GgaINT0027390 @ galGal3
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
chr10:20333098-20349517:-
Coord C1 exon
chr10:20349284-20349517
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr10:20333098-20333154
Length
16129 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGG
5' ss Score
9.68
3' ss Seq
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GTGCTTGTGGGATGGATAGACGTCAGAACACATACATAATGGAAAAAAGCTTCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000007631:ENSGALT00000012349:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.044 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005319=Laminin_EGF=PD(18.9=8.9),PF0200911=Rifin_STEVOR=PD(93.4=72.2),PF153301=SIT=PU(77.6=65.8)
A:
NA
C2:
PF153301=SIT=PD(20.9=70.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]