BtaINT0136155 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000018227 | SLC4A7
Description
Bos taurus solute carrier family 4, sodium bicarbonate cotransporter, member 7 (SLC4A7), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001098926]
Coordinates
chr22:1746286-1758702:-
Coord C1 exon
chr22:1758605-1758702
Coord A exon
chr22:1750505-1758604
Coord C2 exon
chr22:1746286-1750504
Length
8100 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGA
5' ss Score
9.22
3' ss Seq
TCATTCTTTGTTTTAAATAGCCC
3' ss Score
7.93
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGCTGAACGAATGCTCCAAGCTGGTGAAGACACTGTGCACCTTCCATTTGAAGGGGGAAGCCTCCTGCAGATTCCAGTAAAGGCGCTAAAATACAG
Seq A exon
GTGAGATGCAGCTTTGCATTTTAAAATGTGCTTCATTTACACGACAGTTGGATAAATGAGCCATGCGGTGTGTCGCTAAAGTCATGATGCCTATTTTTTAAACAATGACAAACACTGCACCTGACATGTAGGCTGAAGGAGGGCTTCCTGCAGGTGGAAGAGGAAGTTGCTCACTCCTTCCCCTCCTGCTGACAGCAGCAGAATGCAGCGGGCAGGGAGAGACCTTGGCTTCCACGTTCAACACAGATTGTCCTGTCGTTCTCACTCCTTCTGTTTCAGTGAAGTTTAAACCCAGTCTTAGGATACTCCCATGCTCTCAGTAGTACAACTTTATTTTTTTCCCTTGCCCTCATTATGACGGAGGTTGGTGCGTGCTAGAAAATAACGCTTGTGGACGACCTTCCCACAGGTGACAGTGTTTAGAGGCCCTGGAACTCTCCTTCAGTTTTCAAAGGTATCATCTGCCCATTGCCAGTGAGGGCTCATACTAGGGAAAAATTAATGTTTATCATACATGATTTTGGCGATTTGTATTAAAATCTACAAACTAAATATATAGGTTGGGAAATGTAAGCCTTTTTTTTACCTTTAAAAACTTCTATGATTTATTTTTTTATTTTTTTAATATAAATTTATTTATTTTAATTGGAGGCTAATTACTTTACAATATTGTATTGGTTTTGCCATACATCAACATATATCCACCACGGGTGTACACGTGTTCCCCATCCTGAACCCCCCTCCCACCTCCCTTCCCATACCATCCCTCTGGGTCATCCCAGTGCACCAGCCCCAAGCATCCTGTATCCTGCATCGAACCTGGACTGGCGATTCATTTCACATATGATATTATATATGTTTCAATGCCATTCTCCCAAATGATCCCACCCTCTCCCTCTCCCACAGAGTCCAAAAGACTGTTCTATACATCTTTGTCTCTCTTGCTGTCTCGCATACAGGGTTATCGTTACCATCTTTCTACATTCCATATATATGCGTTATTATACTGTATTAGTGTTTTTCTTTCTGGCTTACTTCACTCTGTATAATAGGCTCCAGTTTCATCCACCTCATTAGAACTGATTCAAATGTATTCTTTTTAATGGCTGGATAATACTCCATTGTGTATATGTACCACAGCTTTCTTATCCATTCATTTGCTGATAGACATCTTGGTTGCTTCCATGTCCTAGTTATTATTAACAGTGCTGCGATGAACATTGGGGTACACGTGTCTCTTTGAATTCTGGTTTCCTTAGTGTGTATGCCCAGCAGTGGGATTGCTGGGTCGTATGGCAGTTCTATTTCCAGTTTTTTAAGTAATCTCCACACTGTTCTCCATAGTGGCTGTACTAGTTTGCATTCCCACCAACAGTGTAAGAGGGTTCCCTTTTCTCCACACCCTCTCCAGCATTTATTGCGTGTAGACTTGGATAGCAGCCATTCTGACTGGCGTGAAATGGTACCTCATTGTGGTTTTGATTTGTGAAGAATTGATGCTTTTGAACTGTGGTGTTGGAGAAGACTCTTGAGAGTCCCTTGGACTGCAAGGAGGTCTAACCAGTCCATTCTGAAGGAGATCAGCCCTGGGATTTCTTTGGAAGGAATGATGCTAAAGCTGAAACTCCAGTACTTTGGCCACCTCATGCAAAGAGTTGACTCATTGGAAAAGACTGATGCTGGGAGGGATTGGGGGCAGGAGGAGAAGGCTGGATGGCATCACTGACTCGATGGACGTGAGTCTGATTGAACTCCGGGAGTTGGTGATGGACAGGGAGGCCTGGCGTGCTGCAATTCATGGGGTCGCAAAGAGTCGGACACGACTGAGTGGCTGATCTGATCTGATCTGATCTGATAATGAGTGATGCTGAGCATCTTTTCATGTGTTTGTTAGCCATCTGTACGTCTTCTTTGGAGAAATGTCTGTTTAGTTCTTTGGCCCATTTTTTGATTGGGTCGTTTATTTTTCTGGAATTGAGCTGCGGGAGTTGCTTGTATATTTTTTAGATTAATTCTTTGTCAGTTGCTTCATTTGCTATTATTTTCTCCCATTCTGAAGGCTGTCTTTTCACCTTGCTTATAGTTTCCTTTGTTGTGCAGAAGTTTTTAATTTCAATTAGGTCCCATTTGTTTATTTTTGCTTTTGTTTCCAATATTCTGGGAGGTGGGTCATAGAGGATCCTGCTGTGATTTGCCTATGTTCTCCTCTAGGAGTTTTATAGTTTTTGGTCTTACGTTTAGATCTTTAATCCATTTTGAGTTTATTTATTTTTGTGTATGATGTTAGAAAGTGTTCTAGTTTCATTCTTTTACAAGTGGTTGACCAGTTTTCCCAGCACCACTTGTTAAAGAGATTGTCTTTTCTCCATTGTATATTCTTGCCTCCTTTGTCAAAGATAAGGTGTCCATAGGTGTGTGGATTTATCTCTGGGCTTTCCATTTTGTTCCACTGATCTATATTTCTGTCTTTGTGCCAGTACCATACTGTCTTGATGACTGTGGCTTTGTAGTAGAGCGTGAAGTCAGGCAGGTTGATTCCTCCAGTTCCATTCTTCTTTCTCAAGATTGCTTTGGCTATTCAATGTTTTTTGTATTCCACACAAATTGTGAAATTATTTGTTCTAGCTCTGAGAAAAATACCTTTGGTAGCTTTATAGGGATTGCATTGAATCTATAGATTGCTTTGGGTAGTATACTCATTTTCACTATATTGATTCTTCCAATCCATGAACACGGTACATTTCTCCATCTATTAGTGTCCTCTTTGATTTCTTTCACCAGTGTTTTATAGTTTTCTATATATAGGTCTTTTGTTTCTTTAGGTAGATATATTCCTAAGTATTATTCTTTTTGTTGCAATGGTGAATGAAATTGTTTCCTTAATTTCTCTTTCTGTTTTCTCATTATTAGTGTATAGGAATGCAAGGGATTTCTGTGTGTTGATTTTATATCCTGCAACTTTACTATATTCATTGATTAGCTCTAGTAATTTTCTGGTGGAGTCTTTAAGGTTTTCTGTGTAGAGGATCATGTCATCTGCAAACAGTGAGAGTTTTACTTCTTCTTTTCCAATTTGGATTCCAAATTTCTTTCTTTTTCTGCTCTGACTGCTGTGGCCAAAACTTCCAAAACTACGTTGAATAGTAGTGGTGAAAGTGGGCACACTTGTTTGTTCCTGACTTTAGGAGAAATGCTTTCAATTTTTTACCACTGAAGATAATGTTTGCTATGGGTTTGTCATATATAGCTTTTATTGTGTTGAGGTATGTTCCTTCTATTCCTGCTTTCTGGAGAGTTTTTATCATAAATGGATGTTGAATTTTGTCAAAGGCTTTCTCTGCATCTATTGAGATAATCATATGGCTTTTATTTTTCAGTTTGTTAATGTGGTGTATTACATTGATTGATTTGCAGATATTGAAGAATCCTTGCATCCCTGGGATAAAGCCCACTTGTTCATGATATATGATCTTTTTAATGTGTTGTTGGATTCTGATTGATAGAATTTTGTTAAGGATTTTTGCATCTATGTTCATCAGTGATATTGGCCTCTATGTAGTTTTCTTTTTTTGTGGCATCTTTGCCAGGTTTTGGTATTAGGGTGATGGTGGCCTCATAGAATGAGTTTGGAACTATGATTTATTTACACATCTGATTCATCTGTATATTTATTCTGTTTACAAATAGCCATATATAGTACAAAATTCAGTTTTAGAAGGTATATAGGTTCCTTCCTTGACCAGTTAATGGAAAATGTTGTTAATATCTAATTATCTTGCTTCAACCTTTTTTCATTTTTAACTTTATAGTTTTTACAGAGGTCACATTTGGACTCTATGTGTTGATTAGTTTTGAAAATGAATTCACAGATAATTTTTCTCTAATACTTTTTACTATTAGTTTTTATCATGGGTATCCTTTCATGATTTTCCCTCAAATTTGTATATATCTTAAATGCCAAGTATAGACATTTTGATATATCCATGTATAGTGCTCTGCTTCTCTAGATTCTGTAAATGTTTTTTAAATGAATCAATGTATTGACTTTGTGCTAAAAAGAGGGTGCAAGTGAAAGTCTTAGTTGCTTAGTCATATTTGACTGTTTGCAACCCCATGGACTGTAGCCCACCAGGCTCCTCTGTCTATGGAATTCTCCAGGTAAGAATACTTGAGTGAGTTGCCTTTCCCTTCTCCAGGGGATCTTCCCAACCCGGGGATAAAATTCAGGTCTCCTGCATCGGAGGCAGATTCTTCAGCGTCTGAGCCTCCAGGGAGGTCCAAAAAAAACTGCCATGGTAGTTACTGGTGACTCAGCAGTTTGCTGAGATGTTGGCCACTTAATTTCTGTAGGACCTACATTAGCTTTTCCTTACTGTGATCACACATGGACCTTGACAAATATAAGTGGAGTCCATACTTATACTTTCTGATATTTAACAAAAAGAATGGGTATACATACATATATTTACTTTGTCTAATCATGACATGAGCCATGATTAATGCCATTTTGCTTAAAACTTGAACATCCAGAATGCCAGGAATTGGCTGACCTGTTTGTCTGCCAGAACTTTAAGTCTGCCTGCTTTGGATTTGTTTGTGTGTGTGCGTGTTAGTCACTTAGTCATGTCCGACTCTGCAACCTCGTGGACTGTAGCCCGCTGGGTTACAGTGGAATTCTCCAGGCACAAATACTTTGAGTGGGTAGCCATTCCCTTCTCCAAGATTTGGATTATATGCCATAAAAATGAAGTAAGATAACTTAGCAACATAGGAAAGCATTTGGAAACTGTAAAGTCTACAAAATATGAAAATAATTTATTGAATGTAGACAAAATTTTTTCCATCTAGTTCTTACTTTGGAGGTAAACAAAGTGTCTACTTTCTTCAGAGAGGGAGTCTCAACTTCTACTAATGGGAAAGTAGGGAAGAAACATTTAGAACCTAGAAAGTGTTTCAGGAATTTCTCTTTTCAATTATTGGAAGTTGGCAACTGAGCAAAG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Seq C2 exon
CCCTGAAAAACCTGTAAGTGTGAAAATAAATTTTGAAGATGAACCAAGAAAGAAATACCTGGATGCTGAAACTTCATTATAGATTTGAACCAAGAAGAATTATATACAGATAGATTAGATACATATACATATATGTGTGTGTATATATAATGTGTGTGTTTTGTGTTGCTATATATAACAATATTGTATGTCATGCCCCTTATGCGTGACTACTGGGTTTTTGGGTTTTTTTTTTTTGAAGTAGTGTCTGAAGTTTGTTAGGAGCACCATGGAGACTGTGTTTATAATGAAATGGTCTCTTGGAAGTGAGGTACATGGTTCTTACTAATCAAATATTTATTTTTCTGTTGGAAGTTTTTTTTCTGTTCTGCAGTAGAAAAATGTGGGAAAATGCATTCAGTCTACTTTTCTTTAAATCTGTTCTTTAAAAAAAATAATCTTTAAATCTATTTAAATCAGTGGCAGTTCATACCAACCTTAAGTGATATGTGTTTTGTCCATATTTTTAAATTTTTTCCTTGAGTTGCTAGAAATGTTCCCATATGACTTCCCTTCTGCTAGTGCGCTGAGGGGAGAGCAGGGCGCTCTGCCTGTGTTGGGGTGCGGATGCCGCTGCGTCCCTCGTCCCGTACGCGCCCATCACGTTTCACGGTTTATGGGAACCTTCTGGCTGCAGAGCTACAACAGTGGAAGCTTTCTAGAGAAGACCTACAGTTTTGACCTTTATATTTTTGAAATGTATTTTAAACCTTAAAACGCCCACATCTAGGTTTCCATTCTGATAAACAAGTAAAATTGCAAGTGATTTTATAATTTAACCCTGGTACCAGTCATTAGTTAATGAATTTTAAAAGCTATAAAATACCAGTTTAAACTAGTTAAACTTTGTTGCCTTTATAGAATTTTTTTCTATATCCTAATACCCTTTTAGAGCCCCATATGCCCACTCTGTTCTCTACTTTTGATGTCTTTTATGTAAAATGTGGTTAGTTTGTATCAGGTTCAAGTTCTTGATTATTTTTCTGTAAGTATAAGTAATCAGGAGTCAGAATTCTCTTAAGTGGGTTAACGATCAGTATTACTTTCTTAAGAATTACCTTTCGTTTTCTCTTTACGTTGTTCTTTCTGTTGTATAGGTAATGTTTAATAGATTGTTATCTGTGATTTCATTTTAAGATATTTAATTTATTTTAATTGATATGATGCTTAAATGTTATATAAACATTTGAAAAGATGACACATATAGAGTAAATTTAATGTAGACAGTTGGTGCTCACTTGCGTTTATGGTTTATTATCTGAAAGCAGTTGATAGATTTTACATCTTTGATATAAAGCACTGCCATATTTGTATTTTAAAAGAAATTTAGACTTACTATGTGTATAGCTCAGATTGATGACATTCTTCCTAGTTTGTGTTTGTGTGTTTTATTTAGATTTTGGTTTTCTGAGCTGTCTTTTTAACTTCTAGCAAATCTTTTTAGTCATCTTTTATATACTTTTTAGCTCCATATGAAATAAATAAATATCGTTCTTGTTAAGCCTGTAGGACTGGATGAATGGGGTTGTGAAACTGATTTGGCAAAAGGATGATTTCTAAAAACCAAACGAGTATTGAGAAGCCACTGAAATACTGAAAATGATAACATGAATGTAAGGATGAAAATTTCAATGAAATCCCAGTGCTCTCTTTAATCAGTTCTAATCAAAGTACAAAAGTATGAAGAGTTGATCTTATAGAAGATCATGAGCGATGCCCAAAGCTGATGTTTTAGCAATTCTAGCAATCCATTCCAAACTACTTAACATGAAATTTCCACATCTAAGACCATGTTACCCAATTCTAGTTAAGATAACGGATTCACCTTCTGCCTCATGGGAGGCTGGAAATGTAATTTTCTTTAGAAAGTGTAGCTGGCATCTTTTGGCGCTGCCTGAAGAAGAGAGATGCTGTGGTACTTGGTGAGAGAGTGGTACCCATGGTGCTTGTTACTGTTACGAGCTTCCAGTGAAGTGAGTCCTTTTTGTTCATAGCAGCATAATCCTTTCCAAAGACCCCAGTATTTGCTGCTACAATTTTGTAAACTGCCCTGATTAACCTGAACAAGATGATTTCCTCACATCATTTCCTTGGGTCTGGACGTCACAGGGTTAACAAAGTGTGCTTATTTTACAGGAAGTATATTTTAAAATTTAAACTGAAACCTCCTTGGGATCATAGTGTTTATGTGATTTTATTTAATTATGAAAACTGGCTATCCAGTGCCAGAAAAACCATGACTTACAGAATGCTTTGCACTCCATGTTTTTACTGTTTTAATTGTAAAATAGTTTCTGCTTTCTTTTGACTACTTGACTTACCAAATGATCCGATATGACTACTCCATTGAAAAGCAAAGCTAATTCATGTTTAAGTAATAGCTTGTTTTATGTGGCTATGATATTTTCCCACCGTTTTTGGAAAATAACCATCATGGATAGCATTCTTTGAAAGATAGTGAAAACTTTTATTTATACTTGTATTGATTTTTAAATGTTGCCTTAAACGTGTATAGATGAGCAGTAGTGATTGCTATGTACTGATTTACCTCAAGGTGCAAAAGTATTAATAAACCTGTGCATATTCCATTTATAAAATAAAGTCATAGAAACAGCCCTGCACTTCCTCAGATGCCTTGGTCTCCAGGATAGAGCTCAGAGCTGCTGAGTACCTGGGCTGTGGGGCCGCTCAGGACACTCTTTCTTCCACCGGTTTTATTTATTATAGACATCTGTTTACAGAGACTAATAACATCCTCACGTTGACCATCTGAAATTTAGTTTCTTTTGAATACTATTTCACTCTAATATTGCAGCTTTGGGGAAGACAATGAACTCTAGTTACTTCCTTGTGATAAAAGAATGATGCTTTATATTCTCTAATATTAGATACACAAAGTGAGGTGCGTGATCTGTCTAATGGCTGTTGTCTGTGTGAGTGTGCCTGTGTGAATGATGTGGTCAATCATAAATCTCTCAATTTGTTTTAAAAAGCTGTGGCATATCATTGTTCATATTTGCCAAGTCTATAAAATGTGTAGGACAATTTTTTATGTGCTAATGCATGTATTTATAAAGCAGATTTCTTTACCACTCAAAATTACTAACTTTTCCTTTATCCATTTAAAAAACCATTTCTGTTTCTTCCATATACCCAAAGTTTATGTATATATGTAATAGCTTTCTAACCTTTTCCTTTTGCAAAAAGTAGGTTCAGAATTCTGTAAAAAGAAAAGTGGTTTCTGAAACAGAGGTATGACACCAGAGCTTGCCGTTTTTAAAGGATTGTATCATGTACAACAGTTATGTAAATGTGCTCAACAGTATAACATGTGAATCCTGTTTTAAAGTGCTCAGATTTCGGATGTATAAGCCATTGATATAACATTGTGATTCAAAAATGTTTAAATTAAATAATTTAATGTTTTAAATTTATTTATGTAGATCACATCATTGTTATCATATGCAATAGAACTATGTGAACTGTTTTTTGGTTTAGTCCAACAACTATTTATTTTTTTAGAAAGTTAAAGACTTTAAGGACATTCAAAATTTTAAATAGTGTTCATAATTCAGAACTTGGCAATTTTAATGTAAAGTTGGTACTTTTCTAACTTTAAAAAGTAATGTAAAAAAAAAAAAGTAATGTAAGTGTCAATAGTTGGAAATGGAATCATCTAAAGATAATTTTTTAATTTAATTAGCATAGATTGACTTCTGCAGTTGACTTAGAGTAATTGTTGTTTTTTTAATCAGATTTTTGTGCATTGATTGATTGTTGTGGTTTTCCTTTTGTTACTTTCATATTAAAAGGTATTTTTTGTTTTGTTTTGGGGGGGTTTATCTTCCAGTGTTTACTCCGTTTAAATAAATAGAAATTGAATTTATTGTTCATTTATACAGTATTTGATAGCTTGGTATAATAAGAACAGTACAGTTCAAATTTTTATGACTTTTATAATTATCAATACAATGATATTTTCTATTATAATAAAATCCAAAGTAAATTAAACATTTAAAATGTAGAACTGATATTTTTAATCTATATGAAGTACAAGTATCTACCAGTCTAGAATGTGAATAATCTTGCTTTTCAAATCTGTTTCATAAGATTAGAAGAAAACTATTTTTTGGAGATGTTATTGAAGTTGAAAGAGCAATAAAAGTCTACTGAATCAGTC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000018227:ENSBTAT00000065868:24
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.152 A=NA C2=0.352
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]