GgaINT0007717 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000002040 | ARVCF
Description
NA
Coordinates
chr15:1099327-1105380:-
Coord C1 exon
chr15:1105209-1105380
Coord A exon
chr15:1099399-1105208
Coord C2 exon
chr15:1099327-1099398
Length
5810 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGC
5' ss Score
9.55
3' ss Seq
TTTTTGGTTTTTTTGCACAGGAA
3' ss Score
8.52
Exon sequences
Seq C1 exon
TCCGTGGAGAATTGTGTGTGCATCATGAGGAACCTTTCCTATCATGTCCACAAAGAGGTCCCCGGAGCTGATAAGTACCAAGAACTTGATGCTGGTCAGACTGCGGGCACGGGAGGCTCTCAGAAAAAGAAGAAAGATGATGCTGGTTGTTTCGGTGGAAAGAAAGCTAAAG
Seq A exon
GTATGCCTCACAGAGAACCAAAAACTGGAAATGTCCTGGGGGTAAATTGTGCTGTTTGGTTCTGCTCTTGCAAGCCCTTCCGTCCTGCTAGAGTGATGCGGTTTGCAGAGGTACGTGTCTGCAGTGCTGTGGCACGTGGTCATCTCCCTTGCTGTGTTACTGCTCGGTGTTTGGGACCTATGTCCACAATTGCTACGTTCTGTTTGGCTTTAAGTAGGAGTGATGCATGCTGTTGTAAGATGCTGCTGCTGGATAATGGTGGATGTGCTCTCCCTATTCTTTTCTTGGCTGTGTTCTTGCATCTGTCAGATCTATGCTTAGTCTGCTTGCTTGGCTGCAGAGCATGTGCCGATGTCTTTGGAAGCCAGGCCAGCATGCGTCCATCTCCACGCATGGGAGTCCTGTCTGTGTTCCATGCCTTCAGTCTCCCACATGTGAAAACAAACTGAAAGGCTGTCCTCTCACTTGCAACCAAGAGATAGAACCTCCCAGTTCTGTCACTCAGTAATTTAAATTGCAAACACGATTTTGTAGCTTTTAATTGTCAGTCACTTTCAGACCTGTTCTTTCCTCTGGGATGTGAAAGTTGCAAATGATTTTTCATTTCAAGCAAAGATTAACAGTCTCAGTAACCCTGCTTCCATCTTCATCTTAAAAAGAGGCAGTGAAATGCATTTGGGTATAAAAGAAACCTGTGTTTTCTTTGGTGTTTTTGAGAAATGACTCTTGTAGGCTGAATTCAGAGGTAATGAACTCAGGTTCCTGTCTGGGCTCCATTCTCCACATTAGTGCATGCTCACATCCTGGCTTACTGTTCATGGCCAGGATCTAAGGAAGGTTTTGGTGCTGAAGGGAATACACGGGACTGTTTGAACTTGACAGACTGTGTTCTGTGCAGGGGGCTTCCTTTGATGTGACCTGTACATGTTGTGAGAACGTTTTGTGTTTCCATAAGCGTTAAAAAAGTCACCACAGAGTGAAGGCACGTTTCTAGAGCAGTCTGTCAGCAGAGATGGAGGCTGTGCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTAATTGCTGGGAACCTTCTAATGGCTGAGGGAAAACTGAAAAGACAATGTGACCTGCCTGGCCAGCCTGTTCTCATCGTGAATGCCTGAAACTTCAGTGTGATATCCTTCAGAAACCTGGAGTGCACGTTGACTTGAGCCTCTTTCCTGCCTCGTCACCCGTGTTGTTCGGCCACATGAGAGCAGCAGTCGGTGAAAGCACCTTTGTGTGTAGCACTGAGTGTGCACTGTGGAGGAGGGGGGCGTAGGGAAGAGCTGTGGTCGTCCTGCTGATGGCTGTGAAAGCAGGGCGCTCTCAGGTGGCTGTCCTTGGCCTCGTGTCCGCCACAGAACCTGACTGTGTCCTTTGGGATTAATGGCTCTCAAACCGTGTGGCACGAGGACGGGCCCACAGACCGAGCAGGCGGCGCTGGCGCTCAGGGACAGCCTGGGCTTGGCCATGCGTGTAAATGTGCTTTTAAAGTCAGAAATAGAAAATTCCTCTTCCCCCTGTTAAATTTATGTGAATACCTCGGCTGAAACTCTTAATTGTGTCGGCCGAGGGCTGGAAAATAGGTCATTTCAATTCCCTCTCTCTTTTGCTCACTGAATCTTGCAGCGTTTCCATATTTTTTACCTCAGTTCTACCTCAGTTCGTGGTCATCGATCGTAGCGTTTCAAACCCATCTGCAGGGGCCGGGCGGCCTCCCTCCCCACGGAGCACTGAGCCCTTTCCATGGCATGAGGAGAGGGGGGAGGAAGACCTGCAGGGGAGGATTTTCTCAGCAGGAACAAAAGGAAGAGAGTGGAATATCCTATTCTTTTGTTGGTTTGTTTTGGTGGGTTTATTTTTGTTTTTAATCAGTGAAAGTTCATAGTTTTCTTGTAAGTCTCAGGTTTTAACCTGTTTTGTGAAATTCTGCCTCTTTGTGACTGTTCCTTTGTATTTTCTTCCTTCCTGTAAATTCTTGTTTTTCTTTTGCTGCTTTTCTGGTAATTAGAGGAGTGGTTCAATCAAGGTGAGTCTCTGCAATACTTTCTTTTCATCATCACCATAATCTACATTGTTCAGCTTCTACATGCAAGGCAAAGAGCTGAGGTTAAGGTCTTGTTCGTTCACCTTCTCTGCTCCCCCATGCTCTGCTCCCTCCTGTTCATTTCAGCAGGCATGGAAATCCGCTGTGTAATTGAGAGAGCATTTTCAGTTTGTTCTTCTCACGCTAAGAGCAGAAATGACAAATTCCTATTCAGTCCTGGTATCATTGATTTGCAACCGGCCTAACAATCCCGTGAGGGGGGGCACAGGTAAGTGTGCAAGTTGCCTTGCTAAGCCTGTCGTGTCAAAGTATAGTTTTGCTAACTCACCTGGGTAGCAGTAAGTGGCAAGGCTCAGCAGCTTGGAATTGTACTCATAGAGCGCACTTTGTCAGCTAAGGAATGTGGCCTGGGCTTCTGCATCTTTGTTACTGACGTTCAGGCTGGCTAGATGAAGATACTGCAGTAAGCTGCTGGGGGCTGCACCTGTCAGCTTCTCATCCCAGCACAACAGGAGGAGTTGCCTTTGGAGCCGCACCTCCCTCACTCTTCAGCTGGCAGTTCGGTTTGGCTGTGCGGTGTCCTGGAGATTTCCAGTGTTCCTGATGCTAACTGAGGGGTAAAGGCAGGCTCACTGTCAGTTTGTGACGCTTGCCTCAGATCAGTGGGTCCTGGAGAGTTGAGTCAAAACAAAAATGTTGACAAAATTGCTCCACCCAACAAATGGTGCTTGTGAGCTTTCTGGGAGGCGCCGCTCGCAGACTGTGGCTGGTGGGCGTGCAGAGGGGCAGAGCACAGCCCTTGCCTTCCATCACCCACTGAACTGGATGGCAATGGAGCCTATTAACAAGCACAGCATTGATTGTTGCAGGGTGTCGTGAATAATCTCTTCACTGTTATTATTTTTTTTAACTAGAAGTGTTTGGGAATGAATCCTCCAGCAGGAGAGGTCTGGCTGAATAGCTGTATTGATTATCCAAGAAAACAAAGCGATATTTGAGGAAGATGATAAACAGCACTATTGGTTAATAACACCGGGTTATATCTCACAGTCCTTATTAAGTTTCTGACAGTGAGGATGCCAAAGGTCACATTTCGGTTGTTTTTTACATAAAAGTTGTGGGGGGAGAGGGAAAGAATTTTAATCCTACTGTTTCAGAGACTGTAAATTGCTTCTTGTACAATCAAGTCTCATGTCAGGCTGTTTTCCCAAAGCAGATTGCTGTGCCAATTCCTTCAGCCAGGTCTCATAAAACAGACCTGTCAGCAGGCACATTCAAAGCTGTCTGTCTCTTGGCCAAGTCTGGAGCCGTGCTTTTGATCCAGCAGTATAATCTTTTCTCTCCTGTTCCTAGAGCTGTAAAACTTGGGGAGGAAGGGAGATGTATAGCAGGGGAAAAAATTGAGATGTCCAAACCACGTGCCTTAAACTGCTAGCACAGTCTTTTAAACGTCCCTCTGCGCTAACAATGCTGGCAGGCTTGAGTGATATTCAGAGCTGCAGTGGCTGTCAGCGAAGCTGGTTTTCTCATGATGTCATTCAGGGTAGGTGATGGCTGAGAGGTCCGTAATTGATAGGCTCTTGAAATTGCTGAATGCTGTCACCTTGTTAGTAAATCCAAATCAATATTGTGGGTCTCGTGGAAATCAGATGGGAACAGGAGCAGCTGCACCACCTTTGCCTTCCAGATGGATTTCTTCTGGAGTCGTCTCCAGCTTAGTCCTCGTGTTCCTCATCCCCTCCCTAAAGGAAAGCCCTGGATAATGGAGGTGCTTTGGGAATTTCTGAACCTGGCCCTTGCTGAATTGGATTAAACAAGCAGTTGGTAAAGCAGAGATCCCATTGGTCAGAACTGTGTCTCCTGAATTTCTTCCACTAGTAAACAGCTGGCAGCTTCTGTTTTAAAGAGACTGGCTTTGCCTGAGGGCTGGATTAGCTCTTCTGAGAGACAAACCAGTAAAGGCTTCCTAAAGGATGGCCAGTATGTTCGGTCTGGCCCAGAAATTGAGACTGTGACTGAAGATTAGAGAATGCAGGGTGGAAAGATGGCCTAATAAATAGCTGCTTCTGCACTGCCAGCTCAAAAGATGCAGCAGCCTATGCTGCTCTCCTGGACAGTCTCTTCTTTAACTGGTTGTGTGAGCACATACAGCTCTGAGCAGGGCACGAGGCTGGAGGGGTCCTCCTTCTTACTGAGCCAGCTCAGGTCTGCAGGGCTAATAGAAATGACAATCTGCTATCTTTATGGAGAGAACTTCTGAAATGAGTGGTTATGTTGAGTAAAGTCTGGCTCTCACTGCAGTTATTCTTAGGCTTTTTGACCTAGCTAATGCCAGAGACGTGAAACTGGGGGTGTGTGAAAGGAGTTAGTCATACTTGTAGATATGATGGAGTCCCATTTCTTGGTCTGTCCCAAGTCTGTAACGTTTCCTAAACAGTGACTTCTGTCCTCTCCTGTCCCTCTACTCGGGCGGTCTGCAGCGCTCCGCAGCCACCAACAGTGTTCAGCTGTCGTTATGAGATGTAGTGTCCTTTACTGTACATTTTTAATTTCTGGTATTTCGTTCACCAAGCAGTATGTTTCATGTTCTTTATGGAACAAAAACTAGATGGAGGGCTGTGGCGTTACAGCTGCGTCCTGTCCTTCCCTGCAGGAAAGGTGCCTTTCGGAGCGCTGGCATGCTGTATGGTCCCATGACTTTTTGGCAGTTTAGAAGGATGGGCTTTGGGGCTTTGCCATACTTTAATTTAGTGGCTTCAGAGGAACAGAACTTCCAGATGCTTTTTGGTTTTGTACGGCAGTGAAAGTTGGCTGATCCTGTGCTGATGTTTCAGAATTAAAAAAAAGTATTTCCAAGGAAAGGGTGGGGATGTAATGCTGTCCCGAGGGCTCTTCTCTTACTGATGTTTCTAAATGTTCACATTGGTATCTAAAAGCA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Seq C2 exon
GAAAGAAGAATGGAGATTTGGACAGGAGTTTTGATACACTTGATTTGCCGAAGCGGTCTGAGACAGCAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000002040:ENSGALT00000003170:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.448 A=NA C2=0.130
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0051418=Arm=PU(4.9=8.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]