DreINT0160564 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000003520 | tbc1d14
Description
TBC1 domain family, member 14 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-6136]
Coordinates
chr7:39427859-39431215:+
Coord C1 exon
chr7:39427859-39428117
Coord A exon
chr7:39428118-39430851
Coord C2 exon
chr7:39430852-39431215
Length
2734 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGCGC
5' ss Score
9.1
3' ss Seq
CTTCTCGCTCATATTTCTAGGTT
3' ss Score
8.9
Exon sequences
Seq C1 exon
GATCTTCACCTTGTACAGTAAATCTCTCCCTTTGGACATTGCGTGTCGTGTATGGGACGTGTTCTGTCGGGACGGTGAGGAGTTTCTTTTCCGCACTGCACTGGGTATATTGCGGCTTTATGAGGACATCCTCACACACATGGACTTCATCCACATTGCTCAGTTCCTCACGCGTCTACCGGACTACATCTCTGCTGAGGAGATCTTCTCTAGCATTACCACCATCAACATGAACAGCAAGAACAAGAAATGGCCACAG
Seq A exon
GTGCGCATCTTTATAAAACAATCACACATAAATGCATCACATACCTGTGTGTACCTGCTAAGTAAATGCAAGGGTGTATTTACACCTGCCTTTTTTATCAAACTCATGTTCGTTTTACTCTTGTGTGCATCTTTTAGGCAAGTTAAATTCAATCGCATGCTGGTGCATACAGAATACACAAACCAATACTAGCTGAAAAGTTGTCACTTTCAAGCTCTGGTATGGTTTATTTTCGTAAGGCTAAGGTGTGAATATGATCCGACCTCGATCTGACACATTTGCAGAAAGCCATGGCCTTTTGAGTTATCAGAGTCCAATTGTTTGAGTTGTGCACCCATGGCGTCTGCTGTTGCTAAACATACCGTAATTCTAGATCTGAAACATGTTTTATTTTTGGATAAAAGAAAAAGGGATTGCTGTGTTTGGCTGTTCTACATTTTTGATGTTACTAATCAACGGTTATTACTGAAATATGCGTAATGTACATTTCATGACCACGTTGCTCTATATTGTGCGTGTCTACCATTGAAACCAAAAACTTGAGCTACAGCAGTGGTAGTGTTATGGACAGGAATTTTTATCTAATATATGTCTGACTTTAGCACACAATTGGTTGTGTTTACATTTTTAACACACATTTTAGTTTACAATTTCTGGTTCGCTTGCTTAAAGGTCAGTGTGAAAGCAAACCACATCAATTTTTCCACACCAAAAACAATGAACAAACTGATTTGCAGGTGTGAATCCACCCTAAAATTCAGAAATATTTAGACCGTTTAATTCAGGGTGTCTGCAAGGTCTTAAAATAAATAATAGTTGATAAAATAATTATGAGAAAATTAAGGCCCTTAAAAGGTATTTGATTATAAAGTCTTAATTGTGTTTTTACGAGGTCTTAAATTTTGTTTAAGCAATATCCAAAGTGTTTTACTCCAAAAAAAGCAAAAATATATATATTTTCCTCCTAATATTAACAACGTCATGCTCGATCCACGTGATTAGTTTGGGCCAAGCTCCTCTGTCCGGGTGATGCCACGTAATTTGCGACAAACGCACAATAGAGCAAAACCATAGAGCAAAACAGATGCAAAATGCGAAAATGTAAGTTTGCGCACTCTTGGATGGAGAAAGATAAGTTTAAACAATGGCTGAAGCCTGTTGCCAAAAACAACCGCGTAATTTATTCTTTCAAGCTTTGTTTCTTCCAAGCTTATTTGAGTTCTGTTGCATGGTTGTGCTCCATTGATTTATTTAACTGCAGCTGTTTATTAACAGCGGTTTATTAAGTGAAAGGTTTGATAATGATTAGAACTTAAAGTGACAATGAGGTCTTAAAATATTCGGAAAAGGTCTTAAAAAGTATTGAAGTTATCTTTAGGGTCCTGCATATAACCTGAAATGTTTCTCTAATTTTGTTCATTTAAAGCATTTTTGCAGAAAGTCTGCAAAATTATTAAAATTATTATTTTTTTTTTACACCTTCATGCATATGCTAGAATTTAGCATGGTTTTGATGTAGTATTAAGTCTGTAACTTACTTAAACTCTCAGAAAAAGTTGCATGGCCATACAAATAATGTTCCTTAAGGAACAGATTGTACCTTTAGTAAAACGTGTACCTTATATGGTACAGAAAAGACCTCTTATAATATTGTTCTTTGCCTTTTATGGTACAGTTGAAGTGAAGGTACACAATTGTTCTCATAAAAAAGGTACATAAGGGTTGGACAACTTCTTTATTGCAATATCTATGAAAATAAATATTACTGGAAAGGCAAAGAAATTTTATGAATAATTTCCATATTAAAACATGAATCATCATGTAAAAGCATATGTTTAAAGAAACATAAACATTAATTATTAAGTTCTATAATACAAAACAACTGGTAAAAAAAAAATCAAAATCATGAATCAAAATTCATGTCTGCGAATGACAGATTTCATCTCTGTAGACATCAAAAACCATTGCGGGCGTGATGCCGAACTGCTCATTTGTGTATACCTGCAAATCTTTGACAATTTACCAAACTTTGTATGTAAAGTGCTCAGCATAATTAAGTACACATAATTTGGAAATGAATATTTATATCCATTACTCAGTGAATATAGGCATTAGGCAATGTATTTTTGGTGCATTTAAACAAAACACATTTATTAAATGGATATATTTATTAAAATAATATTTTATTCACCAAACATATTTAGAAATAGAAAGATAATACAGTTAAATTTAAGCAAAATATTGCAAAAAAATTACAACTTGCAAAAATTTAACTATTTTTAAAAAAATTTTCCCCCTATTTTTAAAAAAAATGTGCATTACATTTTTTTCTGTAACACAAATATTTGGCTGTACTAGTTTTTAGACCGTTATCATAAGTTATTTTGTTAGATAAGCTCCAGATTTGGCTTCAGTACTGACTAATCTAATGTATATGCACAAATATAATATTGTATAGTTTCCTGTTAAAAGTATAAAATTAAAAGATGAGGTGTACTTATATAAGCACTGTATATCACCTTGTGCTTACCATGCTGAGTTAATTTGATACAATATAATTAACGCAATTAACATTTTTCAGACTAATAATTTATGTTGGGGTTTTTTTCAACCACCAAAATCATAGTTTTTAATTGCTGATTATTGCAGATGGCCTGATCCTGCTGCCATACTTGGCTCCTGATTCTGTTTCTGATGATTCTTATGGGCCTTTTCTTCTCGCTCATATTTCTAG
Seq C2 exon
GTTCTTCAGGCTTTGCAGAAAGGACAAGATCGAGGCAGTCCACTACTGAAACGCTAAGGATGCTTCCTCATGTCCTTTCTTCCAGCACAGACTAAGAGACAAACTCATGTTGACAGTGAGCACTTCCTGCAGACCTCTGGACCACATCAGAGACCCATTGTACGTGTCCTCTTCCTTGCAGACTGAAAGCAACACATCCTGTGAATGTACACTCCAACTCTCAATTCAATGTGGCGATGTAAGTTTGTGAAGCTCTGAACTATTTCATGTCTCTGTCCTCCTCAACTTTTCTCTTCTGCTTCATCCTTTTGTCTTTTAAATGTGACATTTCCATCGAAGAGAAATAAAATAATGTATGTTTTGC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000003520:ENSDART00000133420:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0056613=RabGAP-TBC=PD(19.6=51.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]