DreINT0170396 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000059722 | ubac1
Description
UBA domain containing 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-9372]
Coordinates
chr5:50590358-50597279:+
Coord C1 exon
chr5:50590358-50590496
Coord A exon
chr5:50590497-50593490
Coord C2 exon
chr5:50593491-50597279
Length
2994 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTGACT
5' ss Score
3.75
3' ss Seq
ATACTTTTGGGGCTTTTCAGCAT
3' ss Score
5.91
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCGAATGGCTGCTCGGTGACAGAAAGCCCAGTCCTGAGGATCTGGACAAAGGCATCGATACCAACAGTCCACTGTTTCAGGCTATCCTGGAGAACCCCGTTGTACAGCTTGGTCTCACAAACCCCAAGACTCTTCTAG
Seq A exon
GTGACTTCTCTCTCTAAATACGTATGTTTTTTGTTTGTTTTGTTTTTTTTTATAAATGAAAAGAAGGTTTGCCAGTTTACATAGACACATTTGTGAACAGGAATTTTATAGTCAAATAATAGTTGCAGTTTTATCTGCTGTGTAGTTTTCTGCTGGATAAAGGTATTTTTGCTGGTATCATGGAGGTTTTTCAGTCTTTATTTGATTCTGTTCATTTGGCCACTTATCACAGCTAGTTTTTCAAATTTTGAAAAGTAACCTCAGACTTTTATGCTCCAACATCACGCTCGATTGTAAGATGACGTTATTTGGGTGTTGTTCTCTCTGTGGTTTGTGTTTAACATAGCACTTTGCTGTCAGGCCAAAGTGCTCAATTTTCACTTCATCAAACCACGGCAGTTACTTTCAAAGCCATTCAGCTGTTGTCACGCGGCTTCTCACAATCTCCAGTTATAGTCTGGACTGGCATGGAAGTGACTTTCTTTCTAGCCACTCTCATAAAAAGGGCTTAATCTTTGGAGTGCTAAAAATATTAGTGATGGCTGGTCAGTATGTCCCATTTTTTTCCAATCGCAGTTCTGACAGTGACATCTTAGTTTCATTTTTCTTAACTTTGTGTTTTTGTCTTGTTGCTCCTCTTGGTTATGCTGAGTTTAGACTAGAGGATTTTCGAAGTAGTCGTTTCACAGGTGTTTTCACACTGCATGACTCTTTGGGGCAGCATTTAGTTGCTGCTGTGTTTACACTACAAGATGGATCAGCGATGGGGTTTCACACTGCATGACTTTACAATAGGAAAAATCGGCGACAACTTTGTCTGAGTCTGCAAAAAATGTCTCACAACCAAACAAGCAAAAATTAACATGAAAACAATGCAGGGTATACCCAGATAACGTTTTGTTATTAACTACATAATGGGAAAGAAGACTTTAGTAAGCTAGAAACTAAACTGGGTTTTGGAGGGAATTAGAAATTTCTCCTTAACTTTTTTTCTTTGTCGAGCCGGTCGTGGTATTCCTAAGATGACATGTCTAACACACACAAGTGCTCCTGACAAATGTACACTAGTTTTTCCTTCATTTCTTGGGTCCAAAAAAGACTAAAATGAAGCACTTATAATTTCTCCCCCAACCTTCCGCTGGCCTGCAGATACCTATACTAGTGGATGCTGCTCTCTCATTGGCTGAAGATGTTTTTTTCAATCAGAACACATTCCACACAGCATGATTTTGAATCACAGACTGCTCCAGATATTTAGCATGCCAAATATCTCACGGGTGTCAGTGACTCATCAGCGATTCTCTCAGATCACGTCTTTGATAGTTCTCACTGTGTGATAGTTACTCGCATGAACGAACACAGAGTTGCCTTTGATTTTTAGGCATTTGTTGGCGATTTCTCAAAACCTGTCGGCGAGTCAAAATCTGGGCTAAAATTGTGCATTTTGAACTCTGCATTAGTAGACAACATAAAGGGACCCAAAAATGAAATTTTACACACTATTAAAACCTGATTGGTAACACTTTAGAATAATGATCCATTAGCAAATTTTTGTTCATCTATTTACTGATATTAACCAAGTTTGAATAATGTTGTAATAGACAAATAGAGGAGGAATGGATCATTTTTAAAATATCTTCCCATTGACCTTCCTCAATACCAACACAAGGTCATTTTTCTCAAGATTCTTTGAGAGAAACTATAGGATCTGCGTTTAGTGTACTTATTAAATTATAAATAGCCGAAATTAGATGTTTCTGGTGAGTACTGAAGGAATAGTCAAGATGGTGTTCAGGGAAACAATTTCTTAACAAAGTGTCTGACCTGAAAGAAACAAAACAAATGACTGTTGTGAAGACTGTATTTAAAAAAAAAAAAGATGTGAATACCCCCTCCTCACATAAATCATTTACCTCAACAAGTCCATTAGCTGCCCAAGTGCGAAAAGAGTAATTAAAACAAGATTGTGAGAAAAAGTGTATTGTTTAGTATGGGCATTTTAATAATGTTAGTGACTACTAAGTTAGAAGAAATTCTGCTAATAGTTGATGAAAGCTGGGAGCTGAATGATCTCTGAGTGAACCAAAAGGAGACAGTAAATCAGCACATATTTAAAATGTTCATCTGTATTCATAGGCGTTGACCTATATGTCTCCAAGGCTAATATTTAGCTTTTTTTTAAATCATCTGATTTTTTTTCCTCTTATGTTTAGCCAATGCATTGAAAGCAGGACTACTATTTTGAAAGCACGAAGAACACTAGATAGGGCTAGGAACACCAGAGCTTGACACAATTCTAACATTTTTGGTTCTATACACCAACAAAATGGATTTGAAATTAAATGAACTTGTATGCTTTAACTGCAGATTGAACTCTAATCCGGCCTTCCTGTTTTTCTTGATTGTTGACTCTGACACACATACACTTACCTCCTGGAGAGTGTTCTAGATCTGGCCAACTGTTAAGTAGAAAGTGTTTTCGGCACAGGGAAATAGTTCTTTGGTCTTCCACCATAGTTGTTTTTTCAAGAATGTTCCAAACAGTTGTTTTGGCCACGCCTGATGTTTTTGCTGTCTTATTGATGGGTTCGTTTAGTTTTTTCAGCCTAATTATGGCTTGCTTGAGAGTTGACAGTAACAGAATCTAGATACAAATAGTACATTTGAAATGAACTCTGGACCTTTTATCTACTCATTGTAATTGGGATAGAGAGAGAATAACACACATCTGGCCATAAAACAGCTGACTAGCCAATTATCCAATTACTGTTGGACCCTTAACAAGTGGGAGGCACATCTGCAAACTGTTGTAATTCTTACAGTGTTCATCTGATTTGGATGTAAATACACTCAATTTAAAGCTGACAGTCTGCAGTTAAAGCACATCTTAGTTTAGTTTCAAATCCATTGTGTTGGTGAATAGAGCTAAAAATGCTAGAATTGTGTCCCAATATTTATGGGCCTAACTGTATCTATACTTTTGGGGCTTTTCAG
Seq C2 exon
