DreINT0037030 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000016981 | bcar3
Description
breast cancer anti-estrogen resistance 3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080513-4]
Coordinates
chr8:15124297-15144527:-
Coord C1 exon
chr8:15144369-15144527
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr8:15124297-15124633
Length
19735 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
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10.77
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000016981:ENSDART00000138855:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.560
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]