GgaINT0035713 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000005816 | BCAR3
Description
NA
Coordinates
chr8:14513269-14519816:+
Coord C1 exon
chr8:14513269-14513316
Coord A exon
chr8:14513317-14519482
Coord C2 exon
chr8:14519483-14519816
Length
6166 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTTTGT
5' ss Score
3.38
3' ss Seq
TTTTTTTTTTCCTCCTCCAGAAT
3' ss Score
11.63
Exon sequences
Seq C1 exon
CCGCTGCTGGGACGACGTTTTCCTTTGGGGCGGAGAACGACGAGCAGG
Seq A exon
GTTTGTGCGATAGTTGATGTGCGCCCGAGCTCCCGAAGGAGCGCGGCGCTCCCCGGCTCGGCTGTGTGGGCAGGCGGAGCGCTGCGGGTGCCTCGGGCAGTGCTGTACGTGAGCCGGCGGCCTGCGGGATCGGCGCCCGCGGAATTGCAGCTGGTGCTCGCAGGTGTACAAATCCATGAGCTGGGGGTGCCGAGGTGTTTTGCGGGGGAGAAAGGAAATACTGCCGCCGCCTTTTTTGATCGGTTAAAGAGGAGCTTGTATGAAAGCTCTGCTTTCTCTCTAAATTTGCAGTGTAGATAAGGTTGTTCAAAATCATAAAGCACATACTTGGTGCTGAAAAAAATCTTGAAATATTCAATTTGTAGTTAGTGTAGGACTTTCTTTTACTAAAATCATGGGAATACAGCAGCAGGAAAATAATACATTACTTCCTATGTTAGGGGAGGAATAAAAGTTGTGTTTTTAAGTATTAGCGGAGAAATGTTCAGATTGGACTGTAACCACGGTGAACTCTGCTTCCTCCAGCAAAATGGAGGTAAAATGTTCACTGCAAGTCAAGGCTTCAGCAGTACAGAGCTAACTGGCTGAGTACTGAAGTTTGTAAGACTATAGCATACACCAAATGATGAGATCTACTTGTTTGTTGAGTTGTCTTCACTGATTGCTTTTTATGACTCTTCTCTTTCTTTTTCTTTTTCGATAGATTTAGGGGCATTTTAAGTGTGAAAACTCAGAAAGAAAGAAAAGCATGGGTTTTATCTGTTTGTTTCATCTCAAAACAGAGCAAATTCAAAGATGACTTGTCCTGCATGCTTTCTGTTGCTTCAGAATGCTGGTTTAAAGCATACCTTAAATAGATTGTCAGATTACAGTGCAGGGATCTATGGGCGAAGTTGTGTATACAGGGAGAGAGCAAGAACAGTTTGGTAACTCCCCAGGACCCTTTGGAAGCACTGACCTGTCTTTATTCCTGTGGGGAGTTTCTGATGTTTGACAGACTTGCATGTTTCCTGATAGCAGCTTAAAGCCTTTGTACTATTGTGTATGCTTTCTCAATCTATTTCTGCTTATCATAAGTTCTTGAGCCTTCATATTCTTCTCAAAGCCCTGTGACCCCTTGCAGCTACTGCGTTAGTTTATCTTGTTTAACAAACAAACAAAAACCCATAAAATACAGGTTGTAGCCATTTGGGGAGAAGAAAAACTCTTTTCTTGTTTCTTTTTATACTAGTGAAGACAACTCTGTATTGCTTCTCAGCAAATAATTAACACAAAATCTGTGTAGCATGTGCAAACATACCAGGTAACTGAACAGTAAGATTGAAGTTGTGTATCCCTCTGTATTTACTGTTACTGCTTTGTAGGGTTGGATGGAAGGTGGAAGATGGTTGTAAGGAAATTTTCTGTGTCAAAAGGAAACGGAGTTCTTATAAATGTTGACTCCATCTCATGAAGACCTGAGAACATAAGGCAGTTGTTCTTTGATTGGATATATTAAACCATTTTCTAGCCCTCTTAGCTTCGCAGTGTGCATAGTGATAAAGAAGTGGTAAGACTGAGTAAAGTGACTGATGGTGATATGAAAACACCAAGTCTGGGCTTCAGAGAGTCTGAAGTCTTGGTAGTTCTCCCTGTTAGAAAATTCACACTTCTCTCAGAATTCTATTAATCTAATATCTAAAGCTGGTTTAGATATAATTCCGAGTTTTGAGATAGCTTCAGAGTCTGATTCAGAGCTGAGAAATTACTTTTCAGTGAGTGAAACTTCAGTCTATGAACTGCATCCAAAATTTTTTGTGAAGTCTGAACCAGAAAGTTTGTATGAGGGCTGCTCTAACAGCAGTGCCTGCTGTTTTATTGCGTTTGCCCACAGTGTCAGAGGCAGATGTTAGTGCTATGGCTGTAGAGGTTGAAGTTTCCCACCAGTATTTCATTACATGCTTATGCCATGGGACAGGTGGCAGCAAAGGGGCAGTCTGGCAGAATGGGATCTGACATGAAAGTGCACATGAAGCGAAGGTGTGTCACCTTTTCCACTCTCTGTGGAAAAACAAAATGGCACCCATTGACATTCATCGCCTCTTGCTGAACATTTATGGAGAATGCACAGTGGATGTGAGCACAGTGAGGCAGTGGGTGGTACGTTTCAGCAGTGACAACAGCAACAGTGGGATGTCTCCACTGGTGCAGATTTTTATGAGCATAGCATGCAGGTTCTTGTTCATCACTGGCAAAAATGCACAGCTAGTGGTGGTGACGGTGTTGAAAAATAGTGTTTTGTAGCTGAGAATTTTCTTTATAGGATAGTGTTATTGTGCTCTTCATATCTGTTGTAGTTTCCTTGGAACTAAATAGGAGGAATTACTTTCAGAGCAGCATACGTATTTGCATTCCAAAGACAAGAGGGCATGAATAGAAGGATTTTTGTGTATAATTTTGGAGGAAGCAAAGTTTGTTTCATTGTTCATGTCTTTTTTGTTTTGTTTTGAGCAATGATGTGGAGAGATACCCATCCCACTGGGTTAGAGCTTTGTTCATGTTTGATCTTGCCTACCAGTTATGTATGTCACTCTGTGTACAATCTCATAAGGTTTTGTAAAGGCCATATTGATTTTAAAGATTACTTAATTTGTATTCCCCTTTTCCCCACTCATAACCAAAAGACAATTTAGAAGTTAGCTGGAAACTCTTCATGCCCTCCAATTTTCTGAACTCAGAATCTGACTTCTGCTAGTTCCATTCTCTTATACTTTCCTCAGTTATGGACTGAAGAAAGGGAAATCCCATTCTCCATTAAAATTAATACATAAAAATAAAAAATCTAGCTTTTTTTTTTTAACAGAATACTGTCAAGAAATAAATTGTACATAGAGGAAACCTGCATGACTCATGAATCTCTCTGTTTTGTTAAAAGCTGCATTTTGATAAGTAGGAATTTGTTAATCTAAGTTACTTTTGACCTATCCTTCTGCTATTATTTCTACCATTTCCATTGTTGAATGCATGATTGCAGATGTTTTAAGTGCTGTGTCTCTTAGGAAGTAAAACTAAAGGGGTTCTATCTCTAGTCAAACAAAGACAGATATTCTTTGAATCATATGCTAAAGTATTTGAGACATTCCAGATTCTTCAGCTGAAGAGGCTCCCTCCGTGCATTGTTTACATTCAATACAAGAAAAATTTATAGATAGTTTGGCAAGACTTTTGTTACCAAGTCAGTTGCTGTAATTTCAGTTGCCATTTGTCAAGAATACATAGTATAACAGCAAATAGGCAGGCAGGTAATGTTATGGGTAGAAGTTAGCAGATCTGGGTGCTTTTTTTTTTTTCTTCCTTTTTTGAGGGGGGTGTTGCTTGATGTATCAAAGCTTCTGTGCACACATAATTGTGGCCAAGTGTCCTACAAGTTCTTAAATGTTAGGTATTTCTTAGGTTGGGAGCTTTAACTTGGTTACTCAAAAAATTAAAAAATGTGAATTTGAGAATTAGGTGTTGAATATCAGAAATGTAGGATGTTACTCAGGGAGTGGGTTTTATAAAAGGTATAATGATTAGGACATAACTGGTGGAACTATAGTTGGTTTTTCTATTTTAAGAAGGGCTTCTAGGGAAATTATTAGGAAAATGGTGTACTTCGGAGGGTCATCATTTATTTGGTGAATATTGAGTTGGAAACCTATTGGATTGCTATAATTATCCTGACATTGGGTTAGAAGGAATAATTATCTTTCTTTATGAATCCTCAAACAGGATCCATAAAAGTTGTTGAGAGTGTATTGCCATTGTAAGACCTATCATGGACTCACCTGGTACTATTAAACTGAAGCTTCCTTTGGTTATACTTAAACCTACTCAATTTAACTACCAATGTATATGAATTATCATGATTCATTTCAGCATAGTGGGAATTTGCAGGGATGCCTAAGCAAATTCCTTCTGACTAGGTGATCTACACTTATATAGTCAAAATTCAGAGTTTTGAAGGTGTGGGTTTTTTATAAACCAATAAGCAAATATGATTATTAAGTACAGAATGTCAGCCCAGAAAGGAAAACAGCAATGCATTTTGAAATATGAGTGAAGTGGCCTCCATTTTTTAGTTCCATTATAAGTGATATTTGCTTCCTTACATTAAGCACACAAAGGTTGAGGATTTCAAATGATTGTGTGACTTCTAAGAAGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTACCCCCTTGTTGCTTGAGATCAATGTTGTTACTCTGTGATAATAAAGCTGAATTTACTGGAAAGAAGTTCTGTCAGTTTGTTCTAGCTAGGAAACTGTAGCTTTGTGGTAAACATTTGCATTTTAGAGTTTCTTATTTCCGGACCAGTTGTTTTGCTTAGAATATTTGTAATACAAATATTTGTATTTACAGCTCTTCATTTTATTTTGAAAATGATCATGTGATATTAATACTAACAATCAGAAACTGTGTCCTCAAGACACTTGATAAATGAAGGGGTAACAGTGTTTCACACCAAGGGCCCGTATGATCATTTAGTAAGGACTATAGTGAGTCTGTGGCTTTCTTTCTTTCAAGTCTTGACTATTATTTGGACCTATGTAACTGACAATATCATTTCACTTTAACTTCTCAGCTCTTTTTCTAGTCTTTGCAACAAGAAACCTGACCAAAGTCGAACATACTCAGAACTGCTATTTCCAGAGGCTTTTCTGCTGGAGTATATAGCAGCTGTGCTTGGCAAATTAAAGATAAAAAAAAATCATATTCTAAATGTTATTTATCACAACTGAGTATTTATTGTAGGATCTTCAGTATGGGAGAAGTGGGATGGAGTTTGAGATAGAATTCTGGAACCTTGTGAATCTGCAAAACAGCTGGAAGAAAATAGCGGAATAAATTTGAGATCAGTTTTAGTGTTACTGTAAAACTAAGCCTGTTGCAACAACCTCTGAGCAGAAGTAACAATAGTATCAATGCAGCCTCAGTTCCTTAGTACCTGTGGTGCTCAGGCCGGAG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Seq C2 exon
AATCAAGAATGATAGCTGCAGGGAAATTTTCAAGTCTTCCCAGAAATGTCCCAGTGAATGTGAACCATCAGTTCTCATTAGCATCGTCTATGGATCTTTTGACCACCAAGCCTTCACTAACTGAGCATCGCTCAGACTCCTTTCAAGACATCTCTATCCATGGCACACTCCCCAGGAAGAAGAAGGGAACAGTTAAAGTTAGGGCTTGTGATATGTTTAGCCATGTGGGAATGTTACCGTACACGAGAACACAAAGGCAACAGCCACCTTTTGTACAGGATGTCATAGAAGAGTACCCTCTACAAAATGGGAAGAGCAACAAACTCCACACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000005816:ENSGALT00000009337:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.339
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]