HsaINT0153490 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000033867 | SLC4A7
Description
solute carrier family 4 member 7 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11033]
Coordinates
chr3:27372723-27383250:-
Coord C1 exon
chr3:27383153-27383250
Coord A exon
chr3:27376846-27383152
Coord C2 exon
chr3:27372723-27376845
Length
6307 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTGAGA
5' ss Score
6.95
3' ss Seq
TAATTCTTTGTTTTAAATAGTCC
3' ss Score
6.2
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGCTGAACGGATGCTTCAAGATGATGATGATACTGTGCACCTTCCATTTGAAGGGGGAAGTCTCTTGCAAATTCCAGTCAAGGCCCTAAAATATAG
Seq A exon
GTGAGATATGACTTTATGCTCTAAAACTTTTATATGCATGTCAAATGTATTAATAAGTCATATAATGCTTCTTTAAAGTGATGATTTCTATTTTATAAAAGATGATACAATCTGCATATGGTGTATCAACTAAAGGAGGGCTTCACACAATTTGAAAAGGAAGTCCCTTGCTCCTTTCCCACCCAAGCTGGACTTGGACTAACCCAAGCTGGACTTAAACTAACTTCCATGCCAAGCCAATAAAATTTGCTTGTCTTCTATCACTCCATCTATCTTAGTGAAGTTTAAAATCAGTACATGAGTCTGAGAATATTTCCATTTTCCCAGTAGTGTGGCTTTTTCCTTTGTGCCCTTCATTAGGGCTGGGGTCGGTGGGTGCTGGAAAATAAACGTTTTCAGTAATCTTTGTCAGTGTCCATTCAAATACCAGTAATTCATTTTCTGATAGCCTTCCAATATGTAACTATGTTTAGAGGCCCTAGAAGTCTCTTAGTTTTCAAAGATGTGATTTGATTATTGGCGGTGAGGGTTCATATGATGCAAGAATTAATATTTTATGTATAATTCATTATTCGTGATTTTGATGATTTATATTTAAATTTAAGAACTAAAGATATAGAGGTTGGGAAATGCAGACTTTTGTAGTTTTAAAAGATTAACCTATATTTGTGTACACACCTGATTTCTATTTCTACACATCTATTCCATTTCTGATTAGCTAGAGAAATCAGTCTTAGAGGCCTGGTGTGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCACGACCAGCCTGGCCAACATGGGGAAACCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGTGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGACAGTGAGGCAGGACAGTTGGTTGAACCCAGGAGGCAGAGATTGCAGTGAGCCAAGATCATACCAGTGCACTCCAGCCTAGGCAACAGAGCAAGACTCAGTCTCAAAAATAATGATAATAATAACAACTTACATTTGTGTACACACCTGATTTGTATTTTTTTTCTTTTTTTTTGAGATGAAGTCTCATTCTTGTTCCCCAGGCTGGAGTGGAATGGTGTGATCTCGGCTTACTGCAACTTCCACCTCCTGGGTTCTCCCGAGTAGTTGGGATTACAGGCGCCTGCCACCACGCCCAGCTACTTTCTGTACTTTCAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCACAATGGTCATCTCAAACTCCTGCCCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGTGCCTGGCCCTCCTATTTCTACACATCTATTCCATTTCTGATTAGTTAGCGAAATCAGTCTTAGAAAATATACAGGTTTCTTTCCTGACCAGTTGATAGAAAATGTTTTATTGGTATTTAGTTAACTTCCATTTCTTTCTCTTTTTTTTTAGCTATTTATAGCTTTTACAGGAGTAACATTTGACTTGTACATGTTGATTAGTTGTGATGAATGAATTCAACTAATTTTGCTCTATACGTTTTGCTATTAATTTTCACTATTGGTATTATTCTGTATTAATGTTTCCCTCAAATTTTTATATACTTTAAATGCCAAGCATAGAGGCATTTAATATGGATATTTAATATATCCAGCCACAGCGATCTGCTTTGCTGGGTTCTAGAAATACTTGTTAAAAGATTTAATATATTAGCTTCATTGATGTACTTCTAAAAAGAGTATAGGAACTACCATGATGGTTGTTAGTAATTATCACCAATTTGCCGAGAGTATTTGTGCTTAATTTTTATATCCTGCTTTATCACTTTTTCAGTGTAATTATATATGGACCTTGACAAATTTAAGTGGAGTCTATAGTCTGATAAAGAAAAAGATGGATATCTGTAGTTTTCCTTTTGTCTTTTAAGTGGTGTCATAAGCCATGATTAATGTGGCTGTGTTTAAAGTTTTTTCCATCAGGAATGCCAGGAAATGGCTAATGTGCTTATTTGCCAGAATTTTATATCTTAAATAGCTTTGGATTATTTGTGTGGAAGATCAAGTGAGATAGTATATGAAAGTATTTGGAAACTGTAAAGCCCTTATAAAAGATGAAAATAATTTATGTAATGCAGGCAAATTTTTTCCTATCTAATTTCATTTTGAGGGAAAAAAATATATACCTTCTTCATAGTGGAGGATATTTAGAAGCTAGAAGGTTTATCAGGAATTCCTTTCTTCACTTATTTGAAGTTGGCAACCAAGTGAATAAATGTTTACTCGGGGTAGGCAAAGTTTCAAGTTGGATGGCTATGCCATTATAAACTTGGGTATTCAGATTTTGTGTACTTTTAAAAATCTGACCTGGTGAAGGTAAAGAAGCCATTCATAGAGACTTTTCAGTGACCTCCTCACGCTTCTCTTCAATCTTAAATTTGTAAACAACATTCTGATTTTAAGTATGAACAGAGCACTTTCTAAATGACTGCTGTTTAGTCATTTGTAAACTAGTTGCCATCACACTGTTAATTTAACATTACCTAATTTGACATTTGTATTTGTATCTTGTTTGTCTGAATGTATTTTTTTAATCCAAGAAAAAGGACTTGCAAATGTATTTGTATTAACTTTATGATACTTTCCTATTACTTATGATGGACAATCTTGAGCCCCAAATTAATTATTTATGGATATTATTGGATTTGAGGTCTTGAAGTAATTTTCATAGAAATATAGAAACAGAAACATTTTTCTCTTATTGTAATAAATGGATAGTACTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATTCTGGAGATGGAGTCTTGCTCTGTCGCCTAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCTCGACTCACTACAACCTCTGCCCCCCGGGTTCAAGAGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGCCGAGTGCCACCGTACCCGGCTAATTTTTATATTTTTAGCAAAGACGGGGTTTCACTAGGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCGTGAGCCACCATGCCCGGCCTACTCTGTTCTTTTAATTTTGATAAACTTGATAAAATACCACCTTTATCACACTAAATATGTGAATAACAGGTAAAAGTGGTACTCATGAGGCTATTTTGTGTTAGCTGTTGAAATATTTTCAGAGCTTTGTTTTCAATTTCAGAGTGTTATCTTTCCAAGCATTCTTTATAATGATTTGTAAAAGCTATGAAAAATAAGATTTTAAAAATCATAATCTTAAGTTTTCCTTACATACTTTGAGTATTTATTTGATAAGATTAAATGTGTGCCAATTATAACCGTTTTCTAGTCGACTTGAGATTGTATTTTTTTTTGTATGTATAAGCACATTAACATAGTCGTATGTTATTTCAGTAACATATTTTCAGCCAAGGTGATCAGAGGGCATCATTGCTAGAGTGCTGCCGAAGTACTACTGAAACCCCAAATTGGATTCTGAAGCAAAGTTCCATAAATAAATCTTGCTAACTTACTTAATCTTAATCTTACTCCTAGTTTCGATTAGAAAGAAAGACGTAATTCTTCATAAGGACTTTGTAACAGAATTCAAATTCTGATATCTGGCAAAGGTTTTCTCAATTTAGTTGATGAAAGCAGATAATAAGAATGACAATATTAATGCTTTTGCAAGTACTGAATACTAACCAAAAAGTGTATTTGTTCTTCAGTGTTGATCCCTCAATTGTTAACATATCAGATGAAATGGCCAAAACTGCACAGTGGAAGGCACTTTCCATGAATACTGAGAATGCCAAAGTAACCAGATCTAACATGAGGTAGTTATAACTATTTGTGTGTTTTCTAACTGTAGCCAATTTTCATTTACTTATGATAGCTTCATTCCTTTCTTTCTTTCATCCATCATTTTAATGTATACTTGGAATAAGGTATAAATAATAATTATGTTTTTGTCTTTTAATTTACAGTTACCTATTTTAAAAAATAATTTGAGTCAGTCATGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAAGCGGGCAGATCATCTGAGGTCAGGATCATCTGAGGTCACTTGCAGTGAGCCCAGATCATGCCATTGCACTCCAGCCTGGGGGACAAGAGTGAAACTCTGTCTCAAAAAATAGTAATAATAATCTGAGCTATTTTATCATAAAAGTAAATTTCATATAGCAGTATGGAATAAACATAAAAAAGATCAGAAACCATATAAAGATTAGATAACTATTAGGGATTAAATACTGTAATTGAATACTATTTCAATCATGCTCTGTGATGGTCTAAGAAAAGAGAAAAACACAAGTTGTTTCCCTTCTTGTGTTTTGGTTTAGTATGCCATTTGTTCAGGTGAGGTAAACATTTTGCTTGGAGATATTTGGAAGAAATCAAATCCATTGACATAAAGACCATTCAGTTTTACAGTGGACCATGTATTGAAAGTATTTTGTAACCTCTTTCTTACATTTCTTGTTATGTAACCTTTTTTCTTTCTTTTGTTCTCACTTCAAGAACTAAGCCCTCAGGGATTCTGTTTGGTAATCATTAGTACTTTAATCCCTTAAGCCTCTGGAGAAATGAATTACTGTCTTCTAGGGTGCTCAGTCATTCATACTCAGAAAATTCTTCTTTTTTATGTACAGTTTGTGTGAGATGCTATGTTGGGTGTCTGTATATTCTGCTTGGGCATCAGATGAAAACTTTTCTAGGCCTTCAGTCATATAGCTGTTTTTGTTCACTTGCTGTCTTAGCTCTGTCTTCTGACAATAATTGATTAGCTTTTTCTCATTCTTTCACTACCCTCTTTTAGAACCTTTTTCCTACCTACTCTCTATCATATGTTTTTCTCTTCTGTCATCTGAGTTCTAATTTCTCAGCTGGCTGTTTCC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Seq C2 exon
TCCTGATAAACCTGTGAGTGTGAAAATAAGTTTTGAAGATGAACCAAGAAAGAAATACGTGGATGCTGAAACTTCATTATAGAATTGAACCAAGAGGCATTATACATATAGATATATACATATGTAATGTGTGCGTATCATGTCACTATATATAAGAATATTGTATGTCATGCTGTTTATGTGTGACTACCGGGTTTTTAAAAGTAGTGTCTGGAGTTTGTAATGAGCACCGTGGAGACTATGTATTTAATGAAATGCTCTCTTTGAAGTGAGGTACATGGTTCTTAACTATTCAAATATTTATTCTGTTAGAAAAAAAAATTTTCTGTTTTGCAATAGAAGGATGTGGAGAAATGCTTTCAGTCTACTTTTCTTAAATCTCTGTTCATCAGTGGCAATTCGTAAAAACCTTAAGTGATACTTTGTTTATATGTTTATAATTTTTAGGTGTTTCCTGAAATTTTCACATATTATTTCACTTTTGTTAGTGCTTTATGGGAAGAATAGGGAGTCTATACCAGTGCTGTGGGAAAAATGGTAACATTTCAGGGCTTCTCTATTTGTGTTTCATTTCTGTAGATGTCCATCGTGTTTCACTAACTGGCGTTTTCTTAGCCATAGAGATGACTGTAGAACAATAGAAACTTTAATAATGATAGTTTTTAACTTTTATGTTTAAATTTTTTTTAAATCTTAAAACCTTCATATCTAGGTATCCATTGTGACAGACAAGTAAAATTGCAGGTGATTTGATAATTAAGCACCCATACCATTTATAACTTCTGAATTTAAAAAGTTATACAATGCCAGTTTGCAATAGTTGATTTTGATGCCTTTGTAGAATATTTTTTCTGAATCCTTATGCTCTTTTAAAGCCAATGATTCCCACTCTGTTCTCTGCCTTGTCTCTCTTTGTCTTAAAATGCTTTAGTTTCCATCAGGTTCAAGTTCTTGACTATTATTCTCTTATAAGTAGTAGGCGTAAATAATCAGGAGTTAGAATTCTCTCAGAAGGGTCTATGATCAGTATTACTTTATTAAGAATTACCTTTCATTTTCTCTTTATGTTATTCTTTCACTTTTGTAGATTACATTTAATAGCTTGTTACCTGTGATTTTATTTTAAAATATTTATTTTGATATGATGCTTAAATATTATATAAACATTTGGAAAAGTAACAAATAGAGTAAATTGTTAATGTAAATAGTTGGTGCTTACTTTCATTTATGTTTATTATCTTAAAGCAATTGATAGATTTTACATCTTTGATATAAAGCACTGCCATATTTATATTTTAAAAGGAAATTAGACATTTTATATGTAGCTCAGATTAATGACATTTTTATTTTGTGTATTAGTTTTTGCTTTTCTGAGCTTTTTAAAGTCTAACAAATCTTTTTAGTCATCTTTTATATACTTTTAGTTCCACATGAAATAAATGTTGTTAAGCCTGTAGGACTGGATGAATGGGGTTGTGAAACTGATTTGACAAGAGAATAATTTACAAAAATCAAATGAGTATTGAGAAGCCACAGAAATATCAAAAATGGTGACATCACTATTAGGATGAAAATTTTATGAAATTCCAATGCTCCCTTTAACCATATAATTAAATTACAAAGGTATACATAATTAATCTAATAAAGGATCATGAGGAATGCCAAAAGCTGAAATTTTAGCAAGTCTGGTGTTTTAAATTCATTATAAACTATTTATTAACTAATGTAATGTCCTCCTCTAAGACCATATTGTAAGAGTCTTGTTAAAATGATGGATTCAACTTCTGCCTCGGATGAGAGGTTGGAAATGTAGCTGCTTTTCTTTAGAAAATATGTAGCTGTCATCATTTGGTACTGCCTAAAAAGAGTTAGACTCTATTGGCAATTGATAGAGTATTACCCACGGTGCTTATTATTGTTTATGAGCTTCCATTGTAATGATTCCTTTTTATTTGTAGCAGCATAATTATTTCCAAAGACCCCAGTATTTGCTGCTATTTTTAAAACTCCCCTGATGTACCTGAACAAGAGGATTTCCTCACATCATTTCCTTGTGTCTGGACATCAGGGGTAACAACTGTACTTACTTTACAGGAAGAAATTTTAAAACTGAAAACTACCTGGGATCATAGTGTTTCTGTGATTTTATTTAATTGTGTATAGTAATTATCCAGTGCCAGAAAAACCGTCACTTGCAAAATACTTTGCACTCAAAATGTTTTTACAATGCTTCTAAATGTTACTGGTTTCTGCTTTCTTTTGACTACTTGACTGACAAAATGATCTGACTACTCCATTTAAGAGCAAAGGTAACTCATGTTTAGGTAATTAACTGCTTGTTTTAAGTGATTATATTTCTTCCACTGTTTTTGAAAAATAATCAAAGATAGCATTCATTGAGAGACAGTGACAGATATAATTTACTACATATATTGATTTTTAAATAAAGTTGCCTTAAATAAGTGTATGTAAGCAGTAGTAGTTGCTATGTACTGATTTACCTCAAGGTGCAAAATAATTAAACCTGTACATATTCCATTTACAAAATAAATTCAGCCCTGCACTTTCTTTAGATGCCTTGATTTCCAGAATGGAGCTTAGTGCTACTGAATACCCTGGCCACAGAGCCACCTCAGGATATTCTTTTCTCCACCCTAGTTTATTTATTTATAGATATCTGTTTACAAAGTCTGTAGTAAATCCTGATGCTGACCATCTGAAATGTACTTTTTTTCTGAATGCTGTTTCAATCTAAAATAGCAGCTTTTGAGAAAACAATGATGTAAATTCCTTATGATAAAAGGATGATTCTATATATTCTTTAATGATATTAAATATGCCGAAGCCAAGCACACAGTCTTTCTAAAGTGTGTGTATGTTTGTGTGAATGTGAATGATACTGATCTTATATCTGTTAAAAGTTGTTTTAAAAAGCTGTGGCATCCCATTGTTCATATTTGCCAAGTCTTCTGTAAAGATGTCTAGGACGAAATATTTTATGTGCTAATGCATGTATTTGTAAACCAGATTTGTTTACCACTCAAAATTAACTTGTTTTCTTCATCCAAAAAAGTTTATTTCTTCCACGTACTTAAATTTTCTGTGTGGGTATAATATAGCTTTCTAATTTTTTTCTTTCACAAAGGCAGGTTCAAAATTCTGTTGAAAGAAAAATGCTTTCTGAAACTGAGGTATAACACCAGAGCTTGCTGTTTAAAGGATTATATGATGTACATCAGTTCTATAAATGTGCTCAGCAGTTTAACATGTGAATCCTGTTTTAAAGTGCTCAGATTTCAACTGTGTAAGCCATTGATATAACGCTGTAATTAAAAATGTTTATATGAAATAACTTAATGTTTTAAATTTATTTATGTAGATCACATCATTTTTATCGTATGCAGTGCAAATATGTGAAATGTCTTTTGGTTTATTCCAACAATTATTTATTTTAGAAAGTAAGTTTAAAGACTTTAAGGACATTCAAAGTTTAAAATAGTGTTCAAATTGCAAAATTTGGCAATCTTCATATAAATTGGTTTCTTTTCTAACTTTTCAAAAACTAACATTAAATGTCAATTATAGGAAAACATAGTTGGAAATGTAATCATCCAAAGATCATTTTTAAAATGAAATTTAATTAGCACATATTGAACATTTGACTTAATTGTTAAACCCCAGTTTTGTTTTGTTTTTTTAATCAGATTTTTGCACACTGATTAGTTTTTGTGTTGTGGCTTTTGTTGCTTTATTATTCAAGGTTTTTTTTTTTTTTCTTCCCCATGGGGGAGATTGTCTTCCAATGTTTAACTACGTTTAAATAAATAAAAATTGAATTTTATTGTTCATTTATATAAAATCTGATACCTTGATGTAATTTCACAATACAGTTCCAATTTTTATGGCTTTTATAATTACAATGATATTTTCTTCTATAATAAAATCCAAAGTAAACATTTAAATTGTAGAACTGATATTTTTCATTTATATGAAGTATAAGCCTCTACTGGGTCTATATTGTGAATCATCCTGCCTTTCAAATTTGTTTCATAATTGTTAGATGAAAACTATTTTTTTGGAGATGTTACTGAAGTTGATTGAGCAATAAAAGTCTACTTAATTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000033867:ENST00000295736:24
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.163 A=NA C2=0.273
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
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Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains