DreINT0181672 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000076171 | znf827
Description
zinc finger protein 827 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080728-3]
Coordinates
chr1:35300209-35304941:-
Coord C1 exon
chr1:35304603-35304941
Coord A exon
chr1:35300407-35304602
Coord C2 exon
chr1:35300209-35300406
Length
4196 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
TTTTTTTTAATCCCACACAGGTC
3' ss Score
9.49
Exon sequences
Seq C1 exon
AAGAGAGGAAATACAAGTGTCATTTGTGTCCATATGCAGCTAAGTGCCGAGCCAACCTCAACCAGCACCTCACCATCCACTCAGTCAAACTGGTGAACACAGATGTCGAGCAGATTGTTACCGCTGTTACCAACGATGGCCCAGAGCTCAAAAACTGCCCCTACTACTACAGCTGCCATGTCTGCGGCTTCCAGACAGAGTTCAATGCTCAGTTTGTCAGTCATATGTCTCTTCATGTGGACAAAGAGCAGTGGATGTTTTCTCTCTGCTGTAGCACCTGTGAGTATGTGGGTGTGGACGAGGCCGAGATGAAAGCTCACATCAGTGCAGGGCACGCAG
Seq A exon
GTAAGATCTCACCATTTTAACATTGTAGACTTTCTTGATACTTCTGTATGTTTTACTCTGTGTCCTTACTACATACGTCCTGATACTGCGGCACGCAATTAATGTATTTGCATGTAAAAGTAGTTTTTTGTCCTAACCATCCACGACAGCAACATTCAAAATTTCTGCAAAGTACTGTCTGACCAACTGCATGGAATTTTACTAATGTTAAAGAGATTAAACATGTATTATTAAATTGTAAATCTTTCTTATTTAGTTGGGAATGCAGTGCAATATTTTGCTCTTTTGAATGGCTCCTATATTCCTAATGTTCTGTCGTGTTCTGTCTGGGGAGGGGACACAAATTGCTTGTTGCTGAAATCTTGCATCACATGTTGTTAGGATATGTTGTTTTTAATTTGCTTAACTTGTGTTGGTCAGTCAGGTTTAGAAAAAAAAACATGCTAGTTAGATAGCTTTAGCAGCTGCTTTTTCTAGAGAACACCATGGCAGTTCTGACTTTACAGCTTGGTCAGCATCCACTCCAGTTCCTGGAGGGCTACAGTCCATGAAGAGTGTCCGTATGTAAAATCTGCATTCTGCCCCCCTACCAAAAGCCACTGTGGACCACTTTAATAGTGGATTCACACTATGTACAGTTGCCTTAAACCGGGCCATAGCACGCTTGTCCCCTCTCCCGTCTCCCCCAACTGCCAGCACTCACATTACATTCGGGCCTGAGCATGCTTACGTCATCGATAATGCGCTGTTCAGTAAGTGCTTTCGCTCAGCACAGTGGAGATTTCTTTTAGTAATATCATTTGATATGCAGTGACACGCAGCCGTACAGATCAGACACTTTTGACATTCATAAACAATCATAGAGTCCTCGTGCTGCAGGAATTAAGAGGTTTGCTAAAGGTGCAGTGAGGGGTTTGCGTCTTTAATAATCTACGCAGTTTGTGTTCATTGAACAGTAAGAATGATTAATAAATCATTATCAAACAGTCCCGTAAAAGTCACGTCTCGTCTTTAATTTTGGGCTCTGGCGCCCTTTGCACACACACTATAAGCGTACCGCGCCAAAGCCCAAGTGAACCGCACTCTGGCACACCTCTTCCAACCGGGCCAGGCTGGCCAAGTGAACCGTGCCTGAGTCAGAACACTCACACTTATTAAACGATCCAGGAAACGGGCCTGGGCACGGTTCGGATAGCATAGCATGAGTAGTCCTTAGGTGTTTTTGCCTTGTGCTCTTTGACTTTCTTTTTCCCCAATAATGGTGCCTTTGGTCACAGTCCTGCAGACTTTTGCTTCAGCAATGATAAAAGGCACCTAATCTAGCTAATAAATCCTTTAGGCTTATTTGCATATTGCAGGTATGGTCAATCTTAAATGGCATCCTAATGTTTGCAGACTCCAAACTTTAGTGACACAATGCCTCTTTTTCACTAAGCAGTCCTGTTCAGTACAGTGAAAGCAGAAAAGAATGCTGCACCACTTGCGCACACACTTTTAGACGCCCTCATAAACAACAATAGAGGACATGCAACAGATTCTGTTTTTGCTTCTTGGCATGTGGCTGGTTTTCTTTGAGCGCGGTTTGACCATGGCTCATTGCTGTGCATGTCTTATTACAATGCCATGTCTTGTCATTTCCCTGGCGTGTAGCACATGCTGATGATGATTTTCTGTAAACCAATACTGTTAAGCAGCTAGTCTAACTTAACCTTTTGGAACTGTTCTGTTATGCTAGGTACCTTTTGGCAAGGGTGCCATAAAAGTATGGTAGAGTTCACTTTCTTAGTACCTTTGGCAGTGAAAACAGACATAAATGCATACAGTACTGTACCGAACCTCTCAGTAGCCATTAGACTTTCGAGTAGAAATTTGTACAGAGCTCTACTCAGTGCAGACTCAGCAGAAGTGTGCATCACAGGAGAATAGCAGCCACAAAGGGAAAAATCGCACCCTAAAATGATGAATGGGACAGCCTACAGTGCTTTAGATTTAACAAACACACATGTAGCGGTCATTGTAAGGCCACAAGTGCACAAGAGGTGTGCCATTTGGGATTTGGCCTGTGTGTAGGAACTGAAATCTCTGTGGGGCCTCCTGTGGCCCTCCAGAAGCTGAGTTTGTCACCCCTGATCCAACCAGTTTAAACCAGTAGGAACCACAACAAACCCTCTGATCTTATTTTAAACATTTGGTAAACCTTGGCGCGAGTCCACTATAATATTTGCATTTTTCTCTTAAAACTCAAAGTGCTTTAGCTGAAGTTGTAACTAGGTGAGTTCTTAGTGCAGGCTCCAGACTAGCTTAAAAAATGACCAGAAGGTCATGGGTTTTTAAATTGCAAGATTTTAGAGCCAAATGTCTTTATTTGTTGACAAATTACACATTTAAATTGGACTTAAACAAAAAGGGCTTGTGGTTTAATGAAGGAATCTGTTGTGAAATTTAAATCATTTGCTGCAGTGGGTCTATTTCTAAATGTGAAACTGACCAATTAATGGAGGTTTCAGACTATTTTGTGAACCTTTGGGACTAAACCGTTAAAGAGATCATTCATACGTAGTGAAACACAGAAAACACTGACTTCATTTGAGGACATAATTAACTGCTGCTACTGCATGAATCCACAAACATTTTCTCTTGTGCCAAGATTTTTGTTCCAAGACTAGACACAGATTGTAAATATTTATTTTTAATGTGTATTATTTATTATTTGACTGTTCGCATTTGCAGTGGTTGTTTTAATTTTTTTTTATTAGAATAACATTTTAGATTTAATAACATTTTTTCATTTAAAGGAGGATTGAGGAAAGACTGATCGAACACTTAACAGGGTGTGAAATGAATGCAATTGGGAAACCTGTTTGAAAACTTTGAGTCCATTTGGTGGCGCTAGTGATGTAGAAATTACTCTGGTAAAGTCTGAATTGCTGGGCGGTAATTGTTGACATAGAAACTCAACAGGGTTATTACAGACAAACACCTTAATCTTCAGGTTGTGCGTGGGGTTCATTTTTAGCCAGTCATGGAACTGACTGAGGGTTCACGTTTGAGTGGGTGTGTGAGTTTATATTTAACTGCAAGGCCTGGTGTTATTAGACCCAAGGCGGCTGAAAAATCAATAGCCCTAGTCGCTCACAACTAACCATCCAAGTAACCCAACGCCGCGATGTCTCCCACACTCACCCTCACGCCATGGAGCTCGAGTCCACTTTCAGCAAGACAGTGTGTTCTCAGAGTGACAGCAAAAGAACAAGTTGGTTTGTCAACTGCGATTTAGCACCCTGCTACAGACACCCCTTGCCGCAGATTGGCTGACCTCAGGTCAGTGCCTACCAGCCAGCACTATGTATCTTGCTATGGAAGGTGGCTGAGTGTAACGGCTGCCACTGGGATGCCTGTCTGGCAGCTGTTTTCTCCATCACACATGCTTAGCGTTATACTGCAGGTGTTTAGCTAAACCTGGACGCTAATTCTTCCTGATGTATCTCATGCAGTGTCTAACTCTTACAGTAGCTGTTGAGAAGTCTAGCTCTTGGTAATGCATAAGAGTCACACAGAGCATCTGTATTCAAAGATGTCATTGCGGCTGACAGGAGATTAAACATGACCACCTACTCTGTATTCCACATGCGTTCTTTCAAAGGAACGGAAGTCTTAACATGTGAGCGAAGCGCGCGTGCAAGCTAGTATCGGCCATTTCATGAGCTATGAGAGCCCTAGGGGAGAGCCGTGGCCTGAGATGCTCCCGCCATCTTAGCTGTGGCGGCCCTGACCTAGGCAGCCCCCCTCCCCTGCCGCTCTCAGGCACAGCGTAGATCAATAAGAGTGCAGGCTTGAGTGTTCTGGCTGCTTGGATACAGAAGTCAGGCTAAACCCGCAAGAGTGCCTCTTAGGGAAGAAAGCCCGCCTCCCGACTTTTAAGGCTTAATACCGCACTGCTCTAGGCATACATATTCCAGCCCGGCTCACTGGGCGGATTTCGATCAATTGCAGGATTTTTCTGCCTTTTGCTTTACTCATTACAGAATTCATTATCAAACCTTGAGCGCTGAAAGACGCTCCTGTCTAATTCTCTCATGGCTTAAGCTAAGCCGAGTCTTTGATACCATCATGTCATTCAAAAACCAAGTTTGTCTTATATTCAGGAAGTGACCCTCGATATCTCTTTGCTTCTTTTTTTTTTTAATCCCACACAG
Seq C2 exon
GTCTCAATTCTAGAAGCCCTCTCAGTGAGACCAAGAGCACTTCCTCCTCTCTGTCAGCCCTCAGCGACTCCCTCAACAGCTCTGAAGGTGGAGATGTTGCCCAAGGTAACGAAGAACTAAAAAGCCTTTTGGCTCCGCCTTCATCTGTGGGAAGCCAATCAAGCTTAGGCCCAGGAGCAGAGGAAAAAGCAGAGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000076171:ENSDART00000037516:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.018 A=NA C2=0.433
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF139091=zf-H2C2_5=WD(100=21.1)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]