MmuINT0147244 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000021733 | Slc4a7
Description
solute carrier family 4, sodium bicarbonate cotransporter, member 7 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2443878]
Coordinates
chr14:15626464-15632457:+
Coord C1 exon
chr14:15626464-15626571
Coord A exon
chr14:15626572-15628590
Coord C2 exon
chr14:15628591-15632457
Length
2019 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAGCT
5' ss Score
5.82
3' ss Seq
TCATTGTTTGTTTTAAACAGCCC
3' ss Score
8.46
Exon sequences
Seq C1 exon
TATTGACCCTTCAGTTGTTAACATATCAGATGAAATGGCCAAAACTGCCCAGTGGAAGGCACTTTCCATGAATACTGAGAATGCCAAAGTAACGAGACCTAACACGAG
Seq A exon
GTAGCTATAACTGTTTATGCCTTTGTAACTGTTGCTAGTTTTCACTCATTAATTTATCTAATGTATCTAAATATATTCTCTTTGCTGGACAAAACCAACCCCACTCTCCTTTCATCTGTTCTTGTACCTTAATTGTGTTCTGATGCGGATTGTGATGACTATGTTTTTATAACTTTTAAATTTAAAATTGCATTTTTCAAAAAAGAACTTTTGCCATTTTATAATAAAAATAATTTCTGCCTAGCAGTGCATATATATATTGTGAATATAATTATACTAGCAAATTGAATATATAGTCACAATTAAATGTTCAATTGAATCTAATTATATTCAAATAAAAAGAAAGTTACTAAAAATTAAATGAATGCTAAAAGGCATAGTGACTCACATCTGTAATTCTAGTCCTTGAGAGGCAAAAGCAGGAAGAGCGACCCAAGTTTAAGGTTGGTGTGGTTTTTGTAGCAAGTTCCAAGCCAGCCAAGGTTTTATAGCAAGAGCCTGGTCTAAATAAACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGATAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGATAGATTAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGAAAGACAGGAAGGAGAGCAAATAAATAAGTGAATAAATAAATATGCTTTCTTTTGGCTGGAGTAAAGAAAAAGAGTTGTTTTCCTGAGTGTTTTATTTAGTATATCTTTTTTTTGGTAAGATACAAATTTATTCTCAGGATGATAATTTGGAAGAAATTTAATTCACACACACAAACACACACAGGAAACCATTTTTATCACCATATCTATATCTATCTGTCCATATACACACACATATATGTATATATACCTGTGTGTGTGCATATTTACATATATATGAATAAATCTAATCCAGTTTTATAGTGAATCATGTATTGGAACTTCTGAACCCTTCTTTACATTTCTTATTATACAGCACTTTTTTGTTGTTTTTCTTTCTTTACTTCAAGTCCTGAAACCCCAGGAACCTTATTTTGATAATATTAGAACTTTAGTTCTTACGTTAGAAGAAACAAGGTACCTTCTTGGGAGTGCGAGTGCTCAGCTTTTCACATACTGCAAGTGTTTCTTCCAGACATAGCTTGTGCCAGGTGCTTGCTGAGTGCTGGTTATCCTTCCCAGGTGTGCACCAGCATGCCCAACTCTTCATCATATATTTTGATCTTCATTTCTTTATTACTAATGTTCTAAGCTTGACTATTCCTTCTTTCATTTCTATCTTCAGCTTATAGGATTCTACAATTCTTTGACCTTTACTCTTTTTTTTTTTTAATTTTTTTTTAATTAGGTATTTAGCTCATTTACATTTCCAATGCTATACCCAAAGTCCCCCATACCCACCCACCCCCACTCCCCTACCCACCCACTCCCCCTTTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTTCTGGGGCATATAAAGTTTGCGTGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCGACTAGGCCATCTTTTGATACATATGCAGCTAGAGTGACCTTTACTCTTAGTTGCTGTTCACATTCTGTCAGCACACTTGACAGATTGTTAACATTGTTGTGGCAAAAATAAAGGCTAGGTAGTAATACATATCTTTTATATTTAGCTTGTCATGTGGGTTGACCCTCTATTCAAAATCACATGTGTAAATAAACCATCCTCCCTTTACTCATGCTAAAAATGTGATGTGTTGGGAACAGGAAAGGGCTCAAAGAGAGAGTGGGGGTGAATATGATCAAAATACATAATATTCGTGGATGAGATTATAGAATAAACAAAAGCGGCCAGGTTACAATACCAAGTTAAAATTGGTATTAGCAAGCAACTCAGAGGTATATTGTAGATACTCTTTGTTGACCATTTGAGAATTTAAGGTTAATTCTTTTAAAAATAATTTTTCTTCTTCATTGTTTGTTTTAAACAG
Seq C2 exon
CCCTGAAAAGCCTGTGAGTGTGACAATAAATTTCGAAGATGAACCGTCAAAAAAATACATGGATGCTGAAACTTCATTGTAAAGTCAAACCAAAAGGAATATATAGAGATATATGCCTATCTGTATATATACACATATATATGTATAAAAAGCACATGTGCCATGCCATTATGTATAACAGTACTTTGGGGCTTTTTCAAGTAGCGTCAGATATTTGTTGTGGACACCATAGAGACTACATTAATTAAGTGCTCTCTTAGAAGCAAGGTTCATGAATTTTTACTCCAGATTTTTTTGGGGGGTGGGGTAAAGCCTTTCTGTTATGCAATAGAAAGATGTGGAGCACTGCGTTCCATCTGCTTTTCTTTGATCTGTCAGTGGCAATCAATCATAACAATCTTAAGTCTACATACTTAAAATTCGACCTGAATTTCAAAAGATGTTTGTTTTCCCTTTTGGTAGTGTTTATAGGTAGAATAAGGAGTCTGCCCATGTGGTGGGAAAATGACATGTCCTGGCTTCTCTGTGGGCTTTCTTCATGTAACTGTCAATCATACTTCACAGGATAGTGGAGATTTTCTAAGAAGGAACTTTATGTCTTAGGAGTTATTTTTAAATTTTAAAACTTTCTGAGTTTCCATTTTGATGGACAGGTTAAAAATTTTTATGTCACTTCTAATTTAACACCCACACAAGTCATAACGTTTTCAGTTTTAGAACCTATGAAGTGCCCATTTACAGTAATTAACTATTGTTAGTTTTGTGGCAGGGCTTTGCCGGTACTCAGTACTTGCCTAGAAACCAGAGTCCCACTCTTCTTTGTCTTTGTTTTTCTTTACTGAGGTGGTCTGGTGTGCCAGGCTCAGTTATCTTTCTGTTGTAAGTAGCAAAAAGAGTCAGCCCACTTTCAATAGGCTTGTGACCAGTGTGCCTGTAGAAGAATTACCTTTCATTTTCTGTGTGTATTCTTTCTATTTATATACAGTGTATTTAATTGGTTACCACCCATAATTTCCTTTTAAAATATTTTATTTATTATAGTTGATGTGATACTTCAATATATAAATATTTGAGACAGTAAAAATATAGAGTAAATTGTTCCTGTTGTAGATATTTGGTGCTTGTATTTCTTTTCACATCCTGAAAGCAGGTGACAAATTTTACATCTTTACTATAAAGCACTGCCATATTTATATTTTTAAAAGGAAGTTGGATATTTCCTGTACAGCTCAGATCAATGGCATTTTTTTCTGTTTTGTGATAGCATTGTGTTTCCAATATTTCTGAGCTGTTTCTTAAACATGTAGCAAATATTCATAGCTCCTCACAAAATAAGTAAAGGCTATTTTAGCCTTTGGGACAGAGAGTTTGGGGCTATGAAACTTGATTTGGCAAGAGGACAGATAATACATAGAAATGGTGAGCAACACTAGAGACACCGAAGGTGATGAAATGCGAAGGTTCAGGCAGATGTTTTAAGGAAATTCTAATGTTCTCTAGCCACTGCAAACTAACATTTAAAAGTATGAAGAAACTGATCTTTAAATCAAATTATTTTTAGCAAGTTTATTCTAAACTTTAGCAAATCATTTTCGTTTATTCTAAACAATGTACCAATTAATGTAATTCCCTCATCTGAGATCATGTAGTTGGATTCTTATTAGAATAGTAGCTGGCAGCATTTGGTACTATCTGACGAGTTCTATTGGGCTTCTTAGCATGTGATAGGGAAGGTTGCCATGGTGCTTATGGTCACAGGTGACCTCCATTGAAGTGGTTCCTTTGCACTCAGCAGCACATTCATTTCCAAAGTTCCCATTTGCTGCTAAATATAACCCTACCCCAACCCCTGAAGTACCCAAACAAGAGAATTTCCTCACACCATTTTCTTGTGTAAGGACATCAAAGGGTTAAATCTATTTTACAGGAAGTGATTTTAAAATTTAAACTGAAGACTACCTGTTATCATAATCTTCCTGTGATTTATTTAATTATATATGTTTTGTCCAGTGCCAGGGGCGGAAAAACCATGACTTACGGAATATTTTGTATCTAAGATGTTTCACTGTGGTTTTGGTTATTAATGGCTTCTGCTTTCTTTTGACTACTTGACTTACAAAGTGATCTAATAGGACTACTCCCCTGAAGAGCAGAGGTAATTTACTGCTTCTTTCAGGTGGTTACATTTCTTGTGCTATTTTTGAAAATAACAATCATGAATAACATTCATTGCAAGACAGCAAGAGAGATAATTTTAAATATATATATACATATATATGTGTGTGTGTATATATATATATATTTTTAATGCTGCCTTAAATAGGTGTATATGAGCAGTAGTAATTGCTATGTACTGATTTACCTCAAGGTGCAAAATAATTAAATTTGTACATACCCATTTACAGAATAAGTTCAGAGACACAGCCCTGCACTTTCTTAGATGCCTTGATTTTCAAACGGAGCTTAGTGCTACTGAACACCACGGCCATGGGGCCACCTCAGGACGTTCTTCCCTCCACCATATTTTATTTATTTATAGATGTCCGTTTACAAAGACTATAATGAAACCTGGTGTAAACTATCTGATACTTATTTCCTTTCTATTGCTATTTCAATCTAAAGTAGGAGCTTTTGAGAAAACAGTAAACTAGCTTCCCAATGCTAAAGGGTTGATTCTATATATATTTTTAATAATATTAGATATGCAAAAGTTAAAGTACAAGGTCTTTAAAATATTGTGTGAGTGTTTGTGTATGTGTATGAAATCACTCTTAACTCTCTTAACTTTTTTAAAACTCGTGGCATACCAATGTTCAGATTTGCCAAGCTTTCTCTAAGACATGTAGGATGAAATGTTTTTGTGTGTTAATGCATGTATTTATAAAGATTTGTTTACTGCTGAGAATCACTAACTCTTGTTTTCATCCCCAAAGTGTTTGTTTCTTCCACATGCTGGAAGGCTTGGCTTGAGTATACGCTTTCTGGCTTTCCTTTCACAAAGGCACGTTCAAAATTGTTCAGAAAGAAGAATGGTCTCTGACAGTGAGGTGTGATGCCAGAGCTTTCTGAAGTTTGAGCAGTGTGTGCAGCTCTGCATGTGTGTCCTGACAGAGTCAGATATGTGAGCCATTAAAAGAACATTGTAATTCAGAGTGTTTATTTAAGTAACTTACATGTCTGAAATTTATTTATGTAGATTCCATCATTGTTATCATTTGTAGTGCAAATACATGAACTGTCTTCATTTAGTCCCAACAATTATTTATTTTTAGAAAGTAAATTTAAAGCCAAGCTGCATTCAACTTTTAAAATAGTGTTCTAATCATAAGATGTGATCATTGTAAGGTCTCTTTTAACTTTCTGGAAAGTAAATGGTCAAAAGGAATCACATAAAGATTGTTTTACATTTTTAACCTGTATGTACTTAGAGGGTAAGCCCCAGTTCTCTGGTTTCTAATCATTTTTTGCACATTGATTGTTTCTGTTCTGTAGCTTTTCTTTTGCTCCTTTGGTTTTGGCTTTGTAGGGGTAAGGTGTCTTCCAATGTTTACTATGTTAGGCTTAAATTAAATTTTAAATTTATTGTCCATTTATATAATATTTGATACCTTGGTGTAACTTCTCAATACAATTACAATTTTTATGACATTTATAATTGCGATGGTATTTTCTTTTATAATAAAATCCAAAGTCAATTAAACAAATTGTAGACCTGATATTTTTCATCTATATGAAGTACAAGTCTCTACCTGAGTCTATAATGTGAACCATCCTGCCTTTCACATTTGTTTCCTAATTGTTAGAGAAAACTATTTTCTGTAGATGTTATTGTAAGTTGAAAGAGCAATAAAAGTCTACATATCACGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000021733-Slc4a7:NM_001033270:24
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.405 A=NA C2=0.932
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: