DreINT0160561 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000003520 | tbc1d14
Description
TBC1 domain family, member 14 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-6136]
Coordinates
chr7:39424907-39427578:+
Coord C1 exon
chr7:39424907-39424978
Coord A exon
chr7:39424979-39427449
Coord C2 exon
chr7:39427450-39427578
Length
2471 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TATGTAAGT
5' ss Score
6.69
3' ss Seq
TCATCTGTTCTCTGGTGTAGGTG
3' ss Score
11.39
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGGGCCCATACCATGATGTATTGCACAGCATTCTGGGAGCTTACACTTGCTATCGTCCCGATGTGGGTTAT
Seq A exon
GTAAGTACTACTTTGTTTAAGTGATGATTATTTTAAACATGCTGTGCACCACAGTACTGTTTACAAGTAAAACCTCTCTGAGACTTAACATTAACCTCAGTTTACTTCGGTATTGACACGTATAAGAGATTTTGAGAGTGTAAAACTGACAGAGATGTTGTGTTGTACAACTGGTTTGCTGGGGTATGGCAAGCAGTAGTGTTTTAACTATTATGCACATAAGAAGCAGAGTGTTAGACCTAATTTTGCTGCAGATGCGAGAACATACTCCACATCCTGCTCACAAACCGCATTATCAGCGACTGGCCAAAGAGCTCTCGCACCTACTCCTCCACTCAGTGCTGGGGTAAAGGTCATTATCACACTGCAAAAATTACATGTTAAATTAAGATCTACTTTTTTCCATTATTCCATCTGAGGTCGTTTTAACACCTCTACGCTTATGATGCAACTATTTGATATATGTATTACCTATTAAAATGAAGTTGCATGAACTATCCTTGGTGAGAAAGAATATATGTATGTACTGTGCTATTACTTTTCATTGTTAGCATTTGAACAAAACTCTTCTAGTAAGAAGAAATAAATTATTTATTTTTTTGTTTAGTCACTTTAAGTTTTCCAATGCTAGTTTTATATATTAATGACAGCATTATGTGGTCAGCATATCTGCAAGATGAACAAGAAGAGAAGAACTTTTAACAGGTATTTAATTATTTTAGTTGGGTTAGGTGGTTTATGTTTTATTGTGAATTAATATCAGGGCTGCACAGTTAATCATTTTTAGCACGATGATCATTTTTGTGACCCACGATCAGTAAATAAATATCGTGATTTTACAGTATAAATAGCAGTTTCTTCAAAGGGCAGAGTTTAAGGATTGTACCATTTCACAAGAAAGACCTGACTGTGTCTAGATTTTATCAGTTTATTTTAGGAATGTGATGTTGATCAGGTGCAAGTCTTGTGCAAACAATTCTCTTTTTCAGTCCAAGCTTCCGGTAACACTACAAACCTCATTAACCACCTTAAAGGTCATCACATGTGGCTGTTGTCAGCGGGCTAATGAGCTTTGCATTTAACTATAGGCTACGCATTACTAACATTACTAAACCAGACCACATTTGTTTTCAAAATTAACCAAATATTTGCAGAGCCACTAAATCAAAAAGTTACGAATTGAGGTGAGATGGCGTTGGCGATTCAGCTGTTTTTTTCGGATGCTTTTATCAGTCATGTAGACGGAACAAACAGAAAGGAAGCACTCCCTGTCAGTTTTTACTTTTTAATCAAGTTGACAGGCTTGTGTTTTTAGCCAAAACGTCTTTAACATGGTTTAACATTGATTTTAATTCTTATTGTTTTCCATTTTAAATTCCATTGTAATAACACTTTTTTTGGCCCTGTTCATGCGGGGATTCAGGTTCTTTTTCATCATCTGATGCAACTTTTATCATTTACAAGAAAAAAAATCTAATTAAAAGTTTCAGATCTTTTGTTTGTTTTCAGATCATTTATTTTATTTGCTACAGCTAAGAAAAAAAACTTGTCAGAGAAGCCTCTCTATTTTAAACTTGTTTTGTACATGTTGTTTTTTTTATTTGTAGTTGTGAAGTTCAATAGGAATACACACGTGAAAAAAAGTTAGCCAGAGGAATGATTGTCATTATTAATCATGATGAACATTTTGAGCAAAATACACGTGATTATCATTTTTCAGAATAATATGTTGTTTAAAGGTGCTGTATGCAATTTTTTGACTTTTTTAAAACATAAAAATATCATAATATGTTTGCAATTATTTAAGAAATATGCCAAGTGAAGATTCTTGTTTATCTGAAAAACAATGCTAAAGTCAGTATTTCTGCTTTGAAAATGTCGGTTACGTGCTGGAATGGCTTTCTTTGTTTTGGTTTTTTTAACCCACCCAATACCAAATTAGCCAATTATATTTCAGCACCACAGGCTGCCTGGTTGGAAAACTGCTTATTTCATTTATTCATTCAGTCAGAAATTCACTCAAAGCATGTTGGGACAAAAACTCCTTTTAATATAAAAATATTTCTTCCAAAGCATGTCGTTGCCTTTATTTAAAACACAGTTTAGATCAGCGTTTAGTCTTGATAGTCAGGCTTGCTCCTGTTGGTCCTCCATCTGGCAATCTGCACTTGTGTGTGTTTTGATCCAGGTATGTAATATCTAGTTCAACCCCTGGGTGTCAAACTAACATACTGCACCTTTAATGTCATCCGGAATCATTATGTGGTTCTTTTTATTTTGGTACCAGTAATGTTTAGCACCTGCATCATAACAAAAGCAAAATGATCCTCAACCCTAGTAAAAACAATCCATCAGGCAGCAGTGATCTGACATTATTGGGGTAAAGCATGCTTTTAAAAGTATATGCTTGAGTTTTGTAAAGATCACTTTTCATGTTTGTCATTTTCTTTCTCATCTGTTCTCTGGTGTAG
Seq C2 exon
GTGCAGGGAATGTCCTTTATAGCAGCTGTGTTGATCCTCAACCTGGACACTGCTGATGCCTTCATTGCATTTGCTAATTTGTTGAACAAGCCTTGTCAAATGGCTTTCTATAGAGTGGACCACAGCCTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000003520:ENSDART00000133420:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0056613=RabGAP-TBC=FE(10.0=100)
A:
NA
C2:
PF0056613=RabGAP-TBC=FE(18.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]