DreINT0033720 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000061688 | arvcfb
Description
armadillo repeat gene deleted in velocardiofacial syndrome b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060526-60]
Coordinates
chr5:25722522-25730172:-
Coord C1 exon
chr5:25730001-25730172
Coord A exon
chr5:25722594-25730000
Coord C2 exon
chr5:25722522-25722593
Length
7407 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCATT
5' ss Score
4.32
3' ss Seq
TCTTCCTCTTCTTCACTTAGGGA
3' ss Score
9.87
Exon sequences
Seq C1 exon
TCTGTGGAAAACTGTGTTTGCATCATGAGGAACCTGTCGTACCATGTACACAAGGAGGTTCCAGGAGCTGAGAAGTTTCAGGACCCGTCGGCTCTACAGGCCCCCGGCTCTGCTGGCACTCAGAGGAAGAAGAAAGATGATGCAGGCTGTTTCGGCGGAAAGAAAGCCAAAG
Seq A exon
GTCATTATCGAATTCTCCTTCATCTCATTTGTGTGCTTTATATTTAAACAAAACAAAAAAAAAACATTACTGACTGCCTTAATATTGCTGCCACAGGTTCACTGAGGGCAGTATGATTCTAGCATTAACACATCAACATCATAAATAGCAGAGCTAAATGGCGCTCGAGTCTTTGTTTGTTTGCCCTGTGCTCTTTTGTGGCTCACAATTCATAATTGGAGTGTGTGTGTCTGGGGTACCAATGTTGAATCAATATTCATCTTGACGTGAAAGGTGGGTGGAGGTTCCGTGTCTGTGGTGTTGCATTGTCTAAGCTGAATAAGTTCTCTGAACACTTTGCTTTTAAACTGTTGTCGCTAAACGTACTCCTCCTTAACACTGTGCCAAGAGAGCTGATTCATTTTCAGGTTCCAGATGGTTACAAGGATTTTTTTTGAGTAATATTAATTATTTTTTGTTCTCTCCCAAATGAACTGATGAGAGCCCTCTTGAATGCATTATTGAACTGAATTAGCAAATTGATTCTCCAACAGGCGTACTCATTAAACACCCTGAAGGAGCAAAGAAACCAGAATGTGCGGGAAAAAATGGTAATGATAAAAACATTTATGGCATACTGTGCCTCATGGACTATTTTTAATGAAGTTTGTTTATCTGTCAGTGGCCCTGGAGACATGAACTGTAGATGCCAGTATATTTACACCAAAAATTGCCTCAATCAAGCATTAAGATAAATTGTAAAATACTTTCGACATACCCATTTTTCTATTAATATTATTCTTGAGTTAAAAGGCATTCTGTAACTGACCCTTGCAACGTGTCCTAACAGCAACAAGATTGCAAGGACAAACAATTTGTCTGTCCACATTAGACATGACACAACAGAAGCATTTAAATACCACACACATTCAGAAGTGCAGATTACTCACTGCACACCCAAATAAATGAACAGCTTTATTATCGAATTATTGAATTGTTCGTGATGAAACAAAAGAATGCACACACTGTTTATTTTACCTATTTTGCAAAAGTACTTTTATTGTAAAAAAAAAAACACTTTTATTGTTGTTGTGAGTGTACAGAAAAAGTAGACAACTAGCAGATTCAAATGGTGTATAACATGTATTTGTGTGACCAAAATCAACAGAGTATTCTTAGTGTCTTTTGCATTGATAAGGGGGAAAAAACCTGCTAATCACACCAGTGTGATCTGGTGTCCTCAGAGGGTTAAACCTCATTAACATTATTAAAAGTACATTCTGAGTGACTGTCGTTTTTGGGTTAAGTTCTGCCATTCAATATAAATGTCACATAAAATGGTAACTACTGGTAGCATTTAACATTGAATTAAGCACATAATCAGTTCCTGATGTGATTATTGTCAAAGTAGTATATGCTGTTGTTTAGCCATGACAGAGCCGAAATAGAAGTCGTTTCTAAAATCATAGCTTTGGGAATCACTGTTGCTGATGCAGTGAGTTGCTGCATGAACTCCTCAGAAAAACAAATAGTAATAAGCAGTGTGCATTTGAATGATATATTCAGACTTGACATGAAGTAAACAAATAAAAAATTAACGTTATAGCCTGCAGGTCACAGGATAAAACTGAACTGAAACATCACCTAACAAAACAGACTGACGGTAGCAAAAAGATGATTCCCCAGATGTCAGAGATGACTGACACCCTTAGAGCTTTTTAGATTAAAAGCAGCCATCTAGATCAGTGGTTTTCATTTTAATTGATGTGACCCTTAATATAAAACCATTTAAATGCAAGTCAAGTTGTAAGAAGAGCATCAAACACTCCATTAGTTTTAGTTTTAGTACAGATAATAGTAAGGTGTCATTTGAAACGGTAAATAATTGATTTTTGGGTGGGCTTTTGTTAAATAAAGAAAAAACAAACAGGTCTCACTTTTTTTACTGGATATTATGACAAGAGTAGACCTGAGCTTTGTATATTTTTACCTGCTATTTGCATTTCACACTCAAGAATTTCTGCAAAATGGTTTAAGATCAAATCAATCAGTGTCTTTTTTGAGTGTAAGTGTAGTTGGAGTAAATAGTGAGAGGGGATCCGGAAATGTCTTTGTGCTGGGACTCAAACTCAGGACACCTGCAGCACAGTTTCCCTACAGTCTATATTGATGCACTGACCACTATTATACTGTACATAATTGTTCAGTTTTTGAACAAAATGGCAGACAGCAACAGGGACAGATAATACAGGCACTATAATTAATCAGATTCTGTAGTAAATGTAGTCCTGCTCACTTTGACTATAAGCACATACTGTAAAAGTTACATCTTGGCTTTGCACAAATAAAGCAGAATGAGTGTCATTTTTGCCCCACTATCATGTTAGAAACTAAATTAAAAAAAAAATTCATTTTTATTATTTAGCAGTTGGGTTGGGCATGTTAGCATGTCTATCGCAGATGGCCGATCGACATGCTGATCGGGCATGGTGATCCTCCGCCTCGCCCGTCACAACAGCAACCCGCTCACGAAAAATATTCACGTAGGCTTCATTACACGTATATGTCTTTTAAGTTTTTTTTTAAATGGCATTTTAAAATAAAACTGATTCTTGTTCACATTGCCGTTTCACCTACCATTTCTGAAAAGCCCTCCTTCCGCACTATACTGCTAAAAAAACATATCACATGACCACACACACACACACACTTTGTCATGCGCTGCAGCGTACGCTCCAGCAGTCAGTTGGTGCTTTGAGAACAAAACCCCAGGGAGCAGTGCACGTCGGATAGTTTATCAAGAATCTGCCGCTGGATCGCGTCTCACTATAGTTGTTAAACGTGATATTTAATTAAACTTGTCTCTACTATGACTCTTTTGTCTTTTGAATCTATCAGGTAACGTGTCACAGCATCAGTACACTGCTTCAATCTTTCACTTTCACACTTGTACTTAGTAATTTTAGTGAAAACCTCAGGTTGGTCCTTGTTGGTTGACCAACCAAGTTTGTTAATGCCATTATAATGACACAGATCACTCTGCAGAAAAAGTGAATGGCAGGTGGTAATTTGTGTGTAACTTATCTTTATTTTTTTATGATTTGGTTATGGGTAAAACAAAGCCCATGCAGCTCGAGTAGTTGAAATGGTAGGCTACAAATAATTAATTCGTTATAATTAATAATTTTTTTATAAATAAATAATTCACCACCACCTGCGGCGACAATGCCACCATCCATGGTGATGTTTAACATTAGACATCGTATGATGCCAAATTGGTCGACATCGCCCAACCCTATTTAACAATATAACTGATTTACTGCAGTTTTTTTTTTTTTTTTTCAAATAAACAAGCATAATAGACCAATCTAACCAATCCCAAATCTTTGAAATGAGTGTATACACTGTTTAAATAACAATCTGTAAATACATTTCTACTCAACAGACTGGCAGCAGTTAATTCAGAGATATTTTGTTTGAATACAGAAAATAACCATTTCACCAAATTACAAGGTGTAACTGTAAAGCAAACAGAACAAAAAAAAAAACAGAACAGACTTTACAGTTATAATTCATGAAATTACAGTATATTACTTTTGATCGTTTGTGTTTAAAATATATGTCACATTATATTTCAAAAGCAAAGCAAATGGTCAGATTAAACATTTGACTTTTCATTGTGTTTTCACTTACACTTGAAGTCTTTGCCGCTTACAAATGTCTGTGCAATTACAGTAGATGTGATGTGAATTCCGGTAGCTAGAGCAGAATAACTTGCCTTTGACAGTTTAGCTCACCATGTAATTTGCTCAGCCAGATTTTCTCCAAGCAGTTCCATCACAGTAAGAGAAAACTTGACTGTAGAAGATCGATTATGTTAACGCTCACTATAGCGGTCCAGCAGCAAATACTCCTGTTACATTTTGAATAGCTCTGACACATTGCAAAACACAATGGCATTTGAAACATGTGAATACACTCTGTTTCTTCTAACCGTTTAGTGAATTTGCTGCACAAACTGATAAACTTGTCTCTCCGTCCTCTGGAGCCTTCTTTTGAGGAAACTAATGAAACTGACTCTCTCCTCCACAGCAAACTTGCTTTAAAACTTTATAAACACTATGCTTTTGCTGTGTACTTTTAAGTGATCCACAAATAAGTTCTGTCTCCTTTAATACACACACACACACACACTGAATCTCCTCTCTTCTTTCCCTGCCTGCTTTTTTTTCTTACTGGTTTTTGCTGCCGTTCCTGCGTTGGCTAACTCTAGAGGAATGGTTTAATCAAGGTGAGTGTTTCTTCCTACTTTTTTTTTTCGTCTGACTTACTCCCCTCAGCATACGTTCACATATCATCTTCTATCTTCTATCTTCATCAAAAAAAAAAAGTTTTCATCAGCACCTCTTTTCCACTCTTTCACCTTTCTTTCTTAAATGACTAGCCAATGTTCACCTCTTCAAGGAAATGTCAAACCTGTGCCAATTTAGACGGTTCAAAGCCTGCTGGCATAGACGTCTGTTGATATCTGTTAACAAAGTCTGGCTTTTGCTTTCTGTCATCTTGGCCATTGCTTTAAAAGGATTGTCCATCCCGAAAAAAAAAGTCATCATTTACTCGCCCTCATGTTGATCCAGCTTTAGTGTGGACACAGAATGGAAAGCTTAGGCAAAATATTCACACTGCTCTTTACCATATAGCAAGGACAAAGCCATGTCTTTAATGTTTGCTTTCTAAAATAAAATAAATTAGTGTCTAAATTTTTTTCTAAGGTAATTATTTAGATATAAATATATTAAAAAGCCTAAACGTTTCTTGCCTTGTTGCATTTAGATGGGGAATATGTTGAGAAGTTAGCATTACTGTGTTTGGTTTAACATTTTTAGCATAAAACAGTGATGTTTTAATAGTTTGTTACATCAGTCTTGCTCAGGGTGGCTCAGTGGTCAGTACTGTTGCCTCACAGAAAACATCGCTGGTTTGAGTCCCGGTTGGGTCAGTGGGTATTTCTATGTGGAGTT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Seq C2 exon
GGAGGAAAAACGGAGAGCATGACAAAAACTATGACACGTTGGACCTCCCCAAGCGCACAGAGCCCACTAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000061688:ENSDART00000146070:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.578 A=NA C2=0.600
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0051418=Arm=PU(2.5=4.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]