAATATTTATTCTGTTAGAAAAAAAAATTTTCTGTTTTGCAATAGAAGGATGTGGAGAAATGCTTTCAGTCTACTTTTCTTAAATCTCTGTTCATCAGTGGCAATTCGTAAAAACCTTAAGTGATACTTTGTTTATATGTTTATAATTTTTAGGTGTTTCCTGAAATTTTCACATATTATTTCACTTTTGTTAGTGCTTTATGGGAAGAATAGGGAGTCTATACCAGTGCTGTGGGAAAAATGGTAACATTTCAGGGCTTCTCTATTTGTGTTTCATTTCTGTAGATGTCCATCGTGTTTCACTAACTGGCGTTTTCTTAGCCATAGAGATGACTGTAGAACAATAGAAACTTTAATAATGATAGTTTTTAACTTTTATGTTTAAATTTTTTTTAAATCTTAAAACCTTCATATCTAGGTATCCATTGTGACAGACAAGTAAAATTGCAGGTGATTTGATAATTAAGCACCCATACCATTTATAACTTCTGAATTTAAAAAGTTATACAATGCCAGTTTGCAATAGTTGATTTTGATGCCTTTGTAGAATATTTTTTCTGAATCCTTATGCTCTTTTAAAGCCAATGATTCCCACTCTGTTCTCTGCCTTGTCTCTCTTTGTCTTAAAATGCTTTAGTTTCCATCAGGTTCAAGTTCTTGACTATTATTCTCTTATAAGTAGTAGGCGTAAATAATCAGGAGTTAGAATTCTCTCAGAAGGGTCTATGATCAGTATTACTTTATTAAGAATTACCTTTCATTTTCTCTTTATGTTATTCTTTCACTTTTGTAGATTACATTTAATAGCTTGTTACCTGTGATTTTATTTTAAAATATTTATTTTGATATGATGCTTAAATATTATATAAACATTTGGAAAAGTAACAAATAGAGTAAATTGTTAATGTAAATAGTTGGTGCTTACTTTCATTTATGTTTATTATCTTAAAGCAATTGATAGATTTTACATCTTTGATATAAAGCACTGCCATATTTATATTTTAAAAGGAAATTAGACATTTTATATGTAGCTCAGATTAATGACATTTTTATTTTGTGTATTAGTTTTTGCTTTTCTGAGCTTTTTAAAGTCTAACAAATCTTTTTAGTCATCTTTTATATACTTTTAGTTCCACATGAAATAAATGTTGTTAAGCCTGTAGGACTGGATGAATGGGGTTGTGAAACTGATTTGACAAGAGAATAATTTACAAAAATCAAATGAGTATTGAGAAGCCACAGAAATATCAAAAATGGTGACATCACTATTAGGATGAAAATTTTATGAAATTCCAATGCTCCCTTTAACCATATAATTAAATTACAAAGGTATACATAATTAATCTAATAAAGGATCATGAGGAATGCCAAAAGCTGAAATTTTAGCAAGTCTGGTGTTTTAAATTCATTATAAACTATTTATTAACTAATGTAATGTCCTCCTCTAAGACCATATTGTAAGAGTCTTGTTAAAATGATGGATTCAACTTCTGCCTCGGATGAGAGGTTGGAAATGTAGCTGCTTTTCTTTAGAAAATATGTAGCTGTCATCATTTGGTACTGCCTAAAAAGAGTTAGACTCTATTGGCAATTGATAGAGTATTACCCACGGTGCTTATTATTGTTTATGAGCTTCCATTGTAATGATTCCTTTTTATTTGTAGCAGCATAATTATTTCCAAAGACCCCAGTATTTGCTGCTATTTTTAAAACTCCCCTGATGTACCTGAACAAGAGGATTTCCTCACATCATTTCCTTGTGTCTGGACATCAGGGGTAACAACTGTACTTACTTTACAGGAAGAAATTTTAAAACTGAAAACTACCTGGGATCATAGTGTTTCTGTGATTTTATTTAATTGTGTATAGTAATTATCCAGTGCCAGAAAAACCGTCACTTGCAAAATACTTTGCACTCAAAATGTTTTTACAATGCTTCTAAATGTTACTGGTTTCTGCTTTCTTTTGACTACTTGACTGACAAAATGATCTGACTACTCCATTTAAGAGCAAAGGTAACTCATGTTTAGGTAATTAACTGCTTGTTTTAAGTGATTATATTTCTTCCACTGTTTTTGAAAAATAATCAAAGATAGCATTCATTGAGAGACAGTGACAGATATAATTTACTACATATATTGATTTTTAAATAAAGTTGCCTTAAATAAGTGTATGTAAGCAGTAGTAGTTGCTATGTACTGATTTACCTCAAGGTGCAAAATAATTAAACCTGTACATATTCCATTTACAAAATAAATTCAGCCCTGCACTTTCTTTAGATGCCTTGATTTCCAGAATGGAGCTTAGTGCTACTGAATACCCTGGCCACAGAGCCACCTCAGGATATTCTTTTCTCCACCCTAGTTTATTTATTTATAGATATCTGTTTACAAAGTCTGTAGTAAATCCTGATGCTGACCATCTGAAATGTACTTTTTTTCTGAATGCTGTTTCAATCTAAAATAGCAGCTTTTGAGAAAACAATGATGTAAATTCCTTATGATAAAAGGATGATTCTATATATTCTTTAATGATATTAAATATGCCGAAGCCAAGCACACAGTCTTTCTAAAGTGTGTGTATGTTTGTGTGAATGTGAATGATACTGATCTTATATCTGTTAAAAGTTGTTTTAAAAAGCTGTGGCATCCCATTGTTCATATTTGCCAAGTCTTCTGTAAAGATGTCTAGGACGAAATATTTTATGTGCTAATGCATGTATTTGTAAACCAGATTTGTTTACCACTCAAAATTAACTTGTTTTCTTCATCCAAAAAAGTTTATTTCTTCCACGTACTTAAATTTTCTGTGTGGGTATAATATAGCTTTCTAATTTTTTTCTTTCACAAAGGCAGGTTCAAAATTCTGTTGAAAGAAAAATGCTTTCTGAAACTGAGGTATAACACCAGAGCTTGCTGTTTAAAGGATTATATGATGTACATCAGTTCTATAAATGTGCTCAGCAGTTTAACATGTGAATCCTGTTTTAAAGTGCTCAGATTTCAACTGTGTAAGCCATTGATATAACGCTGTAATTAAAAATGTTTATATGAAATAACTTAATGTTTTAAATTTATTTATGTAGATCACATCATTTTTATCGTATGCAGTGCAAATATGTGAAATGTCTTTTGGTTTATTCCAACAATTATTTATTTTAGAAAGTAAGTTTAAAGACTTTAAGGACATTCAAAGTTTAAAATAGTGTTCAAATTGCAAAATTTGGCAATCTTCATATAAATTGGTTTCTTTTCTAACTTTTCAAAAACTAACATTAAATGTCAATTATAGGAAAACATAGTTGGAAATGTAATCATCCAAAGATCATTTTTAAAATGAAATTTAATTAGCACATATTGAACATTTGACTTAATTGTTAAACCCCAGTTTTGTTTTGTTTTTTTAATCAGATTTTTGCACACTGATTAGTTTTTGTGTTGTGGCTTTTGTTGCTTTATTATTCAAGGTTTTTTTTTTTTTTCTTCCCCATGGGGGAGATTGTCTTCCAATGTTTAACTACGTTTAAATAAATAAAAATTGAATTTTATTGTTCATTTATATAAAATCTGATACCTTGATGTAATTTCACAATACAGTTCCAATTTTTATGGCTTTTATAATTACAATGATATTTTCTTCTATAATAAAATCCAAAGTAAACATTTAAATTGTAGAACTGATATTTTTCATTTATATGAAGTATAAGCCTCTACTGGGTCTATATTGTGAATCATCCTGCCTTTCAAATTTGTTTCATAATTGTTAGATGAAAACTATTTTTTTGGAGATGTTACTGAAGTTGATTGAGCAATAAAAGTCTACTTAATTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000033867-SLC4A7:NM_003615:24
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.167 A=NA C2=0.457
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)