DreINT0157732 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000021455 | strbp
Description
spermatid perinuclear RNA binding protein [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030729-18]
Coordinates
chr10:9940855-9957491:-
Coord C1 exon
chr10:9957356-9957491
Coord A exon
chr10:9941100-9957355
Coord C2 exon
chr10:9940855-9941099
Length
16256 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAAA
5' ss Score
4.79
3' ss Seq
GTAATTTTTTTTCCTTTCAGAGG
3' ss Score
9.52
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTGGTGCAGTAGGGCGCAGCGGGGGGGCAGAGAGGCGAGCGCATGAGGAGAGGGTGTCCCGAGACCCCCGTCTCCACCGCGCGCACACACACCTTCACAGACACACCGCGACTAGCAACCCTCCAGCCGCCATG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AGGTCTATTCGGTCATTCGGCAATGATGACCGTCACGTCATGGCCAAACACTCCACCATCTACCCTTCCTCTGAGGACCTGGAGGCAGTGCAGAGCCTCGTCTCCACGGTCGAGTGCGCCCTCAAACATGTGTCTGATTGGATGGATCAATCTCAAGCCAGCCAATCGAATCCAACAAATGCATCAAGCACACAGGAGGAGGAGACAGAGCCCACCGTGGACGAATCGCCAGAAGGCAGCACAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000021455:ENSDART00000129151:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.631 A=NA C2=0.701
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]