GgaINT0022069 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000006853 | QARS
Description
NA
Coordinates
chr12:11873115-11875076:+
Coord C1 exon
chr12:11873115-11873219
Coord A exon
chr12:11873220-11875052
Coord C2 exon
chr12:11875053-11875076
Length
1833 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
ATAAAATGGTTTTAATAAAGAAA
3' ss Score
-0.84
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAATCGATGTCGTCATGCCCAACTTTCCTGCTGATGAGAGCCGGGGCTTCCACAAAGTGCCCTTCCAGTCCGTCGTCTACATCGAGGAGACTGACTTCAAGGAG
Seq A exon
GTGAGTCGGGCGCAGTGCCACTGAGCGTTGGCGGCAGAGCAGGGAGGGGGACGCAGTCACGGGGACTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCTTCCCCCGAGCCCAACGTGGCTCCTGCGGCGGGCCCTTTGCGGGGGCTGCCCGGGGCCCGCGGGGAACAAAGGAGGGCCCCGGCGCCCCGCTGCAGGTGGAGGGAGGCCGGGCCGGGCCGGCGGTGGGGCCGGGCGCGGTGACGGGGCAGTTTGTGCCGGGGGACCTCTGGGCTCTGTCACCGCTGCTGCTGCCTTGTGCTGCTGCCTTGTTCTCAGCTCTGCCTTCCCCAGCCCGGTGCCGTGACAGGTGCGGAGGGAGGGGTCCCATCGCTGCCTTCCCCGGAGCCCGGCGATGTCTTCCTGATCATATTAAGTGGCAAAGCCTATTGAACATAAAATGGTTTTAATAAAG
Seq C2 exon
AAAAAGGAACCGGGGATGGAAAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000006853:ENSGALT00000011085:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.875
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0395013=tRNA-synt_1c_C=FE(53.1=100)
A:
NA
C2:
PF0395013=tRNA-synt_1c_C=PD(9.4=75.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]