DreINT0154681 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000004017 | spag1a
Description
sperm associated antigen 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-9443]
Coordinates
chr19:12076703-12084128:+
Coord C1 exon
chr19:12076703-12076857
Coord A exon
chr19:12076858-12083986
Coord C2 exon
chr19:12083987-12084128
Length
7129 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGACT
5' ss Score
6.64
3' ss Seq
TGTATCTACTTTCTCCACAGCCA
3' ss Score
9.54
Exon sequences
Seq C1 exon
AATCACTAAAATGCTGATTGAGCAGGACGGTCCTGACTGGCGAGAGAAGCTTCCAGAGATTCCAGCGGTTCCTCTTTCTGCTCAGCAGCACCGCAAAGAAGAGCCCAGCGCAGAGCTCCTGCAGGCCCGAGCAGAAAGAGCAGAACAGGAGAAAG
Seq A exon
GTGACTGTAAACACATACACACTGTGAGGTTATTCTGCATAACACCATAGCTATGCAGAAGTCTGCAATCTGGCTGGTTCATTGTGTTTAAACTGGTTTTGAGGAAGCAAAGGTTGTGAATGCCCTTATGTGGTGAGCGTTTGGGTGTGTTTCATGCAAACAACTACCCTTAAGCATGTTGTGTTTCATTTAAATGCAACATTAGAATAAGACTGAGGGTCACTTAATTTGCATAAAGCACAAGTTGGAAGTTTTTCTTGAGGCACTTTGCATGTAAATATGAAAAATCCATGCAATAATTAGCATATCAATTCAGCAACATTATGCTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTATTTATTTTTTTTTTTTACATTTACTTTATTCATTTAGGAGACAATAGAAAGAGATCGGTTAGTTCAGCATTTTTTAACATTTTATTCTTTTAAATAAATAGAGGACAAACAAACAGGGAGTTGTTGATGTTGATGAAACAGATGAGTTGTCAGTTATTTCTTAATACTCATCTGCTTGCATAAAGTTTGGCAACCATCAAGCAGTTTCAAACCTTTATGGGTTTCTTTATTCTGTTGAACACTGAAGAAGTAACTTGTAACCGTTAACATTCGTAGTAGAAAAAAACTTATTCTATTTATTTTAATGGTTACAGATTTACAGCTTTCTTCCAAATATCTTCTTCTGTGTTCAATAAAAGAAATAAAGTCAAACAGGTTTGAAACAAGTGAAGGATGAGTAAAAGATGACAGAATTTTGATTTTGAGGTGAACCCTCCCCTTAAAGGTGAAAATCCTTGAATGTGATTTTGTGCTCCTTTGGGATCCCAGCAGGCACATAATTTCAGATTGAGTTTGAAAATGAAAATGGGGTTGACGTCAGAACCCAACGTCAGATCGACATCAGTGTCCAAAGCTGGACAGACGTAGCATTTTGGTTATGTTCCAATGCAACCTAAAAGCAACAAAACATCAACGACTAATGATGTTCCAGCTTGACGTTGTGTGGATGTTACCAATATGACGTCTATCAGACGTTGGATTTTGGTTGTCACACCTGACGAATAAATGTCAGTATTTGACGTCAATATGACGTTTATTTAAGATGTTGGCTCGACGTTGGATTTTGGTCACTTTCCAACACAACCTAAAATTAACAAAATATCAACGTCATTTCATGTCATTATTGGATGTCAAAATACCATTGTTCTTAGACACTGGCGACCTACATCTAACCTAATATTAAATTTCTTATGATGTTGTGTGTCTGCTGGGATGGTACCACAAAGTGAAAATTGTTAGCAGCAGGCAAAGTCCTGCCGTGCACACAAGTCTAAAAAAGTGGATTCAGGTAAAGAGGTGAAGAGCCAGGGGCCATTTTGTAAGATAACGGTTGCTTTGTAGCAGTTGCTGTTGGGTTTGTCAGCATGAGGCTCTTAAGGTCTTTCAGATTTTGGTCTTTTCAAATCTGTGTAAAATGTAAAAAAATCCCAAATTCAGTTTTAATAGCAAAACTACTGAGGCAGTCATTTTGGTATTTTTTTTATGTAAATTAATAACTGGATTAAAATAAAACCCATACCTATAATACCCTGACTTTTCCTAAATGTGATTATATTTTATTCTAACCCTACAATTTTATTAAATAGTATTATTTTTATTTTATTAATTTATTTTATTATAAAATATTACAATTAAATTTTATACAGCATATTTCAGCATAAGCTACATTTATTCCTTTGAATATGCATGCCTCTGTTGCCTAACAACGTTCTGCTTCTTATAGCAATAAACATAACTTAGTAAAGAACATAACCCCAACTTTAAGAAAAAAAAAAACTTTGTTCTTCCTGTCTGCTGGAAAAAGGGAGGTATGCACCTTTGAGGGCAGCCAAGTTACTCATTACAAAAATTATTGTGCTTTTAGGGTAATAATTTAATAAAATATGACGACAGACCATCAAAGCTTAATTATAAAATCTCAATAAAAGCTTTGAATGTAAATTTGATGTGTCAATACGGCACAATCTTGTTTTTGGCCACACTTCAGACACTTTGTTTCTGTTTCAATAAAAAAAAAAAAAACATTTTCTCAAAAATAAATTTTCCTTCTGCACTGAGCCATAAATCTTCCCTTCAACGGTAATTACATAGATCTACTTTACAGCAGTGGTGTAAAGTAACCAATTACAAATACTCCAATTACTGTAATTAAGTGGTTTTTTTCAGGAATTGTAATTTTCCTAAGTAGCTTCACAAATGTGTACTTTTATTCCACTATTATGCTTCAAACTGCAGTCGCTACTTTATTTCTTATTGAGTAGAAAAATCAGTCCTGTGATTTCTGTCCAATCCAATTGCAAATAGAAAAAAACATCAAACTGAACTACCTCAAGAGACGTTTACATTATTGACTGTTTAGACCATGTCATTAATAAGATGAGGGACGTTGACTGTATGATGACTGAAATCAGCAAATGGCCTTCAACAATAACTAAATGCACTACAGAATGTTACACTTTCACACAAACGCACAAATTGCATGCAAAACCATCAACCTTTTTACTAGGTCAAAATAATCGATTAACCGTTAACCGAAAGGGTGCGTTTGTGACCGATTAATGCTATCAGTTAAACAATTAAAATTATTATTTTATATATTTTTAGTTTGGCTGCATAAGGGGCAGATTGAATGCGCCTTTGCGTTAAGAAGGGCATCTTTTACACGCAGCTCATCCCAGAGCAGCAGTTTGTGTTGTCAAGACAACTACAGAGAACTTTTAAAGAGCATGGTTTCCGCTACATTCATTCTTCCATGGCGAGGACCAAAATGCATCCTTCCACAGCTACATTACCCATTTAAAACATTCAGTTATTGTTGTTGTTGTTTTTAATAGCGGGTTATAATCGCATCAAATCGTATTAAAAGGTAAGTGAATTATAACAGCGCAAACTTTTCTGTAATCGTGTAGTGCTGTGCGCTGTCTGTTTAATCCTTTGGGGTTACGTGGTGACTGACTGACAGACTGACAGGTGCGCGATGCGTGAGGCCAGCAAACACGCAGAAGCTTTCAGTTAAGATGAACACAGTTTCTATAGTTATACTTTATTCATAGATACTCTATCTTGCTGGAGTTTATAGCCGTTTCGCTTTACTTCAGGACGCATTATTGCTGCTCTGAAGGTCTAATCGCTGTTTTAAGTTATCCAGAGCTGAATGAATGTACAAATCTTGAATATCACAATATTATTAAATATTAGAATTTTATCAACATATACAGCAACACTTTTGCACAATCGATACCCAGCTGATTCAGTCGTTTCATTAGAGGACCGCGCCTCTTCTCTTCTTTTTTCCTTGTCAACATATAAAGGCAGGTGCGCCTCGCGTTTTTGGAATGAAAAAAGCACGTTAGCTGTGGTTGGCCACTTGTTCAACTGCAAGACATAGCCTACTTAACTTGCGGGACGATAACGTATGCTATAACCTGTGCCTACAGACACATTTGCCAAAGAAGCAAAATGGAAGAAGAATATTGCTGTTTAACAGACGTGTTGATGCCAAAAAAAGCGCTGATGTTGACCTGGATCTGCATCATAAACGCAACAAATAGGCTTTACCTTTTATTTTACAGCGTATAAAGCATGTATGCACATTAATGCAATATCATATTTAAACAACAAAACTGTTTACAAAAAGTCAACATAGGCTATGCGCGTGTTGTTGTCTTTTCATCACGCAGCGCGCGCACTTGAGCCGCGATGGAGAGAAAGGAAACCATAGCAAGACATAATCTTTAAAATAATGATTTCTATTAAAAATGTAAAAGGTTTTGTGATTATAATAATACAAGCAGGGCATTAAATAAATGCCAATTTATTTGAGGGCGATTTGAGGAAGTCTGCTATTTTATTTGACGGAAGACAAAAAGATGATTGGAAAAAAACAACCTATGCCGGTTATTAAAAATAATCAGTCAGTGTTTTCGATTTGTAATATAAATTAATTATTTAAGTGGAAAATAATTTAAATAGAGCAGTCCTATTTATTTTATTCATTTTATTTAGTTTATTCTGTTCTTCTTTGCTAAACACTGCAGGTGCGTGAAGATGCTCTGTTGTTCTGTTCTGTTATTAATATGCTAGCATATAAAAATAAATCAGTATTTTATGCAATATTTAATGTGTCTAATATGTGTCAGACACAAAATAGACACCTCAATTTGTTTAATATAAAATTAATAGTAATCTGACCAGTTAACCGTTAATAACCGATTAATGAGCGTCGGTTGTCGGTTAGCAAAATTAACCGAAATGAGCATCCCTACCTTTTACAGTGTAATACTACTCTTGAGTACTTTTAAAAGGGCTACTTTTTACTTTATTTTACACTTCTATACTTTTTTTAAGTGATAGTTTCAACATATACCTTTACACTACTTGCACTACATGGTACTTTAACTGAGTATGAATTTTCATTACTCTTTCCACCACTGTTTCAGTTTCATTCATATCTATTTTCTGAAAAAAAAAATAGATAAAAATAAAAATGTCCAAAATCCAAATCCTCTCCGAAAAAACCATTTCCAATATTCAACCAGTTTTTTAAACAGCTTCTTTCATAGTTCAGATTTTTTTTCTGCAAATGTATGCAAATTTAAAAAAAAAAAAGATTTTTTTTTAAATTAATTGATGCATCATTTGCATATTTAAATATAACATTTTGTGAAACTTTAAATACAAAATTGCAATTATTAATGTAATGAATCAGCTGGGCTGTGTGGTGATAATTACTAGTAATATCATTTTTATCTTATTTGCTTTAATCTGTCACAAACTAGCTTAACCAGCAAGACTTCCTTGGTCAATCAGTTTCTGCCTGCTGACCATTATTATTACTGGTGAAAAGCATACCTATGCTGACCAGCACAAACTAGTCTGGA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Seq C2 exon
CCAGAAAAGCAGAGGCTCGATTCACAATACTGAAACAAGAAGGAAATGAGCTGGTGAAGAACAGCCAGTTTCAAGGTGCCTCGGAAAAATACAGCGAGTGTCTGGCCATCAAACCCAACGAATGTGCCATTTACACCAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000004017:ENSDART00000130537:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.419 A=NA C2=0.052
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134141=TPR_11=PU(62.9=91.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]