CATTTGAGGACATGCTGGAGAATCCGCTGAACAGCACACAGTGGATGAATGATCCTGAGACGGGTCCCGTCATGCTCCAAATCTCCAGAATCTTCCAGACACTAAACCGCACATAAGCACACCTCATCGCTGGAGCAGCCGGAACCACAGTGCAGGGGAAAATGTAAATCGTTTATAAGAGAACTGTGTGAGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGGCTTAATTATTGTTTTAAGTGGGAAGTCACAGATGATGAATGTAAAAATACTATGATGACATTTTCACATCATGATATACAGAGGAAAATATCTATTTATAACTTTACTCAAGACTTGTACAAAGCAGTAACATAAAGATAAATCGCTAACTACATTATTTAGTTTTTTATGTTTTAGGAAGATCTGTTTTTAATTATGTTAAGCACATGCTTTATTTTATATCATTTCCCTGTGTAACTGTACAATTAGTCATCTAAAAAGAAAAAAAGGAATTTTGTATGTTACTTGTGCGCAAAGATCAAATTATAACCAAATTATATGACAGCTCACACAGTACATTTGTCATAACTGAATGTTTCTACTGGGAGGTAAACATATATTCAGTTAGTTTTATTATTGGTTCAAAAACAATTATGTGATATAATAGATGTTCCTTACACCCACATGAACTGAACATATGTTGGGGGAAAGCGAGCACCAGCAGTTTTTCTGCAATTCATTTAAAGATGATTCAAACATGGTACAGATATGTGATGTGGAGCTGACGGAAGCCCCTTGCGTACGCTGATATATGATAGATAATGAAATCTAACCTGATCCCTTTGTTTCTTATATCTCTCATTCTATTCATCTATAAACAGACTATTCAGGTGGAATCTGTCCAAATAGACACGAGTCAGTTTTTGTTTTGTCCTTTTAGAACAAAAATGTTATATACGTAAATGAGTACTGGATCGTTACCTTACTTTACTAGCCCCTGCATCAGGGGTTTTCAAGTGATGTATTGCAGTACCTTTTTATTATCCACTATTATGATCAAGCTGCTGCCTCTATATTGCTGTACTTACAGCAGGCTGGGAAATCAAGAAACTTGTTTCTGCCATGGAAAACAATTGAAATTTACATTATATTATTTTATACAATTTATATTATTTCTATAAAACAGTTTATATTTTACAATTCAGACTTTTCCTCTGAGATTTGTGAATTAAATCTCACATTAGCATGTTATGAACTTATATTTGTGAACTGAAAGTTCTACTATATTATACTAAATGCCTAGAATTCTGAATTTAAGTTTGGTGTTGTGAATGAGTCAGGATTGTGAGAGCGTGCTATTTCAAAAATCACAATAAATAAATAAATAAAAATGAAAACTGCAATAGTGAGATATAAATGAAGAATTCTGACTTTCTTGCAATTGCAGGTTTAATTTGGAGGTTTCTTATTGTCAGCAGTGGGTATTGTTTCACTAATTAATCATTTGAAATTAAATAATGAAAAAATGACTTTTCCGGAAATTTCCGATTGGTTGTTGGTTTATAAACTTTTTTTTTATAGATTTTTGTTAGTACATGTCGTTCTTAGGATTTAAACTGACTGATGATACTAGGCTGCAGGACTTATTTAAAACAATACAAGTAAACAAATTTAAAATCAGGACATATTTAAGTATATAAATGAAGAAATCTGACTGACTTGTCTGTAATTGCAAGTGTGATTTGTATTTTTTTCAACAGTTGCTATCTTAAAAGCCTGCAGATGTACAATTGTAAGAAATATATACTAAAATCTTTATTGTTAGCAGTGTGTATTGTTGTACTAATTGATCATTAAAAATGAATTAATGAAAGAAAAAAAGAGCTTAATTTCCACAAATATCTGTTTGGTTGTTGGTTTATTTACATTTTTTTTCCCCCATAGATTTTTGTTAGTACGTGACTTTCTTGGGAATTAAACTGACTGAAGATGCCATAGGCTGTGGACCTACAGGACACATTTAAAACAATTAAAAAAAGGTTATTTAAAATCAGGACATATTGGAATTTATAAATGAAGAATTCTGACTTGCTTGCAATTGCAAATTTAATTTGTACTTTTTTTTTTGAAAAACAATTGCTAGTTTGTATTTTAAAAACCTAGAGATGTACAAATAGTGACAATTTGTCTCACAAGTTTCAAGTTTTTGTCTTTCAACTCTCAAATTTCTGAGAAAAAGTCTGATTTGTCACATATAAACTTAGATTTTACTGGTTTAAATCACAAGACAAAAATTGTGTTATTTAAAAAGTAACCCTAATTGCTTCCATTTTTTTATCCTGTGGCAGAAACCAGTTTCCACATTGAAGAATGGTTTGTGCTAACTAAAATAAAGAGTTTTCCTTAATGAATTTATTCTACTACACAAGCTTGTCTCCTAATATTTGTTGTGTTTACTGACAGGTATGCATTATGTCATCCAACTTTTAACCTTGCACTTATCAGTCGTCTGCATTCGTTATGTACAATAATTCAGATTCTATTCTCTTATTTTAAACTACACATTCATCTGGGAAAAAACCCCATCTGGGGTGAAATGCAAAAAACATCATTTACAGTGAAGATCTTTTTTAGGTGAGCATCTGTTTTAAATACAAGTACTTGGATTATTAAAAATAAATGTTTATTTACTTTTTTCGTCAAACTCTAGTTTGTATTTCAATTAATGATTTGGATTTTTTAATGTTTCACTAACACAAAAGCGCTCATACCAAACACTATTTTTTGATTCATAGATAATTGCGTGAATTAGAGAATGAAATATACTTTTTTCTTCTTCGTCGTCGTCTTTTTGGCCATGCGTGGAGTGTTTTCCATTCAATATTTGAATCGTGTTGGTGTGAAGTGTGTGCTCAGGGGTTTCTTAGCCATACCGGGCAAATATCTGCTATATAATGCCTACTTTATCAATACAAATACAGTAGCGTAGTGATCGCATTATCAGAAGACTCTATGAATATATCTGAAATCCTGCTCTTTAAATAAGAACGTGCTATCCTTGTGTGTTATTTATTTTGAGGCCAAATATAACCAATCATGAAAGCATCCCTAGAGAAATCATGCAATTTTAACACCATTGTAGAAGACCTCACCTAACGGTACACTGTTCACTTCATTGTCCGAGTGGCCTCAAATGTGCTTCAGGGTTATTTTGAACACATTTAGCATTTAAAATTCTCAGTTGTCTTGAAAAATATACATTTTCTTTGGTCTTAAGAGATGTGTAGTTTTAGTTTTCAAGGACTAGAAAGAACAAGCTTCTATGCAATTCAAATAATTTTTGTTGCCTCAACAGATGACAGGTTTCAGTTTCATTTGTGGTATTTAATGTGCATATCTTGTTTTAAGGAGGGATTTGTTTTGGCATCATGGGTAAACTCTGTTAGGTAGGAAGTGCTGTATGATTTCAGTATTTTAAAATGTTTGATGTACTGTTTAGAAATGCTTATATGATGGAACAGTGTCATTTTAAACCCTGAAAGTGTGGTGAAAACCTGCAATATATGATAGCTCATAATTAAAATTTTTTTTTCTTCCATATTTTGAAAAGGTTATCGTGTCACAGAAGTTCTGAAATCTATTTCGAAGGTCTGGTGCTTTTGTGTTACCATTTACGGATCTTTTTTTGTGTCCTTTCTACATGTACAACATTACTACGTTTCACTTAGGGCCCCCACTGTCTGAGAGCTAAAATGTATAACTTTTCTCAATCCAGTTGTTGAAAAGTCTTTTCATGACAAATAAAAGAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000059722:ENSDART00000138210:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.362 A=NA C2=0.263
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0062726=UBA=PD(8.1=6.4)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]