HsaINT1046129 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000077254 | USP33
Description
ubiquitin specific peptidase 33 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:20059]
Coordinates
chr1:77701369-77711855:-
Coord C1 exon
chr1:77711747-77711855
Coord A exon
chr1:77701472-77711746
Coord C2 exon
chr1:77701369-77701471
Length
10275 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAAAA
5' ss Score
5.16
3' ss Seq
GTTTTTTTTCCCCCTTGTAGCTT
3' ss Score
10.74
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATGGTGGAGGACCAGCTGTCAACCATCTGTACATTTGTCATACTTGCCAAATTGAGGCGGAGAAAATTGAAAAAAGAAGAAAAACTGAATTGGAAATTTTTATTCGG
Seq A exon
GTAAAAAAGTGATGCTTTTCAAATTGATCTAGGATAAAGATGAAGACCTGACAATTATCAGAGTTATATGATATTAATAAAATGATTAGATGAAAGAGTTGTAATAGATTTCAAGTGTTCTAGGTGCATAATGGTGAATGACCTCAGGCAGTTCACTACAGTTCTGTTGAGTTATGTTCTCCCTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGAGACAAAATCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCTCGGCTCACAGCAACCTCTGCCTCCTAGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCTTCCCAAGTAGCTGGAACTACAGGCATGCCCCACCACGCTAGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTTGCCATGTTGGCCATGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCATGTGATTTGCTGTCTTGGCCCCACAAAGTACTGGGATTATAGGCATGAGCCACTGCTCCTGGCCCCTTTGTGGGTTTTTGCTTTTATGGATTGACAATACTTTTTTTTTTTTTAATGTATTGGCACTGGCAGAAATCTTATTGAAATGGAAAATTACAGGTTTCCTTAAGTTAGTGTTGTCTGTAGTCTATCCAGACTGCATGTACTACTTTGATTCTTTTGTGAGATATAATATTCTTTTGTTTTTTTGAGGGACTCCTGGGCTTATAAATATACTCACTTTTCACAAACTGAGCATATTATGAGGTGTCCCTTAATTGTAAGCAACAGAAAGTGTGGTCATAAAATCAAAAGCATGAACAACCAGGTTTTATGGGCAAGGACTAGTACCCTTCCAATTATTGACGTAGCAAGAAGTCTCTGCAGTACTGTTGTCAGTAACATAACTCCAACTATTTAAGACAATTGAAAATTTGGATCACTTGAGAGACACGTTTATTCATAAATCTACTGAGACACTATTATGGGGAGGAGTAATACTGCAAGAAAAAAATTGGGATTCTTTTAGTAAAAGCAGTGGAGAAGATATTGAGCAGATCAAAATAAGATGTCCAGTATGTTTTGTATTATTCATTTCCTGCACATGTGTAGACACACACACACACCTGCTTTTCCTCATTGATTCAGGGCTTTTTTTGTGCCCTTGCCTAAAGTAAAGTAAATTTTACATAAAAAAGATGCAGGTATAGATTTATTTATTTTACATGGGCTTCATTTGCTTCTTGAATCTAAGGAAGCAAACTTTAGTTGAATATTAAAAATAGTTTTTTCCATCAATGCTTAAATAATGGCTAATGACTGTGTCTGTCAGGATTTGATTAATAGTAGCTATTCTAAGTATTTTGAATAGAATCAGAATGTAGGGAATGAGAGATGTACATTACTATTGAAAGGACTGGGCAGTGAAGGTCAAGAAGACCACTGCTGACTTTCAGGAAATCTAAAAGTGGAATAGGGTACCACATTGTGGGTGGGAGAGAAGCAGTGGCCAAGAATGGTGTTTATAACCACAGAGGGTAAAGAGAATTTCTGTATAGTGAGTGGCATGAGCCCAGTCAAGGGTGTTAGAGCCCAGGCAGGATAAGAAGGGATGCCCATGTTGGCCTGACATTGGTGGCTACAAGGGTACAGCATAGTGGTGGTAGTGGCAGTGAGCGATTGGTTCCATATGGGAAAATGATCAAGACATACGTGTAATGAGTACCAAGTTTCTCATTGTCAGATGAGGAAGTTTCAAATATGGAAAAGGAGAAAACTAAACTGTACCTTGTGTTGTTATTGGATTGGAGTTATGGGTATCTTTGTGAACTCATGATAATAGCTGAGTAAATATGGACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTATGCATGTATAGAAACTTGATATTTCTTAACTCTCACTGAAAGTGCCTTGGATCAATGATTACTCCAGTAGGATTGATCATACCTAGCTCTCAGATATATATATGTCTATATGTTTATATAGATATCTATATCTATATATAGATTGATTACTCCAATCTATTGATTACTCCAGTAGGATTGATCATACCTAGCTGTCAGAGACATATATATATATAGATCTATCTAGATAGATCTATATGTAGCTTTATATAGAGAGAGAATATGTTCTATATTTACAGAATGTTAAAATTAAACATGTATATAAAATATAGATATATAGATATGTATCTATATATATCTATATATTTCTAAATTTTATTTTAAAAGACAGGGTCTCATTCTGTCACCAGGCTGGAATGCAGTGGCTGGTCATAGTTCACTGTAACCTTGAACTCCTAGGCTAAAGGGATCCTCCTGCCTCAGCATCCCGAGTAGCTAGGACTACAGATGCACACCACCATGTGTAGCTAATTTAAAAAATAAATTTTTTTGTAGAGACAGTGTCTTGCTGTCTTGCTCAGGCTGGTCTCTAATTCCTGGCCTCAAGTGATTTTCCTGCCTCTGCCTCCCAAAGCTCTGGGATTACAAGCATAAACTACTGTGCCTAGCCTCAAAATAAATTACAGTAACATATAACCTCATTAAATAAAATAGGAGATACTGCATCCATATTGGTATAAATAAATAAATGAATAAATGGAAAGGATGAGGATTGGAATGCTTATATCATTTCTACTTAACTCCCTCATTAAACACTTATTAATTACAAACGGAAAAGACTAACTTTCAGCAGAGAATCCTGACACCATCTCGATGAAGATAAAATGAGCATCATTAGAAATGAAACAAATCAATTAGTTGGGTGTGCTGGTGTGTAAGTTCCAGATATTCAGGAGGCGGAGGCAAGAGGATCACTTGAGCCCAGGAGTTTAAGACCAGCCTGGACAACATAGCGAGACTTTATATCTTAAAAAAAAGAAAGAAATGAAACAAAATCAAAATTATGTGCCAGAATAGTATACAATTAGAAGAACATGGCACCACTTTTTGGTACACAGGTGGATAACCTGAATCTCAAATGAGGAAAGTCACAAACCCTAATTGAGGGACATTTTATAAAACAACAAACTATTTGGAGGAAAGGAACATCTGTTCAGCAACTTATTCTGAAATCAAACTAGGTAAAGAAAATTTCTTTGTATACTTGGAGTTTTCCTATAAGTTTCAGATTGCTTCAGAGTTTTAAAAAATTCAAAACTGCATAAAGCCCTTGGAAACGATTTCAGCTGTCTGCCTATGGCAGTGCTCAGAAACCTGAGAAGCTACTGCTACTATCAGGACCCAAGTGAATTATTCAAGAGGACGCCCAGGAGACACAGGATGCTGCTGTTAAAGATGTTAGCTGCATACAATACTAAGTGAGATTGGATTCTTTGGAAGATGCTTAGAAGTGGTGGCAAAACCCTACTTATGCTATCTGTGGATGCCTCAAGCCTGCCCAAAGCTGCCACCAGAGGGGAAAATCATTTTTCTTTCTCTTATACCTTTCATATATTTCATATATCATGGTTATATATAGTCTGGTGTACTACTGGCAATGGATCCTGCAAAATGTAGGCTTGTCTTCACAGAAGGGAGTATATGAATACATGAAAATGATGTTCATTAACAGATAATAGAGCACAGCCTACCCCTTTGTCAACTCAGCACCCATATGCACTTACACAACCAAACAACAGTAGCAACAATATCATGCTTCTGCCTGATGTAATACAACTAGCTCCTGCACCAGTATGTGTTGCATTTGCCCTTTCCCCATATTTGGGAGACCCAAAGTCCCACCAGTCACTATACCTATTTCTAAATGATGTTCATAAATCTTTTAGTTCAGAGAGTATAGTCACACTTTTCCCTGTTATGGTCTGTAATCTAAAGAATGAACAGTAACGTTAACCACCACCAATATACCTTATAGTAGTCAAATGAAAGGAAAAAAATAAATTGGTAGTTATTTCAACATCTGGTAAATATTTATAAATATGTACGTGGAGCAAGGAAGAAATATGTATCTATAGCTAATCACTACCCATTTCTTATTTCCTCTGTTCTCAGCCAATACCCTGGCTGGTTGTGAATGTATTTACCTCATAAAATAACCCAGACCTTCATTTCTGAAGGGTTTGAACCCTTAGTAGTCTTGTCTGTATTAAATTTCTCTCTCTGAGTATGGAAATACTAAATGGTGCCTATAGTGGGTTGAATGGTGGTTCCCAAAAAGATATTTCCATACTCTAATCTCTGTAAATTAACCTTATTGGTGAATGTGACCTTACTTGAAAAAAGGGTATTTGCATATGTAAGGATTTTTGAGATGAGATCATCCTCAGTTGTCTGAATGGGCCCTAAATCCAGTAAGTGACCCTTCACAGAGATACACAGCAGAGAGATACGCAGAGAAGAGGTGAAAATCATGAAGATGGAGGCAGAGATTGGAATGATGCAGCTGCAAGGTAGAAGCTTTAGAAGCATGACAGGCAAGGAATGGAGTCTTCCCCTAGAGCCTCTGCAGGGTGAATGGTTCTCCTGACACTTTGATTTTGGAGTTCTGTTCTCTAAAACTGAGAGAATAAATACCTTTTCATTTACCAAATTTGTGGCATTTTGTTATAGCATCCCTCTGAAACTAACACAGTGGGTATAATCTGGTTTCCCAACATAATCCTCTTTGTTCCTACTATGTAGTAATGTAGTATTCATTTTATTTACCCTTTATAACTGGGGTCAGTCATTGCAGCCAGTACTGTAACCTCCTCTTTGCTTGCTGATTCAGTGACATGAGAAACTCAAAATGGCCAGGGGGCTGTCTCAACTTTTAGTCCAGTCAAATTGTTGTTGTGTTCACTTGGGATATAAATCTTCCACATTTAGTAGAGGCCGAAGTTGTGAGTATGGGAAGCAAAACTTGTGTGAATATGTCAGTAGGTAGTAGTAGATGAGCTCTCTTATTTCCTTTACCTGACTCCTAGGTTTATGTATTCCAGTTATGGGAAAAACCACCATATATTGGTTTCTAATTTGGAGCATATACTA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Seq C2 exon
CTTAACAGAGCGTTCCAAAAAGAGGACTCTCCAGCTACTTTTTATTGCATCAGTATGCAGTGGTTTAGAGAATGGGAAAGTTTTGTGAAGGGTAAAGATGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000077254:ENST00000370794:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.043
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF063377=DUSP=PD(17.8=35.1)
A:
NA
C2:
PF063377=DUSP=PU(30.7=65.7)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains