RnoINT0153387 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000001165 | Tmprss3
Description
transmembrane serine protease 3 [Source:RGD Symbol;Acc:1310135]
Coordinates
chr20:9910522-9915432:-
Coord C1 exon
chr20:9915280-9915432
Coord A exon
chr20:9911814-9915279
Coord C2 exon
chr20:9910522-9911813
Length
3466 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGGGT
5' ss Score
7.07
3' ss Seq
AAACCTGTTTTCACTTCTAGAGA
3' ss Score
8.59
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAGACAGCGGGGGACCCCTGGTGTGCCAGGAGAGGAGACTGTGGAAGTTAGTGGGTGCGACAAGCTTTGGAATTGGCTGTGCTGAGGTGAACAAGCCTGGAGTCTACACACGAATCACCTCCTTCCTGGACTGGATTCACGAACAGTTGGAG
Seq A exon
GTGGGTGGAGTGGCCCGGTTGGAGGTGGATGTGACTCTCTACCAGCTCACGTGTTCCCTGCACCCAGTGTGACCACAGCTCTGCCAGGGGGAGCCAGGAGGAGGTGGAAAAGATATTGACTCTGCAGTGATTTGGAGGTTCTGGGTATCGGCCCCAGAACACAGCTAATCCCACAGGTGTGATCCAGGCATACAGGGGAGGGGCTGGAGGAAGGGCCCTGCTTGACTCAACAGGGACAAAGGTGACCAGTGGATGAGCTGGGAAGTTGATCCCTTGCTGAGAACCAGGACTGCTTTGCTTCAGGGAGGGGAAGCAGGACAGGCCTATAGAGGCTCCTGGTCAGAGAGAGGAACCCTGAGCCACCAGAGAACTGAGAGTCACCGGGCAACAGGCAAAGAGATGTTCTGATAGACACAGGCCTTGCAATGAGAGTCAGATGCCACAACCCCTGTCTCTCCTGAGAGGGGAAGGGCAGTAGGGAAGCAAGGCCCAGCCACACACCAGGCACCAGGCAAACATTTACTGACTTTATCTCAGACGGGTTTTACATCATCCCCTAGTTCAGTTTCAAAGATATTTTCTCCTGACATGATAGGAGTGAAATTTATGTAACGTGGACAAACATTTAAAAGACAACAATCCCATGGCCTTTGATGCACTTACACGTGCAGTCACGCCCTCTGCTCAGTTCTAAAAGTCTCCTAACATCCCAAGGGAAACCCTATCCCATCCTGCCCTCCGGTCTTCAGAGACCACTGTGGGGGTCCAAAACCTTTATAAGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGCGCGTGCATGTGTTTATGTATGTGTGTGTATGTTTCTGTATCTGTGCATATGTGGGAGCAGTGTGTCTATATGTGCACGTCTGTGTGTATGTGGTATGTGTGTGTGCATGTGTGCATATGTGTGTGCATGTGTGTTTATGTGTATGTTATGTGTGCATGTATGTGTGTGTTTATGTGTCTGCGTGCATGTGTTCATGTATGTGTATATGTGTGTTATGTGTGCATGCATGTATGTGCATGTGCATGTGTGTGTATATGTGTCTGTGTATATGTGGGAGCAGTGTGTCTGTATGTGCATGTCTGTGTGTATGTGTGTGCATGTGTGTTTATATATGTGTTATGTGTGCATGTATATGTATATATATGTCTGTGTGCATGTGTTTACATGTGTGTATATGTGTGTTATGTGTGCATGTATGCATGCGCGTGTGCATGTGTGTGTGTGCATGTGAGTACAGTGCCTTCAAAGGTTAGAAGGAGACGTAGGATTTGGAACTGGAGCTACTGTATTACTGGATTATTGTAAACTACCTGTGTGGGATCTGGGAATCAAACCCAGGTCCACTGCAGTATAGAGTGGCGTGTGCTCTTAAGCACTGGGCCGCCTCAAGGACCTTTTTAAAGGGTTCTTGTCATTTGAAGCGGTTGACTAAATAAGAAAAAAAAAAACCTTCAAGAACTCCCTTAGCCTTCTTCAGGGGTTAATTTCTGTTTCTTTCCTTTTTAAATGTTAGTTTTATTTTATGCATATGGGTGTTTTGCCTGCATATGTGTCTGTGCTCCGTGTGTGTGCTTGATGCCGGGGGAGGGGGGTTTAGAAGAGGGCATCAGCTCTCCTGAGACTGGAGTTACAGACAGTTGTGAGCTGCCATGTGGGTGCTGCAAATCAAATCTAGGTCCTCTACAGGAGCAGCCAGTGCTCTTAACCTCCGAGCCATCTCTTCAACCTGCAGAGGGGGAGGCTGCATGTGTCAGTGTGTCAAATGCCGTGGGGTTGATGTCTTTTAAAAAGCTCGTCCATGTTATATAAATTATTATTGCTAAGTATAGAAATTATACTATTTTTCCATCATTGGTTTAATGCAAGGTCTTCTTTTTTTTTTCTTCATTTTTAGTACTGAGGACTGAATGCAAGGCCTTGTGGGTACTCGGTGGGACTCTACCATTGAGCTACACCCAAGCTGTTTGCTTCTTCATCTAAATGAGGAAGGACACTGAATGTGACTCCTGTGTTGGGGTAGGGTAGGGATGAGGTGGTGGCAGGTGAGGCCAGGGCATGGTCAGATCTCAGCCACACTAGTCATAGCCGTGTCTTTCCACAGCTTTGCATACATCTTCGGTGCATGATGGAACCCGTGGGGCTGGCCTAGTGTAGGCCTGGCTGCCAGTCAGAGCCGGTAGAAAGCTCCCGGCTGGAACAGTCTGTTGGTACTATTATGCATTTAGTACCACAAGCTCCTCTTCAGATCGGGATTTAGCTAACTCTTGTCTTCCCCTTGTGCGAAGGGGCGTTTGAGCAGGTGATGTCCTTACACAGAGGCCACTGAAAGCACCTGCACCTGGGAGGTGTGGCCATGTGCACCTGGGAGGTGTGGCAAGGGATGGAGGAATCTCAGAACGCAAGCTTGCCTTCCTGTGGTTATCTCGTGGGACAAAGGTCCCGCCTGACTGTTCTGGAACTCTAGACCACCACAAAGCCAAGAGACTGCTCCTTGGATGCCTCACGCTGTCCAAGAATATGAGGCAGTCAGGGACTCAGACTGGGCATCCATGACAGGAACAGGGTCCTAGCCAGTGTGCTCTCTATGTCGTACTTCAAGATGAGTTCTATGACATTCCTCATGATAGATAGGAACTCGGATACGTGAGGGTTCCCAAGCTGGTAAGGGCTCATGGGCACAGCCATACCCAGATCAGAACCTCAGCATGACTGGAGTCCCAGGACCCTCTTCCAGTCTCAGTTGGGGATCTGGGGTAAGGACCAGGTGACCTTAATGTTTTGAACATCATTTGAGAAAGGCTGGTGTATCAAGACTCACTGGCAAGCAGGAAAGGACCCAGCTGTTTTCTGAAGTGTCTTGTTGTCTGAGGGGCTTCACTATGGTGGCTGGCTGGGCTTTTGACAATCTCTCAGGGCATCTTAGTCATCAGCTGCCTCTGGCCACTGAGGACCTGCAGGAGATGTCACCTAAATCGCTTTCCAAGTAGCTCAAGGAAGATCCGGAAGCCCCCACCCCTCCACTCTGTAGGAAGATTGCCAGGTTTGACTTGTCCCATGGGAGGTCCTTCCAAAAGTCCTCTCCCTTTGTGGCATTGTCCCATGTCAGGCCCCATGCGTCCCCATGCCATCATTCTCATCCTACCAACCAAGTTTTCCTAGTCAGTTAGGGCATAAAACAAAAATTGTTCTGTCCCAACTAAGTCCCCAGGAGCATGCGGCTAAGACCTAGCACCCGCATGTAGCAGTCTGTGGGACAATCTTGGGCAGAGATGAAAAGTGCAAAGGGCTTTCTGAGTGGGTGCCATCCAGAGCTGGTGGACTCTTCCCTCAGAAACACAACCCTCCTTAGTAACCCCTGAGGACACCTGGTGGAAAATCTGTCACCATGTCCAAGACATGGTTTGCAAGGGAAAACCTGTTTTCACTTCTAG
Seq C2 exon
AGAGATCTGAAGACTTGAAGAAGAGGGAACAAGCCAGCACCTGAGCTCCTGAGGGGTGGACACAGCACGGGCCTTCCCTGGACTCCTGAGTGGACATGTTGGATGGGAGTACCAGCTCTTACCACCCTGCCCATGGCGTTGAAGCATATCCATCCACTGGGATGAGAACCCTTCCAACCCCGACACCCGGAGTTGCTTGCTGCTAAAGCCCCTGGCTTTGAGGCTGAAACAACCTTGGACTCATGTACACAAGCGGCACCTTTCCCGGTCACCCCCCACCCACCCTAGATTTTCTCCTTATAGTTGCTGCCAACACTGGCAAGCTCTCATGCACACCAATCGAACACCAGTTGGTGCAGGAACTGCTGGTGTGGATTGTTGAAGACGCAGTCACCTATTCGTTCTAGCCCCGGGCTCCAGATCTCAACCCAACTGCCTACTTCCAGGAGCTGGTTTTGGGAGTGAGGAACTTAGTCTTTGACTGATTCAGTCTGAGGTTTTTTGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGGCTCCGCTGTTTTCTCACAGGATTTGGTGCTTGACGAATTTCTCGCTTCTGAAAGGCGTCCCTTTGCTTAGCTTGGCCTGTCCTTGGGCTTGAGTGAATGCGTGGCCATGGGCCACGGACACTGAAATCACGGGCTCACCTCAAAAGCCGACCATGCTACACATGTCGGGAGTTTGCATTTTCCTGTTAAGGTTTCCCAGCATATCAGAAGTGTACCATATTGTATTGTGGGACTCATAAACAGAGTAAGGGACACAGGCCAGGTGAAGACAAGACTGGACACTAAAAGCAAGTTGAATAGAGGGGTTCTAAGTTACAGGGTCTGCCCCACTTGTCCTCCATGAACTCTGCTAATGGACCACAGCCGATGGTGTCCACAGCCCCTCTTACATGGCTTACAGTCCTGTGGTCCCTGTATTACCCAGTAACAGAGGAGGGTTTCGTGAGACACAGGCATTGGTCATTTAAGCTTGTCACAGATGAAGTCTTCAGAGTATGAATCAGTTGCTTTGTGGCTGCAATAGAAAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCATACGTGTGTATGTGGTGTGTAGTATGTGTAGTGTGGGTGGGGCCCATCACCAAGACAAACTGCCACATAGTCATTGAGCTTTGACCCAACCCTGTCCAAATTAGAGCCCCCCTCTATGGATGTAATTTATCTATTAGTCACGGGAAGAAATGATAAACACAACTGGAAATAAAGCACAGAAGTTAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000001165:ENSRNOT00000001540:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008921=Trypsin=PD(19.8=88.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]