DreINT0181443 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000052164 | znf507
Description
zinc finger protein 507 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-1233]
Coordinates
chr7:46977571-46980971:+
Coord C1 exon
chr7:46977571-46977688
Coord A exon
chr7:46977689-46980859
Coord C2 exon
chr7:46980860-46980971
Length
3171 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGATA
5' ss Score
4.18
3' ss Seq
GTATTTTCTATCTTGCACAGATC
3' ss Score
8.87
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTCAGCTGAGGAACCACGAGAGAGATGGACATGGGATAGACGACATCAGCAGTTCACTGACCCACGCTGAAGAAAGCACAGCAATCATGGAGGAATCAGCCAAGATGACAGATGAAG
Seq A exon
GTGATAATGGAATGAATATTCAGCTTCACATAATAAAATAAGGCATTCGCTATTCAGACCAAATGTTAAGAACCACACATACGTTGTCCTTATGGTCAGATTAAAACAGAAGTGATAAATAATCTTCCAGTCATGCTTTTAAACATACGAGTTTAACACGTGTATGCATTTTTTGTTAATTTGGCTTTTGAGATTTGAATATTTAATCTTAAAGGAACCCTCCTCTTTATTTTTATTTGAGAAATGGGCACATATTATAATTACTCTTGAATTAAATAGTTTGGTTTTATCTTTTTCAAATCCATTCAGTAGATTCCGAGGTATTGCAGGAGCCCTTTTAGCTTAGCATAGATCATTAAATAAGAACTAAACTATTAGGATATTGCTGAAAAAAAGTGTTTAGATATTTTTTTCAATTTAAAACTTGACTTTTCTGTAGAAATGAAAAGTTGCTATTTTCTAGACTGATGTGGCTAGGAACTATGCTTTTATTCTTGCGTAATAGTCACAGAACTTTGCTGTCGTATGCGCAATGATATTACAATGTTACCTCATTACCTAGCTGGGGACTTTTTTCAGGCACTGCGTAACATCATCAAGAATATAATTTCAAGATTTTCGAGTGAGATTCTAATGGTCTAATCCAATTTAATGATTTAAGCTTAGCTAAAAGTGCTCTCACCAGACCCAGAGATTGGTGGAATGGATTCAAACATGGTAAAACTCAACAGTTTAACTAGGGAGTTGTAAAATTAGCCTATTTCCAAAATGAGTCGAGTGTTGCTTTAAGCTTTTTTTTTTTGTGAAAGGGCAAGGTTAAGAAAGTCTAATGTTTAGAGAATTCTGTAATTCATCCCTAGAAATCTACATGCACATACATTCTAAACATGGCATAAATACATTTGCCAAAAAAGTTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTATAAATATACACACACACACATATATTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTAGGGATGCTCAAAATAATCAATTAACCGTTAACCGAAAGGGTGCGTTTGTAACCGATTAATGCTATCAGTTAAACGATTAAAAATATTATTTTATATATTTTTAGTTTGGCTGCATAAGGGGCCGATTGAATGCGCCTTTGCGTTAAGAGGGGCATCTTTTGCACGCGGCTCATCTCAGAGCAGCAGTTTGTGTTGTCAAGACAACTACAGAGAACTTTTGAAGAGCATGGTTTCAGCTACATTCATTCTTCCATGGCGGGGACTAAAATGCATCCCTTCACGGCTACATTACCCTTTCAAAACATTCAGTTATTGTTGTTGTTTTTAATAGGGGATTATAATCGCACCAAAACGTATTAAAAGGTAAGTGAATTATAACAGCGCAAACTTTTCTTTAACCGTATAGTGCTGTGCGCTGTTTAACACTTTGGGGTTACGTGCTGACTGACTGACAGGTGCGCGATGCGTGAGGCCAGCAAACACAATGAAGCTTTCAGTTAAGATGAACACAGTTTCTATAGTTATACTTTATTTATAGATAAAGGTATATCTGCATATAATCAATCTATCTTGCTGGAGTTTATAGCCGTTTCGCTTTACTTCAGGACGCATTAACGCCGCTCTGAAGGTCTAATCGCTGTTTTAAGTTATCCAGAGCTGGATGAATGTACAAATCCTGAATATCACAATATTATTAAATATTACAATTGTAACAACACAGACAGCAACACTTTTGCACAATCGATACGCAGCTGATTCAGTCGTTTCATAAGAGGACCGCGCTTCTTCTCTTTTTTTTTCCTTGTCAACATAAAGGCAGTGAGATGCGCCTTGTTTTCGGCCCCTTCAACTGCAAGACATACTTAATTTGCGGGACGATAACGTATAACCCGTGTCATATTTAAACAACAAAACTGTTTACAAAAAGTCAACATATGCGCGCGTTGTTGTCTTTTCATCACGCAGCGCGCACTTGAACCTTGAGGGAGAGAGAGGAAACCATAGCAAAACATAATCTTTAAAATAATGATTTCTATTAAAAATGTAAAAAGGTTTTGTGATTATAATAATAACAGCGGGGCATTAAATAAATGCATATTTTCCGTGGAGCAAGCAATTTGAGGAAGTCTGCTATTTTTATTTGACGGAAGAAAAAAAGCAGCCTATGCCGGTTATTAAGAAGAATCAGTCAGTATTTTCGTTTTGTAAAATAAATTAATTATTTAAGTGAAAATAATTTAGGGCAGTCCTATTCATTTTATTTAGATTATTCTGCTCTTCTGTGCTAAACACTGCAGGTGCGTGAAAATACTCTATTGTTATGTTCTATTATTAATATGCTAGCATATAAAATTAAATCAGTATTTTAAAATGCAATATTTAATGTGTCAGACACAAAATAGACACGTCAATTTGTTTAATATAAAATTAATAGTAATCTGACCAGTTAACCGTTAATAACCGATTAATGAGCGGCGGTTGTCGGTTAGCAAAATTAACCGAAATGAGCATCCCTAATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCAAACATATTTAAAACAAAAATCATTTGAAATATTAAACTAATGTATCTATAAAAAAATTCACCACATAGCCCTAAAATCTGAATCAATAGTCTTTAGACTATGTTAGTGTCATTCAAAATTCTTGATTTCACAAATTTTTGGGGGGTAAATAATATAAAAAATGGTTTATTAATATGTTTATGTATTTAGATTAAGATTTATTAAGACAATAAAAAGACCTATTTTAAGATGTTTTTTTTTTTATCATAATGTTATTTGAAGCATTCAAGTGCACAGTTTTAGTTGAGTTAATATGCTTACTAAGCATGAAAAAAATCACATAATTTGATTCAGATTCAAAAAATGGACACCTTATCTTTGTTTATTTACAAAATTAGTTGAGTAAATCTTCTTTCAGTGTATGTTAACTGGAACAAAAATATTTTGTGATTTTTATGGTTACCCATCAACAATTATTCATCAACATGGTTATTTAACACCTTAGAGATTGTAAATATAAATGAATTAATTGATATAGTAACAATTTTACATTATTTATTCTAATTTATATGTATTTTCTATCTTGCACAG
Seq C2 exon
ATCCAGTTGGCGAGCAGAGTGTGTTCAAATGTGACGTGTGTGACTACACCAGCTCCACGTATGTTGGTGTGCGCAACCATCGGCGAATCCACAACTCTGATAAACCCTACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000052164:ENSDART00000162237:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.675 A=NA C2=0.105
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=PU(57.7=39.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]