DreINT0172703 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000016163 | usp33
Description
ubiquitin specific peptidase 33 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2323]
Coordinates
chr2:8963311-8969571:+
Coord C1 exon
chr2:8963311-8963419
Coord A exon
chr2:8963420-8969468
Coord C2 exon
chr2:8969469-8969571
Length
6049 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAAGA
5' ss Score
9.84
3' ss Seq
TCTTTCTGTCCTTCATGTAGCTC
3' ss Score
8.95
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATGGAGGCGGACCTGCCGTCAATCACTTGTATGTCTGCCACACCTGCCAGAATGAGATTGAGAAGCTGGAGAAACGACGCAAGAATGAACTGGACATGTTTGTTCGG
Seq A exon
GTAAGAGCCGCAGCTGCTGTTGTTAATGCTGCCCCTTTTTTATATATATATATATTTATTTATTAATTTTTTTATACAAGATCTAAAATGAGTCTCTGATATCCCTAGAATGTGTATGTGAAGTTTCCACTCAAAATACCACACAAATAATCATTTATAACTTTTTGAAACTGCAAATTTTAGGCTGATGATTTTTCTCAAAAAGAATGGTTAAAAACTGAGACTCATTTTCCTTCAAACCATTGTACATTTTTTTTACAGGAAATTTTTTTTTAATTTGTTTTACAATTATTGGTTTTGTCTTATTTTATATATAAAACATAAATATAAAAGAAAGTTGTAAATTCTGTTAATTTTTTTTTTTTTTTTTATAAAGAAAAACTACAAAAAGTACCAATAAGCGAACCGTTAAAGTACCGAACCGATAAGTGGTATCGATATTAGTAGTATTTTGGATACCCGAGCTAGGTATTTTACATTGGTTCATTTTTATATTTTTCATATGACACACGTACAAGTTATAGCTCAAATGAAAGCTCTTGCCAGTGCTCATACGGTGCTAGCATTCTTTTTACTGATTTATATTCACATATCAAACAGTTGTCGAATGAATTGCGGTCTTTCCATGGTGCAGAAGTGAAAACAATATATTTATGATCAATAAGCAGCCCCAGATAGCACAGACAGCTGTCATCTCTTACCTTATGCTGTGCGCTTCAGGGCCATTTCTCCTCTGTGTTTGAGGTGATGTGCATAAGTAATCCTTTTATATGTCTGACGTCCAAACACGGTGAATTATGCTTGATCAAACAGAACAATAGTGAAATATGAAAACATTGATCGATCCCTGTGGCTTGTATAGCACCTCTCATCAGTTGGAATACAATAACTTTTGCATAGATTATGCTAGAGACATTTTTCTTTTTTCCTATGATTACAGACATGTGCATGAACCACCAAAATTAATAACAGCACACTAGACCACACAGAACCTAAAAGGTACACTTTCAAATTTGAGTTTATAAAAAAATACAAAAAGTGCCTCTTTTTTTAGGTGTTTATTATAACACAGACGACATATACAGTTATTCTAAACACTTTCAATAGTGTTTTATGAAAATTCATAAGGTTTTCTTTAAAATTATACCAAATTTTAGCATTTACACCTCTGCATGTGGATTTGGGAAGCTTTTGAATTTGGGTAGGCAAAATCCAGACGAAAATTTCAAAATAACAGCAGAGTTTAACTGGTTAATAAACTACTAATTAGCTGTTATTAATAGTTAGTAAGGTAGTAGTTGGGTTTAGCTATTGGGTAGGTTTAGGTTTGTAAAAATAAGATCATACAGTATAAGTGATAATAAACAGTTAATATCTTAATAAGGTAATAAGTAGGCCCATACGGAATCTGTGCGCACAGAATTGTGCAGATTTTTAACCCATTGTTGATTCTGTTCTCTTGTGTAAATGTATGTAAACTTAAATTTATTTAGTTTTTAAATTAATTTCTTTATAATTATTGACTAATATGAAAATTTCATGTAATTTATTTGCAATATTTGTTTGTAAAGTCATATTTTCTGTCTTTTAGTAGATATATTATATGAGAGACTTGCTTTGTTTACCAAATAAAGTGGATCTTATTGGATTTGGATTGTAAAAATAAATAAAAGTTAAAAAGGTATTACTTTTTATTTTAGATATTAAGGTTTTAATTGTCATACTCTCAAAATAATTCTGCATAAATACGCAGATTTTTTACAAAATTCTCAGCAGAAATAGCAAAAAATGTCCGCAGATTCTGTCTGGCCCTAGTAATAAGCCAGCAGTAAATGGTGTGGAGTGTCACCCGAATTTCAATCATAGCATTTATGACAGACTAAGAATAGAGGTTTGCAGTACTTGAAAGTATGTAATGTACATTGTGTGATAAATAATGTGTTGTATAACATTAAAGCATGTTAACAATCTATTTGACTAAATTATTTAGGAGCTTTTTACAATTTCGCCTTTAAAGTGTGCACCCACCCCAGCAGAACAACCCCTTTTGGCTGAGATCAAAAGTGTGACCTTTGCCCATCCCCCCAAAATGGCAGTCATTATTAATGCATGAGAAGTAAAGTACTTGATTTCAACTAGACACACTAGGTGCTGTTTACACTGGAGTGTTTGTGTTTTGGTTTTATAATGAAAACGCTACTCGTACAGTCGTTTTCATTGCATTACAGAAAAACAATCTCTATTGTGGGGTGGAACGATGGCTGTGTGTGGGTGTGAATGTGTGAGTGTATTGGTGTTTCCCTGTACTGGGTGGCCGCTAGACAGGCATCCTCTGTGTAAATCATATGCTGGAATAGTTGGCGGTTCATTCCGCTGTGGCAATCCCTGATAAATAAGAGACTAAGCAGAAGGAAAATGAATGAATGAATCTTTGTTGTCACTACGCAGCCTAAGGCCCCGTTTACACTAGTGCGTTTTAGTTTTAAAACGGCGTTGTAGAATGAAAACGATCCGCGTCCACACTCGCGTTTTACCCAGCATTTCTGAACAGCTCTCCGTCCACACCAAAACGCTGAAAACTCACATCACGTGACCACACACACACTCTCGGGCAAGCGCTCCAGCATTTCTACCCAGATGAGAGCTCTGCTTGTCAGACTGCTCATCAAGCATCTCCCGCTGGATCTAATCTCACTATATTTGCTAAACGTGATATTTCATTCATGTTGTTGTCTTTATCTAACGACATAGGCCAATTCCCTGACTTTGGTCATTGGAATCTATTAAGTTACTTGTTCACGGGTAACATTGGTTAAGCGCAAAGATAAGTTAATGATTAATCCAGGTACATTGACTGATCGCTTGCCTTTATTTCCTACAATGTATAAACTTATTGTATGTTATACTTTTGTAATGGCCATTATCGATTATTAAAACTGATATTCAGCAAAAGAGAGGGTGTGTTTCGTATTTTCACTGAAATTGAAAGGAGGCAGTTGTTATAGGCTCCGTTTTGTTATAAATATCCACACAGTGAAGATGACGCTCATGCAGCACGGCGCCTCAACATTTCTGCTTTCTGTTAAGTTGCTAATATTAAAAAGAAAATAGGCAGTTCCTTAAATCATGTTTACATTTTATTGTTGAGAAAGTGAAACAACATAGCCAAGGTGATGTGAATGAAGTTATAAAGTACACTGTTCCCTTTGAAGATTGACGCATGTCCTCGGTATGTTTTCCATATCAAACTGAGAAGGGGGAGACTGCAGCCTTGATCAAACTTGCGAAGTCTTAACTTACAAGAAGAGGATGCGAGACTGAACTGTGTGTGGGCTACTTATTGAGGAAAAGCCCCAATCAGATAGGCGAACGTTTGCAGCCCCGCCTCCGTTTTCAGATGTCTTCCCCATCCACACTGAGACGGAGCAGCAGCGTTTTAGAATGAAAACTGCCTTTCCAGCGTTTTCAAAAAGCTCCGTTTTCGGCGCTCGAGAACTCCGGCGTAGTGTGGACGGATGGCGTAACCGTAGCAAAACTTATGCGTTTTCAAACTAAAACGCACTAGTGTAAACGGGGCCTTAGATACATGATACGTGACCATTTACCCTCACTGGGCACACACATATTTTGCAAGCATTCATAAAGGAGCACAAAATTTATGTGAGAGGAAAAACATCCTTTGAGTAATTTAAAGCAAGTGGCACAACACAACTGGTGGGAACCCAGAATTATAAATGGTCTTGGTCATGTAGATATTGTGAGATATTTTGTGCAATGTGATTTGTATACATCAAGGAGCTGCTATTAATCACTTTTTAAGGTTTGCTCGTATTTTCCTTCTCCTTTCGAATTTGCATTTATGCCAGCTCTGCGTGCATAAAGCAGCAGTGATAAGTAAAATTGTCAAATGCTTAGACTTTTGTACAAAATCCTCCAATGGTCTCAGTCATTAGTCCTGACGCTCATCACATATTCAGTGATATCTGTACTCCTGCTGCTCTCCTCATTTTCACCCTCACACTCTCTGCTGCTGATATTGTGAGACAGCTTTTCACCTCAATGAAGTCACATTTTAACATCACAAGATCTTGTATCTTCATTTTTTTTTGCATCAGTTGTTTATGTTCATGCTCTATAATTTGATGATATGATGCTGAGTTTTGATTTGTAAGGGATTTAGTATCTTCCACTTACTAGTTGGCTAGCTCAGACCACATGGAAATTCACAGATTTTTTTTTTTTTCATTTGGGAACCGGGATGAGGTTCTGAAAGTGAATGCGTACCTTAGCACTAAAGGTCAAACAACAACAAAAATAAAGTCAAGAATCTTGGTGTGACTCTGGAGTCAGATCTGAGTTTCAATAGTCATGTCAAAGCAGTCAGTAAATCAGCATACTATCATCTCAAAAACATTGCAAGAATCAGATGCTTCATTTCCAGTGAGGACTTGTTCATGCTTTTATCAGCAGCAGGGTGGATTACTGTAACGGCCTCCTCACGGGCCTTCCCAAAAAGACAGTCAGACAGTTGCAGCTCATCCATAACGCTGCAGCCAGGATTCTGACCAGAACCAGAAAATCAGAGCACATCACACCGGTCCTCAGGTCTTTACACTGGCTCCCAGTTACATTCAGAATAGATTTTAAAGTATTATTACTTGTCTATAAATCACTAAATGGCCTCAATAAATTACAGATATGCTCACTGAATACAAACCTAATAGATCACTCAGATCTTTAGGATTATATAAACTAAAAATTCCAAGAGTTCAGTCAAAGCAGGGTGAATCGGCTTTCAGCAACTTCGCCTCTCACTGCTGGAATCAGCTTCCAGAAATGATCAGATGTGCTCCAACATTAGGCACATTCAAATCAAGACTGAAACACATCTGTTTAGCTGTGCCATTACTGAATGAGCACTGTGCTACGTCCGACAGATCACACTTATGTTTTTCTCTTCTTTTTCATTCTTTTAGAACCTATTTTAACACATTTTATCTGTTTTTATCCATTTTTTTAATCATTTAATCATTATTTGTTTTTATTTTTATTTTTCTTATACTTGTCTCTTTTATTCCTGTTTATGTAAAGCACTTTTACGAAGGGCGGGGGGTGTAACTTAATATTGTAATGCACTACGTTAAAAAGTACCTTTCCCCAAAAGTGGTGACAAACCTGTTTTTCTGAAACGCAATAAACAACAGACGAGTTGTGTTTTCATTATAAAACAAAACGCCAACACTCGTGCAAACAGCACCTCGTGTGTCTGGTATATACAGTTGAAGTCAGAATTGTTCTTGTTTATTTTTTCCTCAATTTCTGTTAAACAGAGACACATTTTTTAACACATTTTAAATGATGATTACCATGATGACAGTAAATAATATTTTACTAGATATTTTTCAAGACACTTCTATACAGCTTAAAGTAACATTTAAAGGCTTAACTAGGTTAATTAGGTTAACTAGGCAGGTTAGGGTGATTAGGCAAGTTATTATATAATGAGGGTTTGTTTTATAGTTTATCGAGAAAAAATATAGCTTAAAGAGGCTAATAGTTTTGTCCCTAAAATGGTGTTTAAAAAATGTAAAACTGCTTTTATTCTAGCCGAAATAAAACAAATAAGACTTTCTCCAGAAGAAAAAATATTATCAGACATAATGTGAAATTTTCCTTCCTCTGGTAAACATAATTTGGAAAATATTTAAAAAAAGAACAAAAAAATTTGAAGGGGGGCCAATAATTCTGACTTCAACTGTGCGTGCGTGCGTGTGAGTTCCTCACAGAAATAGCAAAAAATGTCAACAGATTTAGTATTATAAGCTTTATCACTTTTGTTGATATTAAAATGAGGTTTTTTCACAAAGAGCCAAGTTTTCCTCTAGCACAAACTAGACACAAAGCAGTGGAATACATTTTTTATTAGTTTATTAAATTTTTAATAGGAAAAGAAACCTAAATAAAATAAATGTGCTCATGCAATAGTGTGCTTTTTCCTGCTTGGTCTCATGTGCTGTGTTCTCTTTCCCTCTTTCTGTCCTTCATGTAG
Seq C2 exon
CTCAATAAGGCGTTTCAGGAGGAGGAGTCTCCTGTGGTGATATACTGTATCAGCATGCAGTGGTTCCGGGAATGGGAAAGCTTTGTCAAAGGCAAGGACATTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000016163:ENSDART00000018114:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.057
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF063377=DUSP=PD(11.5=35.1)
A:
NA
C2:
PF063377=DUSP=PU(30.7=65.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]