DreINT0173767 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000040466 | vil1
Description
villin 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-799]
Coordinates
chr9:45109816-45112652:-
Coord C1 exon
chr9:45112497-45112652
Coord A exon
chr9:45110590-45112496
Coord C2 exon
chr9:45109816-45110589
Length
1907 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAAC
5' ss Score
4.07
3' ss Seq
CGCCTCTTTCATTGATGCAGGAC
3' ss Score
8.34
Exon sequences
Seq C1 exon
GATCTGACCCAACCATCCTCAAACCAAACCAACTCAAGTAACTCAACTCAAGGAGGTTCGATGCCCCGTCCTGTAACACAAACCTTTCCTGCAGAGAAGCTGGTGAACGTTCAGACAGAAGACCTGCCTGAGGGAGTCGACCCCACAAGAAAAGAG
Seq A exon
GTGAACTTTCTAACATACTGTACACACTTGAAATGAAGAAAAGGTTGCCAAACAATTACATTTTAATGCTATAAGAAATATTTACAGATACATAATAAGCGTAGTTGATTCATAATAAAATTAAATAAAGTGAATAGATACTAAAATGTGAGCATTATCATTTTTGGAAAATTCCACCCTGATCCACAATACGATTGGACAAAATTGGCGTTAAACTAAATGACCAAAGAATTATCACGAATAAGCATTTTACTAAATATCTTTATTTTATGACTTAAATTACCACACAATAAAAAAGATGAACTAAATATCTGCACTGTAAACAAGCATCTGTTAATTACCAGTTTACATATTTTGTGTTTTCCGTGTATTTACGATTGTGAATTGCATTATGGGATGTTGACCTCTGCTCTGTCAGCTTTTGATGTTGCAAATTCTACTTTTACTGACATTTTAGCAGTTTGAAACATGATATTAAGAAATAAAATAAGTTTAGAAAAATCACAGAATTTTTTTGCAGCATAATATTAACCCAGACAATCTATCACTTTAAACTATTCAAATTGTTCATAAGTCACTTTTTCCAACTTTAAGATTTTAAGTGGTTAGAAGAAAGATCGAGGCCCCATAATGCAATATAAAAGCCTAAATAAGTGAATTTAAAAAAAAAAACCATGAATCACAAAATATTAAACTGTCAATTTACAGATATATTTTGCAATGTAGTTAGGAGTAATTTAGCTTTTTATATGATTTCAAAAAGGCCTTTAGATTCTACACTGAATGGCATATAATAAATTGCATTATTGGACTGTTTTTTTAATATTTAAGAAAAACATCAAGACATAATCATTTTGTTAAAACACAGCCAACCTTTTTTTTGAACATGCCAAATAATGCTGGACAAAGATTAATCACATCCAAAATCAAAGTTAGTTTTATTATGTATTATTTTTTTTTAAGTTTGTTTATTAGACATAATACATGTGTTTGCTGTGTATAGTTAAATAAAGTTTAATAAATTAAGTTATTAAATAAATATTTACTATTTATAAATATACACATGCATCCATATTTTTGAGAGTGTGTGTATATATTTAGAAAAAAATATACATGTAAAATATACATGTATATGATACAAACTATATATAAATTTAAGATCTATATAATCAAATAGTTTTGTATGGTTTTGTTGTTATGTATGTAAGAGTACAACTGTATTTTGTAGTGTATAGTGTAATAGTGTATTTTAATATACTTTATTATTATTTGTATTATTTGTTATTTGTATATATATATATATATATATATTGGATTGTGGCCTTACTGTCATTATAATTAATTATTATTTTCCTGACTTCACATTTTGATTTTACATTCATTATTACTATTATCATCATTATACATGATGGTAGTAAATGCCTTTAATTTTCTAAATAGAAAATAGTGAAACTTCTAAAAATGTCACACTTCTTTTTGGTCTACAACTGTAACCTTGGTTTTTCATGAAATTCAGCCAATAATAAAATTAACACACACCTCTTTCATTACCACAGGACTACATCACAGAAATAAATAATAAATAAATAAATACTATAAGATCATGTTATGGTGTGAGATCAATTTTATAACTTTTAAAGAAAATTAATTGTTTTTTAAGACTTTTGTTTGGGATTGTGGCCTTAATGCTTTGGTAGTTGTTATTTAATACTTTTACGATTCAGAATACATTACGGTAGTAAATTCCTTAAATTTTCTCATTTAAATAAAATAATAATATCATCTAACTACTAAAAAGGTCACACTTGTTTACGGTCTATGATTTTGGGGGTGAAATGTAACCTTCGTAAGTTTTCATAAAATCCAGCCTGTAATAACACTAACACACGCCTCTTTCATTGATGCAG
Seq C2 exon
GACTACCTCTCAGACGATGACTTTGCCCTGGCCATGGGGATATCTCGGATGAATTTCTATGCCATGCCATCCTGGAAGCAACTGAATCTAAAGAAAGAAAAGGGCCTGTTTTAGGCACAAATGTGCACAAATACATCCCCGTGCCACAAAACAGACTTGCTCTCATGTTAAACTGTATGAATTCTAGTAGAGGTGCCATGCAAAAACAACTAAATTTCCTTTTAGAGTTTTTAAGATGTTTACATATAATTCCTTTATTTAAACATTTCTCTTTTTTTGCACATGCAAACTGATTTATCTGAAATTGACATATTTAAAGTCAACATTATAAAGCAGAATTAATTACCTTAGAGTATAACTTTTAAACAGGAAAATGGATGATATTGGGAAAATGAAGTCTGCAGATCTATCTTTTTTTTTTTACACAGATTTGTATTGATGTAGCATGGCGAACTTCCAGTTTAATTTCCTTTCCTTTTTACTTGCTTTTCCTTAAAGCATCTCAAGAGGAAACATTTAAGCACTGACAAAAAGCCACGACTCACTGAAGCGGCTTAAGCACTACAATAAAACTTAATATCTTTGAACTAAGATGCAAGTTGTATTTGAGATTAATGATTTATAGTGAGTATTAATTATAAAAGACACCCGGAGACTACTGCACACTGTCTAATGTGTAATTTCCATTGGTATTAATCATTTACTGTGTACAAAAGGCAGACCACCTGTCTAATGGAAAAGTCAATAAACATGAAAAGACATTATGATGGAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000040466:ENSDART00000059228:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.981 A=NA C2=0.027
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0220914=VHP=WD(100=94.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
ACCCAACCATCCTCAAACCAA
R:
TGTTTTTGCATGGCACCTCTACT
Band lengths:
358-2265
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]