DreINT0165367 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000053315 | tmprss3a
Description
transmembrane protease, serine 3a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-70]
Coordinates
chr9:19739498-19744521:-
Coord C1 exon
chr9:19744369-19744521
Coord A exon
chr9:19739614-19744368
Coord C2 exon
chr9:19739498-19739613
Length
4755 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTCAGC
5' ss Score
5.66
3' ss Seq
TTTGCCTTTTTTCCACACAGAGA
3' ss Score
9.69
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTGATAGCGGTGGTCCTCTGGCATGTGAGGATTCCTCCATCTGGAAATTGGTGGGGGCCACAAGCTGGGGTCAAGGTTGTGCAGAAAAGAACAAACCCGGGGTTTACACACGCATCACACAGTCCCTCACCTGGATACATCTGCAGATGGAG
Seq A exon
GTCAGCAGAATGATCATGGGTATTTGTAAACTGACAATGACTAGAATGTGTCCAGGGGTGTTTTACTGGAGTACAGTTGACTTGGCATTTGCTCAACCCTGAACTTTATGTCTGACACCGGCGCATACACATTGTAAAAGCCGTGCCAGTCACGAAAGCTTGACAGGCGTAGCAACAGTAACTAAGGAGGACGGGGCTTAGCGAAGAGTCAATTCTGATGCAATACCTTTAACCCTGGCTTAGCCTACGCAATCCATGTCAGTCTCCTATTTCACCACATCCCCATTGTGCTCTTTTGAATTAAAATCCTAAAACTAGAGTTTTTTTGAGTTTAGTAAACTCGGTGTTGTGTTCAAGAAAGTAGTTTGTGGTGAACTGGGCTTTGTGATGTTATAATTATAGCGCTTCATGAGAACTTCATCAAATGTTTAGACGTGACGTCACTGTCTGAGAACCTCCTCATCGTCAGAACCGAAAAATCTCTTGATTTTATCTAATAGTTTCAAAGACAGACTCATAAAGACCACTTTGAGGAATGTAAACAATAACAATGATCCCAATGTATTGCCTGTTTTACATTATTAATTTCTATACCTTGCAAGAATCCAAAACGTATTATAAATAATCCAAAATATTGATAAATAATCATGTTAGGATAGCATTAATTTATGATGGAATTGCCTCTTTATAAAGTTTTGTGCATCACACAGTTCCTCACCTGGACACATCTGCAGATGGAGGTCAGCAGAATGATCATGGGTATTTATAAACTTACAATGACTAGTTGAATTTTATGTTAATTAACACTAAACCTGTTTACTTGAGCTATGTTGGTTCCAAAACAACTCATGGGAATAAGTTCAGTCAACTGTTAACCATTCAATACATTAGTTCACTATAGTAACTATGAACACAAAAGACATTCTCAACTGAACACAGAAACCACAACCATGGAAACAGGCACTAAAATGCAACATGCCAGACATTTACTTTCTAACATCAGTGTTGCCAGGTTTTGGGGACAAAACTAGCCAAATGGTCTGTCAAAACCAGCCCAAACCTACCTTAATGACCAATCAAATCTAATCAAATAATATTAAAACTCAAAATATACCACCAACCTTTCGTATATACAGATTTTTTTTTTTTAAATACACATTTTACATCAATGTATGTATTAAATAAAAATCTTACCTAATCGACAGATGTCTCTCCGTCTGGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTTTGCCAGAAGTAAACCATAAACTTGTGAAATTTATTTTAAATAAGTTATTAAAAAAATAAACATTTAGGATATGAATTAAATAGTATGAACTTTTTTTGTATATCACATATGCTTTTGCTGTTATTATTTAGCAACAATCTTGCTCTTACTCACTATTCTAGCAGATTATTTATTAATGGTAAAATACAAATTTTGTACAGTAAAATAGTTTAATGCAACCATATAAATATAAATAATAACATTTCAAACCTTTAACCCATAGATTATAAAAAGAAATCAGCTGCAAGTGGTTAAATGTTGGCCTTTACCAGCCTTGAGTTACATTCCTAACGCCTCCTGTCGGTAGTTGCACAGTCTTTTATCTTGACCTCAAATCTTCTATCTTTATGTCTATTTTTTATGCTAATCATCCATTAAATGAAGTAATTGGAATAATAAGTCAGGATAATGTACAGGTTTATATATTTTGGCATAACTGGTCTGTTTTGCTTCCACATTAGTTTTAGTGAAATATATTTCTATAATAAAAGTGCAGAACGGATCTATATTGAAAGGATTTTGTTATAAAAAAGGAAGAAAAAATTATAATCCACCATGTGTTTTGTTGAGAACTTATAAAATATGTTAAGAAATATTATAAGAAACACACAGACATCTACACCTCACTAATCTGGGAACAGGTAAGAGAATAGTTGCTATGGAATCTTACATACCATATTACCTGTGTAAGCGAAAGATGAGGTTATCCGATTGCATAGTCTATCCGTGAACTTATCCGGGTGAGCCACATAAGCAGACTGCACATGAACTGCTTTCTGGAAATCCCCCTTGGAGTGAATGGGATAGTCCACCCAAAAAATCTAAATTTAGGTTTACTCATTGAGTTGTTCCAAACCGGTTTTAGTTTCGTCTGTTGAACACAATAGAAGATATTATTGAGAAGGCCAAAAACCCATAACCATAGGAAAACACACACTCTGGAAGTCATGGTTTCTACCTTTCTTTACAATATCTTCTTTTGCGTTCAACGGAAGTTTGTAAAAAGTGAAGAGCGATTAAATGACAGCGGAATTGACTCTTCGCTAAGCAACACCCAAAAACCGCCACCCACCAATCGTGGCTTAGCAACCATTGCTACGCGCAGGGGCTCTGTCAAGCTTGCGAGGGAAACAGGCCAAAGTGTTGTGCTTATGAATTGTGCACAACTGATACCCGGTATCCTAAAGTTTGGACGGGATGATTTATTTTTTTCCCTTTTCAAAACCAAAAACACAAGAGGAGAAATGCCAGCGTGGATCAAACTGTGTGAGGGATGCTTAAGGAGTGGAGTTAAGTTGGTTTTGTTTTGATATTCCTGACACATTCAGTGATAGACCGACGGCAATAACTCACACCTCTTAACCTAAACAGATCTAAACTGTGTTTCCTACAAAAATACAAAGCAGGTTACGTTTCACAGCTGTCTTTTTCTTTTTGGCCGCTCGATATTATGAGCACTGCTCCGTTTAAGCCCTCGCCATAGTAACGTTAGTCATGCTAATAGTGAATAGGCCATAATGACATGAGTTATTGATCCGGCAAATATGAATCTGCAAATCTGTTGCTAACTTTACTGAACTTCATATTTCCATCTATTTTAAGCTACGAATATTTGAAATCACAAATCAACAGAACAAAAGAGAAGTGATCACAAACTGAGCACTTGCGATCAACATACTTTACCAGCAGCTGTTTTTCAGTCATTTATAAAGAGCACACAAACATACTAAGTTATAGATAACTTACTGTACATTGTTATGGGTCAATGATGCTAATATTCGACACAAATCCATCAATTTCTCTATTCTGGCTGCTCTTTCTATGAATTATTTAAAAGCACTCTCTATGCGTGTTTCCTCGTCAATTAGTAATGCTAGGTTTCATTGCAAAACAATTAATCTATCAGGCTTTTTGGCTAAAAATACTGAAATCATGGTTTAATTAGTTATTATTAGATTATTTTTTTAATTTCACCTCTCCTGCTGTGCATAAAGCTAAACTGTTGAATGATCAGCATATGAGGCTGCTAGGCTTAGCTAGCTTCAATTTTGATTGAATTATTCTTGAACCGGTTGTCTATTATGTAGTGAATATACCCCTGTAAAGTATACTGCAGTCCTTTTTTGTCTGGCTTTCTCAGGTATCTTACCTGTTCCCCAAAAATGACCTTATATCCCTGTCAATGTCTGACACCGGCGCATACACATTGTAAAAGCCGTGCCAGTCACGAAAGCTTGACAGGCGTAGCAACAGTAACTAAGGAGGACTGGGCTTTGCGAAGGGTCAATTCTGATGCAATACCTTTAACCCTGGCTTAGCCTACGCAATCCATGTCAGTCTCCTATTTCACCACATCCCCATTGTGCTCTTTTGAATTGAAATCCTAAAACTAGAGTTTTTTTGAGTTTAGTAAACTCGATGTTGTGTTCAAGAAAGTAGTTTGTGGTGAACTGGGCTTTGTGATGTTATAATTATAGCGCTTCATGAGAACTTCATCAAATGTTTAGACGTGACGTCACTGTCTGAGAACCTCCTCATCGTCAGAACCGAAAAATCTCTTGATTTTATCTAATAGTTTTAAAAACAGACTCATAAAGACCACTTTGAGGAATGTAAACAATAACAATGATCCCAATGTATTGCCTTTTTTCACATCATTAATTTCTATACCTTCCGAGAATCCAAAAAGAGCCAAATATTGATAAATAATCACGTTTTAATAGCATTAAGTTATAATGGAATTGCCTCTTGATACGGTTTTGAAATAGTTTGATAAGTCGTAAATGTTCATGGGCCAATGACATGACCACATAAAAATGCTCTAAATTAATATACACCTAACGTGTCTTAAATAGTATAGTTACAACAAACATACAGTAGGCTTATACACAGTATAACAGTTCAAAACAGTTCAAATATTTTTAAACCTTAAGTGATTGCTAGATTTTAAATTTATTTTCTCCATCCTCAAAATACTGTTTAAAATCATTAATCAAAATGATGTATTTTCTATTGTAAATGTAACGGAGGCCAGCTAGTAAGTACTGTGCAGGTAAACCTCACTCCTCTGACCTCTGTACGTGCTCTAGTGAAAGTTATTAAAGGTTATGGTCTTTAGTCTCCTTGTTAGAGCAACCGACTCTCATGCGAAAGGAAGCCGGTTCACTCCCTGCTCGGAGCGGGTTGGGTGGTGTAAAATCGGCGGGGTTACATAAACACATTCTCGGGCATTTGTGCCCAACTGTACCTACTATAACACTATTTAATTTCATGTGTAAGTTTTCTTTATTTTAAAGAAATTTAAAAGCATTACTTTTGCAAAGGGGGAAATGAATGTTGCAACGTAATGGAAAAATATACAGCACACTGCTGTTGACATTGTGCCTTCGCGAGTAGTCTAATTATGATGAACTGCTGCCCTCTTGCGGTTACAAACGTGCACTGACATCCTTTTGCCTTTTTTCCACACAG
Seq C2 exon
AGAGAAGAAATTCTCCATCCGCTAACAGTCAGCTCTAATTACTGAGTTTAATCGTGGGAAATCAGACTTCTGCCTTCAACCAACTTGTGCATTCATATCTGGAAAGGTTTTATTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000053315:ENSDART00000157653:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.020 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008921=Trypsin=PD(19.8=88.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]