DreINT0166573 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000100559 | tor2a
Description
torsin family 2, member A [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050913-60]
Coordinates
chr5:64423484-64427198:-
Coord C1 exon
chr5:64427071-64427198
Coord A exon
chr5:64424531-64427070
Coord C2 exon
chr5:64423484-64424530
Length
2540 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
GGATGAACTTTGTTTCCTAGGTG
3' ss Score
6.83
Exon sequences
Seq C1 exon
TTCTGCAGGTGAGGAGATAGTGAACAGAATTGCATTAGAGAGTCGTCGGGCGGGTCGAGATCGAGAGGAAATTCAGCCTGATGAGCTGGAGGACAGTATTGCTGATGCTGTTTATAATAACAAGAACA
Seq A exon
GTAAGTGTCACATTTTCTTCATTTCAGTCCTGTTAATATTAAAACACGGGGTCTTAAATTATTAAAAGTTGATGAATCCATTTAGAGACTTTTAAAGGTTCAGGACACCCCGCAGAACATTTTTTATATTAACAGATTTGTGTGTGTTGAGCATCAGTTAAGACAATGTTAGCACCTGTCAGCTTTAATTGTGGGGAAAACTGTGTCCGCTAATTTCAGCTTCCGGGTTTAAAATGATTTTTGGGGCGGGATCAAAATTGGTGACGTAGCGCAGTGCTGCAAGTGCAATGATGACGCGTCGGTTTCTCATTATTATTCACAGCGGAGTTTTCTTATCCTATGAGAAGAGCCGGCTGCTTAATTATTCATGAGACCTGCCAGTGTCAAGCCCGAGCTGAGAGACACGGAAACCACGGCACAGTATTTAGCCGTTCATGAAGGCTCATATGCGTTTGTTTCCATGATCCACGGGGTTTGTTGCATGTTTTCCCCCGCGATCTTGTCAGGGCCGATCATACAGCAAAGCTGTGTGTGTGCTGCTAGCATTTTTTGTCGGGAGAGCAGCACGAAAATTAGAGAATGCGGACGCTGTCTTTTATCAGGAGTTCGTTCACATTCAGACACATCGCCATGCTGCTGTGTTTGCCTAAATCCTCCAGATTACCAGCAGGGCTAATGGTTAAAATAGACAGGTCAGGAGACCTGCTGCACTGAGTCTGCTGGATACTGGGATTGAAGGAGAAGTCCTCATTTATAGTGTTTACATGAACACACTTATCTTTATAATGATATAAATTGTGGTTATCTGTATATGAAATTACGAATAACAAATGTAGCAGGGCATTAAATCACTGTTCATTTCTTTGCATTTTAACTTTGTGAACTAAACTCATGCGTCTCCTCACGGTTTGTCTCATTTTGTGAGCTAACTGACAACAACAGTTGTTCGCTCACGTTCCTCCCTGCTGGCTACGGCCACTCCTGCCCTGTGCTCGCGGAGCTCCACGCCCATTAATCATGCATCTTTTGAAAAAATTCTGAAGTAGACTTAAACCGGAAGTGGGGGGTGTCATGGCCCTTTAAGGCCTCTAAAACAGTGGTTCTCAAACTTTTTTCATCAAGTACCACCTCAGAAAAAAATTGTCTCTCCAAGTGCCACCAAAATGAGCAGTATTGAAATACAGTAGCTTAGTAGGCCCAGTAAAGCAGCTACAACTCTGCACAGTTAAAAAAAAAACGTGGCAGATTACCTCAGAAATATAGTCTATATGTCATATATGGCATATTATATAAATAATTTTTATACATTTTGAAATATATGTAGCATGTATATGACATATTTAATTCCTCCGCGTACCACTAGAAGGAAGCCTGCGTACCACAGTTTGAGAACCACTGCTCTAAAAGGTATTAAAAGTCTTAAATGCTGTTTAGGTATTGCATTTTGTATCATTTTGATTATACAACGTACAGTTGTATGCTAAAGTTTGCCTCAATTTAGTCTGTGAGTATTGGGATATAAATATATAAAATCATGCTGGATTTTACAACATACTGTTTTGTTTACTGCAGTAACCTAGGCAACACCGTTATTCATGTCCGATGCGCTGTCCCATCTTATGGGGTGTGGAGGAAAAATTTTGTTGACATCGCATTACCTACAATTTTAAACAGAAAGAGAGCGAGGGAAAAACATTACCTGATGGATCGTTAGTATTATTTCCGGAAGATGACCATGTTTAGCTAAATTAATTCACACCTCCTCCTGAAGTGACTTACGATGTGCCTTCGCCATTTGCAATGCATTAAAACAGTGGTTCTCAACTGGTTTGGCCATGGGATCCACATTTTTACATGGTCATCAAGCCACGACCCACATTTTTAGGATTATTTACTCTCTTACTCTTCACTTGCTTTGTTGAACACAAAACAAGATATTTTGAAGAATGTACCAGTAGCTATTGATAATCACATTAGAGGTCAAAGTCAATGGCTTTCGGTTTCCATCATTCTTCAAAATGCCCTTTTTCATGTTCAAAAGCCTCTAGAAGTTTATGAACAGTTGGAGTAAATGATGATCGAATTCAAATTTGTGATCAACCCTTTTGTATTTAAAAAACTGTATTATCATTTTGCTATAAAGTACATTAATTTTTATTCTCTGTAGTGCAATAATGTTTTCGCAATATTTATTTTTTTATTTATAATAACAATAGTAATTGAATAATTGTTCTTGTTTTAATAGTCCTGTTGAATTGAACGTATTCAAATTTATAAGCAAAATAGTACTGAAAAGAATATTTTCTTGTGAAGTCAACTCCAAACGGTCACCCCAGCTGCTCACATTAGTATGGAATGATTTATTTATTCCAAGAACACTCTGTTTTATACATTATTAGAAAGCATATCACACAAAAATTGCATTGTCAGTTTTTCCAGTGTTGTGCGCAGCCATACTGTTAAAGTGGTCATCTAATCACTTGCTGCGTGTTGTCCCTCAGTGAAGGCAATCTAATCTGTGGATGAACTTTGTTTCCTAG
Seq C2 exon
GTGGGTTCTACCACTCCAGAATAATCACAGAAAAGCTTATCACTCGCTTTGTGCCTTTCCTTCCGCTGCTACGGCGCCACGTGGAGCGCTGTGCCCAGCGGGAGCTCTGCCAGCGGGGCGAGTGCCAGCGTAAAGACGTGGCATCAGCAGTAGGAGGCGCTATGAACTACACACCAAATGACAGCAAGTACTTTTCCAGCACTGGCTGCAAGTTAGTACCAGCTAAAGTAAACCTGTTCCTATGAGGCCTACAGGAAAACCTCTCTAGGATCTGAACACGAGGTGGGACAACGATAGAGCAAAGCTGAGTCAGCGTTAGATATGAGGAGACATGATGCTATTATTTGTGTGCTAATGAGTTCTGATGAAGAATCAATAATACATCCTGCTCTGGCTTGTTCAAATCGAGCAATAAGCCATTAGCTAATGGAAATGAATGAGTAAGTGTCAGTGTGTTTAACTACAATTTTACTGATTATTTATTTAATCATGGCATGGGATATTCGTTAGTGAAACTGAGTGCTGTGTTTGGTGCCGACCACAAGGTGGCAGCAGTGCCTACTTGAAACCATTTTTGTCCTATAATGTTGTTTTCTCCATATTTAAAAAGATCATATTAAATATGTAAATGATGTATAAATACTTTCTTTTAGTATTTAAACGGGTTTGCTTGTTAAACCAGGGAATATTAAATCAATACATATTAGTTCACTGCAAAAAAATATCCGTAAATTAGCAGTTTTCTGGTTAATGTTTTTATTTTTCCTCGTTTATTTATGCTTTTAAATTGCATTATAGGACTTTGATCTTCCTTCTGACAGCTTTTAACCTTAAAAGTTTGATAAAGTGATTTTTATTTTAAGTAGTTTAATGTGATGTATTGTCTGGGTTGGTGTTGTATTTTATGGTACAAAACCCTTGCCATGAACTTCCAGTACAACATCTGTTGTTTTACAGACTTATTTCTCTATAGATTATTTCTTATACATTATATTATCTCCAACTACCAAAATTTCAATTAATCTTTAGTGCTAGTCAATGTAGAGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000100559:ENSDART00000165556:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.159 A=NA C2=0.012
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]