HsaINT0188485 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000151612 | ZNF827
Description
zinc finger protein 827 [Source:HGNC Symbol;Acc:27193]
Coordinates
chr4:146686699-146695824:-
Coord C1 exon
chr4:146695658-146695824
Coord A exon
chr4:146686891-146695657
Coord C2 exon
chr4:146686699-146686890
Length
8767 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGACC
5' ss Score
6.54
3' ss Seq
GTTATTTGCTTATTTTTCAGGGG
3' ss Score
8.23
Exon sequences
Seq C1 exon
TTGTCACGTGTGTGGATTTGAGACCGAGCTCAATGTCCAGTTTGTCAGCCACATGTCACTCCACGTGGACAAGGAGCAGTGGATGTTTTCGATCTGCTGCACTGCCTGCGACTTCGTCACCATGGAGGAAGCAGAGATAAAGACTCACATTGGCACCAAGCACACAG
Seq A exon
GTGACCATTCCTGTCTGTCCTTCTCACACTCCTTCTCCATCCCCTGCACCCCAGAGCACCTGCCACCTGGCCGAAGCATCCCCACTGCCCTGAGACATTGCCCTTTTCCTTCCATGGAAGGAAGGACTTTCCCAAGGCATGAAAGCCACATTTCCCTGTAGTCATAATACTGTTTCCTGGCATGCCTTGTGCCTCACTGCTCTGAAAGACTCCCAAGTTCAGATGTGGTTGAGAGGTGCCGAGCTCTTTGCTTGTTGCTCATCCTGATCCTCTTCCTCATCACCATATGTGACAGTCTTTCAATGCCCCAGTCTTATGCCTTTGCACACTGGCTCTCATTTAAGCCCCATAGCAACCCTCTAAGTGAATACTATTATTATCACACTGTACAGTACAGGTGAAGAAACAGGCTTAACAGAGGTGAGATATTCCATCCAAGGTCAGCAACTAGGGGTTGCTGTGGTCACTAGTTTCAGTCACTAGTTCAGTAGTCACTAGTTTCAGTGACTACTGAAACTCAGCCCAGAACAGTTTTCATTCCAGAGCTTGCTCTCTGTATCATTGCTGTTCTGACAGCCCCGAGAAACACTTGGCAGAGCTTTGAACCTTTCTGTTTTCCCATGCCAGGGCACTACACACCTACTTCTGTAGGCTCTGTTCCTCTCCAGTGAAACTGCAGCCCTGACGCTCTCCTTAATGACGCATGGCATGTGTGTTCGCGGCCAAAGAAAACCAGATTCTCCTGAAACAAACCCATCACTGTCTAGGCCATGGCCAAGGCTTCACCAGTGCTCGCCTGTTATTTAAGCTTCTTGCCATTCTGGTTAACTTCTTCCATTTATTGATGTTAACATTCTGACTTCACCATGCAATTATACTCTCACAAGTGATGGTTACAAATGATACCAGCAAGGAGTCATTAAGTGAGAATGAGGAGGAGCTCCGTCTGCATTTGCGGGGCTTACAAATTAAGAGCTGATGTTGCTGATTGCCAGCCCTGGGTGTTGGGTCAGCCCCTCACATCATCAGCACTTGAAGGATTCGGGAAGGGGAATTTCCCTGACAGTTGTGCTGACGATGTACACAGCAGAGGAGGATCTCTCTGTGTTTCTCTGGCCACTTTGGCTCAGTGGTGCCAACAGTAATAAAAGCTTGTTTTTGTCAGTAAATTGAGCAGCTATGACTTGGAGGTCTGCAGAGAGCCGTTATGCCAAGTGAGAAGGTGCCATTTTTACAGTCAGTTGTCTGACTGTAACCACATTAGCCTGTGGGCAGCAGGTGAGCTGGGAAACCCATGTTGAAGACAAATTAAATTCAGCATTTCTGGAGTGGCTAATGGAGGAAAAGGCCAAACTCTTTTCCATTACCACTGGCTTTTCAGATAGTCTTTTTTTTCTCCTTTCTGTTAACCTTTGTTCTAACCCTCTTTACTCCAAAGTATACCTGAACCCAGTTGAAAACCTTCCTCCCTCCCATCCTGCTCCAAAGCCCCCTCCACACCCATACCACCATAGAAACCATAGAAACCATATGGCTAGGCAGAAGCTGGACTTGTCATCATTTAATTGTCGTGAGTGGAAACTTCACAACTAACCAGTGCAAACACATACCTCGTAATTACCACAGGGAATGAAGCAAAGATCTTGTTCTCTCTGATGTAGCAGGATTCAGGGCTCATTGTCTAGCAGGAAAGAATATTCTTGTTTGTTAGTACAGTCACCCAAGAGTGAAATGCATTAAAGAAGTTTCTTTTTTAATTCAGTAGGAGCCTTTAATGCTGCTGCTCTAAGAATAAGGTTAAAACCTATTTTATAAGCCAGGGTCCTGCAAGCTTTTTTCAAAGGGGCAAATAGTAAATATTTTAGGCTTTCAGGTCATACAGTTTCTGTCACTACTACTCAACTCGGCTGTTGAAACTTGAAAGTAGTCGTAGACAATATGCAAATGAGTGGGCATGGCCATGTTCCAATAAAACTTTATTTATAAAAACAGGAGGCTCATTTGAGCCCAAGGACTGTAGTTTGCTGACCCCCATTATAAGCTAATGGTCTCACAGCAAGGGTTTCCTGTATTTAGTATAGTTTTGAGATGTTTCAGTTTGACCCAAAATAGATCAATCTAAATCTGTAAATTAGTAAGTTGGACTATTGCAAAGTTAGGGTATAAAGCAATATATATGTTATATGACATATATAGCAGTATATATTCCCAAGAACAGGGAGCTTATCTAAGTCACTGCTGTATCTCAGCACCTGGAGCAGGCCCTACACAGTACAAGTGGGGAATCAATGTACCTTCAGTGAATGAATATATTTGTGTGCAAGCTCATCTGTGCACATTTGTGCATGCTAAGTAAGAAAACTATTCAGATGTGGCCCTTGCTTGAACCTTAGAGTCCTAGTGACTTATTTCTGTAATCTATGTGGAAGTTACTTGGCATGGAGGAAAGCACACACTGAATTCTCGATCCAGGTTCTAGACCCTATGGTACCATAAGTAGTATTGTGAATGTAGGACCTCAGTTAACTTCTCTGGACCTCCATCTGTTCCCTATATTTTCAGATGCGCAGAAGATGCCCTTAGGCCTAAGATTCTCTAATTTTATGAGCCTTGTTCTCTAATTTGATTTTCCTGTCTTAGGAAAAGGCCCCTATTATTTCAGTACCTTAGGAAATCTGCCACGCTATCTTGTTACCTAAGTGAAGTTGTGATCTACAGGATAAGCTCTAATCAACAGCACGCATTTTGTTTAGTCTCCTACAGAACCCATGCTTTCTCACATTTTCTTATGGGTTGGTGTTACTCCAGGCATGCCTGTGAGTGGTTATGTTAAAGGGATACCTGAGGAACTGTCCTCTCATTAGGCATTTCCGCTTAGTGATCCCTCCTCACCTTCTTTCTCCCACTGTCTGGCGTCTTGTCCCTGCAGAGAATATCAACAAGGGGAAAATATCCCCTTTGGTGCTTGTGACTTCTTCAGTGCAAATTTTGCTGCAATTTCTAAATGTTGCAATAAATGGCATTGAGGAATCTGAATGGCTATTTGGAAAATACAACTATCAATACCTCACCTCACATTGACACCAAAATAAATTCCAGATAACTTACAGAATCCCTATTAACAAATCAGCCCTAGAAAAGCCTGAAGAAAATAGAATATTTATCAAGCTTCCAGAGCTAGAAGGATTTGTAAAAGCTTAAGTGATAAAATAAAGCACAAATGAAAACAATCGAGAGATCTGACACATAAAAATTTCTTCAGTTTGCAAAATAACAGAAAAAGAGAAGCAAAACCAAAACCTGGGTCTGAAAAAATGTGTTTACAAAAATGACAAAAGGTTAATATATTTACTACATAGAGTATTCCTATAAACTGTTAAGAAAACCTTTAGGCCTCTAATTGAAGAATTAGCAAAGGATATGAGGACATGAGCAGTCAATTCACAATGAAGGAAATAAAAGCTAACCACTTACCATAAGGAAACACATACAGCTAAAACTCGAGGCTTATATTCCACCTGTTAAGTTAGGAGAACATTTGATATTAATACTCACTGTTGCTGGGATGATGCTGGTACTCACATTGCTGTTGCCCTGCGGAGTTGTAAAACTCCTTGGAAACTAATTAAGCTGTATATACCAAGAGGCTTAAAATGTAATGCCCTGTGACCCAGTAATCCCATCTCTGGGAATTTATTCATGGGAAAATATTCAATTAGTGAAATATTAATTTTACCTTTAAATTTAATTTTAAGGTACTATTTAAGTAGAATAATCCCCTCCATGGATATAATACAATCATTTAAAACAATGCAAATATTTTCAAGAATTTTTTGAGAGCCAACTCTGTACAAATATCTAAAATAGCATGGGAAAATACAAAGTATTAGTTATCATTATTATTATATTTTATTATGTATGTTTTATAATAGAATAATAATATTTTCTATAATGCTTACCATGATCCAGACATTGTTCTTAATGATTTACATATAAAAACCTATTTAAGTATCACAACCACCATATGAGGCAAGTGCTGATATCATCCCCATTTTATAGATGAGATAATTGAGGCACAAAGTTAAGTGTCTTGTTCAAAATAATACAGCTACTAAGTGGTAGAAGTGAGATTCAAACTCACATGTTCTGATCTATTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTAAGACAGGGTCTCACTCTGTTGCCGAGGCTGGAGTGAAGTGGCGTGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCACCTCTCAAGTTCAAGCAATTTTCGTGTCTCAGCCCCCTGAGTAGCTGGGATCATAGGCATGGGGCACCACGCCCAGCTTATTTTTTGGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTTGCCATTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGGCCTCAGGCAATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACGGCACCCAGCCTGGATCTAGAGTCTTTATTCTTAATCTTAATGGAAACAATTTAAAAGTAGAAGTGCTTACTTTGTTAAGAATGAAAAGTACTCTAAAATGTAACAGTGTCTGTATTGAGGAAGCAAGATGATTGGTAATTTTTTTTATGGTTTCAATTTCCTAATTTGTGCTGTTTAAAATTGTGCAATATTTAGGGGTTTTGTTTTGTTTTTTAAGTTCTCTTCAGCTGGTTGTCCTAATGTGTGAAGTTGCATCACCTGTGCACAGGTGTCCTTCACCAAGATCTTTGTGATGCTGAAGAAGGTAAATGACCACTTGGGTCACAGTTAGCCTTGGACTTGGCTGGCAAGGGCACCCTGGCTCTTTCCACAGACATAGCAAAACAAGATGAGGACAGAAACAGGAGAGGCTGTTTGGACTAGGGATTACACATTGAGCAAGCTGGGCTGCATCACAGAGTGGCTGGCACAGCACATTGTATCTTTATACATTTATTAATTTAGGTATTTCTGCCTGGTG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Seq C2 exon
GGGAAGACAGGAAGACCCCCAGCGAATCAAATAGCCCCTCTTCATCCTCCCTCTCAGCTCTGAGTGATTCAGCCAACAGCAAAGATGATTCAGATGGCTCCCAGAAAAACAAGGGCGGGAACAATCTGCTGGTCATCTCTGTCATGCCTGGGAGCCAGCCCTCACTGAACAGTGAGGAAAAGCCAGAGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000151612-ZNF827:NM_178835:11
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.141 A=NA C2=0.723
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF058767=Terminase_GpA=FE(47.9=100),PF139091=zf-H2C2_5=WD(100=43.9)
A:
NA
C2:
PF058767=Terminase_GpA=PD(17.9=32.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)