DreINT0181026 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000035823 | zmym4
Description
zinc finger, MYM-type 4 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-5459]
Coordinates
chr19:40496526-40498815:+
Coord C1 exon
chr19:40496526-40496641
Coord A exon
chr19:40496642-40498611
Coord C2 exon
chr19:40498612-40498815
Length
1970 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAG
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
ATTTCATTTTCTTTGTTTAGGAG
3' ss Score
8.95
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGCTCCCGTGGAATGCAACAGCTGTAAGCAGAAGCTGGTGCCTCAGTACCATCTGGCCATGTCTGATTCAAGCATCCAGAACTTCTGCTCCTTTTCTTGTGTAGTGTCATATCAG
Seq A exon
GTAAAGTGAAGCAATTTTACTAATTTCTTTCAAATCGAAATGTACAGGGTTCATACGAGTGCTGGAAATTCTTGAAAATGCTTGAATTTTAATTAGGGATGCACCGATATGGATTTGTGGGGCGATGCCAATAACTGATAACTCTTTTTTTATTTGAAGGCCGATAACCGATATATGTTCTATATGCTGTTGCTCGCATGTTAATTCATTTTTTTTAAATTAAGTATAATGTAATATTAATCTGACCAGTTAAGGGTTAATATTCGGTTAATGAGCAGCGGTTGCTGGTTAGGAAAATTAACCAAATGTTTACGTAATATTTTTATTTAATTTAAACCAAAGTACACAATGACACTCTATCAAACATATCTACAATGATAAGGAACATGGAATAAACAATGCGAGGAAAGCTTCATTATAGTGCACTGGACATGCCTGAACAAGTTCGACCTGTGCATGTATGAGGCAGGCTGTTCTGTACATTAAATTAACCTATCGGCTTAAAGGTAACGGCCTAATATTAGTATCAGATCGATAATGATCATCTTAAATTTATTGAACGATATTGATATGCCCACCAATATATCGTGCATCCCTAATTTTAATATTTTGTTTTCAACAATTTATCAACTGATATTGAAATGACCGCCGATATCGTGCATCCCTAATTTTAGCCTACTGTATACAATAATTTATCAACTGATATTGATATGGCTGCCAATATATCGTGCATCCCTAATTTTAATCTACTGTATAAAATAATTTATCAACTGATATTGATATGGCTGCCAATATATTGTGCATCCCTAATTTTAATCTACTGTATAAAATAATTTATCAACTGATATTGATATGGCTGCCAATATATCGTGCATCCCTAATTTTAATCTACTGTATAAAACAATTTATTAACTGATATTGATATGGCTGCTGATATATCGTGCATCCCTAATTTTAGTCTACTGTTTTCAAGGTTTTAAAAGTGCTTCGATTTTAAATAGTGCTTGAAAATGTAAATGTGTCTCTTTCATATATTATTTTACTAAATTGGTGGTATTAACTCTGGAGACTCAATATGCTCTTAATCTGCCTTTGTTTTTTTTCTGTACCCTTTAAAATTATAATAAATGTAAATTTAAAATAAAATTTGCCATTTAAGATGCAGGTAAAAAATTTTATAGAGCAAATTACAGTAATTTAGTGTTGGGCTTGGGGCAAAAGTGCCCCAAATGTATGTCAAAACTTGTAATATGCTGGAAAATTCTAAAAATGAATATGAAATTCTTGTAAAAAATTACATTTTGACAATAGCCCCTTTCCGGAAAGCTCTGTATGTGTCAACAGGCCTTTTTTGAAAATACCGGTAAAGTCGTTCTGCCAATTTTCCAGAAAGAGAAGTTGTAACATTACTGGTAATTTGCCGGAATGCTGCTCTGTGTGAAAACAGAAGGATGATTGCTGGAAAGAGCTGTTCACGCTTAGAACGCACTGACGTGAGACGTCTACTCCAGCCAATCAGAACATTCAGACGCATTCAAATCCGGGCGGTTTATGAAAATAAAAGCCTTTGGATACTTTTCCAGACACATTTAGCTGCTTGATGTTAGACAGATAACGTTTCTATGCTCCTTAATGCCAACTGTGTAAAACATTATCGATAAAATGCTTATGATAAACCGCTGTTTGTTTACCTTCAAGCTACAAATACAAATCTACTATACAATCGCTGCTGTTTTGAATTTACAAGTATTTTGGAATGGATGTGTGAATGGTCTGTTCGGAAACATTCCGTAATGTCCTTGCCTGTGTAAACATCGCTTTTTTGAACTTACCGGTAAAGTCGTTCCCATAATTTTCTGGATATTTAACCAGTATCACTGACTGAAAGGGGCTACTGTCTACATTTAAAAATGTAAGAAGGCTGAATATGTCAAGTAGAGTTATCTTAAGATTTCATTTTCTTTGTTTAG
Seq C2 exon
GAGTCATTTGGTAAGAAACCAAACTACCAGGTGAACACTGTAACCTCTACGACGAATGCATCAACGCCAAAACCTGCCTCTTCAGAGTCCAGCTCCTCAACCAAGACAAGCACTTCCAAGAGTCAAGTTCAGAACGTCACAAAGATCCCCTGCTCACAGTGTCTCAACTCATTCTTCCACAAACCAGAACTGCTGGATTTTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000035823:ENSDART00000140926:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.371
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF064679=zf-FCS=WD(100=92.3)
A:
NA
C2:
PF064679=zf-FCS=PU(60.0=35.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
GTGCTCCCGTGGAATGCAA
R:
AGCAGTTCTGGTTTGTGGAAGA
Band lengths:
310-2280
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]